文摘
肺炎仍然是一个全球健康问题具有高发病率和死亡率。识别微生物病原体导致肺炎是肺炎患者的最佳临床管理的一个重要区域和常规微生物方法是一个巨大的挑战。分子诊断测试的开发和实现的肺炎一直是一个重大进步近年来微生物诊断呼吸道病原体。然而,随着新知识对于微生物,连同肺部的识别是一个动态的微生物生态系统,我们目前肺炎并不是完全现实的概念作为这个新概念的肺炎包括肺部微生物的生态失调或者变更。微生物学家的新挑战,因此临床医生已经出现。学习有很多关于这种新的诊断技术提供的信息,这将导致改善抗生素治疗,有针对性的抗生素选择和更有效的对肺炎病人降级和改善管理。本文概述当前的实验室诊断方法的肺炎在分子时代。
文摘
整合新的快速诊断微生物鉴定将影响实验室诊断肺炎http://ow.ly/2aJh304NuCn
介绍
1930年,肺炎是第三个最常见的死亡原因在美国(1]。现在,几乎一个世纪之后,尽管抗生素在1950年代的引入,肺炎和其他呼吸道感染仍全世界第四死亡最常见的原因(2]。尽管全世界疫苗接种规划的实施降低了肺炎的发生率,尤其是高危人群(3,4)、肺炎的发病率仍是一个主要的负担,死亡率和医疗费用,以及天的工作失去了(5- - - - - -8]。
微生物诊断肺炎是根本,以确保适当的抗生素治疗,这是与减少死亡率(9]。然而,一半的患者和病原学的诊断只是实现最初的抗生素疗法应选用经验为了避免延迟任命合适的治疗与显著的死亡率(相关联10,11]。
美国传染病学会/美国胸科学会(IDSA / ATS)指南社区获得性肺炎(CAP)推荐一个可选的微生物诊断测试在低级轻度肺炎病例,临床应选择(12]。然而,应该执行常规微生物病原体的情况下,将大大改变经验决策,如流感病毒、结核分枝杆菌,铜绿假单胞菌特别是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(耐甲氧西林金黄色葡萄球菌),因为当前的指导方针建议严重的限制与β-lactam经验性治疗和大环内酯物或氟喹诺酮类,它可能无法提供足够的保护对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(12]。痰文化只推荐给病人生病到需要重症监护病房(ICU)录取。这意味着,根据微生物病原学、流行病学的经验治疗选择和文化后尽快给病人样本集合。
在当前的实践中,大多数帽后病人可以治疗指南。分数的使用可以帮助检测病原体耐多药患者潜在的风险或病人需要非标准的治疗。(13- - - - - -15在这些患者中,分子的信息,除了传统的技术,可能是非常有用的。当前的临床实践有三个主要的后果。1)最初的抗生素的充分性是预后的关键因素。众所周知,死亡率增加每小时的延迟启动正确的治疗肺炎(16- - - - - -19]。2)有许多病人接受广谱抗生素治疗,直到文化和降级不可能很快完成;不适当的使用抗生素是因此更有可能20.,21]。3)耐抗生素病原体的出现与被全世界使用抗生素选择压力(22,23]。
抗菌素耐药性革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性杆菌是全球一个主要的问题18,23,24]。这一章的2015年世界抗生素的报告(25)在人类使用抗生素报道,消费继续增长(比较数据,2000 - 2010年),抗生素治疗,在20至50%的情况下是不合适的。阶级和国家的人均消费数据揭示地理位置之间的差异很大,这突显出多少问题国家的反应也不相同(25]。公共活动鼓励实施具体措施取得成功(26,27]。大多数这类活动包括和警告呼吁更好、更快速诊断测试以减少抗生素的管理和提高微生物靶向疗法的使用。微生物耐药性的问题是如此严重,去年,奥巴马总统表示关注中国威胁,并呼吁更多的研究经费(28]。然而,小说类抗生素的发现或多或少处于停滞状态,昂贵和低效的过程是一个挑战对于制药公司,他们已经放弃了投资开发新抗菌素。产生抗生素激励现在(获得)是一种新的监管的食品和药物管理局(FDA)旨在为抗生素药物发现提供经济激励措施,提供市场排他性和加速药物审批流程。监管延伸的排他性抗生素治疗严重或危及生命的疾病可以通过5年销售没有仿制药的竞争。它还提供了一个额外的6个月的排他性制药或生物技术公司标识一个同伴诊断测试。此外,FDA拨款的选择加快批准新抗菌素(29日]。
