文摘
符合描述的病理生理连续鼻子和支气管之间过敏性呼吸道疾病,我们评估鼻腔上皮细胞能否反映2型辅助的支气管上皮细胞(Th2)状态。
收集的鼻和支气管细胞刷从健康对照组(C、n = 13),过敏性鼻炎和哮喘患者(AR, n = 12)和孤立的过敏性鼻炎患者(R, n = 14)。细胞成分被流式细胞术评估,由RNA序列和Th2基因表达分析,17个辅助型细胞(Th17)和干扰素(IFN)签名来自文学。
多形核中性粒细胞(PMN)核渗透的鼻子排除30%的初始群体。支气管AR组样本都是Th2-high。鼻样本的基因表达谱AR组正确预测支气管配对样本Th2状态在71%的情况下。然而,鼻细胞似乎并没有一个可靠的代理的Th2反应,特别是由于更健壮的影响干扰素反应14的26个鼻样本。鼻子和支气管的Th2分数与肥大细胞数(p < 0.001)和大量的敏化作用(p = 0.006和0.002),而Th17分数与中性粒细胞计数(p = 0.006和0.003)。
大变化在鼻腔炎症细胞成分和类型限制了它的使用作为一个代理来评估支气管Th2 AR患者的炎症。
文摘
鼻上皮细胞并不好代理人评价Th2支气管上皮细胞的炎症http://ow.ly/if5u30ltyx5
介绍
之间的病理生理连续被描述的鼻子和支气管过敏性呼吸道疾病(1,2]。大多数过敏性哮喘患者也有过敏性鼻炎,过敏性鼻炎患者,20 - 50%的哮喘(3]。鼻炎已经证明是一个独立的危险因素的发展在过敏性哮喘,non-atopic病人(优势比(或)分别为8.1和11.6,)(4,5]。因此,鼻细胞被认为是潜在的代理人支气管细胞在过敏性呼吸道疾病的研究6]。事实上,鼻细胞很容易收集和反复,包括儿童,通过非侵入性抽样7]。
2型辅助细胞炎症(Th2)是一个主要组成部分上皮反应成人过敏性呼吸道疾病(8和孩子们9),已被用于预测响应anti-Th2生物疗法在哮喘病人10,11]。这些生物疗法成为相关严重哮喘的机会,IIb阶段的有前景的结果(12和第三阶段13,14)试验。类型17辅助细胞(Th17) [15)和干扰素(IFN)驱动(16)上皮反应代表最近阐明哮喘途径,似乎不同的和相互排斥的Th2反应横断面研究。研究生物疗法针对这些途径,另一方面,还不令人信服。
Th2-high和Th2-low状态在哮喘的定义,作为初始支气管源自转录组研究[17在临床研究中,仍然是一个挑战。能够预测Th2支气管哮喘状态的温柔无害的鼻刷牙可以代表一个有趣的Th2-biotherapy时代的发展机遇。
Th2炎症的程度相比还没有研究在同一个人在鼻腔和支气管上皮细胞的水平。这使我们分析Th2炎症是否类似幅度的鼻子和支气管的过敏性疾病和鼻Th2炎症是否是一个好的代理为支气管哮喘Th2炎症。Th17和干扰素签名也被描述在哮喘,我们调查是否这些通路被激活在我们的病人的样品和他们的相互作用与Th2反应。
材料和方法
主题和样品
我们收集鼻和支气管刷来自39个科目。这些学科,12个过敏性鼻炎和哮喘(AR)、14只过敏性鼻炎(R组)和13是健康对照组(C组),过敏性鼻炎是根据2010年的过敏性鼻炎定义及其对哮喘的影响(咏叹调)建议18]。哮喘的定义根据2012年全球倡议对哮喘(吉娜)[19)和2007年的专家小组报告3 (EPR3) (20.)建议。项目获得批准,CPP Sud地中海V伦理委员会(ref: 13.032) 7月23日,2013年,所有的志愿者给他们的书面知情同意。
流式细胞术分析
利用流式细胞仪分析78个样本。刷细胞第一次孵化屏蔽解决方案包含10%的正常小鼠血清和µg·50毫升−1人类免疫球蛋白(σ,圣路易斯,美国),然后染色。下面的单克隆抗体买来BD生物科学(Le Pont de Claix、法国):anti-EPCAM (FITC) anti-CD45 (V510), anti-CD20 (PERCPCY55) anti-CD3 (APCH7), anti-CD16 (A700) anti-CD117 (PECY7);从Biolegend(美国圣地亚哥,CA): anti-SIGLEC-8 (APC)。细胞被固定Cytofix / Cytoperm试剂(BD生物科学)然后分析BD LSR II Fortessa流式细胞分析仪(BD生物科学)。数据获取与BD FACSDiva 6.1软件(BD生物科学)和加工使用Kaluza软件(美国贝克曼库尔特生命科学,印第安纳波利斯)。偶极子细胞被排除在分析之外。
