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这封信描述微进化pre-XDR MTB的应变与肺结核患者在接触BDQ 18个月。耐多药结核病治疗BDQ需要功能背景方案,防止出现额外的阻力。https://bit.ly/3D05qT9
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Bedaquiline是一种新型抗结核药物治疗耐多药结核病(mdr - tb)世界卫生组织(WHO)推荐的(1)和最近升级到A组结核病药物的分类三个关键的药物,以及linezolid和氟喹诺酮类原料药,包括在所有耐多药结核病的治疗方案。基于分组的二线药物,广泛耐药结核病(xdr - tb)是重新定义为MDR -或rifampicin-resistant-TB耐氟喹诺酮类和bedaquiline或linezolid或两者兼而有之。此外,结合bedaquiline pretomanid linezolid, BPaL方案的一部分建议治疗成人肺结核病人有pre-XDR-TB或耐多药结核病是没有响应或不能容忍推荐标准治疗(2]。然而,全球新兴抗bedaquiline威胁耐药结核病的新治疗方案的有效性。
在本回顾性研究中,我们将讨论pre-XDR微进化结核分枝杆菌应变与肺结核病人在不同时间点在18个月期间bedaquiline-containing疗法治疗。我们也报告高层抵抗bedaquiline收购和发展XDR结核由于Ala63Pro突变的出现atpEATP合酶基因编码bedaquiline目标。最后,我们将讨论Ala63Pro突变的逐渐消失之后,过早终止密码子突变的出现和固定Rv0678在这段时间。
第一个标本培养和药物敏感性试验(DST)之前收集的开始治疗。DST在省级实验室执行世卫组织建议的快速分子DST(基因型MTBDRplus MTBDRsl版本2;海Lifescience Nehren、德国)和pre-XDR-TB报道。的诊断pre-XDR-TB随后证实了表型DST耐左氧氟沙星1 mg·L−1但是容易受到莫西沙星1 mg·L−1。此外,吡嗪酰胺耐药性报道以及对二线注射药物的敏感性。病人治疗方案包含bedaquiline发起,莫西沙星,linezolid,氯法齐明,环丝氨酸,卷曲霉素、delamanid、乙硫异烟胺。文化保持积极和9个月的治疗后,宣布失败和治疗停止。中断6个月后,病人在另一个治疗网站和DST是重复与以前报道的结果相似(pre-XDR-TB)。病人治疗方案包含bedaquiline re-enrolled,莫西沙星,linezolid、环丝氨酸、乙硫异烟胺和吡嗪酰胺。病人未能culture-convert为6个月;治疗然后修改和病人继续bedaquiline, linezolid氯法齐明,delamanid包含方案。文化转换是第一次报道,8个月后re-enrolment修改治疗2个月后,和之后保持修改的负面直到完成20个月治疗。病人治疗失败后终于治愈已经宣布两次bedaquiline-containing方案。
隔离是收集的国家结核病参比实验室(海军)的监测项目实施研究收购阻力bedaquiline在巴基斯坦,像前面描述的那样3]。总的来说,七结核分枝杆菌从这个病人进行了隔离,包括基线(隔离)和四个文化孤立完成3、6、7和9个月(隔离B, C, D和E)的治疗和最后两个隔离(F和G) 15 - 17个月当病人re-enrolled (图1)。在海军研究实验室,所有隔离执行他们的亚文化和DST在MGIT960自动化系统(BD,火花,医学博士,美国)世卫组织推荐为bedaquiline临界浓度,linezolid氯法齐明,delamanid [4]。Bedaquiline敏感性测试隔离F和G也在0.5和2.0,除了临界浓度为1.0 mg·L−1。
超国家的菌株被送到参考实验室(SRL),米兰在两个出口,包括四个生活(A, B, C和E)和三个灭活文化隔离(D, F和G)。全基因组测序(WGS)进行所有7个菌株,以50×如前面所描述的深度报道阈值(3]。此外,所有四个活菌株(A, B, C和E)检测的最低抑制浓度(MIC) 7 h11和MGIT如前所述[3]。最后,对于隔离A、B和E增长率的分析通过光密度测量(OD600)麦德布鲁克7 h9培养基(80年OADC和0.05%渐变)进行描述的其他地方(5)和生长动态绘制使用R包Growthcurver [6]。H37Rv(写明ATCC 27294)应变是用作控制应变实验。
