摘要
肺炎仍然是一个发病率和死亡率都很高的世界性卫生问题。识别引起肺炎的微生物病原体是肺炎患者临床优化管理的一个重要领域,是传统微生物方法的一大挑战。肺炎分子诊断检测的发展和实施是近年来呼吸道病原体微生物诊断的一个重大进展。然而,随着对微生物组的新认识,以及对肺部是一个动态微生物生态系统的认识,我们目前对肺炎的概念并不完全现实,因为肺炎的新概念涉及肺部微生物组的失调或改变。因此,微生物学家和临床医生面临着一个新的挑战。这一新的诊断技术提供的信息有很多值得学习的地方,这将导致抗生素治疗时间的改善,有针对性的抗生素选择,以及对肺炎患者更有效的降级和更好的管理。本文综述了分子时代实验室诊断肺炎的现有方法。
摘要
整合新型诊断方法以快速微生物鉴定将影响肺炎的实验室诊断http://ow.ly/2aJh304NuCn
简介
1930年,肺炎是美国第三大常见死因[1].如今,近一个世纪过去了,尽管抗生素在20世纪50年代问世,肺炎和其他呼吸道感染仍是全球第四大常见死亡原因[2].尽管在世界各地实施疫苗接种规划降低了肺炎发病率,特别是在高危人群中[3.,4],就发病率、死亡率和卫生费用以及工作天数而言,肺炎仍然是一项重大负担[5- - - - - -8].
肺炎的微生物诊断是确保适当的抗生素治疗的基础,这与降低死亡率有关[9].然而,只有一半的患者得到病因诊断,最初的抗生素方案应根据经验选择,以避免与显著死亡率相关的适当治疗的延迟[10,11].
美国传染病学会/美国胸科学会(IDSA/ATS)社区获得性肺炎(CAP)指南建议对低水平至轻度肺炎病例进行可选的微生物诊断试验,应根据临床症状选择[12].然而,常规微生物学应该在病原体会显著改变经验决策的情况下进行,如流感病毒,结核分枝杆菌,铜绿假单胞菌特别是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA),因为目前对严重CAP的指南推荐的是β-内酰胺联合大环内酯或氟喹诺酮的经验性治疗,这可能不能提供对MRSA的充分保护[12].痰培养只建议病情严重到需要进入重症监护病房(ICU)的患者进行。这意味着,根据微生物病原学的流行病学,在培养样本采集后尽快选择和给予患者经验性治疗。
在目前的实践中,大多数CAP患者可以按照指导方针进行治疗。使用评分有助于发现耐多药病原体的潜在风险患者或需要非标准治疗的患者。[13- - - - - -15在这些患者中,除了传统技术外,分子信息可能非常有用。目前的临床实践有三个主要后果。1)初始抗生素的适当性是影响预后的关键因素。众所周知,开始正确的肺炎治疗每延迟一小时,死亡率就会增加[16- - - - - -19].2)许多患者接受广谱抗生素治疗,直到培养物可用,且不能迅速降级;因此,不适当使用抗生素更有可能[20.,21].3)全球范围内过度使用抗生素造成的选择压力导致耐药病原体的出现[22,23].
革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性杆菌的抗菌素耐药性是世界范围内的一个主要问题[18,23,24].《2015年世界抗生素状况报告》一章[25]关于人类使用抗生素的报告指出,抗生素的消耗在继续增加(2000-2010年的比较数据),在20%至50%的病例中抗生素治疗是不适当的。按阶层和国家分列的人均消费数据显示,地理位置之间的差异很大,这突显出各国对这一问题的反应可能各不相同[25].鼓励推行具体措施的公众宣传活动取得成功[26,27].大多数这类运动包括呼吁和警告更好和更快速的诊断检测,以减少抗生素的使用和增加微生物靶向疗法的使用。微生物耐药性问题非常严重,去年,奥巴马总统提请人们注意它所构成的威胁,并呼吁增加研究资金。28].然而,新种类抗生素的发现或多或少处于停滞状态,因为这一成本高昂且效率低下的过程对制药公司来说是一个挑战,它们已经放弃了在开发新抗菌素方面的投资。《立即产生抗生素激励措施》(GAIN)是美国食品和药物管理局(FDA)的一项新法规,旨在通过提供市场排他性和加快药物批准程序,为抗生素药物的发现提供经济激励。该规定将治疗严重或致命疾病的抗生素的排他性延长了5年,使其可以在没有仿制药竞争的情况下销售。它还提供了额外的6个月专卖给确定伴随诊断测试的制药或生物技术公司。此外,FDA授予加速批准新抗菌素[29].