快速分子技术(图1和表1)承诺,是一种有效的工具来帮助指导适当的治疗和降级广谱抗生素治疗。然而,就像任何新的医疗技术,他们需要在临床实践中进行验证。
在本文中,我们评估的最新信息non-molecular和分子方法检测呼吸道病原体如细菌和病毒。本文的结论是,对于大多数病原体引起肺炎,用快速方法的可能性,可以帮助临床医生使用更具目的性的抗生素和抗病毒治疗。快速检测将是最好的方式来实现这些方法在临床实践中。然而,实施这些方法之前,必须执行精心设计的研究来确定其成本效益。
传统诊断下呼吸道感染引起的细菌
传统微生物学诊断
帽,患者微生物调查应包括至少一个痰培养,尿抗原检测链球菌引起的肺炎和嗜肺性军团菌和血培养(12]。可能执行其他血清学调查非典型致病菌(12]。研究中涉及强化微生物调查患者的帽子,一个被确认在53 - 75%的微生物(30.- - - - - -32]。这些研究中最常见的病原鉴定肺炎链球菌,肺炎支原体和流感嗜血杆菌。
血培养之前执行政府的抗生素治疗有很高的特异性,但积极在不到20%的情况下(12,33]。血培养患者严重限制更高的收益率,因为病原体等金黄色葡萄球菌和革兰氏阴性杆菌经常孤立和不受经验治疗的影响12]。
胸腔积液中大约有40%的限制情况下(34]。胸膜渗出物文化的特异性非常高,但灵敏度较低的发病率低侵犯胸膜(34]。革兰氏染色剂的敏感性是大约80%的肺炎球菌肺炎35葡萄球菌肺炎)和78%,特异性为93 - 96% (36]。
检测肺炎链球菌用聚合酶链反应
PCR是一种基于DNA检测和分子诊断技术提供的优势提供结果在几个小时内消失。此外,随着PCR不需要可行的细菌,不太影响抗菌治疗。在一项由Johanssonet al。(37),在184年连续承认患者的诊断帽,80%的病例以积极PCR试验和消极的痰培养痰抽样之前一直使用抗生素治疗。在另一项研究中对抗生素治疗的效果的准确性使用文化或侵入性肺炎球菌病的分子诊断方法,使用分子方法病原学的诊断成立后4天或更多的抗生素治疗,且仅在治疗的前2天使用常规诊断方法(38]。
pcr检测肺炎链球菌取决于pneumococcus-specific基因的扩增。这个物种的具体特点是毒素的生产如pneumolysin (厚度),以及表面抗原的存在,如肺炎球菌表面adhesin (PsaA)和肺炎球菌自溶素(LytA)[39]。然而,研究调查针对的pcr厚度基因显示出缺乏敏感性和特异性肺炎球菌病(40]。它也被证明的厚度基因存在于某些种类的链球菌口腔菌群等链球菌和链球菌oralis(41]。调查是否基因以外的目标厚度基因可能更具体,Carvalhoet al。(41相比其他两个目标:lytA基因和psaA基因。他们表明,PCR设计目标lytA特定的基因是100%,而为psaA特定的基因是98%。另一项研究证实了高特异性lytA基因,没有发现阳性结果在健康对照组(52]。的诊断肺炎球菌使用PCR测试可以应用于呼吸道样本,鼻咽拭子和血液。
痰:多聚酶链式反应与文化
