文摘
呼吸道合胞病毒(RSV)是一种急性下呼吸道感染的常见原因和住院治疗上幼儿和全球负责许多儿童死亡人数,特别是在婴儿6个月。此外,RSV是一种常见的严重呼吸道疾病和住院老年人。新的候选疫苗,单克隆抗体的发展凸显了RSV的可靠监测的必要性。在欧盟(EU),没有最新的一般建议RSV监测目前可用。基于结果的研讨会29日欧洲RSV病毒学领域的专家,流行病学和公共健康,我们提供建议开发一个可行的和可持续的国家监测RSV,使战略协调和数据比较欧洲水平。我们将讨论三种监测组件:活跃的哨兵社区监测,主动哨点医院监测和被动实验室监测,使用欧盟急性呼吸道感染和世界卫生组织(世卫组织)扩展严重急性呼吸道感染病例定义。此外,我们建议使用定量逆转录酶pcr分析作为RSV的标准检测方法和病毒基因的描述,如果可能的话,来监测基因进化。这些指导方针提供依据质量好、可行的和负担得起的RSV的监测。统一欧洲和全球层面的监控标准将有助于国家层面RSV的广泛可用性区域和全球分析监测数据,估计RSV的负担和影响未来的免疫接种计划。
文摘
建议开发一个可行的和可持续的国家监测呼吸道合胞体病毒,使战略协调和数据比较欧洲水平。https://bit.ly/3rWUOOI
介绍
人类呼吸道合胞体病毒(RSV),也被称为人类orthopneumovirus,是一个重要的全球呼吸道病原体,主要影响上呼吸道。尤其是儿童年龄< 5年,RSV感染也会导致较低的航空公司,如。毛细支气管炎或支气管肺炎,这可能导致呼吸衰竭。它是最常见的导致住院的孩子承认急性下呼吸道感染(所)在世界范围内,和估计大约造成120 000人死亡。在全球5岁以下儿童每年(1]。几乎一半的住院RSV-ALRI-associated(45%)、住院死亡(46%)在这些儿童发生在婴儿6个月。1年,岁的60 - 70%的儿童已感染RSV [2]。此外,RSV感染早期生活一直伴随着喘息和哮喘复发的发展在以后的婴儿和儿童(3]。RSV可以在早产儿导致严重疾病,婴儿与并发症(如先天性心脏病、支气管肺的发育不良和唐氏综合症)(4),老年人(≥65岁)5)和成人与并发症,如慢性阻塞性肺疾病(6]。除了严重的呼吸道疾病,RSV感染也会导致高利用率的门诊服务,比如去急诊室,全科医生(GPs)和/或儿科医生,虽然这种影响尚未明确。由于广泛的急性RSV感染和长期慢性后果,大多数国家面临高RSV-associated医疗支出。RSV引起季节性流感全球(7),和欧洲RSV表明季节性流行病的温和的时间之间的相关性和更高纬度的国家8]。一般来说,RSV活动高峰持续在冬天在温带国家但是显示更大的可变性在热带地区季节性模式(9]。
几个候选人RSV疫苗是目前管道,各种不同的工作机制和目标群体,包括孕妇通过孕产妇疫苗(10]。第一个当前候选疫苗报道2019年3期临床试验的结果(11]。除了单克隆抗体palivizumab,推荐作为RSV的免疫预防高危婴儿每月RSV季节(之前和期间12),一个新的单克隆抗体正在开发一个增强的中和效果和更长的半衰期(13]。因此,有可能是新单克隆抗体,如果他们确实显示更高的效力和足够的半衰期,并具有成本效益,将成为更广泛用于一般人群和不仅对高危组。这些发展支持的前景严重RSV感染可能会在未来几年可以预防。作为小说RSV疫苗和单克隆抗体达到发展的最后阶段,监测群体影响的需要开发系统和疫苗有效性变得更加紧迫。国家和超国家监测系统提供了一种有效的基础设施,通过它获得基线数据和监控的未来影响RSV免疫规划和RSV疫苗和单克隆抗体的有效性。世界卫生组织(世卫组织)已开始全球努力开发标准RSV监测、基于全球流感监测和反应系统。一个试点研究始于2017年(14),紧随其后的是一个3年扩展阶段从2018年到2021年(15在20多个国家。
在欧盟,没有最新的一般建议RSV监测目前可供成员国想要建立或健全RSV监测。从1996年到2008年,RSV数据收集和共享通过欧洲流感监测计划(16),这是一个疾病监测网络由欧洲委员会资助(主要)和基于同意监督建议(17]。的主要目的是估计流感样疾病的发病率(伊犁)早期流感季节的一部分。2008年9月,后移居欧洲疾病预防与控制中心(ECDC),网络名字欧洲流感监测网络(EISN)。世卫组织欧洲区域办事处,国家RSV实验室测试结果的数据收集工作仍在继续,但没有更新现有的监测的建议。这是因为RSV还没有在法定传染病在欧盟层面的列表(见下文)。因此,RSV监测在欧盟目前基于各种监控平台(18)信息的描述趋势和季节性在国家层面上,但各国可比性差(8]。这些数据也不是很有用的估计医疗负担和影响未来的免疫接种计划。
除了收集数据在实验室结果,几乎所有的欧盟/欧洲经济区国家初级保健(如。GPs和以社区为基础的儿科医生)哨点监测系统提供数据咨询利率伊犁和/或急性呼吸道感染(ARI)和呼吸采样各年龄组的患者(18]。测试为RSV严重急性呼吸道感染(纱丽)或住院急性呼吸道感染病例也在医院进行的主要流感监测计划的一部分,和医院RSV-testing实践中高度可变和大多数欧洲国家之间18]。大部分孩子住院较低的细支气管炎和肺炎等呼吸道感染RSV测试,但是RSV的报道差异检测(8)最有可能反映了临床诊断指南和协议的差异而不是疾病患病率的差异。