快速分子技术(图1和表1)有望成为帮助指导适当治疗和降低广谱抗生素治疗水平的有效工具。然而,就像任何新的医疗技术一样,它们需要在临床实践中得到验证。
在这篇文章中,我们评估了用于检测呼吸道病原体(如细菌和病毒)的非分子和分子方法的最新信息。这篇综述的结论是,对于大多数引起肺炎的病原体,有可能使用快速方法,这可能有助于临床医生使用更有针对性的抗生素和抗病毒治疗。护理点检测将是在临床实践中实施这些方法的最佳方式。然而,在实施这些方法之前,必须进行精心设计的研究,以确定其成本效益。
常规细菌引起的下呼吸道感染的诊断
常规微生物诊断
在CAP患者中,微生物学检查至少应包括痰培养,尿抗原检测链球菌引起的肺炎和嗜肺性军团菌,以及血液培养[12].可对非典型细菌致病菌进行额外的血清学调查[12].在对CAP患者进行深入微生物学调查的研究中,在53-75%的样本中确定了病因[30.- - - - - -32].这些研究中发现的最常见的病原体是肺炎链球菌,肺炎支原体和流感嗜血杆菌.
在进行抗生素治疗前进行的血培养具有非常高的特异性,但只有不到20%的病例呈阳性[12,33].来自严重CAP患者的血液培养有较高的产量,因为病原体如金黄色葡萄球菌革兰氏阴性杆菌常被分离,且不受经验疗法的影响[12].
约40%的CAP病例有胸腔积液[34].胸膜渗出液培养的特异性很高,但由于胸膜浸润发生率低,其敏感性较低[34].革兰氏染色对肺炎球菌肺炎的敏感性约为80% [35葡萄球菌肺炎为78%,特异性为93-96% [36].
检测肺炎链球菌用聚合酶链反应
PCR是一种基于DNA检测的分子诊断技术,具有在几小时内提供结果的优势。此外,由于PCR不需要活菌,因此受抗菌治疗的影响较小。Johanssonet al。[37],在连续收治的184例诊断为CAP的患者中,80%的PCR阳性和痰培养阴性的病例在痰采样前已使用抗生素治疗。在另一项关于抗生素治疗对使用培养或分子方法诊断侵入性肺炎球菌病准确性的影响的研究中,使用分子方法在抗生素治疗4天或更长时间后建立病因诊断,而仅在使用传统诊断方法治疗的前2天建立病因诊断[38].
基于pcr的检测肺炎链球菌取决于肺炎球菌特异性基因的扩增。该物种的特征是产生毒素,如气溶素(厚度),以及表面抗原的存在,例如肺炎球菌表面粘附素A (PsaA)及肺炎球菌自溶素A (LytA) [39].然而,对聚合酶链反应的研究指向厚度基因对肺炎球菌病缺乏敏感性和特异性[40].这也表明厚度基因存在于某些种链球菌口腔植物群链球菌和链球菌oralis[41].研究基因是否靶向厚度基因可能更具体,Carvalhoet al。[41比较了另外两个目标:lytA吉恩和psaA基因。他们展示了一种针对lytA基因是100%特异性的,而那个psaA基因有98%的特异性。另一项研究证实了高特异性lytA基因,在健康对照者中未发现阳性结果[52].PCR检测对肺炎球菌的诊断可应用于呼吸样本、鼻咽拭子和血液。
痰:多聚酶链式反应与文化