基因表达分析
进行了基因表达分析在52成对样品从26获得病人的鼻和支气管上皮细胞结构方面的样品满足我们的标准(补充图E1)。库生成从500 ng总使用Truseq RNA链总RNA ribo-zero黄金装备(Illumina公司,圣地亚哥,美国)。KAPA图书馆量化,量化工具(KAPA生物系统公司)和测序NextSeq 500平台(Illumina公司)和2×75碱基对(bp) paired-end化学。RNA序列数据最初在Mediante存档,由我们实验室开发的一个数据库(21),然后上传到基因表达综合参考GSE101720下(GEO)数据库。
Th2标志性建筑
特定的Th2签名成四个独立的数据集分析的响应白介素(IL) -13年人工气道上皮细胞,如下:1)人类鼻腔上皮细胞(EC)与10 ng·毫升孵化−1IL-13 1天(Giovannini -C哈密等。(9),地理参考GSE19190);2)人类鼻EC孵化100 ng·毫升−1IL-13 3天(地理参考GSE110799);3)人类气管EC孵化ng 50毫升−1IL-13淹没条件下2天然后在气液界面(ALI)条件下21天(一个莱维et al。(22),地理参考GSE37693);4)人类支气管EC孵化ng·25毫升−1IL-13 2天(Z母鸡et al。(23),地理参考GSE4804)。差异表达基因B定义为一个积极的统计分析,结合log2褶皱变化(FC) IL-13和控制之间的至少两个GSE19190 GSE4804,和至少四个其他两个数据集24]。数据集进行分析与地理GEO2R工具(www.ncbi.nlm.nih.gov /地理/ geo2r /R)使用自定义脚本。
Th17和干扰素签名
签名Th17 +肿瘤坏死factor-α(TNF-α)和IFN-α被定义为C霍伊et al。(15)和Bhakta等。(16在阿里的文化正常的人类支气管上皮细胞(NHBE)。支气管IFN-α签名完全与我们先前IFN-α重叠,IFN-β和IFN-γ签名中定义的主要文化鼻细胞(正常的人类鼻腔上皮(NHNE))在鼻腔上皮(ALI和适合分析9]。
宏基因组分析病毒转录组
新创转录组装配是独立执行,使用三一软件(https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki)使用默认参数,对于每个样本有100 000 R1 / R2 paired-end读取映射人类基因组。我们使用了“align_and_estimate_abundance三一脚本。pl“估计每个重建重叠群的丰度和提取前20大多数表示注释使用爆炸对齐工具(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)对爆炸数据库收集9532 7474完整的病毒基因组序列属于一个可用的国家生物技术信息中心(NCBI;www.ncbi.nlm.nih.gov基因组/ GenomesGroup.cgi ? taxid = 10239)。
生物统计学
以外的所有统计分析生物信息学软件进行使用R统计软件包(R项目统计计算;www.r-project.org/)。统计学意义是评估使用非参数测试(Wilcoxon排名和测试或克鲁斯卡尔-沃利斯排名和测试)。连续变量之间的关联测量使用枪兵的ρ。这些测试都是双面的,名义上的假定值0.05被认为是具有统计学意义。
结果
学科特点
39主题详细的特征补充表E1。流式细胞仪分析显示,13个鼻样本(5 AR, 4 R, 4 C)是由不到80% EC,防止与支气管样本(补充表E2,图1一个1 f)。13个样品和他们配对支气管样本从进一步分析,这样大致相当的水平的EC在剩下的鼻和支气管样本观察每组(图1 g1 l)。值得注意的是,除了鼻样本细胞结构,这些13个病人有相似的临床和功能特征剩下26人(补充表E3)。剩余的详细特征26所示表1。三个病人服药,以甲状腺素为甲状腺功能减退,服用抗组胺药,吸入舒喘灵释放治疗,和另一只吸入舒喘灵。有更多炎症细胞(肥大细胞、嗜酸性粒细胞和多形核中性粒细胞(中性粒细胞)),以及更多的淋巴细胞(t细胞),鼻患者属于组样本AR和R比从控制和肥大细胞在支气管样本病人属于组AR和R比控制。鼻的构成和支气管细胞三个临床组(AR, R和C)所示表2。AR和R组有更高比例的肥大细胞在支气管鼻子,以及更高的嗜酸性粒细胞、中性粒细胞百分比的鼻子比支气管。
