摘要
这项研究表明,在唾液上使用护理点技术是一种有效和高度特异性的解决方案,可以简化、加快和广泛分布控制COVID-19流行病的诊断过程https://bit.ly/3oh4bds
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在过去一年中,事实证明,依靠快速准确的诊断技术来控制SARS-CoV-2感染的传播至关重要[1].即使鼻咽拭子(NPS)上的定量RT-PCR (RT-qPCR)仍被认为是2019年冠状病毒病(COVID-19)诊断的标准,但几项研究已将唾液评估为NPS的可能替代品,目前在韩国、德国和日本广泛应用[2,3.].尽管如此,唾液的使用仍有争议,分析协议的严格标准化是非常需要的[4- - - - - -6].在唾液上应用即时护理技术,能够快速进行高度特异性和敏感的分子测试,可以简化和加快诊断过程,从而在具有挑战性和偏远的环境中进行诊断,这是非常宝贵的[1].
使用两种不同的即时检测平台(DiaSorin Simplexa: DiaSorin, Cypress, CA, USA;和造父变星Xpert:造父变星,Sunnyvale, CA, USA),我们总共招募了129人参与研究。我们前瞻性地收集了2021年1月至2021年5月的样本,包括参加COVID-19筛查活动的21名无症状卫生保健工作者,以及在进入米兰圣拉斐尔医院预防医学部门、COVID-19轻度症状门诊部门或急诊科前10天出现与COVID-19一致轻度症状的79名门诊患者。此外,我们从圣拉斐尔医院生物样本库中提取了29名于2020年3月因COVID-19住院的患者的样本。对于每位患者,我们分析了由医护人员同时收集的自我收集的唾液样本和NPS。这项研究得到了圣拉斐尔医院伦理委员会的批准(协议号:CLI-PR-2020),所有参与者都签署了知情同意书。
除2020年3月收集的样品(采样后立即保存在−80°C)外,所有样品均保存在4°C,并在收集后24小时内进行分析。根据使用说明,对盐水1:1稀释的唾液进行COVID-19直接检测(Simplexa), Xpert Xpress SARS-CoV-2试剂盒(Xpert)也采用相同条件。按照制造商的说明,使用Xpert Xpress SARS-COV-2或罗氏Cobas SARS-COV-2 (Cobas)检测对NPS进行分析。
2021年前几个月前瞻性收集的唾液样本的结果表明,与NPS的结果相比,Simplexa和Xpert的特异性为100% (95% CI 93.9-100%),敏感性为90.2% (95% CI 77.8 - 97.2%)。两种唾液检测的总体一致性为98%。
由于这两种试剂盒用于唾液,以及那些用于NPS,评估不同的靶基因(Simplexa: Orf1ab和S;Xpert: N2和E;Cobas: E和Orf1ab),我们分析了在唾液和NPS上检测到的周期阈值(Ct)值之间的相关性。
我们发现Orf1ab在唾液和NPS上检测的Ct值呈正相关,Simplexa在唾液上检测的Ct值和Cobas在NPS上检测的Ct值(Kendall相关系数0.7704,p<0.0001)以及E (Kendall相关系数0.7961,p<0.0001)和N2 (Kendall相关系数0.8311,p<0.0001), Xpert试验在唾液和NPS上检测的两个靶标(图1一个).
因此,与NPS相比,对新鲜收集的唾液进行的两种检测似乎都具有良好的敏感性和特异性,并且对共同靶点检测的Ct值具有正相关。
然后,我们评估了在−80°C下储存长达45天的22个唾液样本对SARS-CoV-2呈阳性的影响。我们用Simplexa分析了冷冻前后的样品,并比较了两种不同靶标(S和Orf1ab)的Ct值。S Ct值和Orf1ab Ct值在冻结前(中位数(四分位范围):S Ct 23.8 (20.00-25.50), Orf1ab Ct 24.95(21.38-27.52))或冻结后(S Ct 22.6 (20.55-25.4), Orf1ab Ct 24.5 (21.52-26.70)) (Wilcoxon检验0.0705)均无显著差异。
此外,观察到的Ct值差异似乎与样品在- 80°C保存的天数无关,因为我们没有检索到存储时间与Ct值之间的统计学显著相关性(S: Kendall相关性- 0.0356,p=0.8206;Orf1ab: Kendall相关性−0.0574,p=0.7128) (图1 b).
