![图2](http://www.qdcxjkg.com/content/erj/56/3/2000217/F2.medium.gif)
曼哈顿的情节epigenome-wide分析过敏性哮喘。红线代表family-wise错误率(弗雷德里克)阈值和蓝线代表错误发现率(罗斯福)阈值。分析调整年龄、性别、身体质量指数(BMI)、吸烟状况、吸烟的久,住宅,秋季入学和四个细胞(单核细胞、淋巴细胞、嗜中性粒细胞和嗜酸性粒细胞)。
![图3](http://www.qdcxjkg.com/content/erj/56/3/2000217/F3.medium.gif)
网络图的九个丰富通路(广场)连接涉及基因(圆圈)non-atopic和/或过敏性哮喘。蓝色代表基因或通路参与non-atopic哮喘。橙色代表基因或通路参与过敏性哮喘。
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表1
参与者在农业的特点(ALHS)分层的肺部健康研究哮喘和特异反应性状态(n = 2286)
特征 通过#(n = 1157) 仅特异反应性(n = 185) Non-atopic哮喘(n = 673) 过敏性哮喘(n = 271) 性 男性 625 (54.0) 110 (59.5) 300 (44.6) 138 (50.9) 女 532 (46.0) 75 (40.5) 373 (55.4) 133 (49.1) 吸烟情况 从来没有 754 (65.2) 121 (65.4) 456 (67.8) 192 (70.9) 前 342 (29.6) 56 (30.3) 201 (29.9) 68 (25.1) 当前的 61 (5.3) 8 (4.3) 16 (2.4) 11 (4.1) 的住所 爱荷华州 839 (72.5) 114 (61.6) 502 (74.6) 179 (66.1) 北卡罗莱纳 318 (27.5) 71 (38.4) 171 (25.4) 92 (33.4) 秋季入学 是的 219 (18.9) 45 (24.3) 179 (26.6) 75 (27.7) 没有 938 (81.1) 140 (75.7) 494 (73.4) 196 (72.3) 目前农业 是的 797 (68.9) 130 (70.3) 440 (65.4) 180 (66.4) 没有 360 (31.1) 55 (29.7) 233 (34.6) 91 (33.6) 哮喘控制 充分控制 - - - - - - - - - - - - 305 (45.3) 156 (57.6) 控制不足 - - - - - - - - - - - - 131 (19.5) 44 (16.2) 缺失的数据 - - - - - - - - - - - - 237 (35.2) 71 (26.2) ICS使用 是的 - - - - - - - - - - - - 278 (41.3) 103 (38.0) 没有 - - - - - - - - - - - - 395 (58.7) 168 (62.0) 年龄在家里访问 63 (55 - 72) 60 (55 - 68) 62 (55 - 71) 60 (52 - 68) 久的人们吸烟的¶ 14.5 (2.3 -35) 7.3 (0.9 -25) 6 (1.5 -19) 7.7 (1.5 - -21.3) BMI公斤·米−2 28.8 (25.6 - -32.6) 29.0 (25.3 - -32.5) 30.5 (26.9 - -35.1) 29.6 (26.1 - -33.9) 细胞类型 单核细胞 0.08 (0.06 - -0.10) 0.08 (0.06 - -0.11) 0.07 (0.05 - -0.10) 0.08 (0.06 - -0.10) 嗜中性粒细胞 0.56 (0.48 - -0.63) 0.56 (0.47 - -0.63) 0.57 (0.48 - -0.65) 0.57 (0.50 - -0.65) 嗜伊红的 0.01 (0.00 - -0.03) 0.02 (0.00 - -0.05) 0.02 (0.00 - -0.04) 0.02 (0.00 - -0.04) 淋巴细胞 0.34 (0.27 - -0.42) 0.34 (0.26 - -0.40) 0.33 (0.25 - -0.40) 0.32 (0.25 - -0.40) 数据给出了n(%)或中值(差)。ICS:吸入型皮质类固醇激素;体重指数:身体质量指数;差:四分位范围。#:通过参与者与哮喘和特异反应性;¶:久的前任和现任吸烟者。
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表2
前30名重要cytosine-phosphate-guanine (CpG)网站non-atopic哮喘