比较鼻和支气管内的样本组
高的基因表达水平之间的相关性被发现在鼻子和支气管(图2一个)。然而,一些强大的两个组织之间的基因表达的变化也注意到。鼻和支气管细胞很容易区别,正如63年的大部分差异表达基因,显示一个绝对log2 FC以上四个和一个调整假定值低于0.05在所有三个独立临床组(图2 b2 c)。这个鼻/支气管签名提出了图2 d而在补充表E4。松开截止,绝对log2 FC上面两个和三个临床组调整假定值低于0.05,选择323个基因列表(补充图E2)。
功能注释的基因过表达在鼻腔上皮显示许多转录因子的表达到目前为止被认为是局限于神经元,如PAX6或OTX2 (补充图E3)。表达的增加标记如马可,FABP4, VSIG4 RBP4支气管可能说明了常驻巨噬细胞的存在。
Th2签名的定义
为了评估Th2炎症,我们定义了一个Th2签名,可以应用于鼻支气管上皮细胞。这样做是在分析中定义的四个独立的微阵列数据集的方法部分。28中差异表达的基因被发现至少有三个数据集。强大的基因表达水平差异的鼻子和支气管特征标记(补充图E4),这种效果强于病理状态本身的影响(补充图E5)。我们决定限制我们的签名记录显示等效的鼻子和支气管之间表达水平。生成的签名包含POSTN,此前包括在半圆的签名17之前,CST1 FETUB ALOX15所有包含在白菜的签名(25]。此外,这些基因是最相关(ρ> 0.55)在我们的数据集在最初的28 IL-13诱导基因(补充图E6)。值得注意的是,CST1上特异表达和FETUB过敏患者(补充图E4)。
层次聚类根据Th2签名
层次聚类的52个样品从我们三组进行了使用基因研究的四个Th2签名(图3一和补充图E7a),受试者根据Th2反应分层。Th2-high反应是由至少四分之三的成绩单从签名(即。75%)显示一个表达式高于平均水平。AR组,所有鼻样品除了两个(N。基于“增大化现实”技术30.和N。一个R33) and all bronchial samples were characterised by a Th2-high status. For the C group, all nasal and bronchial samples were characterised by a Th2-low status, except for one patient (N.C28 and B.C28). The R group was more heterogeneous, with four patients who had a nasal and bronchial Th2-low status, and two who had a nasal and bronchial Th2-high status. The nasal and bronchial Th2 status of the remaining four R patients was discordant (two with nasal Th2-low and bronchial Th2-high, and two with nasal Th2-high and bronchial Th2-low). The degree of concordance of Th2 status (high or low) within groups was 71% in the AR group, 60% in the R group and 100% in the C group (图3 c)。
层次聚类根据Th17和干扰素签名