一些研究调查了PCR检测的能力肺炎链球菌在痰37,53- - - - - -55]。在北欧两项研究中,痰收集进行PCR和文化。在第一项研究中,128年和127年帽至少有一个患者痰样本分析文化和实时PCR,分别;PCR pneumolysin(目标厚度)基因的肺炎链球菌(37]。痰PCR是积极的34个病人(27%),痰文化是积极在19个病人(15%)(p < 0.001)。十六19患者积极的文化(84%)也有积极的结果实时PCR和17的34个病人积极的实时PCR(50%)有消极的文化。14这些17例(82%)被痰液取样前使用抗生素治疗。在第二项研究中,在112名患者进行痰培养和PCR在103例:36例(32%)有积极的文化和55名患者(53%)有积极的PCR结果(56]。这些研究表明痰PCR是一种更敏感比痰培养检测方法肺炎链球菌在患者住院帽,尤其是那些以前使用抗生素治疗。
血液/等离子体:PCR与文化
血培养有低敏感性检测肺炎链球菌感染(30.];菌血症是发现在大约20%的限制情况下,使用传统的血培养(33]。PCR可以增加灵敏度。一项研究,评估了PCR在针对时全血厚度基因,显示一个积极的结果在22个40例(55%),肺炎球菌肺炎,而血培养敏感度为28% 40例(11)。PCR -在所有30 non-pneumococcal肺炎患者,给予100%的特异性(57]。两项研究在成人患者中积极PCR的灵敏度决定结果相比,阳性血培养作为黄金标准。在第一项研究中,10帽患者肺炎球菌菌血症,PCRlytA敏感性为70% (7 10)(58]。第二项研究显示积极的PCRlytA结果10的13例(77%)肺炎链球菌菌血症(59]。此外,在审查评估价值的PCR诊断肺炎球菌菌血症,据报道57.1%的敏感性(95% CI 45.7 - -67.8%)。PCR特异性为98.6%(95%可信区间96.4 - -99.5%)是决定人口的“无病”患者,定义为健康的人或菌血症患者由其他细菌引起的60]。
其他PCR研究目标lytA与PCR基因表现出更好的性能比血培养。在前瞻性研究包括15岁以下的儿童和成人帽,更明确的肺炎球菌肺炎病例是由PCR检测血培养(27.1%与5.0%;p < 0.005)。PCR在等离子体是负数的对照组50成人(52]。在另一项研究中,包括0岁到16岁的孩子,被诊断为侵入性肺炎球菌病的47 292个病人(16%)。45岁的患者(15.4%)和PCR阳性11例(3.8%)阳性与文化。PCR是因此更敏感比文化揭示bacteraemic肺炎(或30.6,95%可信区间5.8 - -97.5;p < 0.001) (61年]。这两个研究的结果表明,分子方法的灵敏度高于bacteraemic患者血培养。的一个解释可能是,PCR也可以检测的DNA不能存活的细菌。在后一种情况下,血培养的敏感性可能会影响这一事实抗生素治疗开始前文化收藏。在一项研究中,患者在住院前帽接受抗生素治疗,PCR的灵敏度为7.0倍的文化(p = 0.043)38]。
一旦从PCR获得阳性结果测试呼吸样本是很重要的,以确定是否这个结果反映了细菌殖民化或感染。最近,已经完成了定量PCR检测不同临床样本(全血、痰和鼻咽样本)可能区分殖民化和感染。在这些研究中,截止104到105集落形成单位/毫升的肺炎链球菌DNA描述non-HIV患者(58,62年,63年]。此外,有证据表明,定量的方法也可以用来预测疾病表现和严重程度,这可能与水平的肺炎双球菌临床PCR的DNA样本。的前瞻性研究353例诊断为帽,R嗨et al。(64年)表明,平均每毫升的副本数量肺炎链球菌全血样品中DNA的病人明显高于感染性休克。另外两个研究更高肺炎链球菌DNA负载在血液样本也与更严重的疾病的存在(59,65年]。另一个有利的应用PCR是这种诊断方法可用于肺炎球菌血清学分型的菌血症(61年,66年]。这是很重要的对血清型鉴定,可能严重限制情况下负责。这些新的测试也可以用于识别循环肺炎链球菌血清型以评估肺炎球菌疫苗接种的影响。
此外,PCR有可能识别基因诱导抗生素耐药性(67年]。然而,目前传统文化保持着黄金标准的确定对抗生素的耐药性。
病毒和非典型性肺炎的诊断