然而,当我们将2020年3月以来生物库收集的COVID-19住院患者唾液样本(数据未显示)纳入性能分析时,Simplexa的敏感性为87.14% (61/70,95% CI 76.99-93.95%), Xpert的敏感性为91.4% (64/70,95% CI 82.2-96.7%), Simplexa和Xpert在唾液上的一致性为96.1%。
考虑到从发病到收集生物样本库标本的中位时间(四分位数范围)为4天(2-9天),而2021年收集的新鲜样本为2.5天(2-4天),我们评估了从症状发作到样本收集之间的时间是否可能是影响Ct值的一个因素。
当将有症状患者的唾液样本分为三个不同的类别(从症状出现到收集的0-2天,3-7天和> - 7天)时,我们观察到分析中任何一个目标的Ct值在不同时间段之间没有统计学上的显著差异(E: Kruskal-Wallis检验,p=0.80;Orf1ab: Kruskal-Wallis检验,p=0.39;N2: Kruskal-Wallis检验,p=0.80) (图1 c).相反,对于NPS,我们观察到E基因(Kruskal-Wallis检验,p=0.007544)和ORF1a/b基因(Kruskal-Wallis检验p=0.03605)的Ct值均有统计学意义上的增加。
Xpert和Simplexa平台都被证明是实用的,易于在唾液上使用,所获得的结果显示了与NPS相当的整体性能,对新鲜采集的样本的特异性为100%,灵敏度高于90%,对−80°C存储的样本的灵敏度高于87%,从而证明了在灵敏度损失很小的情况下,也可以在冷冻样本上进行这些测试。有趣的是,这些样本包括目前在意大利出现的所有不同的SARS-CoV-2变种(alpha、beta和delta),两个试剂盒的性能都没有受到该变量的影响。
即使考虑到我们将生物样本库样本纳入分析后所确定的差异,所采用的测试也表现出总体良好的一致性水平。
随着大流行的演变,在管辖范围内广泛开展的医疗点基础上实施检测战略,有助于保证及时进行现场诊断,从而能够迅速识别和控制聚集性和暴发,从而保护社区免受疾病传播。此外,如果这一新的诊断计划涉及直接在患者家中使用高度可靠的自我收集样本,如唾液,我们将减轻医护人员的负担,以及与特定运输介质使用NPS相关的成本。这种方法还将有助于大幅减少往返于采样中心的可能感染人群的数量,这些人可能构成重大的公共卫生风险。
这种诊断方法也可以很容易地在低收入和中等收入国家实施,在这些国家,护理点平台已经广泛用于结核病、艾滋病毒和病毒性肝炎等其他疾病的诊断。
总之,我们的研究结果支持在即时护理技术上使用唾液作为一种有效的解决方案,以简化、加速和在全国范围内广泛部署诊断过程,以控制COVID-19流行病。
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确认
我们感谢DiaSorin Italia和Cepheid Italia免费提供试剂进行研究。
脚注
利益冲突:F. Saluzzo没有什么可透露的。
利益冲突:P.曼特加尼没有什么可透露的。
利益冲突:V. Poletti de chauand没有什么可透露的。
利益冲突:F.库尼亚塔没有什么可透露的。
利益冲突:P. Rovere-Querini没有什么可透露的。
利益冲突:西拉先生没有什么可透露的。
利益冲突:P.P. Erba没有什么可透露的。
利益冲突:S.拉卡没有什么可透露的。
利益冲突:C. Tresoldi没有什么可透露的。
利益冲突:C. Uberti-Foppa没有什么可透露的。
利益冲突:c·迪塞里奥没有什么可透露的。
利益冲突:D.M. Cirillo报告说,在进行研究期间,提供了造父变星和DiaSorin的测试。
- 收到了2021年7月28日。
- 接受2021年9月22日。
- 版权所有©作者2021。
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