在欧洲许多国家已经建立了国家电子医疗数据库和注册表,目前主要用于通知免疫预防政策(19]。这些注册中心包括定期收集数据,如数据从实验室测试,住院,门诊病人和医生在场,医疗处方和死亡率(20.]。医疗注册通常有完整的人口覆盖率和旨在支持直接病人医疗交付(21]。二次使用这些数据可以包括疾病的监测、研究、公共卫生指导、资源规划和管理,服务评价和改进22]。国家传染病实验室登记所有诊断实验室的任何国家的积极成果报告,为实时病原体监测提供机会。
为了进一步加强和协调欧洲RSV监测领域的合作,研讨会是由ECDC,史坦顿血清研究所(SSI)和国家公共卫生和环境研究所(国家)为RSV监测在欧洲开发的建议。总共30专家工作RSV-associated领域的流行病学、病毒学、公共卫生和儿科从17个不同的欧洲国家和两个ECDC的代表和参加这个研讨会。这里描述的建议将帮助一个可行的和可持续发展的监测战略在国家层面上,使协调和数据比较欧洲水平。建议可以使用公共卫生研究院建立新的或增强现有RSV监视策略。
连接与世界卫生组织欧盟RSV监测项目和监测基础设施
监视RSV的欧洲区域最终将形成一个核心的全球监测RSV的谁。因此基本与我们密切合作,为全球RSV监测与临床和病毒学数据收集。全球决定RSV监测标准和欧洲的方法应该在国家层面上完全一致,以避免冲突的指导。结构如欧洲RSV参考实验室(一个全球世卫组织参考实验室RSV监测第二阶段试点(15坐落在英国)会在这方面起到了推波助澜的作用。监测标准的协调在欧洲和全球水平最终将导致交付的国家级RSV监测数据在ECDC区域分析和世卫组织欧洲区域办事处和世卫组织总部,进一步为全球分析类似于流感监测(目前的常规做法23]。欧盟决定跨国重大健康威胁(没有。1082/2013 /欧盟)[24)要求欧盟委员会建立和更新的列表传染病及相关特殊的健康问题,并提供有关每个传染病病例定义,以及更新操作程序流行病学监测网络。目前,RSV的疾病列表中不包括在欧盟由流行病学监测。出于这个原因,ECDC目前非常有限的任务,制定欧盟层面对RSV的监测。在一些欧洲国家RSV是法定传染病,在大多数国家报告是自愿的18]。然而,由于世界卫生组织进行全球RSV监测飞行员在20多个国家,ECDC收集RSV的历史数据作为流感监测和已经出版的视觉摘要RSV的监视阿特拉斯(www.ecdc.europa.eu / en / surveillance-atlas-infectious-diseases),需要规范的监测系统和数据收集各国和提倡的RSV的法定传染病。
对国家RSV监测的建议
我们这里提供建议RSV监控三个部分:1)活跃的社区监测,2)积极医院监测(重症监护室(ICU)监测可以是一个独立的监测解决方案或嵌套在医院监测)和3)被动监测使用国家医疗登记。关于积极前哨RSV监测的实现,建议最优诊断和病毒描述提供。
首选RSV监测系统将取决于国家监测目标(箱1和表1)和可用资源。活跃的哨点监测系统用于系统地获取高质量的数据。我们建议1)使用现有RSV监测平台和升级这些相关适应相关标准,2)利用现有监测系统对流感监测具有成本效益的RSV监控平台(14]或3)建立积极的哨点监测系统(社区和/或医院)快速有效地提取系统地收集高质量的数据。而在欧洲大多数哨点监测平台是基于社区的情况下(18),针对社区和医院监测在一个国家将提供洞察RSV疾病的全谱。因为未来的免疫接种计划的主要目的可能是为了防止婴儿严重疾病,最优监控平台包括RSV住院婴儿中的数据。除了从RSV收集数据情况下,评估全因ARI GP磋商与全因纱丽录取时可能会有价值的评估RSV疫苗有效性,鉴于RSV疫苗接种可能会影响后续的风险(RSV和non-RSV)所和并发症11]。此外,这个ARI-based监测可以促进更灵活的监测系统的介绍,其他呼吸道病原体,如。严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2 (SARS-CoV-2),可以集成。基于电子健康监测系统注册表和/或实验室数据覆盖的优势更大的一部分(通常是综合所有)的人口和更昂贵的比哨点监测维护。连接或使用实验室的数据是至关重要的被动RSV监视,鉴于RSV的非特异性临床症状。
箱1对呼吸道合胞病毒监测目标
2015年11月后专家咨询(25),欧洲疾病预防和控制中心的咨询论坛被认为是潜在的目标呼吸道合胞体病毒(RSV)监测指出下面是合适的和比例(调整25):
1)描述季节性和监控区域、国家或欧洲趋势RSV感染•描述RSV循环和确定的开始和结束RSV季节•告知预防和治疗策略。
2)测量积极性RSV的比率在不同的年龄群体。
3)测量RSV感染的发生率和支持RSV的估计医疗负担在不同年龄和目标群体。
4)有助于整体理解的角色(如。由于分数)RSV的呼吸道疾病和定义RSV组风险。
5)监测基因和抗原RSV的特点和变化:•收集样本监控两个RSV亚型的循环,循环菌株之间的遗传多样性和稳定性的抗原决定的目标现有的和正在单克隆抗体和疫苗。
6)提供一个平台和基线数据来估算免疫规划的影响,当市场上可用。
活跃的社区和医院监测的建议
建议在本节适用于积极监测、社区和医院。
病例定义
因为阿里的定义没有发烧的必要性是更敏感的伊犁(这需要热)26,27在捕捉RSV感染,急性呼吸道感染病例定义[ECDC的使用28)应视为RSV监测的首选。这种情况下定义也推荐给那些第二阶段试点29日]。这个病例定义包括急性感染症状出现和至少一个的呼吸道症状咳嗽、喉咙痛、困难、呼吸困难或鼻炎。儿童年龄< 6个月,呼吸暂停和脓毒症也应该被包括在这个年龄段覆盖更广泛的临床表现。