病毒性和非典型病原体肺炎的最常见原因是在世界范围内,代表10 - 22%和11 - 28%的限制情况下,分别为(68年- - - - - -72年]。在最近的一项研究由J还et al。(68年]分析2320例肺炎,一个密集的微生物诊断应用,特别是病毒分子技术,微生物病原学鉴定在853(38%)例。三个主要的因果代理发现呼吸道病毒(23%)、细菌病原学(11%)和交叉感染(3%)。本研究是把两个问题放在特别重要的上下文。1)病毒的隔离帽比此前认为的更加频繁,由于分子技术;2)尽管分子技术比微生物文化,这些方法并不完美的操作值。
诊断通常包括抗原测试、文化、血清学和分子分析,所有这些都有自己的优势和局限性(表2),比如:标本类型、站点和时间收集关于疾病的发作,和预发性(如。季节性高峰),这可能会严重影响考试成绩(73年- - - - - -75年]。测试通常是建议在住院病人因为特定的抗菌素治疗(如。流感病毒神经氨酸酶抑制剂,或大环内酯类、氟喹诺酮类原料药或强力霉素对非典型病原体)是可用的和诊断可以帮助隔离预防措施的有效实施70年,73年,74年,76年,77年]。
(季节性流感大流行,鸟类)是病毒性肺炎的最重要原因,导致高发病率和死亡率;然而,临床诊断是不可靠的73年,74年]。快速流感诊断测试(RIDT,抗原免疫测定)很方便,商用和高度特定(90 - 95%)。主要缺点是灵敏度较低(40 - 70%),这意味着一个阴性结果不能排除流感感染(74年,78年- - - - - -80年]。测试的性能改善如果它们被应用在48 - 72 h的疾病发作,在重要的病毒载量下降的发生(74年,75年]。类似的考虑也适用于免疫荧光抗原检测,尽管他们通常更敏感(50 - 85%),可用于上、下呼吸道标本(如。气管吸入物、支气管肺泡灌洗),可以检测各种呼吸道病毒(如。呼吸道合胞病毒(RSV)、副流感病毒病毒)如果包含在面板。实验室的专业知识是必不可少的,可用性质量与充裕的上皮细胞标本染色(73年,74年]。一般来说,血清学和文化不能帮助病人的治疗,因为他们的回顾或缓慢的结果,但他们是有用的监测和研究目的(如。对应变识别和表型电阻测试)74年,81年,82年]。
可用,PCR现在被认为是测试的选择,由于其高灵敏度和特异性,更多的时间窗口检测和快速周转时间(73年,74年,80年]。它可以检测所有的亚型流感通用引物(针对M-gene,至于流感B),或个人使用特定的引物(子类型如。H1, H3, H5, H7) [83年]。这些信息可能对治疗产生影响(如。未对奥司他韦具有耐药性的H1N1)和确定可能的小说或禽流感毒株(如。H1N1pdm09 H7N9最初是“不能归类的“使用现有的引物)78年,81年,83年,84年]。
即使PCR,与鼻咽样本在可能出现负面结果的情况下流感肺炎由于微分沿呼吸道病毒动力学的变化。额外的测试与下呼吸道样本(病毒载量通常更高)应该被认为是(75年,78年,84年,85年]。
值得注意的是,关于传染性PCR不提供信息和死病毒RNA片段可能会发现,尽管在低水平,即使在临床决议83年]。半定量、实时分析可能是有用的监测病毒学反应(cycle-threshold值被用作替代估计)(75年,82年,85年]。快速、直接与PCR基因型耐药性检测也是可能的突变(如。H275Y H1N1pdm09) (81年- - - - - -83年]。
流感的症状区别其他呼吸道病原体,多重PCR平台检测一系列常见的病毒(如。流感,RSV,人类metapneumovirus、副流感病毒病毒、鼻病毒)和非典型病原体(例如m .肺炎,Chlamydophila肺炎)越来越被用于临床68年,72年,80年,86年]。最近,分子即时测试(loop-mediated等温核酸扩增(灯),实时PCR)已经成为用于检测流感病毒和其他病毒在床边,提供一定程度的准确性与传统实验室PCR检测(77年,80年]。然而,这些分子检测对临床结果的影响及其成本效益尚不清楚,他们应该得到进一步评估87年]。
