抽象的
利用宿主转录组学诊断传染病http:////4cqq30c24sm
医生在日常临床实践中面临的最常见和充满挑战性的情况之一是急性呼吸道感染患者的诊断和管理。直到最近,最常见和“实用”的方法,后面是临床医生,是用抗生素凭经验对待这些患者的大多数。务实的争论是抗生素被规定治疗细菌,导致呼吸道感染,即使症状表明病毒感染是由于伴随或潜在的叠加细菌感染的风险。近年来,随着新研究对这一战略的真实影响阐明,近年来,反对这种实际方法的论据变得更加明显。传统上,关于使用不必要的抗微生物剂的大多数问题与抗性细菌的发育有关[1].这种担忧主要被认为是流行病学,全球问题,不影响症状需要在这一精确时刻解决的个体患者。然而,过去十年的研究已经揭示了抗微生物治疗对个体患者微生物组成的负面影响及其潜在后果[2那3.].我们了解了微生物组在指导免疫系统正常生理成熟方面的重要性,以及其成分的变化如何增加免疫介导和感染条件影响胃肠道和呼吸道的风险。此外,研究表明,过度使用抗生素可能与危重儿童的不良预后有关[4.那5.].这一证据戏剧性地改变了人们对不恰当抗生素使用影响的看法,从一个模糊的全球关注到我们在临床实践中每天治疗的单个患者。这种新的认识鼓励建立新的抗菌药物管理项目,旨在教育临床医生如何正确使用抗菌药物[6.那7.].
呼吸道感染的管理显然是一个需要创新方法来帮助减少不必要抗生素使用的领域。为了实现这一目标,明确需要制定和实施新的诊断策略,使临床医生能够针对真正需要的患者进行抗菌治疗。近年来,分子pcr方法的引入已经彻底改变了诊断微生物学。我们在使用各种临床样本检测和量化许多疾病中的病毒病原体方面经历了重大改进[8.].在呼吸道感染的情况下,这些检测方法可以非常精确地检测上呼吸道和下呼吸道的大量呼吸道病毒[9.-11].尽管病毒鉴定有这些改善,但细菌感染的诊断仍然是次优。患者尤其如下呼吸道感染的患者,其中呼吸样品中某些病毒,特别是来自上呼吸道,不能排除存在并发细菌感染的病毒。
基于病原体的检测的局限性导致了基于宿主对感染反应评估的替代诊断方法的发展。通过这种新方法,可以通过测量不同类型的病毒和细菌病原体诱导的血液RNA表达谱的差异来建立诊断[12].每种病原体都有不同的RNA表达模式,可以区分不同类型的病原体(例如细菌或病毒),甚至在特定病原体之间(例如大肠杆菌或肺炎链球菌肺炎料;流感或呼吸道合胞病毒和鼻病毒)[13-22.].
在儿童和成人中进行的一些研究确立了原则证据,并证明了这种方法在区分病毒和细菌感染以及不同类型的细菌和病毒方面的潜在价值。为了实现对感染类型的精确区分,大多数研究首先确定了一些生物标记基因转录本,然后在验证步骤中将它们应用于不同的患者队列。实现充分识别所需的生物标记的数量是可变的(取决于条件),但通常超过10-20个转录本[13-22.]除了最近在发育儿童的研究中,只有两个转录物足以区分与确诊的细菌感染的人的病毒的儿童歧视儿童[19].
测量对感染的全局宿主响应模式是诊断传染病的新范式。在这种有吸引力的方法可以纳入临床实践之前,存在需要解决的重要问题,包括较大和更多样化的患者群体和可行性的验证。将促进其临床实施的一个重要方面是通过使用更容易在临床实验室中的分子平台减少最佳诊断和2)所需的生物标志物的数量来简化这些分析:1)。在这个问题中欧洲呼吸杂志T盎等。[23.报告了一项表明在这两个领域取得显著进展的研究。他们发现了IF27.(干扰素诱导的蛋白质27)作为单一免疫生物标志物,以区分来自细菌感染患者的患者患有流感感染的患者。这是一个大型和精心设计的研究,其中包括大量受试者(n = 1071),其中包括三个不同国家的几个队列。首先,使用微阵列,分析了流感感染患者的初始群组,并与健康对照进行了比较,发现在所有差异表达的基因中,IF27.是生物标志物,具有最佳诊断性能,以区分这两组。他们在两个额外的群组中确认了使用基于微阵列的测定,并且随后使用基于PCR的测定的三个发现队列(n = 111)。此外还是在这个初步练习之后,他们进行了一系列验证研究。在I阶段验证中,他们分析了四个先前发表的数据集,其中包括儿科(n = 230)和成年患者(n = 291),具有流感感染。在这三个队列中有三个,IF27.是最过表达的基因,在第四组中是第二过表达的。随后,鉴定哪些免疫细胞表达IF27.,他们做了体外用流感抗原进行实验和刺激八种不同免疫细胞亚群。这些实验表明,血浆性树突细胞(PDC)表达了最高水平IF27.那通过toll样受体7。类似的实验表明,脂多糖刺激没有显著诱导IF27.免疫细胞中的表达,表明潜力IF27.鉴别细菌感染的流感,实际上,他们表明了IF27.区别对待流感肺炎患者和细菌性肺炎感染患者(在发现队列中)。有了这些发现,研究人员在一项新入组的前瞻性队列(402例患者和37例健康对照)中进行了II期验证,在该队列中他们测试了该病的诊断价值IF27.使用基于pcr的平台表达。利用此PCR平台确定最佳截断值IF27.,他们将流感患者与细菌感染患者区分开来,灵敏度为0.80,特异性为0.90,曲线下面积(AUC)为91%。他们还研究了PCR平台在流感感染患者中的表现特征相对那些具有多种疾病(细菌,其他病毒和非侵入性的病症),并显示出0.80的敏感性,特异性为0.80和AUC 88%。虽然有少数患者其他病毒感染,但他们检查了表现IF27.在流感患者中的表达相对其他病毒感染,发现敏感性为0.80,特异性为0.75和AUC 83%。
这是一个显着的研究,提供了宿主转录组分析值的进一步证据,以改善急性感染患者的诊断。调查人员确定了IF27.作为一个稳健的生物标志物在流感患者使用微阵列分析;他们用体外免疫细胞的实验,并认识到PDC中的最高表达;最后,他们使用基于PCR的平台验证了其诊断价值,该平台可以在不同国家招募的大量患者中容易地在临床环境中实现。鉴定来自细菌感染的数据鉴定流感的数据是非常稳健的。随着作者所表明的,能力IF27.区分流感和其他病毒感染还没有那么令人信服,这并不出乎意料IF27.在其他病毒感染中高度表达[17那24.].还需要评估其区分流感和病毒-细菌合并感染患者的能力。然而,尽管存在这些局限性,并且需要在更多的患者群体中进行进一步的研究,并且可能使用不止一个生物标志物,但该研究代表着在推进宿主转录组学作为一种新的临床诊断工具的应用方面迈出了重要的一步。
披露
脚注
利益冲突:可以在本文中找到披露www.qdcxjkg.com.
- 收到了2017年5月15日。
- 公认2017年5月16日。
- 版权©2017人队