医院RSV的纱丽病例定义监测可以排除50%的RSV病例在幼儿和老年人因为发烧的要求(30.]。符合世界卫生组织推荐为RSV监测(14,29日),它更适合采用ECDC ARI病例定义之外,对于住院病例在一夜之间配是必需的。这个定义类似于扩展纱丽的定义[谁29日),而且包括败血症和6个月以下婴儿呼吸暂停(图1)。
年龄组
RSV感染所有年龄组,不仅婴儿和虚弱的老年人。此外,RSV之间传输模式年轻的和年长的儿童或成人,其他年龄群体的角色(包括卫生保健工作者)在传输RSV和RSV感染的成年人的负担不是很好理解,可能产生重要的经济后果。因此,样本收集需要覆盖所有年龄(31日]。可行性原因和符合世卫组织RSV监测第二阶段试点(15),< 2岁儿童(他们有高负担的RSV)可能会优先考虑样本采集(1]。因为RSV的高发病率和高的比例严重RSV病例在生命的最初几年,特别是前6个月(1),建议采用以下年龄组如果无法收集特定年龄数月乃至数年:<于3个月,3 - 5个月,11月,12日至23日,2 - 4年,为5 - 14岁,15 - 64年和65年以上。这将允许直接比较从EISN RSV和流感的年龄数据和世卫组织RSV监测计划14,29日]。如果详细的年龄段婴儿是不可能那么群体直接与上述提议年龄段应采用(如。< 2年,2 - 4年或0 - 4年)。
每个赛季的开始和结束
RSV病例的绝大多数欧洲40周和20周之间捕获(7),但RSV循环的发生通常是接近一周40 [8]。确保意想不到的流行病早期识别,评估规律RSV季节和文档能够零星RSV情况下,RSV监视原则上应进行全年,至少在最初几年的监测。这是不可能的,可以关注季节通过现有的多年数据定义,通常周40-20 [8),但这只是可能的国家特征明显RSV的季节。
定义的开始和结束RSV季节允许监视系统通知医疗服务提供者和卫生部门,这样可以根据需要实现的措施。目前还没有公认的方法来定义RSV季节的开始和结束在欧洲基于数据从一个以社区为基础的哨兵系统。出于这个原因,每个国家都需要应用的最佳计算方法根据数据可用性和当地情况下,直到约定的标准方法和广泛采用。几种方法存在(框2)。我们建议使用那些方法或移动流行法(MEM),因为这些可以预期使用。MEM通常用于定义流感季节和另外两种强度评估33]。
框2的方法定义的开始和结束的呼吸道合胞体病毒的季节
推荐的实时方法:
1)平均流行曲线法:这种方法,推荐由世界卫生组织流感监测,确定平均流行曲线(附录8的32])。这是移动的流行方法的一个具体的例子(MEM) [33,34),预处理和post-epidemic阈值估计和额外的强度水平的一种流行病,基于前几季的数据。
其他方法:
(2)年平均百分比35]:比较每周的阳性比例的年平均百分比。
3)3%阈值方法36]:每周的比例3%的阈值测试阳性,PCR检测。这也可以实时。
4)1.2%阈值方法8]:> 1.2%的呼吸道合胞体病毒(RSV)阳性标本每个国家监视系统和季节RSV检测也在赛季中连续超过阈值(一个星期允许差距)。这种方法只能用于回顾性数据时,可以使用没有分母的测试标本。
分母
两个不同的分母RSV社区和医院监测很重要:首先,人口(age-stratified)分母建立阿里和扩展纱丽发生率;其次,样本的数量估计RSV积极性的百分比。方法计算发病率纱丽和门诊伊犁监测所描述的(32,37,38)也可以申请延长纱丽和阿里的发病率。在一些国家,人口分母会与人口的哨兵GPs和社区儿科医生(例如,通过病人列表)。此外,一些国家可以定义明确的集水区为医院。在其他国家,这需要估计使用方法所描述的,如。通过映射地址的病人一定哨兵的网站同时也考虑其他卫生设施。如果这些数据是不可用的,可能需要额外的调查医疗利用率(38]。替代方法可以使用如果流域人口/哨兵网站是未知的(如。计算的百分比哨兵医生的总数相比,医生和比例应用于人口金字塔)[39]。这些数据需要更新每一个季节。估计分母为RSV积极性,重要的是保持每周记录所有测试的病人,包括那些RSV的示例测试呈阴性反应。情况下国家参考实验室接收所有哨兵样品,一个简单的(聚合)分母数量的测试样本可以获得在国家层面上积极RSV的比例来计算样本。这是可靠的,测试应该执行在所有符合条件的情况下,或在系统的基础上,指定先天的。推断数据估计准确的国家级医疗负担,更详细的人口数据是必要的,如。普遍存在的风险因素和寻求治疗行为(40]。
数据报告
国家可以考虑请求社区和医院哨兵网站收集和报告个人案例数据(一组有限的变量(表2期(周、月)))的标本收集在国家层面。数据报告案例格式的超国家层面也可以作为试点(已经完成14]。报告的具体数据将协助数据验证和实验室结果和链接。此外,为未来的疫苗有效性计算这些数据是很有用的。当案例数据没有共享在国家层面上,需要聚合数据报告将通过预定义的年龄组如上所述。每周的数据收集,作为流感监测的开展,在许多国家可能是可行的。每周数据报告的优点是它允许RSV季节的开始被识别并促进医疗保健计划,如额外的床上能力在医院。至少,数据应该每周报道在呼吸季节每月(周40-20)和。