染色体 位置# CpG 基因名字¶ n 或+ 95%CI 假定值 罗斯福 系数§ 16 68804850 cg06085527 - - - - - - 1829年 0.93 0.91 - -0.95 1.62 e-08 7.76 e 03 −0.0093 14 100610407 cg14084609 DEGS2 1830年 0.82 0.76 - -0.88 2.99 e-08 7.76 e 03 −0.0033 1 26091858 cg08028384 SELENON 1829年 0.93 0.90 - -0.95 3.73 e-08 7.76 e 03 −0.0099 2 234608559 cg10180919 UGT1A6 1829年 0.89 0.85 - -0.93 4.52 e-08 7.76 e 03 −0.006 10 22743835 cg15737719 LOC100499489 1829年 0.76 0.68 - -0.84 4.75 e-08 7.76 e 03 −0.0023 1 6341287 cg09249800 GPR153 1828年 0.93 0.90 - -0.95 7.16 e-08 8.81 e 03 −0.0085 14 55603874 cg23575099 LGALS3 1830年 0.81 0.76 - -0.88 8.46 e-08 8.81 e 03 −0.0029 13 41631052 cg07908654 WBP4 1830年 0.86 0.81 - -0.91 8.62 e-08 8.81 e 03 −0.0036 11 93456334 cg23338316 SCARNA9 1828年 0.87 0.82 - -0.91 1.13 e-07 1.03 e-02 −0.0048 3 152215571 cg07952576 TMEM14EP 1828年 0.97 0.96 - -0.98 1.87 e-07 1.31 e-02 −0.026 6 149450585 cg09639771 TAB2 1830年 0.95 0.93 - -0.97 1.90 e-07 1.31 e-02 −0.0128 1 59543930 cg18581916 LINC01358 1830年 0.95 0.93 - -0.97 1.93 e-07 1.31 e-02 −0.0126 13 97846783 cg23933458 LINC00456 1829年 0.96 0.94 - -0.97 2.33 e-07 1.46 e-02 −0.0158 17 56269767 cg01955639 EPX 1830年 0.88 0.84 - -0.92 3.18 e-07 1.58 e-02 −0.0038 16 21831372 cg07611887 RRN3P1 1829年 0.88 0.84 - -0.92 3.26 e-07 1.58 e-02 −0.0053 15 85186517 cg17194668 WDR73 1830年 0.86 0.81 - -0.91 3.76 e-07 1.58 e-02 −0.0037 7 150773709 cg06807926 FASTK 1828年 0.96 0.94 - -0.98 3.91 e-07 1.58 e-02 −0.0141 9 95800911 cg03234093 SUSD3 1829年 0.95 0.94 - -0.97 3.99 e-07 1.58 e-02 −0.013 4 38110810 cg07456972 TBC1D1 1825年 0.81 0.75 - -0.88 4.13 e-07 1.58 e-02 −0.0025 16 68804845 cg21468244 - - - - - - 1827年 0.95 0.93 - -0.97 4.14 e-07 1.58 e-02 −0.0133 10 45495435 cg01614759 ZNF22 1829年 0.87 0.82 - -0.92 4.17 e-07 1.58 e-02 −0.0037 15 31505024 cg08884974 LINC02352 1829年 0.88 0.83 - -0.92 4.26 e-07 1.58 e-02 −0.0043 7 36077237 cg24598141 LOC101928618 1827年 0.97 0.95 - -0.98 4.59 e-07 1.63 e-02 −0.0175 14 68713369 cg01171954 LOC100996664 1828年 0.94 0.92 - -0.96 5.04 e-07 1.66 e-02 −0.0102 4 159969044 cg15834151 C4orf45 1830年 0.93 0.91 - -0.96 5.08 e-07 1.66 e-02 −0.0076 2 74612222 cg17988187 DCTN1-AS1 1830年 0.89 0.85 - -0.93 5.62 e-07 1.70 e-02 −0.0051 1 6341230 cg21220721 GPR153 1828年 0.94 0.92 - -0.97 5.62 e-07 1.70 e-02 −0.009 15 81623226 cg25466522 TMC3-AS1 1828年 0.82 0.76 - -0.89 6.02 e-07 1.76 e-02 −0.0024 3 159847104 cg17991030 IL12A-AS1 1829年 0.97 0.95 - -0.98 6.46 e-07 1.82 e-02 −0.019 3 14708144 cg15106081 C3orf20 1827年 0.76 0.68 - -0.85 7.20 e-07 1.93 e-02 −0.0017 或:优势比;置信区间:置信区间;罗斯福:错误发现率。