一些研究已经调查了PCR的检测能力肺炎链球菌痰中[37,53- - - - - -55].在斯堪的纳维亚的两项研究中,收集痰液进行PCR和培养。在第一项研究中,128名和127名CAP患者分别对至少一份痰液样本进行了培养和实时PCR分析;PCR的目标是气溶素(厚度)基因肺炎链球菌[37].痰PCR阳性34例(27%),痰培养阳性19例(15%)(p<0.001)。19例实时PCR培养阳性的患者中16例(84%)实时PCR培养阳性,34例实时PCR培养阳性的患者中17例(50%)实时PCR培养阴性。这17例患者中有14例(82%)在痰采样前接受过抗生素治疗。在第二项研究中,112例患者进行了痰培养,103例患者进行了PCR,其中36例(32%)培养阳性,55例(53%)PCR阳性[56].这些研究表明,痰液PCR是一种比痰液培养更灵敏的检测方法肺炎链球菌在因CAP住院的患者中,特别是在那些之前使用抗生素治疗的患者中。
血液/等离子体:PCR与文化
血液培养检测灵敏度低肺炎链球菌感染(30.];在使用常规血液培养的CAP病例中,约20%出现菌血症[33].PCR可能能够提高这种敏感性。一项研究评估了PCR在全血中的作用厚度在40例肺炎球菌性肺炎患者中22例(55%)显示阳性结果,而血培养的敏感性为28%(40例患者中11例)。30例非肺炎球菌性肺炎患者的PCR均为阴性,特异性为100% [57].两项针对成人患者的研究确定了PCR阳性结果与阳性血培养相比较的敏感性作为金标准。在第一项研究中,10例CAP患者有肺炎球菌菌血症,PCR为lytA敏感度为70%(10人中有7人)[58].第二项研究显示PCR阳性lytA结果13例患者中有10例(77%)患有肺炎链球菌菌血症(59].此外,在一篇评估PCR诊断肺炎球菌菌血症价值的综述中,报道了57.1%的敏感性(95% CI 45.7-67.8%)。在“无病患者”(定义为健康人或由其他细菌引起的菌血症患者)人群中,PCR特异性为98.6% (95% CI 96.4-99.5%) [60].
其他的PCR研究针对的是lytA基因在PCR中表现优于血培养。在一项包括15岁以下儿童和成人CAP的前瞻性研究中,PCR检测出的肺炎球菌肺炎病例明显多于血液培养检测出的肺炎球菌肺炎病例(27.1%)与5.0%;p < 0.005)。在50名成年人的对照组中,血浆PCR结果为阴性[52].在另一项研究中,包括0-16岁的儿童,292名患者中有47人(16%)被诊断为侵袭性肺炎球菌病。其中45例(15.4%)PCR阳性,11例(3.8%)培养阳性。因此,PCR在揭示细菌性肺炎方面明显比培养更敏感(OR 30.6, 95% CI 5.8-97.5;p < 0.001) (61].这两项研究的结果表明,在细菌血症患者中,分子方法比血液培养有更高的灵敏度。其中一个解释可能是PCR也可以检测到非存活细菌的DNA。在后一种情况下,血液培养的敏感性可能受到在收集培养物之前已开始抗生素治疗的影响。在一项研究中,在入院前接受抗生素治疗的CAP患者中,PCR敏感性是培养的7.0倍(p=0.043) [38].
