拓扑数据分析揭示了原发性睫状体动脉瘤中的基因型 - 表型关系

Amelia Shoemark.^123.那 Bruna Rubbo.^4.5.3.那 Marie Legendre.^6.7.那 Mahmood R Fassad.^8.9.那 Eric G Haarman.^10.那 Sunayna Best.^8.11.那 IRMA C M BON^10.那 Joost Brandsma.^5.那皮埃尔雷吉斯布尔格尔^12.13.那 Gunnar Carlsson.^14.那 Siobhan B Carr.¹那玛丽卡罗尔^4.5.那马特爱德华兹^15.那 Estelle Escudier^6.7.那伊莎贝尔荣誉^12.那大卫狩猎^16.那 Gregory Jouvion.^6.7.那 Michel R Loebinger^17.18.那伯纳德·米特尔^19.20.那 Deborah Morris-Rosendahl^15.那 Jean-Francois Pupon^21.22.23.24.那 Camille M帕森斯^25.那 Mitali P Patel.^8.那西蒙n托马斯^26.27.那 Guillaume thouvenin^28.29.5.那伍尔夫T Walker.^4.5.那罗伯特威尔逊^17.那 Claire Hogg.¹那汉娜米奇森^7.30.那 Jane S Lucas.^4.5.

隶属关系

¹PCD诊断中心和儿科呼吸系统，皇家Brompton和Harefield NHS Trust，伦敦，英国。
²邓迪大学分子与临床医学分工，尼尼韦尔医学院，邓迪，英国。
^3.等于第一个作者贡献。
^4.主要睫状体达到障碍中心，大学医院南安普敦NHS基金会信托，南安普敦，英国。
^5.英国南安普敦南安普敦大学南安普敦学院临床与实验科学学院。
^6.DeépartementdegénétiqueMédicaleMédicale，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），法国巴黎。
^7.SorbonneUniversité，Institut National de LaSantéetde la RechercheMédicaleEnserm，U933，HôpitalTrousseau，法国巴黎。
^8.伦敦大学伦敦大学学院遗传学和基因组医学系，英国伦敦伦敦儿童健康研究所。
^9.亚历山大大学医学研究所人类遗传学系，亚历山大，埃及。
^10.小儿科肺部，艾玛儿童医院，阿姆斯特丹UMC，Vrije Universiteit Amsterdam，阿姆斯特丹，荷兰。
^11.LEEDS医学研究所，利兹大学，英国利兹大学医学和健康学院。
^12.服务De Pneumologie，Hôpitchin，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），法国巴黎。
^13.巴黎大学，Institut National de laSantéetde la RechercheMédicaleSheerm，U1016，Institut Cochin，巴黎，法国。
^14.数学系，斯坦福大学，斯坦福大学，加利福尼亚州，美国。
^15.临床遗传学和基因组学，皇家Brompton和Harefield NHS基金会信托，英国伦敦。
^16.WESSEX临床遗传服务，大学医院南安普顿，英国南安普敦公主安妮医院。
^17.主机防御部门，呼吸系统，皇家Brompton和Harefield NHS基金会信托，英国伦敦。
^18.Nhli，帝国学院，伦敦，英国。
^19.服务De Pneumologie，Dhu A-TVB，Center Shieventier Intercommunal deCréteil，法国Créteil大学，Créteil。
^20.Institut Mondor de RechercheBiomédicale（IMRB），UnitéEnsermU955，Créteil，法国。
^21.服务D'Orl et Chirurgie Cervico-Faciale，Hôpital-Bicêtre，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），Le Kremlin-Bicêtre，法国。
^22.Facultédemédecine，Université巴黎 - 萨莱，法国克里姆林宫 - Bicêtre。
^23.CNRS，ERL 7240，Créteil，法国。
^24.Institut National de LaSantéetde la RechercheMédicaleShearm，U955，Créteil，法国。
^25.英国南安普敦南安普敦大学MRC LifeCourse流行病学单位。
^26.Wessex区域遗传学实验室，索尔兹伯里NHS基金会信托，英国索尔兹伯里。
^27.英国南安普敦南安普敦大学人类遗传学和基因组医学。
^28.Service dePneumologiePédiatrique，HôpitalTrouseau，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），法国巴黎。
^29.SorbonneUniversité，Inserm，Center de Recherche Saint-Antoine，巴黎，法国。
^30.NIHR Great Ormond Street医院生物医学研究中心，伦敦，英国。