层次聚类也使用Th17执行和干扰素签名(补充数据E7b E7c)。Th17-high或IFN-high响应被定义为超过75%的成绩单是高于平均水平。19个样品显示Th17-high签名(10鼻支气管和9)和14个样本显示一个IFN-high签名(鼻)。值得注意的是,一个强大的组织效应观察有关干扰素签名,与鼻样本显示全球更高层次的干扰素反应比支气管的成绩单。这与Th17响应没有观察到组织的影响。
Th2之间的关系,Th17和干扰素签名
编译Th2分层聚类的基因表达水平Th17和干扰素显示异常值,如N。AR33 Th2地位很低,但高Th17和干扰素地位和一些样品,如N。R14、有三重(Th2 Th17和干扰素)状态(高图3一,3 c)。Th2反应是不同于干扰素和Th17反应在整个数据集(图3 b)。此外,Th17响应全球相关干扰素反应,说明了这样一个事实,一个成绩单显然属于IFN-response签名(IFI6)集群的基因Th17签名。Th2, Th17和干扰素地位相同的两个组织的个人总结图3 c。
相关性的临床和生物参数
Th2得分计算为了评估临床和生物定量特征之间的关系。首先,正常基因的基因表达数据包含在最终的Th2签名被基因转换成z得分,然后Th2得分计算每个样本的z得分中值。Th2分数没有任何相关的临床严重程度得分参数或肺量测定法(没有显示)。只有与敏化作用和肥大细胞的数量在鼻腔和支气管上皮细胞(数字44 d)。然而,Th2 R组得分在支气管上皮与哮喘相关的历史。的确,四个五个科目的儿童哮喘的历史,完全缓解2年多来,显示最高的分数(补充图E8)。
Th17和干扰素分数计算如前所述的Th2分数。Th17分数相关积极与中性粒细胞的数量在鼻腔和支气管上皮和消极的百分比EC在鼻腔上皮(图4 e4 h)。干扰素在支气管上皮呈负相关在1 s (FEV用力呼气量1)、用力肺活量(FVC) (图4我4 l)。
正如所料,Th2分数明显高于鼻和支气管AR + R组样品与C组而不是鼻子和支气管之间的不同。Th17分数无关组患者或组织和干扰素分数明显高于鼻与支气管样本。我们进一步扩展nine-gene IFN签名(16]Bhakta 33-gene签名常见的50个列表记录诱导的支气管(16)和79 -最高记录列表诱导的鼻子(9)(补充图E9)。干扰素分数还高鼻样品使用这个更广泛的名单,即使删除四个鼻分数最高的样品(补充图E10汽油)。
宏基因组分析病毒的转录组
在地图上未标明的读取(病毒的存在即。RNA序列没有映射到人类基因组)不同样本的调查。这种分析确定N鼻病毒的存在。R3和N。R14samples, which both displayed a very strong IFN signature (补充图E7b)。我们没有确定病毒的其他样品高干扰素签名,可能是因为我们的抽样是长在感染后执行。
讨论
之间的联系的上、下呼吸道过敏性呼吸道疾病已经记录了许多年,但“联合气道疾病”的概念(UAD),援引“一个气管,一个疾病”,还是最近的事。这依赖于流行病学、临床、功能、免疫学和组织关系,这导致了全球管理方法过敏性呼吸道疾病(26]。同时,上、下上皮细胞已被证明显示显著的不同对防御病毒感染(27),改造(28),炎症(29日)和上皮脱落。这使得我们分析Th2炎症是否类似幅度的鼻子和支气管的过敏性疾病和鼻Th2炎症是否是一个好的代理支气管哮喘Th2炎症。
其他非侵入性Th2生物标记可用在临床研究已经发展为了反映Th2支气管状态,如血清periostin、血液嗜酸性粒细胞,呼出一氧化氮分数(F伊诺)和总IgE。此外,他们一直使用机器学习推理方案为了预测基因表达的亚型在支气管活检和EC (30.]。这些标记显示自己的优点,但他们也显示上下文中的一些限制病毒感染、吸烟、寄生虫感染和骨骼疾病(31日]。此外,在大型临床试验中使用血清periostin尚未显示明显的好处(32]。
诱导痰也被分析,可能是一个很好的代理,然而,它还没有直接与支气管Th2状态(33,34]。虽然没有侵入性,这种技术需要合作,并不可行的儿童,在严重的哮喘病患者是不安全的。根据我们的数据集,不太可能鼻样本可以充分可靠的支气管上皮细胞作为一个代理来评估在哮喘患者鼻炎Th2地位。即使一些差异可以解释为博览会一些特定的病原体,我们证明在这个横断面研究,同一个人可以显示不同的炎症概要文件在这两个网站。此外,我们表明,Th2 Th17和干扰素炎症在相同的示例并不是相互排斥的。
