抽象的
没有爆发M.横坐标在意大利CF患者中,尽管存在普遍循环克隆http://////om9l30cs6m0.
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分枝杆菌脓肿是一种迅速生长的不萎缩的分枝杆菌物种越来越多地孤立世界[1]。它可能导致慢性肺部感染,主要是在老年患有潜在的支气管扩张或慢性阻塞性肺病的患者中,并且它也可能引起软组织,骨骼和关节感染[2]。M.横坐标经常从囊性纤维化患者中孤立(CF)[3.]尽管它在肺功能下降的作用仍然不清楚,但在1秒内强迫呼气量严重减少的患者中都可以发现它(FEV1)计算断层扫描(CT)扫描的逐步恶化[4.]和无症状患者。我们在整个基因组水平上进行了调查M.横坐标与所有患者分离的患者在过去十年中出席了四个意大利CF中心,目的是评估人类间传播的作用。
这四个中心位于意大利的地理位置不同地区。所有中心都经常使用常规协议对分枝杆菌进行痰筛选[5.],一起延长孵化文化Burkholderia cepacia.选择性琼脂(BCSA)。BCSA的快速生长分枝杆菌的选择性活性[6.]允许失踪的风险M. Abscessu.通过污染或过度生长的其他细菌物种来最小化。在本研究所涵盖的几年内,任何一个中心都没有特殊的隔离政策。
M. Abscessu.s由三个亚种组成:M.横坐标亚普。横坐标那M.横坐标亚普。Bolletii.和M.横坐标亚普。曼利琴[7.]。我们确定了306个分离株的孤立级别RPOB.基因测序[8.]。在我们的研究中,M.横坐标亚普。横坐标与报告的数据一致地占分离株的62%[9.]。不料,M.横坐标亚普。Bolletii.是第二个最普遍的亚种(22%),这表明这个亚种本并不像以前认为那样罕见。
总共,用于全基因组测序(WGS)的162个分离物;如果发现多个分离株,则从每位患者和至少两个(第一和最后一个)取出一种分离物。在所示的患者中,被归属于相同或不同亚种的一个以上的菌株,选择用于WG的代表性比例的分离物,其目的是将持续感染与偶尔的再感染分化。
通过基于在来自同一患者的短时间间隔中收集的分离物的平均差异,通过单核苷酸多态性(SNP)检测进行分离物的聚类分析。10.]。读被映射到M.横坐标ATCC19977基因组(NC_010397.1)使用BWA(http://bio-bwa.sourceforge.net.)和用gatk和samtools工具包改装的映射。SNP由SAMTOOLS和PERL脚本调用,具有前向和反向方向的四个读数的最小覆盖率,四个读取等位基因,验证得分至少为20,等位基因频率为75%。然后将SNP位置组合,并且在至少95%的分离物中具有可靠碱呼叫的位置被连接到序列对准,从而在彼此的12bp的窗口内排除SNP。
在48例中有42例患者中有多个分离株M.横坐标随着时间的推移,SNP的平均差异为7(范围0-22),呈现相同菌株的持续性而不是重新感染的低数量。在四名患者中,我们孤立了多个亚种M.横坐标在不同的时间点。在另外两个患者中,检测到两个相同亚种的两个不相关的菌株。在几乎所有案例中呈现出一个以上的亚种(5/6),我们会观察到相同的应变随时间的持久性。
WGS证实了所执行的物种识别RPOB.除了两个菌株之外,所有案例中的桑克尔测序,尽管存在RPOB.序列具体M.横坐标亚普。横坐标,被分配到M.横坐标亚普。曼利琴由WGS.。
图1显示由WG分析的162个分离物的最小分析树。对应于亚种的三个主要簇是明确识别的(矩形A,B和M)。之内M.横坐标亚普。横坐标(图1A),我们观察了一组聚类分离物(灰色着色)源自15(25%)不同患者,而剩余的分离物被分散。聚类分离物的中值分支长度为21个SNP(范围1-144)。
最近的纸张bryant.等等。分析了大量的WGM.横坐标与CF患者患者患者全世界[11.据报道,存在至少三种主要克隆的主要克隆,至少有三个爆发,以后应导致或富麦酸介导的传播。对我们的基因组分析,以及B由B报告的30个ryant.等等。[11.](对于三个主要集群(10个):横坐标1和2和Massiliense)揭示了脓肿1重叠了我们收集中识别的最大集群(灰色遮荫图1)。为避免忽略传输剧集的风险,我们有意地保持标记可能的患者对患者传输宽(≤30个SNP的阈值,我们的相同患者差异在99%的情况下为≤21SNP)。通过应用该阈值,我们在上述群集中检测到涉及七个患者的前述三种可能的患者对患者的传输集中(A2和A3中的3个患者,每次3例。在内部确定了一个额外的群集M.横坐标副。横坐标分散的分离物,涉及五名患者(A4)。SNP的数量确认只有两个患者(IR和GI)可能发生的变速箱。在内部检测到两个簇M.横坐山。亚普。曼利琴(M1和M2),每个涉及两名患者,而涉及三名患者的一个聚类(B1)存在M.横坐标亚普。Bolletii。
我们能够收集关于本研究中包含的不同中心的每位患者的信息。通过WGS分析识别的七个“可能的”传输剧集,使用SNPS差异≤30°,只有三个(M1,M2和B1 [患者,IF和RM])涉及参加同一CF中心的患者同时。对于剩下的四名患者,透射率似乎非常不可能基于地理位置。事实上,这些病例涉及参加位于不同城市(A1)的中心的患者,或患者(一个成人和一份儿科)的夫妇,但在临床的不同和遥远的位置(A2,A3和A4)。我们的小簇(A4)之一,包括没有非常密切相关的菌株,恰逢B的横断面2ryant.等。[11.],虽然麻兰远离我们的M.横坐标副。曼利琴除了一个菌株(CP01)外,基因组仅从一个患者分离一次。重要的是,我们的调查可以排除过去12年的主要疫情的发生M.横坐标参加本研究的四个意大利中心中的任何一个菌株。b by纸张的差异ryant.等。[11.[多个国家的大规模爆发可能会被其更大的样本大小解释;但是,在B的旧学习中ryant.等。[10.],这与我们招募的患者数量非常相似,两个大爆发M.横坐标亚普。曼利琴在一个CF中心报道。另一个解释可能是非常低的发生率M.横坐标亚普。曼利琴在我们的研究中。
我们得出结论,B由B描述的簇脓肿1ryant.等等。[11.]在意大利在患有CF患者的人口中存在此外,我们确定了很少的聚类案例,每个病例最多涉及三名患者,无法排除医疗保健相关传播的可能性。在我们的任何参与中心的研究中没有确定任何重大爆发。我们的调查结果,远未尽量减少CF中心中预防性感染控制措施的重要性,希望降低因赋予人类间传播风险而引发的CF社区的关注M.横坐标。
脚注
支持声明:该研究得到了研究赠送FFC的支持 - 来自FOONAZIONE Ricerca Fibrosi Cistica的资格#27/2014。本文的资金信息已存入CrossRef Resder注册表。
利益冲突:没有宣布。
- 已收到2016年12月22日。
- 公认2017年4月7日。
- 版权所有©2017