RSV引起重大的发病率在儿童和老年人,与负担,表现和严重程度与流感。特定的抗病毒药物(如。融合抑制剂)在管道88年,89年];然而,诊断是困难的,因为低抗原的敏感性分析(20 - 60%,较高的儿童),和文化是缓慢和技术上的挑战87年,88年]。更敏感的PCR检测(singleplex、多路复用)成为选择的测试,特别是成年人通常呈现较低的病毒载量(80年,87年,94年]。同样,在RSV肺炎、下呼吸道样本包括痰还应该考虑如果可用;使用质量的痰样本和方法克服困难在其处理建议(72年,85年,87年]。测试其他病毒(通常与多路复用化验)正在因为增加识别的重要性角色引起下呼吸道感染,住院和ICU招生;广谱或特异性药物的临床试验正在进行中(如。nitazoxanide -NCT01227421favipiravir -NCT01728753和DAS181 -NCT01644877)[68年,72年,77年,83年,88年]。教训流行病造成新兴病原体表明小心实验室评估与分子诊断肺炎(如。H1N1pdm09 H7N9)和文化(如。严重急性呼吸系统综合症冠状病毒、中东呼吸系统综合症冠状病毒)方法,结合先进的应用技术,如下一代测序,对他们很重要提示检测(78年,88年,92年]。
传统上,非典型致病菌不经常诊断由于困难在执行文化和缺乏可靠的测试(69年,70年]。Single-titre IgM化验提供更快的结果,但受限于其温和的灵敏度(如。成人早期疾病,减毒IgM反应)和特异性(如。过去感染,其他传染性/非传染性疾病)95年,98年]。
最近的研究表明高灵敏度快速分子检测(如。灯、singleplex PCR、多重PCR)可应用于一系列的呼吸道标本包括痰及支气管肺泡灌洗(80年,98年]。然而,没有标准化的方法(如。底漆目标)和最优样本类型仍然不确定。迫切需要改善诊断指导具体的疗法,因为全世界的大环内酯物耐药性的出现(亚洲30 - 100%,美国/欧洲10 - 30%)和挑战这个姿势经验方案对帽(通常β-lactam +一个大环内酯物)95年]。类似问题存在的血清学和分子诊断急性c .肺炎感染,包括长期无症状的马车和缺乏标准化93年]。相比之下,诊断的方法退伍军人肺炎感染已经成熟,而且介绍了当前管理指南(93年,99年]。短暂,尿抗原检测灵敏度高(75 - 80%)和特异性(99 - 100%),但只有可靠地诊断最常见血清组(血清组1)。最近的数据表明,PCR的下呼吸道标本,包括痰,允许早期的诊断,低负荷和non-serogroup 1细菌感染。然而,干咳的存在可能会限制它的使用。结合PCR与尿液测试可能诊断产量最大化(68年,93年,One hundred.]。
诊断可能耐多药细菌引起的肺炎
最常见的耐多药细菌参与耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,肺炎铜绿假单胞菌,鲍曼不动杆菌和各种肠杆菌科(18,23,101年- - - - - -103年]。参考诊断技术用于识别仍引起呼吸道感染的细菌革兰氏染色剂和半定量传统文化从直接呼吸样本,其次是细菌鉴定使用MALDI-TOF matrix-assisted激光解吸/电离飞行时间质谱(48,104年,105年和敏测试潜在的病原体106年]。除了难以区分殖民化和感染,这个过程至少需要2天,低敏感性,特别是如果样品开始后抗生素治疗的39]。因此,许多病人接受抗生素治疗不当,可能会增加发病率和死亡率(16,96年,97年,107年]。这句话也是有效的常规细菌。
