文摘
(pre -)广泛耐药结核病的爆发是在意大利北部发现使用全基因组测序和流行病学研究。这个经验表明,综合和跨境监控系统应紧急使用。https://bit.ly/3wtQkBp
编辑器:
(MDR)耐多药和广泛耐药结核病(XDR) (TB)是一个主要的公共卫生威胁,因为减少的治疗方案和病人的结果。新抗菌素和方案开发近年来,但它们的有效性受到增多,耐药菌株的传播。全基因组测序(WGS)已经成为一种工具能够彻底改变结核病监测和结核病的临床管理。这种方法目前广泛使用的公共卫生机构在检测暴发和传动链,从而支持循证卫生政策的制定。此外,WGS可以预测的药敏情况结核分枝杆菌复杂(MTBC)菌株,经常结合表型药敏测试(AST)和最低抑制浓度(MIC)确定最优耐药结核病的临床管理1]。
在意大利(估计MDR / rifampicin-resistant (RR)的结核发病率0.3每000人口100),像大多数欧洲国家,北部和西部大部分结核病病例,尤其是耐多药/ RR表单,诊断在外国出生的人口,在东欧国家形势逆转(2),大多数的情况下影响到一般人群3,4]。
在这里,我们描述一群16痰涂片阳性pre-XDR——和广泛耐药结核病(耐氟喹诺酮类原料药和bedaquiline,因此会议2021年的标准定义)(5)情况下,涉及个人来自不同的国家的欧盟(EU),一直循环在意大利北部(图1一个),特别是在米兰和内陆地区在2016年和2020年之间,和代表在欧盟层面的公共健康威胁如果不充分的跨境传播预防。
所有MTBC隔离了WGS如前所述[6]。序列数据分析(即。筛选变量,系统发育和亲缘分析)进行描述attagliaet al。(6)使用MTBseq管道(1.0.2版)(7]。隔离被认为是作为集群的一部分,如果不同的测序数据6或更少的单核苷酸多态性(snp)。表型AST进行BACTEC MGIT 960(美国正欲,桑尼维尔CA)根据制造商的指示和世界卫生组织建议8),而麦克风进行测试MGIT所描述的Ghodousiet al。(9]。流行病学联系确认如果病例直接接触或花了时间在相同的设置,或者定义可能的情况下,属于同一个WGS-based集群,是诊断和住在同一个城市。
指示病例(即。P01), 29岁的艾滋病毒阳性招待,没有以前的历史结核病,被诊断出患有pre-XDR肺结核,额外delamanid边缘型麦克风(麦克风0.06 mg·L−1)2017年10月,被报道症状大约1个月前诊断。自那时起,15个结核病病例发现的分子与P01集群由于WGS常规使用的耐多药结核病的监测(图1 b)。值得注意的是,8例P01也流行病学上的关联,因为他们要么是客户(即。P02和P08)或工人(即。3、P06 P07 P01工作的夜总会和P10),或朋友(即。P04和P05)主持家里的其中一个(即。3)。一个病人(即。P09)否认有接触的其他成员epi-link案件或者花时间在相同的设置。
集群包括大部分男性(11;69%),年轻(平均26.5年)和外籍(9;56%)个人,从罗马尼亚主要来自东欧:五(即。3、P06 P13 P15和P16),两个来自阿尔巴尼亚(侯和P12)和一个来自乌克兰(即。P04)。值得注意的是,12的16例(即。P01-P07、P09 P12-P15)也被确定为跨境集群的一部分(即。snpCL1)最近所描述的Taglianiet al。(10]。16中集群情况下,六个广泛耐药结核(即。P03-P06 P09和好)8 pre-XDR-TB (即。,P02 P01 P07、P08 P10-P12 P15),和两个耐多药结核病(即。P13和P16) (图1 b)。4例(即。P05 P06,好P01和P15)相同的隔离,基于SNP-based评估,但只有其中两个,P05和P06 epi-link指数情况下成立。三个相同的隔离,属于P03 P08 P13,从指示病例隔离一个SNP的区别。其中,只有P13,病人来自罗马尼亚和诊断在2016年意大利中部,不是epi-linked P01。其余病例epi-linked P01已经隔离不同的两个或三个snp的指数。不是epi-linked病例中,P16,罗马尼亚病人诊断于2020年在意大利西北部,由五个snp,隔离不同P01,被确认为耐多药结核病例的密切接触在罗马尼亚,虽然侯和P12,两个阿尔巴尼亚属于同一家庭和确诊病例在2016 - 2017年在意大利东北部,有相同的隔离四个snp除了指数的情况。
