摘要
XPERT MTB / XDR是一种新的耐药结核的快速分子试验https://bit.ly/3l2t4op
介绍
新近推出的XPRT MTB/XDR分析(CEPHEID公司,森尼维耳,CA,美国),由创新的新诊断学基金会[1]鉴于迫切需要新的和更好的诊断方法来指导抗药性结核病(DR-TB)的治疗,该研究受到结核病(TB)社区的广泛欢迎。Xpert MTB/XDR检测对异烟肼的耐药性(目标基因:inha.发起人,凯特那fabG1那oxyR-aphC基因间区)、乙硫酰胺(inha.氟喹诺酮类(gyrA和gyrB),以及二线注射剂(rrs和EIS.启动子),并定位于Xpert MTB/RIF或Ultra检测利福平耐药患者的附加或“反射试验”[2那3.].
耐药结核菌株的传播威胁到全球结核控制最近取得的进展[4.],有证据表明,大多数利福平耐药(RR-TB)或耐多药(MDR-TB)结核病患者通过人际传播获得感染。诊断和治疗选择的不足阻碍了有效的全球应对措施。使用Xpert MTB/RIF作为一种快速和敏感的结核病前线检测测试已被证明可以改善患者的结果,并具有成本效益[5.],但缺乏耐药性/耐多药结核病数据;部分原因是过去糟糕的治疗选择。我们简要概述了新测试的可感知的好处、局限性和仍然存在的挑战(表1)。
好处/增值
现有的Xpert MTB/RIF和Ultra分析仅检测利福平耐药性,这阻止了RR/MDR-TB的分化,不提供进一步的治疗指导。扩大药物敏感性试验(DST)需要指导优化的RR/MDR-TB治疗,这对于改善患者预后、减少感染持续时间和限制耐药性扩增的风险至关重要。耐药性扩增是推广包含所有口服短程方案的新贝达喹啉的一个特别关注的问题[6.].培养和表型DST是目前的黄金标准,但在结核病流行的环境中很少可用。在缺乏表型DST的情况下,分子技术,如线探针分析(如。建议使用MTBDRsl)。然而,这些检测方法对痰涂片阴性患者的灵敏度很低,需要专门的基础设施,而这些基础设施在设备完善的中心实验室之外是不可用的[7.].
Xpert MTB/XDR分析的一个主要优点是,它需要与Xpert MTB/RIF和Ultra相同的样品处理步骤,这两种方法在野外条件下表现出了良好的稳健性。Xpert MTB/XDR分析的熟悉性、便携性和用户友好的格式使其具有分散性的吸引力。此外,它还具有最低的生物安全要求rs快速周转时间,可由经过有限培训的卫生人员操作。结果可在90分钟内获得 与传统的基于培养物的DST的几周或在中心实验室水平进行的线探针分析的几天相比。
氟代喹啉酮抗性测定至关重要,鉴于其在RR / MDR-TB治疗中的关键作用和保护伴侣二线药物等贝魁胆(Bedaquiline)的关键作用[8.那9.].2020年世界卫生组织(世卫组织)关于RR/MDR-TB治疗的建议确认了下一代氟喹诺酮类药物在较短疗程全口服方案中的关键贡献[6.].在初步评估中,与表型DST相比,Xpert MTB/XDR能够以91.4%的敏感性和98.5%的特异性识别氟喹诺酮耐药性[3.]这接近世卫组织快速DST诊断敏感性(>95%)和特异性(>98%)的目标[10].然而,检测突变(S91P / A90V,D94A)的测定能力减少(S91P / A90V,D94A),导致低水平氟喹酮抗性,尤其是在杂体抗性菌株中的抗性[3.,并强调有必要进一步仔细监测不同环境中不同基因/表型DST结果的差异。
限制/挑战
除了药盒成本外,新的分析需要具有10色多路复用技术的GeneXpert仪器模块,因此当前的Xpert仪器将需要进行重大改装和重新校准。这是一个重大挑战,尤其是对于可能需要承担额外运输和服务的中低收入国家费用。虽然该分析对分散治疗很有吸引力,但其在不同环境中的最佳放置需要以当地诊断算法以及当地可行性和成本效益为指导。基础设施、成本和后勤约束条件差将限制大多数高负担国家的护理点放置[5.].需要考虑的另一个当务之急是在所有可获得诊断的环境中提供充分的耐药/耐多药结核病治疗的能力[11].近年来,通过全球药物基金,提高耐多药结核病规划的规模,增加了获得高质量二线结核病药物的机会,成功地缩小了Xpert MTB/RIF推广造成的耐多药结核病/耐多药结核病诊断和治疗缺口。
异烟肼耐药是耐多药结核的一个关键前体[12那13],这表明需要改进对Xpert MTB/RIF或Ultra未检测到的非耐多药异烟肼菌株的检测和适当治疗。很少有国家有实验室能力评估异烟肼耐药性[14]新方法具有良好的检测能力;与表型DST相比,敏感性为98.3%,特异性为95%[3.].鉴于世卫组织建议对这些患者采用改进的治疗方案,以改善治疗结果并限制耐多药结核病的产生,这一点很重要[6.].然而,随着“反射试验”的情况下,如果在前线诊断中组合了异噻唑和利福平的抗性测试,则不会使用这种能力,并且如果在前线诊断中组合。应该注意的是,可以通过XPERT MTB / XDR的基因中的突变赋予Isoniazid抗性(包括高液位电阻),例如aphC ndh,矿山和myma..这些突变并不常见,但它们的地理分布尚未得到评估。此外,它们的频率可能会随着诊断选择的增加而增加,在斯威士兰观察到的一种现象是,由耐药热点以外的突变介导的利福平耐药已成为普遍现象[15].