当前的指导方针建议耐多药病原体(耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,铜绿假单胞菌和耐药肺炎链球菌)包括使用呼吸氟喹诺酮类或ß-lactam +大环内酯物在门诊病人。住院病人的ICU患者和疑似病例铜绿假单胞菌感染,使用anti-pneumococcal anti-pseudomonalß-lactam +左氧氟沙星或环丙沙星;ß-lactam +氨基糖苷类;或者ß-lactam +氨基糖苷类和建议anti-pneumococcal氟喹诺酮类。社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,建议添加万古霉素或linezolid。
有几个评分系统来识别限制风险因素获得耐多药患者病原体。其中,两个系统,临床评分的年代horret al。(14)和一个libertiet al。(13归类风险因素分成小组:在系统设计的年代horret al。(14),点分配给最近住院(4分),养老院居住(3分)、血液透析(2分)和入住ICU(1分)。不到3点有20%患者普遍存在的耐多药病原体而超过5点有一个病人发病率为75%。系统开发的libertiet al。(13)分配点涉及慢性肾功能衰竭的患者住院帽(5分),之前住院(4分),居住在疗养院(3分)(0.5分)和其他风险因素。患者至少有3点38%的耐多药病原体的流行而患者得分≤0.5点的患病率为8%。分子诊断,如专用的PCR分析,在一定程度上克服困难所提到的(90年]。近年来,基于多重PCR分子技术同时也被开发出来,以识别和量化多种呼吸道病原体从不同类型的样品在一个单一的过程(表3)[44,49- - - - - -51,91年]。
呼吸道感染的快速诊断的另一个挑战是早期发现各种细菌的抗生素耐药性资料(42]。的最大障碍的使用分子技术检测电阻是基因型和表现型之间的差异(108年]。新耐药机制不断被发现,因此,潜在的未知的机制可能会导致假阴性结果利用分子技术(109年]。一个额外的问题是基因型的检测标记表型不显示临床上重要的电阻(108年]。
尽管分子技术的缺点,早期电阻剖面上的信息更有可能提高治疗经验比任何信息(109年]。一个基于多重PCR试验目前正在开发,可以检测一些细菌耐药性标记参与引起呼吸道感染,包括β-lactam抗性相关基因(台面式晶体管,blaTEM,blaSHV,blaCTX-M,blaDHA,blaEBC,blaOXA-51和blaKPC)、大环内酯类/ lincosamides (ermA,ermB,ermC,同行和mefA)、氟喹诺酮类原料药(检测氨基酸密码子的改变gyrA83and gyrA87 GyrA和ParC)和标记1类整合子(int1和sul1) (110年]。
最近,出现了一批新的分子技术基于灯(45]。与传统pcr,一系列所需的温度变化周期是核酸的扩增,这些技术允许放大在一个恒定的温度。Z挂et al。(46)应用这种技术主要致病菌的快速诊断(肺炎链球菌,金黄色葡萄球菌,大肠杆菌,肺炎克雷伯菌,铜绿假单胞菌,答:baumannii,Stenotrophomonas maltophilia和流感嗜血杆菌120年疑似慢性阻塞性肺疾病患者的痰样本发作。灯获得更积极的结果比传统文化和更高的相关性与临床症状。
在最近的一项研究由Koncanet al。(47),他开发了一个名为“respiFISH”的新方法,结合古典荧光原位杂交(鱼)技术与fluorescence-labelled DNA分子信标探针。这是用于分析165份呼吸道样本,包括85口水,79支气管分泌物支气管送气和四个支气管灌洗(75)和一个气管吸入。这种方法的敏感性是94.39%,特异性是87.93%。的动手时间测定大约是30分钟。
V激励et al。(112年]描述了PCR其次是电喷雾电离质谱,可以检测出800种以上的infection-relevant血液病原体在单个试验患者脓毒症或罹患卫生保健相关肺炎,病ventilator-associated肺炎,或严重帽。这项研究表明,应用这种诊断方法导致高出三倍的生物识别血液比使用标准的文化,更重要的是,改变了抗生素治疗包括病人的57%。