一旦从呼吸道样本的PCR检测中获得阳性结果,确定该结果是否反映细菌定植或感染是很重要的。最近,定量PCR检测已经在不同的临床样本(全血、痰和鼻咽标本)中进行,可以区分定植和感染。在这些研究中,分界点为104到105在非hiv患者中描述了每毫升肺炎球菌DNA的菌落形成单位[58,62,63].此外,有一些证据表明,定量方法也可以用于预测疾病的表现和严重程度,这可能与临床PCR样本中的肺炎球菌DNA水平有关。在一项对353例确诊为CAP的患者的前瞻性研究中,R嗨et al。[64显示每毫升拷贝的中位数肺炎链球菌在发生感染性休克的患者中,全血样本的DNA明显更高。在另外两项研究中,比例更高肺炎链球菌血液样本中的DNA负载也与更严重疾病的存在有关[59,65].PCR的另一项有益应用是,该诊断方法可用于菌血症病例的肺炎球菌血清分型[61,66].这对于识别可能导致严重CAP病例的血清型非常重要。为了评估肺炎球菌疫苗接种的效果,这些新的检测也可能有助于确定循环的肺炎球菌血清型。
此外,PCR有可能识别诱导抗生素耐药性的基因[67].然而,目前,传统培养仍然是测定抗生素耐药性的金标准。
病毒性和非典型肺炎的诊断
病毒性和非典型病原体是全世界肺炎的常见病因,分别占所有CAP病例的10-22%和11-28% [68- - - - - -72].J还et al。[68]分析了2320例应用了密集微生物学诊断的肺炎病例,特别是病毒分子技术,在853例(38%)病例中确定了微生物病因。发现的三个主要病因是呼吸道病毒(23%)、细菌病原(11%)和合并感染(3%)。这项研究特别重要,因为它把两个问题结合起来考虑。1)借助分子技术,CAP中病毒的分离比以前想象的要频繁得多;2)虽然分子培养技术优于微生物培养技术,但这些方法在操作价值方面并不完美。
诊断通常包括抗原检测、培养、血清学和分子分析,所有这些方法都有其优点和局限性(表2),例如:与发病有关的标本类型、采集地点和时间,以及检前概率(如。),可能会显著影响测试性能[73- - - - - -75].通常建议住院患者进行检测,因为特殊的抗菌治疗(如。可用用于流感的神经氨酸苷酶抑制剂,或用于非典型病原体的大环内酯类、氟喹诺酮类或多西环素),诊断可有助于有效实施隔离预防措施[70,73,74,76,77].
流感(季节性、大流行、禽类)是病毒性肺炎的最重要原因,导致高发病率和死亡率;然而,临床诊断是不可靠的[73,74].快速流感诊断试验(RIDT,抗原免疫测定法)方便,可在市场上获得,且特异性高(90-95%)。其主要缺点是灵敏度低(40-70%),这意味着阴性结果不能排除流感感染[74,78- - - - - -80].如果在发病后48-72小时内,即病毒载量显著下降之前应用检测,其性能确实会改善[74,75].类似的考虑也适用于免疫荧光抗原测定法,尽管免疫荧光抗原测定法通常灵敏度更高(50-85%),但可用于上呼吸道和下呼吸道标本(如。气管吸气,支气管肺泡灌洗),并可检测一系列呼吸道病毒(如。呼吸道合胞病毒(RSV),副流感病毒)。实验室专业知识至关重要,同样重要的是可获得具有丰富上皮细胞用于染色的高质量标本[73,74].一般来说,血清学和培养由于其回顾性或缓慢的结果而不能帮助患者的护理,但它们对监测和研究目的是有用的(如。用于品系鉴定及表型抗性测试)[74,81,82].
在可能的情况下,PCR由于其高敏感性和特异性、更大的检测时间窗和快速周转时间,现在被认为是首选检测方法[73,74,80].它可以用通用引物(针对m基因,针对B型流感病毒)检测所有甲型流感病毒亚型,也可以用特定引物检测单个亚型(如。H1, h3, h5, h7) [83].这些信息可能对治疗有影响(如。大流行前的H1N1对奥司他韦具有耐药性),并可识别出可能的新毒株或禽流感毒株(如。H1N1pdm09和H7N9最初使用现有引物“无法分型”)[78,81,83,84].
即使采用PCR,在流感肺炎的情况下,鼻咽样本也可能出现阴性结果,这是由于沿呼吸道的不同病毒动力学变化。因此,应考虑对下呼吸道样本(其中病毒载量通常较高)进行额外检测[75,78,84,85].
值得注意的是,PCR不提供关于传染性的信息,即使在临床分辨率下,也可能检测到死病毒RNA片段,尽管水平较低[83].半定量实时分析可能有助于监测病毒学反应(周期阈值已被用作替代估计)[75,82,85].对于已知突变,用PCR也可以快速、直接检测基因型耐药(如。H1N1pdm09中的H275Y) [81- - - - - -83].