PMID：33479112
DOI：10.1183 / 13993003.02359-2020

拓扑数据分析揭示了原发性睫状体动脉瘤中的基因型 - 表型关系

Amelia Shoemark.等等。 EUR RESPIR J.。 2021.。

。 2021年1月21日; 2002359。

DOI：10.1183 / 13993003.02359-2020。在线之前在线。

作者

隶属关系

¹PCD诊断中心和儿科呼吸系统，皇家Brompton和Harefield NHS Trust，伦敦，英国。
²邓迪大学分子与临床医学分工，尼尼韦尔医学院，邓迪，英国。
^3.等于第一个作者贡献。
^4.主要睫状体达到障碍中心，大学医院南安普敦NHS基金会信托，南安普敦，英国。
^5.英国南安普敦南安普敦大学南安普敦学院临床与实验科学学院。
^6.DeépartementdegénétiqueMédicaleMédicale，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），法国巴黎。
^7.SorbonneUniversité，Institut National de LaSantéetde la RechercheMédicaleEnserm，U933，HôpitalTrousseau，法国巴黎。
^8.伦敦大学伦敦大学学院遗传学和基因组医学系，英国伦敦伦敦儿童健康研究所。
^9.亚历山大大学医学研究所人类遗传学系，亚历山大，埃及。
^10.小儿科肺部，艾玛儿童医院，阿姆斯特丹UMC，Vrije Universiteit Amsterdam，阿姆斯特丹，荷兰。
^11.LEEDS医学研究所，利兹大学，英国利兹大学医学和健康学院。
^12.服务De Pneumologie，Hôpitchin，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），法国巴黎。
^13.巴黎大学，Institut National de laSantéetde la RechercheMédicaleSheerm，U1016，Institut Cochin，巴黎，法国。
^14.数学系，斯坦福大学，斯坦福大学，加利福尼亚州，美国。
^15.临床遗传学和基因组学，皇家Brompton和Harefield NHS基金会信托，英国伦敦。
^16.WESSEX临床遗传服务，大学医院南安普顿，英国南安普敦公主安妮医院。
^17.主机防御部门，呼吸系统，皇家Brompton和Harefield NHS基金会信托，英国伦敦。
^18.Nhli，帝国学院，伦敦，英国。
^19.服务De Pneumologie，Dhu A-TVB，Center Shieventier Intercommunal deCréteil，法国Créteil大学，Créteil。
^20.Institut Mondor de RechercheBiomédicale（IMRB），UnitéEnsermU955，Créteil，法国。
^21.服务D'Orl et Chirurgie Cervico-Faciale，Hôpital-Bicêtre，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），Le Kremlin-Bicêtre，法国。
^22.Facultédemédecine，Université巴黎 - 萨莱，法国克里姆林宫 - Bicêtre。
^23.CNRS，ERL 7240，Créteil，法国。
^24.Institut National de LaSantéetde la RechercheMédicaleShearm，U955，Créteil，法国。
^25.英国南安普敦南安普敦大学MRC LifeCourse流行病学单位。
^26.Wessex区域遗传学实验室，索尔兹伯里NHS基金会信托，英国索尔兹伯里。
^27.英国南安普敦南安普敦大学人类遗传学和基因组医学。
^28.Service dePneumologiePédiatrique，HôpitalTrouseau，援助Publique-HôpitauxDeAlis（AP-HP），法国巴黎。
^29.SorbonneUniversité，Inserm，Center de Recherche Saint-Antoine，巴黎，法国。
^30.NIHR Great Ormond Street医院生物医学研究中心，伦敦，英国。

PMID：33479112
DOI：10.1183 / 13993003.02359-2020

抽象

背景：原发性睫状体缺陷（PCD）是由大约50个纤毛相关基因突变引起的异质遗传障碍。PCD基因型 - 表型关系主要来自小型案例系列，因为研究关系的现有统计方法对罕见疾病不合适。

方法：我们应用了拓扑数据分析（TDA）方法来研究PCD中的基因型 - 表型关系。来自单独的培训和验证队列的数据包括396个遗传定义的个体在PCD基因中携带致病变体。要开发TDA模型，包括12个临床和诊断变量。随后使用传统统计测试TDA驱动的假设。

结果：通过FEV测量的诊断中的疾病严重程度₁z分数是（i）在个人中明显更糟CCDC39.与其他基因突变相比的突变和（ii）更好dnah11突变;后者还报告了较少的新生儿呼吸窘迫。没有新生儿呼吸窘迫的患者更好地保存了FEV₁诊断。个人dnah5.突变是表型多样化的。纤毛超微结构和节拍模式缺陷与特异性致病基因密切相关，确认这些试验可用于支持遗传诊断。

结论：根据基因型，这种大规模的多国研究将PCD作为具有重叠症状和表型变异的综合征。TDA建模证实了较小研究报告的基因型 - 表型关系（例如FEV.₁更糟糕的是CCDC39.突变），并确定了新的关系，包括FEV₁保存dnah11突变和严重程度的多样性dnah5.突变。

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