在社区当前报告和监测系统采样与ARI患者存在一种系统化的方式,我们建议利用系统包括为RSV病毒学检测的标本(包括婴儿)如果这些组件目前不到位。大多数商业PCR面板已经包含RSV呼吸测试。建议提出了额外的信息收集表2。对于那些目前的系统报告和样本伊犁症状的患者,推荐以下修改:1)报告和抽样扩大到更广泛的急性呼吸道感染病例定义和2)收集额外的数据如果没有症状。抽样对整体ARI患者病例定义需要有个人症状记录,以便伊犁情况下仍然可以从这个国家案例中提取数据集。在可能的情况下,伊犁和阿里发病率在社区应该报道。这种抽样策略满足RSV社区监测指南和不会改变流感监测根据目前伊犁的定义。这种方法的另一个优点是,流感病例症状不典型的伊犁,尽管少数(26,41),也会被识别。实用建议当资源不允许提高抽样的ARI患者继续抽样伊犁但扩展到更广泛的ARI患者病例定义在最高的年龄段RSV负担,即。最年轻的(< 2年)和最古老的(≥65岁)组,和记录单个症状这伊犁情况下可以从这些数据。
被动监测使用RSV实验室监测数据库
报告病例通过被动监测结构意味着没有积极发现病例和系统抽样,但通过实验室和/或临床病例记录编码系统。这些案件通常是测试对RSV的临床原因,或被编码为RSV例根据临床诊断。
为被动RSV监测、实验室RSV测试推荐注册表数据监测系统。RSV实验室监测的一个可持续发展的、可行的模型数据库包括以下最低数据元素:一个准确日期的记录样本,患者信息(病人识别、出生日期和/或年龄、性别)和测试信息(测试类型和结果,RSV类型和医疗环境的示例摄)(表3)。最低,这些报告应该包括每周汇总数据的总数RSV测试和RSV-positive实验室测试,按年龄分层组(表3)。消极的实验室结果提供一个精确的数量的测试以及数量的分母阳性标本,这允许一个更准确的解释趋势RSV积极性比单独记录RSV-positive测试的数量42]。类似于积极监测,我们建议采用指定的年龄如果个人月/年以上年龄不能收集。尽管其他类型的注册表可以用来识别RSV-related医疗事件,如住院或全科医生注册(43),我们目前不推荐这些作为RSV的独立来源监测由于诊断编码的高质量的变化在这些类型的管理数据和潜在的错误分类的偏见20.,44,45]。使用国际疾病分类10日修订(ICD10)编码捕捉RSV病例正在评估(43)和探索使用ICD10编码RSV监视的目标也是世卫组织RSV监测第二阶段试点(15]。
病毒学方面的考虑和建议对RSV检测和描述
临床疑似RSV病例的实验室确认是必不可少的任何监测系统的准确性和有效性。两个关键因素影响病毒检测的灵敏度:足够的和适当的标本采样,采样时间与疾病的发病盒3)。四个模式的测试被用于RSV检测:分子检测使用核酸扩增(PCR)技术,直接或间接免疫荧光试验(DFA / IFA),病毒抗原快速诊断测试(RADT)和文化(46,47]。尽管病毒文化仍然是需要研究的表型属性的病毒,它不再是主要用作诊断工具,因为其复杂性,分析时间长。文化,而不是病毒定量逆转录PCR(存在)的分析目前的黄金标准,广泛使用。尽管不如qRT-PCR-based特异、敏感分析,RADTs仍在使用,因为较低的成本和更少的需求在时间方面,专业知识和维护而存在。血清学诊断工具用于监视并不是这里提到,因为它是唯一有用的sero-epidemiological研究和研究目的而不是诊断急性RSV感染(47]。RSV的基因描述通过直接测序sub-genomic区域或全部基因组测序将RSV监测监控的一个重要组成部分潜在循环病毒抗原的变化可能会影响未来的免疫策略的有效性。
盒3总结建议标本的收集、运输和存储
1)标本收集:所有符合条件的患者或系统的选择
2)样本采集时间:•常规诊断方法:收集的标本应该最好是疾病在发病后的前4天•医院设置:应采集标本后尽快入学
3)采样地点:•鼻咽样本给最好的灵敏度•常规诊断方法:按照世界卫生组织的指导方针呼吸道合胞体病毒监测项目包括上、下呼吸道抽样•监测目的:只有微创上呼吸道抽样应考虑鼓励病人参与
4)采样和传输:•使用塑料植绒拭子轴•尽快把标本送到实验室抽样后,最好是当天•标本储存在∼4°C到运输•运输在环境温度,如果温度< 25°C;如果环境温度较高,运输∼4°C
标本收集、传输和存储
病毒学监测,收集的标本可能是所有符合条件的病人或病人的一个子集。所需的样本数量将取决于监测目标和可以计算使用如。ARI发病率,总人口规模和预期的RSV积极性[48,49]。如果不可行或者需要测试所有符合条件的患者,患者应该选择系统的基础上定义的先天的(图1),如。每周第一个预定义的患者数量,或病人每一秒。进一步测序,我们建议至少10%的检测到病毒,最低每RSV 20随机选择类型的每个国家每赛季或研究所;如果可能的话,这些应该是随机选择从每个年龄组<于3个月,3 - 5个月,11月,12日至23日,2 - 4年,为5 - 14岁,15 - 64年和65年以上。
箱5基因分型结果的总结
作为指导代表测序,我们建议:
1)整个蛋白基因的序列最小或如果可能的话全基因组分子流行病学和潜在影响氨基酸的分析流行病学和疾病严重程度变化
2)f蛋白基因的测序,至少覆盖Ø和II抗原网站分析氨基酸变化对抗原性的潜在影响
3)至少10%的测序检测到病毒,最低20随机选择/呼吸道合胞体病毒类型的每个国家每赛季或研究所;如果可能的话,应该从每一个随机选择的样本年龄组<于3个月,3 - 5个月,11月,12日至23日,2 - 4年,为5 - 14岁,15 - 64年和65年以上。
