摘要
大多数人的新名字分枝杆菌物种最近被提出。根据分类学规则,新命名法与旧命名法并存,是同义词。使用后者的优点是避免了对医疗保健的混淆和对患者的伤害。http://bit.ly/2XhTACc
在最近的一篇文章中,Guptaet al。[1]提出了分枝杆菌分类学的修订,重新分配了该属的150种分枝杆菌分为五个不同的属;四种新提出的非结核分枝杆菌(NTM)属被称为Mycobacteroides,Mycolicibacter,Mycolicibacterium而且Mycolicibacillus.所提出的分类法是基于突触形态理论,这种分子标记很可能出现在一个祖先的早期,然后垂直传递给后代[2].通过检测一些这样的分子标记,以特定的氨基酸插入/缺失或整个蛋白质为代表,选择性地存在于进化相关的物种群体中,清楚地描述了常规属中的五个主要分支分枝杆菌.这项工作大部分是可靠的,新出现的系统发育与其他系统发育方法产生的系统发育惊人地重叠[3.,4].新奇之处在于Guptaet al。[1]建议赋予这些演化支独立属的地位。
在分枝杆菌学家中引起最大困惑的不是Guptaet al。[1],但新命名法的验证[5]由国际系统与进化微生物学杂志(IJSEM),是国际原核生物系统学委员会的正式刊物。我们认为新的命名法有可能引起混淆,对临床分枝杆菌学领域没有任何好处。对大多数微生物学家和临床医生所不知道的原核生物命名规则的调查,产生了令人惊讶的结果。因此,在这篇社论中,我们旨在为参与管理NTM疾病患者的临床医生提供有关规范原核生物命名规则的最新信息,尽管最近发表了这篇文章[1],目前使用的NTM命名法可以保持不变。
细菌的分类由原核生物命名法规范[6(以前的细菌学代码),与通常的假设不同,它不提供描述新物种的说明,也不提供在分类学家之间意见分歧时作出决定的说明。我们确实很惊讶地读到,正如Tindall所说[7],根据“分类学思想和行动自由”的原则,“没有‘正式’的分类学”。
实际上,准则只提供了细菌的有效名称,前提是要满足两个主要条件:有效发表和优先[8].为了有效,描述一个新分类单元的出版物需要包含一个序言。序言是一个很短的段落,包括分类单元的名称和规范11月.(对于一个新物种,sp. 11月。;如果是一个新属11月。等),词源及其音节和重音,并通过新分类单元的显著特征的描述,类型菌株的指定,以及证明其沉积在至少两个位于不同国家的国际文化收藏的收录号。优先级意味着,如果提议的新名称之前已经分配给另一个有效发表的分类单元,则后者具有优先级,并且必须在验证之前提出新名称。
出版于IJSEM自动授予新名称的有效性;相比之下,如果一个生物名称发表在其他期刊上,为了被承认为有效,作者必须要求将新名称包括在一个验证列表中,由IJSEM.
当一个有效发表的种或属名称被提出更改时,新名称一旦有效发表就成为以前名称的异型同义词。因此,两者都是正确的(有效的),可以不受限制地使用。通常认为最近的名字取代以前的名字是没有根据的。一个有效发布的名字不会被撤销。
文章作者:Guptaet al。[1]确实是有效发表的(它包含了所有考虑到的物种的原语,其中各自的类型菌株得到了确认),并且新名称已被列入验证列表IJSEM[5].因此,物种分配在属以外分枝杆菌(Mycobacteroides,Mycolicibacter,Mycolicibacterium而且Mycolicibacillus)都有同义词,两者都可以正确使用。这篇社论的作者,可能还有大多数微生物学家和临床医生,都不了解这种可能性。
基于五个属的命名法也有两个主要缺陷;首先,它适用并有效发表,但仅限于Guptaet al。[1];然而,至少还有40个国家仍在继续分枝杆菌作为唯一有效的名称。其次,在Guptaet al。[1]:m . rhodesiae,m . szulgai,m . tusciae而且m . vulneris被贴错标签[4].m . rhodesiae而且m . tusciae经证实为不明快速生长分枝杆菌;m . szulgai被证明是m . kubicae而且m . vulneris被证明是m . porcinum.这意味着转移m . vulneris(生长缓慢的)属Mycolicibacter不正确[9].
总的来说,更新的命名法及其采用IJSEM在用于序列菌株鉴定的数据库中(如。GenBank)或MALDI-TOF质谱数据库对微生物学家、临床医生和患者都是有害的。非结核分枝杆菌在遗传和生物学上可能是多样化的,但它们在不同的高危人群中产生非常相似的疾病表现。这种一致性和从中吸取的教训对临床医生和受影响的患者都很重要。因此,重复一下20年前Amalio Telenti的话:“临床意义应该是分类学精度的关键”[10].实用的解决办法是选择不容易出错的命名法,从这个角度来看,基于单一属的命名法,分枝杆菌,有重要的优点。近年来,通过促进非结核分枝杆菌感染的循证临床护理、治疗结果和临床试验,共享临床医生和患者熟悉的简单术语(分枝杆菌)和适当的首字母缩写(NTM),已取得了重大进展[11- - - - - -14].拟议的新命名法无助于这一原因。
看来,Guptaet al。[1并没有解决这个属内亟待解决的分类学问题分枝杆菌;他们的发现虽然在很大程度上是正确的,在科学上是合理的,但并不能证明这种重要的医学属的分裂和重命名所造成的破坏是正确的。在医院和实验室更新程序和实验室信息管理系统,以支持医生和护理人员的日常工作,将需要大量的费用和努力,使他们能够不混淆地处理新名称及其同义词。事实上,这一切对患者和整体医疗保健都没有明显的好处。
我们相信,微生物学家和临床医生将明确支持该准则所提供的可能性,即故意忽视对临床重要生物(如非结核分枝杆菌)的重命名。
脚注
利益冲突:E.托尔托利没有什么可透露的。
利益冲突:b.a Brown-Elliott没有什么可透露的。
利益冲突:J.D. Chalmers已获得葛兰素史克、勃林格殷格翰、阿斯利康、辉瑞、Grifols、拜耳AG、Polyphor和Insmed的研究资助;并从葛兰素史克(GlaxoSmithKline)、拜耳医疗保健(Bayer Healthcare)、Aradigm Corporation、Grifols、辉瑞(Pfizer)、勃林格殷格翰(Boehringer Ingelheim)、纳普(Napp)和Insmed收取咨询、会议旅费或演讲费。
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- 收到了2019年4月19日。
- 接受2019年5月28日。
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