由于流感的表现与其他呼吸道病原体难以区分,多重PCR平台可检测一系列常见病毒(如。流感、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、副流感病毒、鼻病毒)和非典型病原体(例如,肺炎分枝杆菌,Chlamydophila肺炎)正越来越多地用于临床环境[68,72,80,86].最近,基于分子的点护理检测(核酸环介导等温扩增(LAMP),实时PCR)已可用于在床边检测流感和其他病毒,其精确度可与传统实验室PCR分析相媲美[77,80].然而,这些分子分析对临床结果及其成本-效益的影响尚不清楚,它们值得进一步评估[87].
RSV在儿童和老年人中引起主要发病率,其负担、表现和严重程度与流感相当。特定抗病毒药物(如。融合抑制剂)正在研发中[88,89];然而,由于抗原测定的灵敏度低(20-60%,儿童更高),诊断可能很困难,而且培养速度慢,技术上具有挑战性[87,88].更灵敏的PCR检测(单重、多重)正成为首选检测方法,特别是在通常呈现较低病毒载量的成人中[80,87,94].同样,在呼吸道合胞病毒肺炎中,如有包括痰在内的下呼吸道样本,也应考虑;建议使用优质痰液样本及克服处理困难的方法[72,85,87].对其他病毒的检测(通常采用多重检测)越来越重要,因为人们越来越认识到它们在引起下呼吸道感染、住院和ICU住院方面的作用;目前正在进行广谱或病毒特异性药物的临床试验(如。nitazoxanide -NCT01227421favipiravir -NCT01728753和DAS181 -NCT01644877) [68,72,77,83,88].从新出现的病原体引起的流行病中吸取的教训表明,用分子(分子)对未诊断的肺炎进行仔细的实验室评估。如。H1N1pdm09, H7N9)和培养物(如。严重急性呼吸综合征冠状病毒、中东呼吸综合征冠状病毒)方法以及新一代测序等先进技术的应用对于及时检测它们非常重要[78,88,92].
传统上,由于培养的困难和缺乏可靠的检测手段,非典型细菌病原体没有得到常规诊断[69,70].单滴IgM测定能提供更快的结果,但受其中等灵敏度的限制(如。早期疾病,成人IgM反应减弱)和特异性(如。过去感染、其他传染性/非传染性疾病)[95,98].
最近的研究表明,快速分子检测(如。LAMP, single - plex PCR, multiple - plex PCR),可用于一系列呼吸道标本,包括痰液和支气管肺泡灌洗[80,98].然而,这些方法尚未标准化(如。引物靶)和最佳标本类型仍不确定。由于大环内酯耐药在世界范围内(亚洲30-100%,美国/欧洲10-30%)的出现,迫切需要改进诊断以指导具体治疗,这对CAP的经验方案(通常是β-内酰胺加大环内酯)提出了挑战[95].类似的问题存在于急性血清学和分子诊断c .肺炎感染,包括长时间无症状的携带和缺乏标准化[93].相比之下,诊断方法为退伍军人感染已得到确认,并在现行肺炎管理指南中加以描述[93,99].简单地说,尿液抗原检测具有高灵敏度(75-80%)和特异性(99-100%),但只能可靠地诊断最常见的血清组(血清组1)。最近的数据表明,包括痰液在内的下呼吸道标本的PCR可以诊断早期、低细菌载量和非血清组1感染。然而,干咳的存在可能会限制它的使用。将PCR与尿液检测相结合可最大限度地提高诊断率[68,93,One hundred.].