抽样的时机与天的疾病的发生大大影响正确的实验室诊断的可能性。RSV脱落在门诊的时间平均是9.8±4.8天为成人(50),可以更长时间(30天)在孩子很小的时候(特别是)(51和免疫功能低下的患者52]。因此,病人的年龄和条件以及取样时间从疾病发作时应考虑解释诊断结果。脱落的影响模式的确认在临床标本RSV的存在取决于所使用的技术。阳性样本的数量下降更快使用抗原检测与疾病发病以来存在相比,表明抗原的敏感性检测只是在疾病发生后最初几天的高(53]。最高灵敏度在任何测试,我们建议样本采集最好在开始后的前4天的常规诊断疾病。然而,收集可靠可以10天完成后出现疾病或更长时间(考虑assay-type敏感性以及病人年龄和condition-specific局限性影响脱落期)(50- - - - - -53]。在医院,应采集标本后尽快入学。
收集标本的解剖部位对诊断实验室测试的灵敏度也很重要。鼻咽拭子更敏感比口咽拭子由于高病毒载量在鼻咽口咽(54]。同时,鼻咽样本似乎有更大的敏感性比mid-turbinate RSV标本由于更多的细胞收集(55,56]。因此,我们建议只使用鼻咽拭子进行监测。尽管世界卫生组织RSV监测计划建议上呼吸道和抽样更多的入侵下呼吸道(补充表S1(57,58]),使用微创鼻咽拭子只用于监视(54,59)可能是有益的,导致更高的接受参与者之一。最小的孩子,mid-turbinate抽样方法,而非对鼻咽样本可能不太具有挑战性。常规诊断,我们推荐以下年龄的指导方针与最佳抽样解剖网站和类型的临床样本提供的RSV监测计划(57]。
植绒拭子略比人造丝拭子因为他们更有效地收集感染上皮细胞(55,60]。这是分子技术的好处60)和抗原检测,但尤其是DFA / IFA [55]。与棉拭子,钙alginate-aluminium棉签拭子和一个木制轴不应使用因为抑制PCR和/或病毒隔离(61年,62年]。因此,我们建议植绒拭子和一个塑料轴。运输中应加强保护病毒传染性和RNA的完整性,防止细菌的生长在运输(63年]。运输和存储的标本也应该考虑到后续的分析类型,因为分子和抗原检测条件不如病毒隔离关键(63年- - - - - -65年]。关于病毒的传输媒介,我们建议以下指南,其中包括指导商业和内部实验室测试开发(66年]。我们建议尽快发送样品到实验室抽样后,最好是当天或第二天,在最新的。标本应储存在4°C到运输,防止病毒RNA降解。病毒隔离,标本的理想情况下应立即转移到实验室和接种细胞,适用的地方。如果需要运送标本,它应该保持在4°C,样本收集和运输之间的时间应该确保当天抵达实验室和测试和/或接种细胞(64年,67年]。运输标本进行常规测试可以在气候温和的地区环境温度。当环境温度超过25°C,交通应该做在4°C。到达实验室后,样品应该整除,与一个整除保持在4°C进行测试和其他aliquots储存在−1 - 3天内为未来的测试70°C或更低。作为一个指导原则,至少RSV-positive标本应存放在冰箱里直到完成遗传本质上为一个赛季。临床标本的一个子集排序应该存储长时间作为参考材料,依赖于可用冷冻能力与持续时间。如果标本需要存储未来的病毒隔离,一个传染性应该添加防腐剂,冻结了(65年]。应存储在一个生物培养病毒抗原描述作为参考材料,依赖于可用冷冻能力与持续时间。
检测方法
分子检测
分子检测化验使用了RSV的景观诊断的结果所示三个RSV外部质量评估(EQA)质量控制的分子诊断项目(QCMD) 2018年(从QCMD结果使用许可)。这三个项目,118年,89年和86年数据集被报道,到101年,72年和72年实验室,分别,这运动描述当前的全球专家和一般临床实验室的实践。这些实验室,63 - 72%使用商业分子检测化验,28 - 37% in-house-developed分子化验使用。商业分析包括RSV-specific和多路复用呼吸道面板化验分析包括RSV。这些化验(mPOCT)被认为是分子快速测试,得到越来越多的应用,尤其是对急诊室测试。只有21 - 29%的实验室报告输入信息,表明大部分的测试没有区分RSV-A和RSV-B。大多数的化验使用(47 - 72%)有针对性的核蛋白(N)基因(图2RSV基因组整体结构的基因编码的蛋白质)表示。其他基因目标矩阵(M)蛋白基因(10 - 22%)和融合糖蛋白(F)基因(6 - 12%)或基因编码为大型聚合酶亚基(L),非结构蛋白1 (NS1),非结构化protein-2 (NS2) M2-2转录因子和磷蛋白质(P)(每个< 3%)。尽管目标基因,这种多样性的能力没有差异探测和区分RSV-A RSV-B和没有明显的敏感性的差异。然而,至少每年审查了现有的引物和探针序列数据是必需的,因为持续的进化可能导致突变引物和探针的目标网站,随后降低敏感性和under-recognition [68年,69年]。至于其他病毒RNA检测化验,应该经常更新病毒控制包括新兴变异可能影响检测性能。
抗原检测
RSV抗原检测通过RADT抗原捕获和DFA / IFA通过抗原检测在感染细胞单克隆抗体都不如存在敏感(70年]。他们遭受更高的假阳性结果与类似的蛋白质由于大相关的病毒,和更高的假阴性结果主要是由于抗原变异病毒(71年]。通常的目标是f蛋白的蛋白质,但所使用的n蛋白和蛋白也。突变基因编码这些蛋白质可能导致抗原检测所使用的抗原表位抗体的变化。最近的一项研究得出结论,单克隆抗体的最佳发展,只有选定的区域应该使用F和N,结合选定区域的g .这是因为F和N RSV和人类metapneumovirus高度相关,这可能会导致错误的积极性[71年]。事实上,这种类型的单克隆抗体的目标发展,虽然与其他蛋白质,导致更高的敏感性和特异性ELISA格式(72年]。然而,RADT的关键优势(其更快的周转时间)已经被mPOCTs挑战,正越来越多地用于临床实验室并提供结果RADT周转时间可比,但与存在的性能(73年]。