除了一个病人(即。P03) 2013年以前治疗结核病,没有其他病人有结核病史之前,从未接触过抗结核治疗,表明抵抗可能是传播的结果而不是期间获得治疗。
4.6所有隔离属于血统。六个分离株(37.5%)耐bedaquiline (即。P03-P06 P09和P12),包括一个孤立也耐delamanid (即。P05)和一个抵抗delamanid和氯法齐明(即。P04)。此外,三个隔离边界麦克风了delamanid(麦克风0.06 mg·L−1)(即。P01 P03和P06);和三个氯法齐明(麦克风1.0 mg·L−1)(即。3、P05 P06)。
在这封信中,我们描述的常规使用WGS-based监测MDR / RR-TB允许识别的混合pre-XDR耐多药/广泛耐药结核病集群在意大利北部,主要来自东欧的外籍个人之间。这是第一个广泛耐药结核传播根据新的定义(即。抵抗两个或两个以上的组药物)记录。虽然详尽的接触者追踪活动允许建立集群之间的流行病学联系的情况下,我们不能自信地确定集群的来源,可能在意大利北部和东部欧洲跨境影响,所显示重叠集群与跨境snpCL1前所述[10]。因此,欧盟,公共卫生专家必须意识到跨境pre-XDR和广泛耐药结核病的传播可能是由于欧洲自由运动(11),注意由于缺乏跨境分子监测与健康记录和接触者追踪数据集成。
正如已经声称[10],WGS-based监测系统的实现涉及所有欧盟成员国都急需妥善并及时解决这些事件和限制高度耐药结核菌株的进一步传播。这个实现的控制也可能提供和被转移到其他的传染病。然而,建立这样的好处协调跨国监测可能减毒和破坏如果微生物数据不加上病人的医疗记录和接触者追踪数据的共享是当前隐私立法预防的和在成员国之间数据共享(即。第二十条、通用数据保护监管)。希望扩展授权的欧洲疾病预防和控制中心,2020年11月通过欧盟委员会(12),和建立一个欧洲健康数据空间,为2020年9月提出13一起),可能使建立一个更灵活的和实时的流行病学和分子监测传染病,包括结核病。然而,这些建议可能会低于如果高度流动人口(如。季节性工人,寻求庇护者)[14将被排除在外的设计这样一个雄心勃勃的集成e-health平台。
总之,的存在和可能的跨境传播高度耐药结核菌株需要及时、有效地解决。我们敦促决策者和公共卫生专家实施措施能够防止交叉,within-border极度传染性和耐药病原体的传播。
可共享的PDF
确认
我们要感谢酯Mazzola与斯特凡Torri区域结核病参比实验室助理Niguarda(意大利米兰)为他们的技术贡献结核病的初步分子评估样本的集群情况下在此描述;和阿尔贝托它起码的新兴细菌病原体IRCCS圣拉斐尔科学研究所的单位(意大利米兰)在WGS结核样品分析的技术援助。
脚注
利益冲突:美国别墅没有披露。
利益冲突:大肠Tagliani没有披露。
利益冲突:大肠Borroni没有披露。
利益冲突:功率因数Castellotti没有披露。
利益冲突:m . Ferrarese没有披露。
利益冲突:a . Ghodousi没有披露。
利益冲突:a .该行没有透露。
利益冲突:美国Senatore没有披露。
利益冲突:m . Faccini没有披露。
利益冲突:D.M. Cirillo没有披露。
利益冲突:L.R. Codecasa没有披露。
- 收到了2021年3月22日。
- 接受5月11日,2021年。
- 版权©2021年作者。生殖权利和权限接触权限在}{ersnet.org