抽象的
背景原发性睫状体缺陷(PCD)是由大约50个纤毛相关基因突变引起的异质遗传障碍。PCD基因型 - 表型关系主要来自小型案例系列,因为研究关系的现有统计方法对罕见疾病不合适。
方法我们应用了拓扑数据分析(TDA)方法来研究PCD中的基因型 - 表型关系。来自单独的培训和验证队列的数据包括396个遗传定义的个体在PCD基因中携带致病变体。开发TDA模型,包括12个临床和诊断变量。随后使用传统统计测试TDA驱动的假设。
结果诊断中的疾病严重程度,通过1 s强制呼气量测量(FEV1)z评分,在个人中显着更差CCDC39.突变(与其他基因突变相比)和更好的那些dnah11突变;后者还报告了较少的新生儿呼吸窘迫。没有新生儿呼吸窘迫的患者更好地保存了FEV1诊断。个人dnah5.突变是表型多样化的。纤毛超微结构和节拍模式缺陷与特异性致病基因密切相关,确认这些试验可用于支持遗传诊断。
结论这种大规模的多国研究将PCD作为综合征,其症状重叠和根据基因型的表型变化。TDA建模证实了较小研究报告的基因型 - 表型关系(例如FEV.1更糟糕的是CCDC39.突变)并确定了新的关系,包括FEV1保存dnah11突变和严重程度的多样性dnah5.突变。
抽象的
396个小睫状蛋白运动障碍患者的拓扑数据分析显示遗传突变更严重(CCDC39.), 多变的 (dnah5.)和更温和(dnah11)对肺功能的影响,提供更准确靶向疾病管理的潜力https://bit.ly/3ol5r64.
脚注
本文提供了补充材料www.qdcxjkg.com.
作者贡献:研究的概念和设计:J ..卢卡斯,C. Hogg,H.M。Mitchison,A. Shoemark和B. Rubbo。基因分型:H.M.Mitchison,M.R. Fassad,M.P.Patel,N.S.Thomas,D. Hunt,M. Edwards,D. Morris-Rosendahl和M. Legendre。临床表征:J.S.Lucas,C. Hogg,W.T. Walker,M. Carroll,S.B.Carr,M.R. Loebinger,R. Wilson,例如, Haarman, J-F. Papon, B. Maitre, G. Thouvenin, P-R. Burgel and I. Honoré. TDA models: B. Rubbo, J. Brandsma and G. Carlsson. Data collection: B. Rubbo, A. Shoemark, S. Best, W.T. Walker, C. Hogg, J-F. Papon, B. Maitre, G. Thouvenin, P-R. Burgel, I. Honoré, E.G. Haarman, I.C.M. Bon, E. Escudier, G. Jouvion and M. Legendre. Planned and performed the statistical analyses: B. Rubbo, A. Shoemark, C.M. Parsons and J.S. Lucas. Laboratory analyses and data collection: E. Escudier, G. Jouvion, A. Shoemark, M. Legendre, S. Best, H.M. Mitchison and M.R. Fassad. Interpretation of data analyses: B. Rubbo, A. Shoemark, J.S. Lucas, H.M. Mitchison and C. Hogg. Drafted the manuscript: A. Shoemark, B. Rubbo, J.S. Lucas, H.M. Mitchison and C. Hogg. Revised the manuscript: J.S. Lucas, C. Hogg, H.M. Mitchison, A. Shoemark, B. Rubbo, N.S. Thomas, M. Legendre, M.R. Fassad, W.T. Walker, S.B. Carr, I. Honoré and E. Escudier. All authors read and approved the final manuscript. H.M. Michison (h.mitchison@ucl.ac.uk) was principal investigator for the genetics aspect of the work, and J.S. Lucas (jlucas1@soton.ac.uk) was clinical and epidemiological principal investigator. H.M. Mitchison and J.S. Lucas had full access to all data and take final responsibility for the decision to submit for publication.
利益冲突:B. Rubbo没有什么可披露的。
兴趣冲突:M. Legendre没有什么可披露的。
利益冲突:M.R.Fassad没有什么可披露的。
利益冲突:例如哈玛没有什么可以披露的。
利益冲突:S.最好没有披露。
利益冲突:I.C.M.Bon没有什么可以披露的。
利益冲突:J.Brandsma没有什么可披露的。
利益冲突:P-R。Burgel报告了Astazeneca,Boehringer Ingelheim,Chiesi,Novartis,Teva和Vertex的讲座和咨询委员会工作的个人费用,以及从提交的工作之外的GSK,PFizer和Zambon的讲座的个人费用。
兴趣冲突:G. Carlsson没有什么可披露的。
利益冲突:S.B.停车从Teva Pharmaceuticals和其他(讲座)以及非金融支持和其他(咨询委员会)以及非财政支持和其他(咨询委员会)的非财力支持和其他(咨询委员会,讲座费用,旅行,指导委员会)。(咨询委员会,旅行,住宿)来自Chiesi Pharmaceuticals,在提交的工作之外。
利益冲突:M. Carroll无意识别。
利益冲突:M. Edwards没有披露。
利益冲突:E. Escudier无需披露。
利益冲突:I.荣誉无需披露。
利益冲突:D.亨特没有什么可披露的。
利益冲突:G. Jouvion没有什么可披露的。
兴趣冲突:M.R. Loebinger报告Astrazeneca,Insmed,Polyphor,Bayer和Griffols的Astration委员会工作和咨询的个人费用,在提交的工作之外。
兴趣冲突:B. Maitre没有什么可披露的。
利益冲突:D. Morris-Rosendahl没有披露。
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利益冲突:下午帕森斯没有披露。
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利益冲突:W.T.沃克无需披露。
利益冲突:R. Wilson没有什么可披露的。
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利益冲突:H.M.米切森无需披露。
利益冲突:J.S.卢卡斯没有什么可以披露的。
利益冲突:A. Shoemark没有什么可披露的。
支持声明:WESSEX区域遗传实验室和WESSEX临床遗传学服务的PCD中心由英格兰(NHSE)的国家卫生服务资助。南安普顿国家卫生研究所(NIHR)南安普顿呼吸生物医学研究中心(BRC)和NIHR南安普敦惠康信任临床研究设施支持临床研究。H..Mitchison承认支持行动医学研究,伟大的奥蒙德街儿童慈善机构和NIHR Great Ormond Street医院(GOSH)BRC。M.R.Fassad也得到了NIHR GOSH BRC的支持,以及来自英国委员会牛顿基金的博士学位,埃及高等教育部。在法国,这项工作得到了由法国国家研究机构的特定计划资助的Radico(Inserm)的Institut National de LaSantéettelcherchemédicale(Inserm)支持的,该工作由法国国家研究机构资助的“未来的投资”(Cohort Grant协议ANR-10-Coho-0003)和Sochancellerie desUniversitéseCarbernesdedar的腿Poix授权。资助者在写作稿件或决定提交出版时没有作用。没有收到付款来写这篇文章。
- 已收到2020年6月16日。
- 公认2020年12月24日。
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