TY - T1的功能降低航空公司的微生物的基因组分析捕捉活性微生物新陈代谢JF -欧洲呼吸杂志》乔和J - 10.1183/13993003.03434 -2020欧元六世- 58 - 1 SP - 2003434 AU Sulaiman伊姆兰盟——吴,本杰明·g . AU -李,陈会昌AU - -蔡Jun-Chieh盟——Sauthoff玛雅AU -斯科特,艾德丽安美国非盟- Ji,库恩盟——Koralov谢尔盖•b . AU - Weiden迈克尔AU -克莱门特,何塞·c . AU -琼斯德鲁盟——黄,伊冯·J . AU -斯金格,凯瑟琳·a . AU -张Lingdi AU -格柏,亚当AU - Banakis,斯蒂芬妮AU -蒂普敦,劳拉盟——Ghedin Elodie AU -西格尔,莱奥波尔多n Y1 - 2021/07/01 UR - //www.qdcxjkg.com/content/58/1/2003434.abstract N2 -背景微生物研究的航空公司基于细菌16 s rRNA基因测序评估微生物群落结构但只能推断功能特征。微生物产品,如短链脂肪酸(SCFAs),降低航空公司的重大影响宿主免疫的基调。因此,功能微生物的分析方法是必要的。方法我们使用上下呼吸道样本研究支气管镜检查烟民群体。此外,我们在实验小鼠模型验证我们的结果。我们扩展我们的微生物群描述超出了16 s rRNA基因测序使用全基因组鸟枪(WGS)和RNA metatranscriptome测序。SCFAs也以降低呼吸道样本和相关的测序数据集。在小鼠模型中,16 s rRNA基因和RNA metatranscriptome进行测序。降低气道的功能评估结果使用推断metagenome微生物群,WGS和metatranscriptome数据是不同的。SCFAs水平测量的比较表明,该推断metagenome 16 s rRNA基因测序的数据相关性,而更好的相关性被发现当SCFA水平比较与WGS metatranscriptome数据。 Modelling lower airway aspiration with oral commensals in a mouse model showed that the metatranscriptome most efficiently captures transient active microbial metabolism, which was overestimated by 16S rRNA gene sequencing.Conclusions Functional characterisation of the lower airway microbiota through metatranscriptome data identifies metabolically active organisms capable of producing metabolites with immunomodulatory capacity, such as SCFAs.This study shows that both whole-genome shotgun and RNA metatranscriptome sequencing can be done on lower airway samples and can provide valuable information on bacterial function https://bit.ly/3hNmZfi ER -