之前报道的Poole等。(35),一个大之间存在重叠基因表达谱在鼻腔和支气管刷(ρ= 0.943)。一些差异可以解释的存在特定的免疫细胞的数量。这是马可,巨噬细胞的一个标志,这是更多的支气管中高度表达。然而,差异也可以内在两个上皮细胞和一个特定签名相同的组织很容易识别和观察到的三个独立的实验团队。一个引人注目的观察鼻腔上皮的强劲表现的神经元标记。的表达神经元标记,如OTX2 PAX6, SIX3 FOXG1,已被证实在鼻腔上皮细胞的主要文化9,36),建议在鼻EC表达内在,而不是污染通过嗅觉或感觉神经元,在支气管缺席。额外的证据来自immuno-labelling实验,发现这些蛋白质的核鼻支气管EC(但不如。www.proteinatlas.org/ENSG00000007372-PAX6/antibody)。
我们注意到极端变异的细胞成分在鼻刷牙。更频繁地与支气管采样相比,鼻采样显示较低比例的EC和过多的炎症细胞,主要是中性粒细胞。当这种情况发生在超过30%的鼻样本,我们怀疑这样一个抽样可以介绍由于丰富的non-EC强烈的偏见。此外,我们注意到支气管样品的质量仍相当稳定的全面研究,即使是低质量的上下文中相应的nasal-brushing样品和轻度到中度哮喘。我们强调的重要性,仔细检查之前刷牙的细胞成分发生任何基因表达研究[37]。
我们最初认为定义的Th2签名Woodruff等。(8),它由三个成绩单POSTN, CLCA1 SERPINB2。CLCA1和SERPINB2成绩单是鼻子和支气管之间强烈的差异表达(p < 0.001和p = 0.0013调整,调整分别)(补充图E3)。这些结果让我们测试一大串IL-13响应成绩单、鼻腔以及支气管细胞差异表达,为了定义一个Th2签名,这两个组织之间进行互操作。我们这个新的28-transcript签名来自四个独立研究使用鼻、气管和支气管细胞。一些优化后,我们限制这组新的基因研究的四个签名包括POSTN,以前使用的Woodruffet al。,ALOX15与功能研究和CST1和FETUB哮喘。CST1和FETUB最AR和C组之间的差异表达,R和C组之间,在鼻细胞以及支气管细胞。这两个函数的半胱氨酸蛋白酶抑制物在哮喘的背景下是未知的。这four-transcript签名定义了一个强烈的Th2反应是常见的鼻和支气管EC,有明确的临床相关性哮喘和过敏性鼻炎。Th17和干扰素签名来自最近发表的研究。
所有患者在我们的AR组支气管Th2-high水平,可能选择的解释我们的哮喘组(年轻,温和过敏性哮喘)。鼻子和支气管之间的相关程度,可以先在AR组被认为是可以接受的,平均71%的水平。同时,这个值可能是不够高,它的使用可能会导致过多的Th2误诊。事实上,两个鼻样本Th2-low(支气管高),但同时Th17和/或干扰素高。各级不同的签名可以因此共存的气道上皮细胞。Th17和干扰素签名可能是由鼻子更重要的接触病毒,细菌,刺激物和污染物,以及一种更健壮的鼻抗病毒反应(27]。
R组似乎更加异构,有些患者甚至显示Th2-low得分的鼻子。这种情况可能表明Th2信号对过敏性鼻炎的影响低于在成人哮喘。我们还注意到一个非常高的程度的干扰素反应在R组鼻EC (7 IFN-high 10 R组患者,其中五人也是Th17-high)。值得注意的是,病人R14显示三地位高鼻上皮(Th2, Th17和干扰素)。R的子集组患者显示支气管Th2-high得分,所有似乎都有儿童哮喘和哮喘临床缓解的历史。这表明高支气管Th2状态可能会持续很长一段时间后临床缓解的疾病。
定量Th2分数的z得分中值定义的四个基因定义Th2签名。这种方法应用于鼻支气管刷,定义为每个病人Th2鼻得分和Th2支气管分数(38),它被用来调查可能与临床参数的关系。Th2分数在鼻腔和支气管样品相关两上皮细胞和肥大细胞浸润与敏化作用的数量(图4)。这些观察符合过敏性炎症的描述,包括增加膜基底的厚度和支气管的上皮脱屑过敏性对象即使在出现临床症状前(39]。Th17分数相关的中性粒细胞浸润和EC比例较低。干扰素分数明显高于鼻支气管相比。这可能对应于不同水平的先天免疫在每个组织,更健壮的anti-rhinovirus响应所显示的鼻子(27]。在这项研究中,干扰素的协会,Th2和Th17炎症在同一个鼻样品和Th2和Th17炎症在同一个支气管样品表明此外新的哮喘炎症通路并不像先前诱发(严格相互排斥15]。这种现象发生,尽管相互之间的监管一直是描述干扰素和Th2支气管炎症的发生40)导致不同的表型(16]。干扰素分数FEV支气管样本相关1与用力肺活量(FVC)在哮喘病人,如前所述,Bhaktaet al。(16]。