病毒隔离
RSV病毒迅速失去传染性标本收集后如果没有适当的治疗。增加温度、冻融循环和pH值的变化对病毒性传染性有不利影响(64年]。立即接种细胞,适当的样本收集和添加磷酸蔗糖保存在存储介质提高传染性病毒隔离的成功(65年,67年]。最常用的细胞系RSV隔离从临床标本HEp-2,尽管A549细胞也广泛使用(46]。尽管病毒隔离诊断测试已基本取代了分子和抗原测试(46),培养仍然需要获得病毒进行表型分析(如。分析容易诱发的中和抗体,抗病毒药物易感性和抗原相似与疫苗株)和作为其他试验类型的控制。
基于这些数据,我们有三个建议RSV检测中列出4盒。
箱4总结检测建议
鉴于方法的优点和缺点呼吸道合胞体病毒(RSV)检测在临床标本上面所描述的那样,我们建议:
1)定量逆转录酶聚合酶链反应(在分子内部,商业或者即时测试格式)的标准检测方法:a)能够检测RSV类型a和B和a和B最佳还区分类型;b)在理想情况下,目标至少两个高度保守的基因N, P, M和L;
2)pre-seasonal回顾最近流行株的引物和探针序列;
3)通过外部质量评估年度评估的分析性能。
基因分型
RSV的基因组序列或sub-genomic区域有不同的目的:描述RSV的遗传进化和全球传播(74年,75年),检查协会的基因型与疾病严重程度(76年,77年)和监控目标抗原检测的蛋白质的进化和疫苗(主动和被动)和抗病毒药物正在开发(78年,79年]。特别是,任何可能的病毒可能会加速的变化通过实施免疫计划应该仔细识别并跟踪。
最近的研究和充分的RSV基因组的复杂性RSV进化并没有被抓获之前sub-genomic区域的测序(74年,80年]。比较不同的研究是复杂的缺乏标准化命名为RSV病毒基因组演化支和分配标准基因组演化支。的确,结合分析序列(g蛋白基因以及全基因组)从不同的分配研究病毒与不同国别的进化枝命名相同的进化枝(74年,81年]。整个基因组显示RSV循环在全球范围内,相同的主要演化支在世界各国中发现的病毒(74年]。全球分析还表明,完整的蛋白基因序列,但是其他基因或广泛使用的部分蛋白基因序列,生成类似的系统拓扑结构相比,整个基因组(74年]。因此,共识在测序sub-genomic地区和基因组演化支标准及术语需要最大化共享序列数据合并分析的能力。此外,序列共享应该是促进发展的全球数据库致力于RSV策划,为流感类似GISAID数据库。应该执行全基因组测序,最好是至少一个代表性的子集,如果这是不可行的,完整的蛋白基因进行系统发育分析。此外,我们认为f蛋白基因的测序是高度相关的,因为f蛋白显示显著差异(82年),是由几种有前景的目标正在开发疫苗和治疗性单克隆抗体现有或正在开发,以及抗病毒药物(10]。归纳了基因型的人物塑造的建议框5。
表型特性描述
表型属性的研究是必要的理解基因多样化的影响如。病毒复制(75年和提出的免疫效果79年和抗病毒药物78年]。预处理和接种后血清标本需要分析疫苗接种后的保护性抗体反应除了分析最近流行株的可用性(83年]。抗原描述可以执行使用中和化验在细胞培养系统。
外部质量评估
EQA是一个重要的评估机制的一个实验室的性能质量检测RSV,即使这些实验室使用各种各样的分子技术(45]。然而,菌株用于EQA面板往往是过时的或不特征84年]。最近RSV的变化可能影响的敏感性测试,甚至他们的能力检测新菌株(69年)可能不是由EQA计划,提供虚假的信心使用的性能测试。的目标之一的第二阶段RSV飞行员是谁执行RSV检测和打字EQA使用分子诊断和面板组成,考虑了这些因素85年]。EQA方案RSV隔离,DFA / IFA或RADT并不普及。然而,一些国家计划提供专业EQAs (如。(86年])。增加使用的序列分析,包括下一代测序(上天)技术需要建立一个EQA方案NGS-based和全基因组分析87年]。免疫策略,EQA RSV抗原漂移的描述可能成为相关的在不久的将来。
道德和治理方面的考虑
当设置或改变RSV监测系统,公共卫生机构和各国政府需要注意监测系统的法律和伦理方面的考虑。世卫组织最近发表的指南的义务(公共卫生)机构、国家和全球社区必须确保监测会进行隐私而言,自治、股票和共同利益88年]。在欧洲层面,欧盟新通用数据保护监管(GDPR)调节处理个人资料有关个人的一个个体,一个公司或一个组织(89年]。个人数据识别或pseudonymised,因此理论上可追踪都是GDPR的范围内。只有数据不可逆转地匿名不视为个人资料89年]。这是重要的在国家层面和共享数据时在欧洲或全球水平。的至关重要的因素之一是RSV监测是否属于合法的保护伞的目的,这要取决于其他因素,欧盟委员会的决定向列表添加RSV可报告疾病在欧盟层面。在国家层面,实际的解释GDPR将各国略有不同,这取决于国家立法。
讨论