由潜在耐多药细菌引起的肺炎的诊断
肺炎中最常见的耐多药细菌是MRSA,铜绿假单胞菌,鲍曼不动杆菌和各种肠杆菌科[18,23,101- - - - - -103].用于识别引起呼吸道感染的细菌的参考诊断技术仍然是直接呼吸道样本的革兰氏染色和半定量常规培养,然后使用MALDI-TOF(基质辅助激光解吸/电离飞行时间)质谱法进行细菌鉴定[48,104,105]和潜在病原体的药敏试验[106].除了难以区分定植和感染外,这一过程至少需要2天,而且敏感性低,特别是在开始抗生素治疗后取样[39].因此,许多患者接受了不适当的抗生素治疗,这可能会增加发病率和死亡率[16,96,97,107].这种说法对传统细菌也适用。
目前关于耐多药病原体(MRSA)的指南建议铜绿假单胞菌和耐药肺炎链球菌)包括门诊患者使用呼吸用氟喹诺酮或ß-内酰胺加大环内酯。住院病人、ICU病人和疑似病人铜绿假单胞菌感染时,使用抗肺炎球菌,抗假单胞ß-内酰胺加环丙沙星或左氧氟沙星;ß-lactam加氨基糖苷;或ß-内酰胺加氨基糖苷和抗肺炎球菌氟喹诺酮推荐。对于社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,建议添加万古霉素或利奈唑胺。
有几种评分系统可以识别具有感染多药耐药病原体风险因素的CAP患者。在这两个系统中,临床评分由Shorret al。[14]和Alibertiet al。[13在Shorret al。[14],最近住院治疗(4分)、养老院居住(3分)、血液透析(2分)和ICU住院(1分)可获得积分。低于3分的患者多药耐药病原体的患病率为20%,而高于5分的患者多药耐药病原体的患病率为75%。该系统由Alibertiet al。[13]为住院的慢性肾衰竭CAP患者(5分)、住院史(4分)、住过疗养院(3分)和其他危险因素(各0.5分)打分。得分至少3分的患者多药耐药病原菌患病率为38%,得分≤0.5分的患者多药耐药病原菌患病率为8%。分子诊断,如专门的PCR检测,已经部分克服了上述困难[90].近年来,基于多重PCR的分子技术也得到发展,以便在单一程序中同时识别和定量来自不同类型样本的多种呼吸道病原体(表3) [44,49- - - - - -51,91].
快速诊断呼吸道感染的另一个挑战是及早发现各种细菌的抗生素耐药性情况[42].使用分子技术检测耐药性的最大障碍是基因型和表型之间的差异[108].新的耐药性机制不断被发现,因此,未知机制的潜在存在可能导致使用分子技术的假阴性结果[109].另一个问题是检测表型上不显示临床显著耐药性的基因型标记[108].
尽管分子技术存在缺陷,但有关耐药性剖面的早期信息比完全没有信息更有可能改善经验治疗[109].目前正在开发一种基于多重PCR的检测方法,该方法可检测一些与引起呼吸道感染有关的细菌耐药标记,包括与β-内酰胺耐药相关的基因(台面式晶体管,blaTEM,blaSHV,blaCTX-M,blaDHA,blaEBC,blaOXA-51和blaKPC)、大环内酯类/林可酰胺类(ermA,ermB,ermC,同行和mefA)、氟喹诺酮类(检测GyrA和ParC中氨基酸密码子gyra83和gyrA87的变化)和第1类整合子标记物(int1和sul1) [110].
近年来,基于LAMP的一组新的分子技术出现了。45].传统的pcr扩增核酸需要一系列的温度变化循环,而这些技术不一样,它允许在恒定的温度下进行扩增。Z挂et al。[46]将该技术应用于主要致病菌的快速诊断(肺炎链球菌,金黄色葡萄球菌,大肠杆菌,肺炎克雷伯菌,铜绿假单胞菌,答:baumannii,Stenotrophomonas maltophilia和流感嗜血杆菌)对疑似慢性阻塞性肺疾病加重患者的120个痰样本进行了检测。LAMP培养结果较常规培养阳性,与临床症状相关性较高。
Koncanet al。[47,一种新的方法被称为“respiFISH”结合经典荧光原位以荧光标记的DNA分子信标为探针的杂交技术。这被用来分析165个呼吸样本,包括85个痰,79个支气管分泌物(75个支气管抽吸和4个支气管灌洗)和1个气管抽吸。该方法的灵敏度为94.39%,特异性为87.93%。实验的操作时间约为30分钟。
V激励et al。[112]描述了一种PCR和电喷雾电离质谱联用技术,它可以在脓毒症和或医疗保健相关肺炎、呼吸机相关肺炎或严重CAP患者的单次检测中检测出800多种与感染相关的血流病原体。这项研究表明,应用这种诊断方法对血液中微生物的识别比使用标准培养法高3倍,更重要的是,57%的纳入患者改变了抗生素治疗。
肺部微生物群
近年来,新的不依赖培养的方法表明,以前被认为是无菌的肺具有多样性的微生物群落[111,113].这些群落在没有感染的情况下存在,在急性或加重感染的情况下,它们会被修改[111].在肺炎中发现的致病微生物(例如,肺炎链球菌)只是其中一些可进入下呼吸道,但也可在非急性肺炎患者的肺菌群中被识别的细菌[114].
