抽象
横贯全国哮喘遗传协会(TAGC)确定与哮喘相关的SNPs 878。我们假设这些单核苷酸多态性影响哮喘的风险在气道上皮细胞的基因表达调控,并进行表达数量性状位点(eQTL)和调解分析来识别SNP和表达水平之间的直接关联顺genes (within 1 Mb) in nasal (airway) epithelium from Puerto Rican children with (n=228) and without (n=241) asthma. We then tested whether genes whose expression is associated with TAGC SNPs are differentially expressed (DE) in atopic asthma. We identified 1150 direct associations between 418 TAGC SNPs and the expression of 55顺基因。大多数的SNPs调节遥远顺-genes (average distance ∼200 kb). Our mediation analysis showed that 4571 (89.2%) of 5119 (direct and indirect) SNP-gene expression associations are mediated by methylation. Of 114 genes whose expression is associated with TAGC SNPs, 54 are DE in atopic asthma, including novel and previously reported genes. In an independent cohort of 72 African American children, 50 of the 54 DE genes were available, and 21 (42%) were also DE in atopic asthma. Thus, we show that many TAGC SNPs are associated with expression of distant顺-genes在气道上皮细胞,并且这主要是由DNA甲基化介导的。此外,近一半的表达在气道上皮细胞与单核苷酸多态性湘火炬相关也DE在变应性哮喘的基因。我们的研究结果支持气道上皮基因表达的调控对过敏性哮喘患儿中起关键作用。
脚注
这份手稿最近已接受该出版物欧洲呼吸杂志。据审稿,并通过我们的制作团队排版之前在这里其已接受的形式出版。经过这些生产工艺齐全,作者已经批准了造成证据,文章将移动到的最新一期ERJ线上。请打开或下载PDF,查看这篇文章。
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利益冲突:J.C.Celedón已收到的研究材料来自葛兰素史克和默克公司(吸入性类固醇)和的PharmaVite(维生素d和安慰剂胶囊),以提供药物免费向参与者在美国国立卫生研究院资助的研究,无关的当前工作。
- 收到2019年8月30日。
- 公认2019年11月24日。
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