在本文中,我们提供建议指导方针,优先和形状新的和增强的RSV监测系统基础上开发的建议于2006年由欧洲流感监测系统(17)和考虑世卫组织RSV监测试点的结果(14,29日,40]。最小数据集要求列出允许比较核心的数据集在欧洲的水平。我们也提出建议优化要求,可行,数据收集和报告在国家层面上和/或欧盟水平。此外,我们提出的建议最优诊断支持RSV的敏感的监测。这些包括最好的呼吸道抽样的网站和程序,在发病后的最佳时期的疾病标本收集、最佳标本运输条件,最敏感的病毒检测技术和外部质量评估程序。由于监测是有限的资源,评估趋势和季节性(目标1)的最低要求是可持续的和可行的监测在欧洲范围内。取决于可用的资源和卫生保健系统在每个国家,活跃的哨点监测或被动实验室登记监测可以用来实现这个目标。第二,建立一个平台评估免疫的影响(6)目的是高度相关的国家可能将免疫策略引入到国家项目,鉴于目前发展关于候选人RSV疫苗和单克隆抗体(90年]。然而,一个项目的影响的监测系统和免疫/疫苗有效性评估需要更广泛的发展,在病人数量和每个病人所需的信息。监测系统建立评估免疫规划的影响会更有益的如果它另外覆盖其他RSV监测目标,描述在这个手稿。协调数据收集将重要影响评估在不同的国家,所以理论上可以汇集数据为流感疫苗的有效性做了我移动项目91年,92年]。添加序列数据正确地解释疫苗有效性的结果非常重要,甚至分层疫苗效力根据新兴演化支抗原水平改变了网站。
我们建议使用扩展的纱丽病例定义,而不是纱丽的病例定义为用于流感监测。虽然会减少信息比较扩展纱丽RSV和纱丽流感发病率在医院,这个扩展纱丽定义捕捉RSV情况下会更敏感。
RSV的集成监测到其他呼吸监测系统,作为推荐的ECDC咨询论坛(个人沟通,大肠Broberg)和世界卫生组织(14),应该让RSV监测更加可行。ECDC阿里的使用和扩展纱丽病例定义,这里建议,应该允许未来的扩展与其他病原体监测如果必要,通过评估这些病原体在同一标本。
这里讨论的监视组件最好可以应用于一个国家还将取决于国家医疗体系和寻求治疗的行为不同的人口阶层。在一些国家,父母会更有可能去急诊医院比初级保健和症状的孩子。另一方面,工作年龄的成年人将寻求初级护理保险的目的。因此,实现应该在其他现有或未来的监测活动的背景下,如实验室或医院监测。目前尚未实现医院监测RSV在许多国家在欧洲(18,第一可以驾驶在有限数量的哨兵网站在几个国家确定的挑战和障碍实现之前扩大到整个欧洲国家水平。
一般来说,首选RSV监测哨点监测系统将活跃,初级护理和住院病人为RSV系统取样和测试。这种监控系统的一个重要限制是急性呼吸道感染病例定义的使用可能会增加负担,将医生的重大改变,经常参加现有的监测网络的伊犁了很长一段时间。这两个组件可能妥协流感监测,这应该严密监控。然而,根据第一个试点的结果,结合RSV和流感监测系统实际出现有利于两个系统(14]。此外,成本和精力RSV作为一个组件添加到这个监测报告是边际和增量(14]。协调规划还应该考虑需要严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2019 (COVID-19)监测,已包含在哨兵在2020年流感监测方案在许多国家。评估的总负担RSV,监测和采样中耳炎患者的社区,构成实质性的社会经济以及医疗负担,可以另外考虑。因为这是RSV-associated阿里的后遗症,这是更好的给予了一个阿里——或者SARI-based监视通过精心设计的前瞻性临床研究。
监测icu可以认为,作为总医院监测或独立的一部分,使用相同的纱丽病例定义扩展。具体监测在新生儿和儿科icu,然而,需要支付最低年龄组。
使用被动监测RSV的好处,通过实验室数据库监控,是全国代表性和相对廉价的策略与积极监测相比,一旦设置(28,93年]。此外,包括实验室监测数据集内的个人标识符,在可行的,允许连接其他国家数据库如临床资料或接种疫苗或免疫注册中心。这将可能不便于实时监视,但将允许二次研究在适当的地方93年]。措施,确保数据隐私是必要的,允许数据链接。引入RSV法定传染病的列表(如。实验室)可能是另一种方法提供积极的RSV病例数每个年龄段覆盖最低报告数据。
然而,实验室基于数据库的监测也有局限性。首先,极少或没有临床数据和变化或政策的变化,医疗卫生服务能力,寻求治疗行为和测试实践不能控制了,除非负面测试和临床数据也记录下来。第二,尽管许多国家在北部,中部和西部欧洲地区已经建立了国家电子医疗数据库,在东欧许多国家没有(19]。缺乏资源来建立这样一个国家注册表可能会限制能力建立一个RSV实验室监测数据库(94年]。同样,很难获取临床信息的监测数据库,不需要额外的资源报告实验室。此外,mPOCT在医院使用的不断增加,通常不参与的实验室95年),可能极大地影响国家公共卫生研究所的报告病例数,特别是在临床记录,记录的水平向实验室和登记报告的负面测试结果是未知的。最后,如果病人标识符(或患者身份信息)不包括在数据库中,它是不可能进行重复数据删除和个体层面的分析,或链接到其他现有的结构化数据集包含临床信息。这种链接的临床数据与实验室信息是重要的支持研究RSV的负担和成本效益分析未来RSV的免疫策略。
关键的确定例经实验室确认的RSV感染是最优采样和传输的标本中概述盒3。用于监视我们推荐使用鼻咽拭子,而世卫组织倡议建议上呼吸道和下呼吸道标本的集合(补充表S1(57,58])。在我们看来略低灵敏度当使用上呼吸道鼻咽拭子是只接受如果这会显著减少的拒签率,特别是,父母有他们的患病儿童采样。我们建议使用中存在或其mPOCT等效RSV的最敏感的检测。协调这种方法使用一个测试的类型和品牌所有监测站点不推荐,因为它是不切实际的,并且可能导致延迟承认当有问题分析敏感性和特异性或其他测试失败不管出于什么原因(69年]。因此,临床使用多样化,有效和良好的测试(尽管在设计变量)是更可取的。然而,质量应该评估每年EQA引物和探针检查符合最近的流行株。对于商用测试,制造商负责后者如果制造商不释放引物和探针的信息。