C母鸡et al。[114]研究了45名CAP患者痰液样本中的微生物组。他们发现与健康对照组在门水平上的相似性,在属水平上的稳定性链球菌种虫害和奈瑟氏菌属Spp.但变化在莫拉克斯氏菌属。和罗思氏菌属他们的结论是罗思氏菌属Spp.可能是一种内源性致肺炎病原体。在老年肺炎患者中,W外et al。[115]观察到三种与肺炎密切相关的微生物群:乳酸菌,肺炎链球菌和罗思氏菌属他们认为,具有上呼吸道微生物群失调的老年患者的肺炎具有单一种类的细菌过度生长和不同的厌氧细菌。
一个贝尔et al。[116研究了美国最常用的两种抗生素(阿莫西林和阿奇霉素)的效果,以确定短期使用抗生素是否会对人类微生物群产生长期影响。因为抗生素经常被胃肠道吸收并分布到组织中通过血液,他们预计每个都会影响每个身体表面(肠道,皮肤和口腔)的微生物群。这组作者发现,使用最常用的处方抗生素治疗仅3天就可能导致微生物群多样性的持续减少,这可能对维持人类健康和抵御疾病的能力有影响。
尽管还有很长的路要走,但我们相信,在未来几年,对肺(和肠道)微生物群的更好的认识和理解将改变我们对肺炎的生理病理、治疗和预防的看法。
分子技术在临床实践中的应用
快速诊断检测可识别特定病原体或帮助区分细菌感染和病毒感染;提供关于抗生素敏感性的信息;监测对抗生素治疗的反应;评估预后;协助抗微生物管理工作;并为疾病监测提供信息。
这些技术可以应用于不同的患者群体,从门诊患者(允许安全出院)到需要ICU治疗的患者。快速结果(1-2小时)可能有助于危重患者的决策管理,特别是在及时开始适当的抗菌治疗方面,这是一个与死亡率相关的因素。此外,快速识别耐抗生素病原体对及时隔离患者至关重要[19].然而,仍有两大挑战需要面对。1)定植和感染之间的区分对于临床医生来说仍然是一个问题,除了可能的情况肺炎链球菌我们没有足够的证据来证明所有这些技术来得出结论。2)当医疗系统决定实施这些快速检测时,必须考虑诊断检测的相对成本和结果,需要进一步研究成本效益。
结论与实施
新旧技术的结合将提高我们更精确、更迅速地检测引起肺炎的微生物的能力。这一战略将确保患者接受最适当的抗菌素治疗,并可能减少广谱抗生素的使用,从而减少抗生素耐药性(图1).由于这篇综述中描述的大多数研究显示了分子技术的潜在优势,如在建立微生物诊断时提高灵敏度和提高速度,因此需要更多的研究来系统和严格地评估它们的性能特征,确定这些新技术将如何改进呼吸道病原体的诊断检测,以及在未来日常实践中如何影响患者管理。为了区分菌落和感染,对菌落形成单位的数量使用一个定量分界点(≥105CFU·毫升-1,如先前研究所述),建议[43,58,62,63].为了实施这些技术,有必要与微生物科和治疗专家讨论需要使用哪些分子检测以及应该针对哪些病原体。尽管最近发表的关于多重分子程序在检测CAP病原体方面的明显效用的文章令人鼓舞,但仍然存在重大关切[58,62,63].应制定和评价处理这些问题的议定书。本次评估的一个关键问题是我们当前的临床实践是否需要改变。抗生素处方是否会发生变化?如果会,是否会改善抗生素管理?此外,还需要对费用进行密切的评价。最后,关于肺微生物组的概念非常有前途,是目前许多研究的重点。我们相信这些概念将改变我们对肺部感染的认识,如何预防它,如何改善它的治疗。
脚注
利益冲突:没有声明。
- 收到了2016年6月9日。
- 接受2016年9月17日。
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