肺部微生物
近年来,新的文化无关方法表明,肺部,以前认为是无菌的,有一个微生物群落的多样性(111年,113年]。这些社区中存在缺乏感染和修改他们在发生急性或加重感染(111年]。致病性微生物中发现肺炎(如肺炎链球菌)只是其中的一些已经进入下呼吸道,但也可以确定病人无急性肺炎(肺部微生物群的114年]。
C母鸡et al。(114年]研究了微生物组患者的痰样本45帽。他们发现相似之处与健康对照组门水平,和他们发现在属水平稳定链球菌种虫害和奈瑟氏菌属种虫害而变化莫拉克斯氏菌属。和罗思氏菌属spp。他们得出结论罗思氏菌属种虫害可能是一个较为内生病原体。老年肺炎患者,W外et al。(115年)观察到三种微生物群资料与肺炎:乳酸杆菌,肺炎链球菌和罗思氏菌属spp。他们建议在老年肺炎患者上呼吸道微生物生态失调的一个物种的细菌过度生长的厌氧细菌。
一个贝尔et al。(116年)研究的影响在美国两个最常用的抗生素(阿莫西林和阿奇霉素)辨别短期使用抗生素是否长期影响人类微生物群。抗生素通常在胃肠道吸收和分布的组织通过的血液,他们预计,每个测试会影响每个身体表面的微生物群落(肠道、皮肤和嘴)。作者发现,只有3天的治疗最常用的抗生素可能导致持续减少微生物群的多样性,这可能对维护人类健康和疾病恢复。
虽然仍有很长的路要走,我们确信,在未来几年,更好的知识和理解的肺部和肠道微生物组将改变我们的生理病理学,治疗和预防肺炎。
分子技术在临床实践中
快速诊断测试确定一个特定的病原体或有助于区分细菌和病毒感染;提供有关抗生素敏感性的信息;监控对抗生素治疗;评估预后;援助抗菌药物管理;和疾病监测提供信息。
这些技术可以应用到不同的患者群体从门诊(允许安全放电)病人需要加护病房治疗。快速结果(1 - 2小时)可能是有用的在关键的决策管理病人尤其是提示启动适当的抗菌素治疗,一个因素与死亡率相关。同时,抗生素耐药病原体的快速鉴定中心及时隔离的病人(19]。然而,仍然有两大挑战。1)殖民之间的分化和感染仍然是临床医生的问题,除了可能的情况肺炎链球菌我们没有足够的证据,关于这所有这些技术来得出结论。2)诊断测试的相对成本和结果必须考虑当决定实现这些快速测试被医疗体制成本效益研究是必要的。
结论和实现
新老技术的结合将改善我们的能力来检测微生物导致肺炎更精确和迅速。这一战略将确保病人得到最合适的抗菌治疗和可能减少广谱抗生素的使用,从而减少抗生素耐药性(图1)。自描述的大多数研究综述显示分子技术的潜在优势,如提高灵敏度和提高速度建立微生物诊断,需要更多的研究来系统地和严格评估他们的表现特征,确定这些新技术将如何改善呼吸道病原体的诊断测试和效果病人在日常实践中管理在未来实现。区分殖民化和感染,使用定量截止菌落的数量(≥105CFU·毫升1在以前的研究中描述的)建议43,58,62年,63年]。实施这些技术有必要讨论与微生物学部门和分子测试需要使用的治疗专家,应该有针对性的病原体。尽管最近的出版物关于多路复用的明显的效用分子程序限制病原体的检测是鼓舞人心的,重大问题保持(58,62年,63年]。一个协议解决这些问题应该开发和评估。一个关键问题在这个评估是当前临床实践是否需要改变。会有开出抗生素处方的变化,如果是这样,它会提高抗生素管理?此外,评估成本需要实现的。最后,关于肺部微生物的概念非常有前途的技术,目前许多研究的重点。我们相信,这些概念将会改变我们对肺部感染的理解,如何防止它以及如何改善其治疗。
脚注
利益冲突:没有宣布。
- 收到了2016年6月9日。
- 接受2016年9月17日。
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