我们的研究有一些限制。首先,AR组由多数Th2-high主题,尽管我们预期50%的包含Th2-low主题在这一组,根据报告,Woodruff等。(17]。Th2-low科目可以代表多达70%的病人群体像U-BIOPRED含有很高比例的严重哮喘30.]。我们很高比例的Th2-high AR患者可能与过敏的年轻组(14岁平均比Woodruff等。和27岁比U-BIOPRED)结合我们的选择只有过敏。完整哮喘组平均数量的积极的皮肤穿刺试验与半圆Th2-high组相似。另一个潜在的差异和U-BIOPRED半圆的研究是我们哮喘组的严重程度越低。我们包括轻度到中度持续性哮喘患者,这些患者哮喘的只有两个没有完全控制。总的来说,我们的病人有一个更好的FEV1相比之下,伍德乐夫集团(91.4%与87%)。因此,我们的一些结果可能不适用严重哮喘患者。
第二个限制我们的研究是初步排除30%的病人从我们组由于鼻不足比例的EC样本。这个值是类似于一项研究(比例测量9(8),21%的鼻样本的38例)包含少于80% EC,即使排除呼吸道病毒阳性的患者。支气管样品有更高的细胞计数,我们决定排除患者鼻EC的比例不足,这样一个有意义的对比搭配鼻/支气管样品可以。我们的工作是因此限制与高百分比的EC样本。这并不排除将来使用更多的异构样品评估Th2地位,后定义高度具体标记上皮炎症。
过去的限制是我们研究防止驾驶的横断面性质结论的起源和稳定non-Th2炎症概要文件随着时间(41]。然而,这部分补偿了检测RNA病毒序列的测序数据。
结论
鼻腔上皮显示轻微的基因表达谱,但始终,不同于支气管上皮细胞。中性粒细胞的浸润在鼻子更频繁,导致不合适的样品在30%的情况下。其余鼻样本显示始终高于干扰素反应,可能与inter-current环境暴露。总的来说,我们的研究结果表明,鼻样品不能可靠地作为支气管上皮的代理人来评估在哮喘Th2地位。此外,在孤立的过敏性鼻炎,哮喘缓解期没有关联的从高到低Th2切换状态,显示Th2地位高的长期性质和炎症,而持续很久以后临床缓解。
补充材料
补充材料
请注意:补充材料并不是由编辑部,编辑和上传已由作者提供。
补充材料和方法。erj - 00437 - 2018 - _supplement
表E1。主题特征(n = 39)。erj - 00437 - 2018 - _table_e1
表E2。比较鼻内和支气管细胞组(n = 39)。erj - 00437 - 2018 - _table_e2
表E3。对比包括(n = 26)和排除(n = 13)主题特点。erj - 00437 - 2018 - _table_e3
E4的表。63年最为规范鼻和支气管细胞之间的基因在健康受试者(C)。erj - 00437 - 2018 - _table_e4
图E1。这项研究的流程图。erj - 00437 - 2018 - _figure_e1
图E2。差异基因表达之间的鼻和支气管组织(323成绩单)。无人监督的层次聚类RNAseq数据基于一组差异表达基因的323个最(调整假定值< 0.05和abs (log2 FC) > 2)。每个方块都代表一个给定的基因的表达水平在一个给定的样本相对于平均表达水平在所有样本。红变蓝的颜色范围表明基因表达水平高于(红色)或低于(蓝色)这一基因表达的平均水平。erj - 00437 - 2018 - _figure_e2
图E3。生物主题分析的鼻子/支气管签名。生理系统的开发和功能类别发现显著影响创造力的途径分析®下游效应之间的323个基因差异表达分析,选择鼻和支气管样本(调整假定值< 0.05和abs (log2 FC) > 2)。酒吧代表统计学意义的强度。erj - 00437 - 2018 - _figure_e3