结论
促进国家建立或升级现有RSV监测,我们提出三种不同类型的监测:活跃的哨兵社区监测,主动哨点医院监测和被动实验室监测、考虑道德和政策问题。基于当前的诊断,我们建议使用qRT-PCR-based化验RSV的标准检测方法和病毒基因描述,如果可能的话,来监测基因进化。这些指导方针应该提供一个可行的基础,负担得起的和健壮的欧洲RSV RSV监测系统和超越:它提供了一个独特的平台比较RSV活动,本地病毒学特征和疾病负担,在全国范围内和跨国界。这代表一个可能的解决方案估算RSV医疗负担的未满足的需求,并提供一种方法来评估的基础免疫规划未来的影响。
补充材料
可共享的PDF
确认
我们感谢QCMD机会洞察RSV EQA 2018补充报告,提供额外的数据。我们感谢玛丽亚Zambon和乔安娜·埃利斯(RSV的世卫组织参考实验室公共卫生英格兰Collindale,英国)的输入标准化病毒学RSV监测在欧洲地区的组件。我们感谢帕斯Penttinen (ECDC,斯德哥尔摩,瑞典)过程中有价值的评论写的手稿和批判性回顾pre-final版本。
研讨会的内容RSV监测是由SSI,国家和ECDC。所有参与者,除了E.K. Broberg和S.S. Hirve,退还了旅游和酒店费用由呼吸道合胞体病毒在欧洲联盟(RESCEU)。RESCEU已经收到资金从创新药物计划2合营企业根据授权协议116019。此合营企业接收支持欧盟的地平线2020研究和创新计划和欧洲制药工业协会联合会。这个车间只有参加了由公共资金资助的参与者的学术和公共卫生机构。没有工业合作伙伴参加会议或参与写这手稿。党卫军Hirve通过资助,E.K. Broberg通过ECDC和a . Stuwitz Berg挪威公共卫生学院。
以下同事伙伴的机构在RESCEU:国家公共卫生和环境研究所,国家,荷兰(交流Teirlinck, a·梅耶尔);史坦顿血清研究所、SSI、丹麦(T.K. Fischer, r . Trebbien和H-D。Emborg);爱丁堡大学(h . Nair h·坎贝尔和m . Reeves)。
以下合作者附属机构的伙伴RESCEU:挪威公共卫生研究所(a . Stuwitz伯格和h . Bøas);胆固醇、荷兰(j·佩吉特),芬兰的健康和福利研究所THL (h . Nohynek)。
脚注
可以从本文的补充材料www.qdcxjkg.com
免责声明:所表达的观点和意见作者的自己和不一定状态或ECDC的反映。ECDC不负责数据和信息的整理和分析,不能承担的结论或观点。
作者的贡献:交流Teirlinck, T.K.费舍尔和E.K. Broberg组织会议,领导组织手稿和准备初稿。a . Stuwitz Berg h·坎贝尔,a . m . Reeves Meijer和写道,根据工作小组讨论,部分的手稿RSV监测在医院,RSV监测在社区里,RSV病毒学方面的监测和RSV监测使用国家注册,分别。所有作者批判了最后的手稿和同意出版。
利益冲突:交流Teirlinck报告从创新药物计划拨款,在进行这项研究的。
利益冲突:E.K. Broberg没有披露。
利益冲突:a . Stuwitz伯格没有披露。
利益冲突:h·坎贝尔报告从创新药物计划拨款,拨款和个人费用(支付通过谁的大学),比尔和梅林达•盖茨基金会和赛诺菲,在进行这项研究的。
利益冲突:. Reeves报告从创新药物计划拨款,在进行这项研究的。
利益冲突:a·卡纳汉没有披露。
利益冲突:莉娜没有披露。
利益冲突:g . Pakarna没有披露。
利益冲突:h . Bøas没有披露。
利益冲突:h . Nohynek报告从葛兰素史克赠款,SanofiPasteur和辉瑞(THL研究所,不是他们的单位),在提交工作;和ESWI科学委员会的成员。
利益冲突:H-D。Emborg报道赠款从创新药物计划(116019年授予协议),在进行这项研究的。
利益冲突:h . Nair报告从创新药物计划拨款,在进行研究;赠款和个人费用来自比尔和梅林达•盖茨基金会、世界卫生组织和赛诺菲安万特,和个人费用从詹森和Abbvie外提交的工作。
利益冲突:j . Reiche没有披露。
利益冲突:J.A.奥利瓦没有披露。
利益冲突:J.O.戈尔曼没有披露。
利益冲突:j·佩吉特报告赠款赛诺菲巴斯德,和基础流感流行病学、外提交的工作。
利益冲突:k Szymański没有披露。
利益冲突:k Danis没有披露。
利益冲突:m .负利率没有披露。
利益冲突:m .希洪没有披露。
利益冲突:m·拉普没有披露。
利益冲突:r . Trebbien报告从创新药物计划拨款,在进行这项研究的。
利益冲突:r . Guiomar没有披露。
利益冲突:轮Hirve没有披露。
利益冲突:美国布达没有披露。
利益冲突:美国范德Werf报告非金融支持RESCEU(旅游和酒店成本参加研讨会RSV监测),在进行该研究的是ISIRV的董事会成员。
利益冲突:a .梅耶尔报告从创新药物计划拨款,在进行这项研究的。
利益冲突:T.K.费舍尔没有披露。
支持声明:这项工作是支持的创新药物计划(116019年授予协议)。资金信息,本文已沉积的Crossref资助者注册表。
- 收到了2020年10月7日。
- 接受2021年2月8日。
- 版权©2021年作者。
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