#:基因组构建GRCh37 / hg19;¶4.10.3:注释使用荷马版本和一个关联的人类基因组数据库(hg19 5 v.10) [35];+:逻辑回归模型调整年龄、性别、身体质量指数(BMI)、吸烟状况、吸烟的久,住宅,秋季入学和四个细胞(单核细胞、淋巴细胞、嗜中性粒细胞和嗜酸性粒细胞)。口服补液盐表示乘法non-atopic哮喘发生的几率的变化与DNA甲基化的增加;§:调整的意思是甲基化差异基于non-atopic哮喘状态。的系数是线性回归模型稳健标准误差估计,其中甲基化是结果和non-atopic哮喘状态预测,调整为相同的协变量用于逻辑回归。−0.01系数意味着低甲基化的平均值是0.01在参与者non-atopic哮喘而通过。甲基化可能值的范围从0到1。
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表3
总结查找复制
研究 组织 研究人群 甲基化数组 分层特异反应性? 哮喘病例 控制 重叠# 复制¶ 复制和重叠在ALHS哮喘 Non-atopic 特应性 Non-atopic哮喘 SAPALDIA 血 成年人 450 k Non-atopic 70年 134年 169 (100) 0 (0) 0 速度分析 血 孩子们 450 k 不分层 631年 2862年 168 (99.4) 68 (40.5) 41 EVA-PR 鼻 孩子们 450 k Non-atopic 66年 104年 146 (86.4) 8 (5.5) 5 项目万岁 鼻 孩子们 史诗 不分层 65年 398年 471 (92.5) 143 (30.4) 86年 SLSJ 嗜伊红的 儿童和成人 450 k 不分层 16 8 168 (99.4) 49 (29.2) 39 过敏性哮喘 SAPALDIA 血 成年人 450 k 特应性 91年 134年 349 (100) 0 (0) 0 速度分析 血 孩子们 450 k 不分层 631年 2862年 347 (99.4) 288 (83.0) 41 EVA-PR 鼻 孩子们 450 k 特应性 169年 104年 299 (83.3) 235 (78.6) 28 廉政公署 鼻 孩子们 450 k 特应性 36 36 349 (100) 222 (63.6) 26 PIAMA 鼻 孩子们 450 k 特应性 27 219年 349 (100) 63 (18.1) 16 项目万岁 鼻 孩子们 史诗 特应性 36 265年 1008 (94.2) 875 (86.8) 86年 SLSJ 嗜伊红的 儿童和成人 450 k 不分层 16 8 338 (96.8) 274 (81.1) 39 支气管上皮细胞 气道上皮细胞 成年人 450 k 不分层 74年 41 254 (72.8) 49 (19.3) 4 数据提出了n和n (%)。肺ALHS:农业卫生研究;SAPALDIA:瑞士队列研究空气污染和肺部和心脏疾病的成年人;速度:怀孕和童年表观遗传学财团;EVA-PR:表观遗传变异和儿童哮喘在波多黎各人;廉政公署:市中心的哮喘联盟;PIAMA:预防和哮喘的发病率和螨虫过敏;SLSJ: Saguenay-Lac-Saint-Jean。#:重叠ALHS错误发现率(罗斯福)的结果。为450 k,百分比是基于169 cytosine-phosphate-guanine (CpG)网站non-atopic哮喘和过敏性哮喘349 CpG网站。史诗,百分比是基于509 CpG网站1070 CpG non-atopic哮喘和过敏性哮喘的场所;¶:CpG站点复制研究与p < 0.05 ALHS协会观察的方向相同。百分比是基于数量的CpG重叠的网站复制研究。
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表4
前30名重要cytosine-phosphate-guanine (CpG)网站在过敏性哮喘
染色体 位置# CpG 基因名字¶ n 或+ 95%可信区间 假定值 罗斯福 系数§ 2 31302644 cg26382374 GALNT14 1425年 0.76 0.71 - -0.82 2.27 e-14 1.86 e-08 −0.0101 15 31248701 cg16606719 MTMR10 1428年 0.72 0.66 - -0.79 5.51 e-13 2.25 e-07 −0.0066 9 126497597 cg01745810 DENND1A 1428年 0.76 0.71 - -0.82 8.29 e-13 2.26 e-07 −0.0082 17 79851485 cg12380988 ANAPC11 1428年 0.74 0.68 - -0.80 1.40 e-12 2.86 e-07 −0.0075 3 33112660 cg26396322 TMPPE 1428年 0.72 0.66 - -0.79 2.32 e-12 3.79 e-07 −0.006 1 6341287 cg09249800 GPR153 1428年 0.88 0.85 - -0.91 6.80 e-12 9.26 e-07 −0.0161 15 81623226 cg25466522 TMC3-AS1 1426年 0.70 0.63 - -0.78 1.75 e-11 2.04 e-06 −0.0051 11 65546210 cg05300717 AP5B1 1421年 0.87 0.84 - -0.91 2.32 e-11 2.37 e-06 −0.0121 7 65439512 cg04290133 GUSB 1422年 0.81 0.75 - -0.86 3.61 e-11 3.09 e-06 −0.008 1 6341327 cg11699125 GPR153 1426年 0.90 0.87 - -0.93 3.78 e-11 3.09 e-06 −0.0191 1 180940378 cg11649969 STX6 1428年 0.60 0.51 - -0.70 5.10 e-11 3.49 e-06 −0.0032 10 135061670 cg12227660 MIR202HG 1419年 0.88 0.84 - -0.91 5.13 e-11 3.49 e-06 −0.0158 12 6342778 cg20560376 CD9 1427年 0.71 0.64 - -0.79 6.03 e-11 3.79 e-06 −0.0056 1 160309220 cg09332506 NCSTN 1428年 0.53 0.44 - -0.64 7.96 e-11 4.15 e-06 −0.0027 18 8720395 cg27550672 MTCL1 1428年 0.68 0.61 - -0.76 8.37 e-11 4.15 e-06 −0.0038 16 16143033 cg24304533 ABCC1 1426年 0.73 0.67 - -0.81 8.52 e-11 4.15 e-06 −0.0057 16 11709855 cg24517604 LITAF 1425年 0.77 0.71 - -0.83 8.64 e-11 4.15 e-06 −0.0068 7 149543136 cg05184016 ZNF862 1427年 0.68 0.61 - -0.76 1.01平台以及 4.59 e-06 −0.0048 14 95615731 cg01901579 DICER1 1428年 0.78 0.72 - -0.84 1.07平台以及 4.60 e-06 −0.0074 3 195974300 cg02803925 SLC51A 1424年 0.77 0.71 - -0.83 1.13平台以及 4.62 e-06 −0.0051 15 52427175 cg05853552 BCL2L10 1428年 0.74 0.67 - -0.81 1.28平台以及 4.87 e-06 −0.0063 17 55190679 cg13947225 AKAP1 1424年 0.81 0.76 - -0.87 1.31平台以及 4.87 e-06 −0.0083 7 99507261 cg17717565 TRIM4 1421年 0.84 0.79 - -0.88 1.43平台以及 5.08 e-06 −0.0103 13 41631052 cg07908654 WBP4 1428年 0.78 0.73 - -0.84 1.53平台以及 5.21 e-06 −0.0068 2 96965099 cg01923915 SNRNP200 1428年 0.73 0.67 - -0.81 2.07平台以及 6.54 e-06 −0.005 8 22169041 cg16427256 PIWIL2 1428年 0.76 0.69 - -0.82 2.08平台以及 6.54 e-06 −0.0052 16 616212年 cg04497992 NHLRC4 1428年 0.87 0.83 - -0.91 2.75平台以及 8.32 e-06 −0.0127 17 25897247 cg06127160 LGALS9 1428年 0.87 0.83 - -0.91 3.08平台以及 8.65 e-06 −0.0114 15 40093898 cg18852698 LOC105370941 1427年 0.82 0.77 - -0.87 3.20平台以及 8.65 e-06 −0.007 2 32946576 cg18399629 MIR4765 1428年 0.69 0.62 - -0.78 3.28平台以及 8.65 e-06 −0.004 或:优势比;置信区间:置信区间;罗斯福:错误发现率。#:基因组构建GRCh37 / hg19;¶4.10.3:注释使用荷马版本和一个关联的人类基因组数据库(hg19 5 v.10) [35];+:逻辑回归模型调整年龄、性别、身体质量指数(BMI)、吸烟状况、吸烟的久,住宅,秋季入学和四个细胞(单核细胞、淋巴细胞、嗜中性粒细胞和嗜酸性粒细胞)。口服补液盐表示乘法的变化有过敏性哮喘的几率与DNA甲基化的增加;§:调整的意思是甲基化差异基于过敏性哮喘状态。的系数是线性回归模型稳健标准误差估计,其中甲基化是结果和过敏性哮喘状态预测,调整为相同的协变量用于逻辑回归。−0.01的系数意味着低甲基化的平均值是0.01比通过参与者与过敏性哮喘。甲基化可能值的范围从0到1。
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补充材料
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