图E4。箱线图显示AR的表达,R和C的鼻子和支气管28成绩单样本定义初始Th2基因签名,定义从GSE19190 GSE110799, GSE37693 GSE4804。表达水平的分布(log2)在每个实验组28-gene设置我们的Th2签名。脚注:B:支气管;N:鼻子;基于“增大化现实”技术:过敏性鼻炎和哮喘组;R:孤立的过敏性鼻炎组;健康对照组。erj - 00437 - 2018 - _figure_e4
图E5。基于初始Th2分层聚类基因签名。无人监督的层次聚类RNAseq数据建立最初的28基因Th2签名。每个方块都代表一个给定的基因的表达水平在一个给定的样本相对于平均基因表达水平在所有样本。红变蓝的颜色范围表明基因表达水平高于(红色)或低于(蓝色)的平均水平的表达式相同的记录。脚注:B:支气管;N:鼻子;基于“增大化现实”技术:过敏性鼻炎和哮喘组;R:孤立的过敏性鼻炎组;健康对照组。erj - 00437 - 2018 - _figure_e5
图E6。热图Th2标记之间的皮尔逊相关。无人监督的层次聚类的两两之间的相关性Th2标记。每个方块都代表2基因之间的皮尔逊相关系数。红变蓝的颜色范围表明积极的(红色)或负面(蓝色)相关性。erj - 00437 - 2018 - _figure_e6
图E7。基于层次聚类的Th2, Th17和干扰素基因签名。无监督RNAseq数据的分层聚类的基础上(A)最初的4个基因Th2签名(B) Th17签名,(C)干扰素签名。每个方块都代表一个给定的基因的表达水平在一个给定的样本相对于平均基因表达水平在所有样本。红变蓝的颜色范围表明基因表达水平高于(红色)或低于(蓝色)的平均水平的表达式相同的记录。脚注:B:支气管;N:鼻子;基于“增大化现实”技术:过敏性鼻炎和哮喘组;R:孤立的过敏性鼻炎组;健康对照组。erj - 00437 - 2018 - _figure_e7
图E8。Th2 R组支气管样本的得分作为哮喘历史的函数。箱线图的Th2得分支气管病人样本属于R组根据病史。*:p值< 0.05。脚注::哮喘历史;艾玛:孤立运用历史上喘息;护士:运用历史上没有哮喘或喘息。erj - 00437 - 2018 - _figure_e8
图E9。分层聚类的基础上扩大IFN基因签名。无监督RNAseq数据的分层聚类的基础上延长33-gene干扰素签名。每个方块都代表一个给定的基因的表达水平在一个给定的样本相对于平均基因表达水平在所有样本。红变蓝的颜色范围表明基因表达水平高于(红色)或低于(蓝色)的平均水平的表达式相同的记录。脚注:B:支气管;N:鼻子;基于“增大化现实”技术:过敏性鼻炎和哮喘组;R:孤立的过敏性鼻炎组;健康对照组。erj - 00437 - 2018 - _figure_e9
图E10。干扰素在鼻腔和支气管样本。箱线图的干扰素分数鼻和支气管样本(分数基于33基因签名),在整个数据集(A)和(B)消除得分最高的四个样品。erj - 00437 - 2018 - _figure_e10
脚注
可以从本文的补充材料www.qdcxjkg.com
这项研究是在注册ClinicalTrials.gov标识号NCT01923519。所有的个人参与试验过程中,收集的数据后de-identification将提供给研究人员提供了方法论上的声音提议后立即发表;没有结束日期。研究方案和分析代码也将可用。建议应针对相应的作者。获取、数据请求者将需要签署一份数据访问协议。
利益冲突:没有宣布。
支持声明:这项工作得到了喜欢de矫揉造作的en桑特Respiratoire ARARD(2013),和协会的国家倒说是(anr - 12 - bsv1 - 0023)和倒勒医学基金会(纳;DEQ20180339158)。DNA测序的UCAGenomiX平台实现了研究所de Pharmacologie Moleculaire et Cellulaire结构(IPMC),“法国Genomique”的一个成员国家基础设施(ANR-10-INBS-09-03 ANR-10-INBS-09-02)。资金信息,本文已沉积的Crossref资助者注册表。
- 收到了2018年3月2日。
- 接受2018年8月13日。
- 版权©2018人队