乙硫酰胺与异烟肼具有化学相似性,并具有共同的真菌酸生物合成途径。乙硫酰胺抗性是通过鉴定突变在inha.已知对异烟肼(低水平)和乙硫酰胺(高水平)具有共同耐药性的启动子区域[16那17].但是,还有其他基因(埃塔那乙酰胆碱那ndh和MSHA.)和未知的机制也带来了耐药性[18].由于大多数环境中缺乏表现型乙硫酰胺DST [19,基因型方法对鉴定乙硫酰胺抗性具有重要价值。尽管新的世卫组织指南将乙硫酰胺归类为C组药物,仅在没有更新/重新用途药物时才考虑[6.,它仍然是一个值得思考和了解的强有力的媒介inha.启动子突变也可指导高剂量异烟肼的潜在使用[20].
鉴于改善治疗结果和减少不良反应的证据,新的RR/MDR-TB治疗指南优先使用口服制剂(如。贝达奎林、利奈唑胺、氯法齐明、环丝氨酸)[6.那21].因此,检测可注射药物的耐药性已变得不那么重要。然而,在无法制定出有效的全口服治疗方案以及采取适当措施监测不良影响的情况下,可注射药物敏感性知识仍然有用[22].由于定位为“反射测试”,允许后续测试的最小样品量和样品存储条件必须严格评估,以简化物流并保持良好的性能。
该领域的未来
随着Xpert MTB/RIF和Ultra的实施,未来的研究应该评估Xpert MTB/XDR在不同地理环境和不同临床标本中的表现。这在艾滋病毒感染者和儿童中尤其重要,肺外和少杆菌病在儿童中更为常见[23那24]。细针穿刺活检等样本可能会提供优异的产量,如Xpert MTB/RIF[25]虽然脑脊液中预期降低的敏感性,但阳性测试将具有重大临床意义[26].新的测定对肺样品中的Xpert MTB / RIF具有相当的敏感性,但它使用肺样品的性能尚未得到评估[3.那27].的检测限结核分枝杆菌通过Xpert MTB / XDR(71.9 CFU·ML-1)与MTB/RIF(86.9)相当 CFU·mL-1),但没有超低(15.6 CFU·mL-1)。如何处理Xpert Ultra“跟踪”呼叫将必须由一个独立的谁召集的指南开发集团讨论,他们将考虑将新的测定纳入现有诊断算法的不同方案。
正如谁希望扩展检测DR-TB的能力,新的快速分子诊断技术对于改善TB控制并达到最终TB消除的进展至关重要[28].新的检测方法将提高对二线耐药患者的快速诊断,使早期开始适当的治疗和最佳的以人为本的护理成为可能。然而,该试验只针对特定靶基因中被识别为“热点”的有限数量的抗性变异,这可能导致在不同的环境下敏感性不同。理想情况下,异烟肼耐药检测应包括在一线结核病检测试验中,而不是在发现利福平耐药后作为附加检测。该分析方法的主要价值在于快速检测氟喹诺酮类药物耐药性,以指导全口服耐多药结核病治疗,但需要注意的是,它不能检测到对方案中包含的新药物/重新用途药物的耐药性。常规的全基因组测序(WGS)通过询问整个基因库来克服这一缺点,但目前这只在资源丰富的环境中可行,而且缺乏对新药/改用药物耐药的遗传决定因素的充分了解。此外,在大多数情况下,WGS仍然需要对标本进行初始培养,这可能会导致应变偏差和患者管理的严重延误。
Xpert MTB/XDR分析的一个关键好处是Xpert平台的稳健性、其最低的生物安全要求以及结核病项目已经熟悉其使用的事实。鉴于迫切需要快速确定氟喹诺酮类药物耐药性,以指导使用新的全口服短期RR/MDR-TB方案,特别是保护贝达奎林免受快速出现耐药性的影响,该方案的推出是及时的。然而,将新的分析方法集成到现有算法的策略需要仔细考虑如何提取最优值,并在各种设置下建立适当的监控过程。虽然制造商几年前选择的分子靶点可能不再像期望的那样当代,但这种新的检测方法成功地证明了快速复合技术适合于近患者检测,可能适合于包含替代靶点突变。
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脚注
利益冲突:A.Bainomugisa无需披露。
利益冲突:C. Gilpin没有任何披露。
利益冲突:C. Coulter无需披露。
利益冲突:B.J. Marais没有什么可披露的。
- 收到了2020年8月31日。
- 公认2020年9月26日。
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