SRL米兰,WGS基线分离显示Delhi-CAS sub-lineage应变与变异耐利福平、异烟肼、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、氟喹诺酮类原料药和链霉素(图1一个)。这个基线分离(A)是容易bedaquiline麦克风的0.03和0.5 mg·L−1分别在7 h11和MGIT (图1 b)。收集到的孤立的WGS bedaquiline疗法开始后3个月(B)公布了收购Ala63Pro突变atpE变异频率为100%,没有出现在基线分离;这是关联到一个非常高的bedaquiline麦克风(> 0.5和16毫克·L−1分别在7 h11和MGIT)。隔离度,收集后6个月bedaquiline曝光,显示bedaquiline麦克风一样隔离B和持久性的突变细菌人口的100%。的频率atpEAla63Pro下降(68.25%)的变异频率在随后的隔离在7月(D)隔离,但出现两种不同的突变Rv0678被认为(Gln22_STOP和TG删除在131 - 132位置变异频率为5.45%和21.67%,分别)。Gln22_STOP突变成为主要的人口(69.12%)的变异频率隔离E bedaquiline-containing 9个月的治疗,但令人惊讶的是atpE_Ala63Pro突变没有检测到甚至通过设置变异频率检测阈值的1%。此外,bedaquiline麦克风隔离E显示倍减少对隔离B和C (bedaquiline麦克风2与16 mg·L−1MGIT),这是根据失踪的atpE突变。此外,在隔离E两个变体的出现Rv0678发现:Thr58Pro替换和C等位基因频率的插入位置141 23.53%和7.08%,分别。最后,Rv0678_Gln22_STOP突变似乎成为隔离固定(100%)的变异频率F和G收集,分别在15和17个月从基线,当病人正在重启bedaquiline-containing疗法治疗6个月后中断。这些分离株耐1毫克·L−1在2 mg·L和敏感−1MGIT bedaquiline,确认麦克风2 mg·L−1,一样的隔离E。
我们报告的瞬态出现atpE_Ala63Pro突变相关高层bedaquiline阻力在临床结核分枝杆菌隔离。此外,我们的结果表明,多个Rv0678突变可能会出现独立,可以固定在治疗。然而,atpE_Ala63Pro突变bedaquiline-containing方法的9个月后完全消失,这可能与健身成本的增加这种突变。一般来说对于大多数细菌物种,resistance-conferring突变可以赋予生物的成本显示选择性生长不利相对于药物敏感同基因的菌株的生长能力没有抗菌药物(7]。在结核分枝杆菌,增加健身成本曾被证明在体外二十三rifampin-resistant突变体(8,9),streptomycin-resistant突变体(10,11],isoniazid-resistant突变体(11,12]。根据先前的发现,频率越低atpE突变在临床分离株可能表明健身成本较高的突变体(13- - - - - -15),而Rv0678突变体的结核分枝杆菌似乎有相同的健康相比,相应的隔离,甚至有点优势(16]。我们世代时间的计算结果绘制生长曲线造成OD600在不同跨度为显示atpE突变体有一个较慢的增长速度和更低的增长潜力和对父母的压力Rv0678突变体,证实了低健身的atpE突变体相比,父母的压力Rv0678突变体(图1 c)。这一发现与先前的研究一致,表明增长速度测量的一致性在体外与这些耐药突变体的频率恢复患者在临床的设置(10,11]。
总之,bedaquiline-containing方案对耐多药结核病需要有效的同伴药物以防止出现额外的阻力,实现较高的治愈率。在这里,我们表明,突变影响bedaquiline阻力不同,由于他们的健康成本。靶向性耐药性的出现在3月bedaquiline治疗还显示阻力放大的风险在一个相对短的时间。因此,在耐多药结核病高负担国家中,是至关重要的发展能力不仅对表型DST也对麦克风测试和WGS。收集、存储和分析的顺序应该执行隔离病人未能文化将在3个月的治疗。结核病规划缺乏能力表型DST为新药物和/或WGS需要获得资源和建立有效的联系与srl暂时支持他们的WGS需求在开发国内产能。
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脚注
原始顺序读取所有隔离已经沉积在BioProject PRJNA750281 NCBI。
利益冲突:没有宣布。
支持声明:本研究是由世卫组织项目主管/巴基斯坦国家结核控制规划和SRL米兰收购阻力的监视bedaquiline在巴基斯坦。资金信息,本文已沉积的Crossref资助者注册表。
- 收到了2021年7月28日。
- 接受2021年11月4日。
- 版权©2022年作者。
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