文摘
背景基于细菌微生物的研究降低航空公司的16 s rRNA基因测序评估微生物群落结构但只能推断功能特征。微生物产品,如短链脂肪酸(SCFAs),降低航空公司的重大影响宿主免疫的基调。因此,功能微生物的分析方法是必要的。
方法这里我们使用上下呼吸道样本研究支气管镜检查烟民群体。此外,我们在实验小鼠模型验证我们的结果。我们扩展我们的微生物群描述超出了16 s rRNA基因测序使用全基因组鸟枪(WGS)和RNA metatranscriptome测序。SCFAs也以降低呼吸道样本和相关的测序数据集。在小鼠模型中,16 s rRNA基因和RNA metatranscriptome进行测序。
结果降低气道的功能评估使用推断metagenome微生物群,WGS和metatranscriptome数据是不同的。SCFAs水平测量的比较表明,该推断metagenome 16 s rRNA基因测序的数据相关性,而更好的相关性被发现当SCFA水平比较与WGS metatranscriptome数据。造型低气道愿望与口语同桌的小鼠模型表明,metatranscriptome最有效地捕获瞬态活性微生物的新陈代谢,由16 s rRNA高估了基因测序。
结论降低气道的功能描述微生物群通过metatranscriptome数据标识新陈代谢活跃的微生物与免疫调节能力,能产生代谢产物如SCFAs。
文摘
这项研究表明,全基因组鸟枪和RNA metatranscriptome测序可以做低气道细菌功能样品和可以提供宝贵的信息https://bit.ly/3hNmZfi
脚注
数据可用性:所有的数据都是公开的顺序读取存档在加入数字PRJNA603592 PRJNA573853 PRJNA603675。所有代码利用分析包括在本文中是可用的:www.github.com/segalmicrobiomelab/functional_microbiomics
作者的贡献:概念和设计:即Sulaiman和L.N.西格尔。收购数据:吴人,李y, A.S.斯科特,k,格柏,s . Banakis Ghedin大肠,i Sulaiman L.N.西格尔。分析和解释数据:吴人,j。-蔡,m . Sauthoff m . Weiden J.C.克莱门特,d·琼斯,黄Y.J.·斯金格,l, l·蒂普敦Ghedin大肠,i Sulaiman L.N.西格尔。起草或修订手稿:i Sulaiman,吴人,y, m . Sauthoff A.S.斯科特,j。-蔡,S.B. Koralov, m . Sauthoff m . Weiden J.C.克莱门特,d·琼斯,黄Y.J. Ghedin·斯金格,大肠和L.N.西格尔。最终批准的手稿:i Sulaiman和L.N.西格尔。
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- 收到了2020年10月16日。
- 接受2020年12月19日。
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