抽象
对大多数人来说是个新名字分枝杆菌物种已被最近提出。根据分类规则,新的和以前的命名并存,是同义词。使用后者具有避免了医疗保健和损害患者困惑的优势。http://bit.ly/2XhTACc
在最近的一篇文章中,Guptaet al。(1]提出了分枝杆菌的分类法的修订版用的150种属的再分配分枝杆菌分为五个不同的属;四个新提出的拥有非结核分枝杆菌(NTM)的属被称为类分枝杆菌,分枝杆菌,Mycolicibacterium和霉菌。所提出的分类是基于共有衍征的理论,认为最有可能的祖先出现早,然后分子标记垂直传播给后代[2]。许多这样的分子标记的检测,或代表特定的氨基酸插入/缺失或全蛋白质,选择性地出现在进化相关的物种群,清楚地描绘了传统属中的五大支分枝杆菌. 这项工作基本上是可靠的,新出现的系统发育学与其他系统基因组学方法的起源有惊人的重叠[3.,4]. 新奇的是Guptaet al。(1]建议将独立属的地位分配给每一个分支。
在分枝杆菌学家中引起最大困惑的不是Guptaet al。(1,而是对新命名法的验证[5]发表由国际期刊系统与进化微生物学杂志(IJSEM),国际委员会原核生物的系统学的官方出版物。我们相信新的命名有可能导致混乱的可能性并且不提供好处临床分枝杆菌的领域。调查调节原核生物的命名法,未知的大多数微生物学家和临床医生的规则,产生令人惊讶的结果。因此,在这篇社论中,我们的目标是提供参与患者的有关规则的调控原核生物的命名艺术信息NTM疾病状态管理和临床医生认为,尽管本最近出版的[1],NTM的当前使用的命名法可以保持不变。
细菌的分类学由原核生物的命名法规范[6(以前的细菌学代码),与通常的假设不同,它不提供关于描述新物种或在分类学家意见分歧时作出决定的指示。正如Tindall所述,我们读到这一点确实感到惊讶[7]根据“分类思想和行动自由”的原则,“官方”分类法尚未引入。
实际上,该编码只提供了有效的细菌名称,前提是满足两个主要条件:有效发布和优先级[。8]。为了有效,一个描述一个新分类单元的出版物需要包含一个原始记录。序言是一个简短的段落,包括分类单元的名称和说明十一月。(在一个新物种的情况下,11月11日。;在一个新属的情况下,11月1日。等),与它的音节划分和加重,并通过凸的描述词源新分类单元的特征中,该类型的应变证明其在位于不同的国家的至少两个国际培养物保藏沉积的指定,和保藏号。优先级意味着在拟议的新名称已预先分配给其他合格发表类群的情况下,后者的优先级和一个新的名字之前,必须先验证建议。
出版于IJSEM自动授予有效期到一个新的名称;与此相反,为了一个有机体的名字,如果发表在其他杂志被确认为有效,对包括在验证列表中的作者必须申请新名称公布,合格的办理入住手续时,由IJSEM。
当提出了合格发表种或属名的变更,新名称,一旦有效发表成为前几次的异型代名词。因此,两者都是正确的(有效的),并且可以不受限制地使用。共同的思想,最近一段时间的名字取代了以前的一个是毫无根据的。一个合格发表的名称是不是永远退出。
G的文章uptaet al。(1]确实是合格发表(它包含了所有的考虑,其中各个型菌株被确认物种原始描述)和新的名字已被列入由验证列表IJSEM(5]. 因此,这些物种在分枝杆菌(类分枝杆菌,分枝杆菌,Mycolicibacterium和霉菌)有同义词,两者都可以正确使用。这篇社论的作者,可能还有大多数微生物学家和临床医生,都不知道这种可能性。
以五属为基础的命名法也有两个主要缺陷;首先,它适用和有效发表的限制在150种调查的Guptaet al。(1]但其他人至少要继续分枝杆菌作为唯一有效的名称。第二,G研究中研究的四个基因组uptaet al。(1]:罗氏M.,M. szulgai,M、 獠牙和M、 外阴被贴错标签[4]。罗氏M.和M、 獠牙被证明是未识别的快速生长的分枝杆菌;M. szulgai被证实为M. kubicae和M、 外阴被证实为M. porcinum。这意味着转移M、 外阴(生长缓慢的)属于分枝杆菌是不正确的9]。
总体而言,更新的术语及其收养IJSEM以及用于基于序列的菌株鉴定的数据库(例如GenBank登录号)或MALDI-TOF质谱数据库这会带来损害微生物学家,临床医生和患者。非结核分枝杆菌可能是他们的基因和生物多样,但它们产生不同的人群非常相似的疾病表现的风险。这种一致性和从它的经验教训是为临床工作者,以及受影响的病人很重要。Hence, to repeat the words of Amalio Telenti, now 20 years ago: “clinical meaningfulness should be the key to taxonomic precision” [10]。实用主义的解决方案是选择不容易出错的命名法,在这个观点中,基于单一属的命名法,分枝杆菌,有重要的优势。近年来,通过将非结核分枝杆菌感染作为一个群体推广循证临床护理、治疗结果和临床试验,取得了显著进展,共享了临床医生和患者熟悉的简单术语(mycobacteria)和适当的缩写词(NTM) [11- - - - - -14]。所提出的新的命名不利于这项事业。
看起来,Guptaet al。(1]而不是解决一个燃烧的分类问题在属内分枝杆菌;他们的发现,虽然大部分是正确的和科学上可靠的,但不能证明分裂和重命名这一医学上重要的属所造成的破坏。将需要大量的费用和努力来更新医院和实验室的程序和实验室信息管理系统,以支持医生和护理人员的日常工作,使他们能够不混淆地处理新名称及其同义词。事实上,所有这些对病人和一般医疗保健来说都没有明显的好处。
我们相信,微生物学家和医生会明确支持的可能性,通过代码提供,以故意忽略的临床上重要的生物,如非结核分枝杆菌重命名。
脚注
利益冲突:E. Tortoli没有什么可透露的。
利益冲突:B.A. Brown-Elliott没有什么可透露的。
利益冲突:查尔莫斯法学博士已收到葛兰素史克公司,勃林格殷格翰,阿斯利康,辉瑞,GRIFOLS,拜耳公司,Polyphor和Insmed研究补助金;从葛兰素史克,拜耳医药保健,Aradigm公司,GRIFOLS,辉瑞,勃林格殷格翰,纳普和Insmed接受咨询,会议旅游或扬声器费用。
没有任何利益冲突。
利益冲突:C.L.Daley没有什么可披露的。
利益冲突:S.Emler没有什么要透露的。
利益冲突:R.A.Floto有没有透露。
利益冲突:M.J.加西亚没有什么可以透露的。
利益冲突:霍夫斯洛特没有什么要透露的。
利益冲突:W-J。苏梅有没有透露。
利益冲突:C.兰格有没有透露。
利益冲突:M. Loebinger有没有透露。
利益冲突:F.P.毛雷尔没有什么可透露的。
利益冲突:森本敏没有什么可透露的。
利益冲突:尼曼没有什么可透露的。
利益冲突:E.里希特有没有透露。
利益冲突:焯贤蒂雷纳有没有透露。
利益冲突:R. Vasireddy没有什么可透露的。
利益冲突:S.Vasireddy没有什么可以透露的。
利益冲突:瓦格纳没有什么要透露的。
利益冲突:R.J.华莱士JR有没有透露。
利益冲突:N. Wengenack没有什么可透露的。
利益冲突:J.面包车不收有没有透露。
- 收到2019年4月19日。
- 接受2019年5月28日。
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