文摘
背景阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)是一个非常普遍的疾病和全身炎症的主要原因导致神经认知、行为、代谢和心血管功能障碍在儿童和成人。然而,阻塞性睡眠呼吸暂停综合症对循环免疫细胞的异质性的影响仍有待确定。
方法我们应用单细胞转录组分析(scRNA-seq)来识别OSA-induced转录景观的变化在外周血单核细胞(PBMC)组成,发现severity-dependent差异几个细胞谱系。此外,机器学习方法被用来结合scRNAs-seq特异性标记与阻塞性睡眠呼吸暂停综合症的差异表达。
结果scRNA-seq证明OSA-induced异质性的细胞成分和启用PBMCs之前从未描述的细胞类型的识别。我们确定了32个基因组成的分子签名,杰出的阻塞性睡眠呼吸暂停综合症患者的各种控制精度高(0.96曲线下的面积)和准确性(阳性预测值93%,阴性预测值95%)在一个独立的PBMC散装RNA表达数据集。
结论阻塞性睡眠呼吸暂停综合症放松全身免疫功能和显示一个分子签名,可以评估标准细胞RNA不需要pre-analytical细胞分离,从而使分子诊断中的分析适合应用程序设置。
文摘
本研究首次使用scRNA-seq技术调查细胞种群的波动PBMCs阻塞性睡眠呼吸暂停综合症的儿童和分子生物标志物组合这些信息来生成一个签名的阻塞性睡眠呼吸暂停综合症的诊断https://bit.ly/3ftGUTq
脚注
本研究数据可用性:消除识别信息数据,包括scRNA-seq概要文件,就可以出版后没有结束日期的人希望访问数据。基因表达数据集可以在NCBI综合(GEO)库(加入GSE214865)。
作者的贡献:r . Cortese参与项目的概念框架,进行实验,分析数据,起草了手稿的组件。Cataldo K.H.进行实验。T.S.亚当斯和j·胡默尔进行数据分析。卡明斯基n和l . Kheirandish-Gozal提供专家指导,参与数据分析和解释结果,并担任观察员蒙蔽。同时d .概念化的项目,提供了重要的输入在所有阶段的实验中,分析数据,起草了不可告人的版本的手稿,并负责项目的财政支持和手稿的内容。所有作者都进行审核和批准的最终版本的手稿。
利益冲突:所有作者没有披露。
支持声明:这部分工作是由勒达j·西尔斯慈善信托格兰特和BioNexus KC 21-1巴顿信任r . Cortese科研补助金。d .同时支持NIH AG061824通过二级和胜利从密苏里大学的资助。资金信息,本文已沉积的Crossref资助者注册表。
- 收到了2022年7月25日。
- 接受2022年9月22日。
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