文摘
最近出版的@crypticproject提议ECOFF / ecv研究吸引了两封信给编辑。这是来自神秘财团的响应。https://bit.ly/40vRLye
回复g . Kahlmeter和j . Turnidge C.U.科泽和F.P.毛雷尔:
我们本应对字母g . Kahlmeter和j . Turnidge和C.U.科泽和F.P.毛雷尔,作为其范围有重叠。这两封信给编辑解决我们发表题为“流行病学截止值96 -好汤采用微量板的高通量研究抗生素敏感性测试结核分枝杆菌“(1]。
g . Kahlmeter和j . Turnidge是欧洲委员会的主要官员(EUCAST)及其药敏测试信提供了一个优秀的和清晰的阐述自己的观点推导流行病学截止值(ecoff),以满足严格的指导方针来解释抗菌素耐药性提供一个高度认可的科学委员会,他们杰出的成员。综合阻力预测结核病:一个国际财团(神秘),相比之下,是一个研究财团。它包括超过20个参与国,包括主要mycobacteriologists作为他们的研究,其中一些活跃在EUCAST和其他标准组织。项目的规划和设计是在2015年末和2016年初,有关具体指导发表之前结核分枝杆菌汤采用(BMD)测试或ECOFF决心。我们旨在发现基因组的变化上结核分枝杆菌每个13药物产生抗性。这需要一个明确的指标区分敏感和耐药菌株和ECOFF / ECV统计很适合这个目的(下面讨论)。健壮的最低抑制浓度(MIC) > 20 000个样本,测量电阻采样过量,需要达到足够的统计能力测量麦克风与不太常见的变异有关。相当大的注意力是确保高质量的科学标准得到满足,从而提供鲁棒性研究结果(下面讨论)。至关重要的是,在这项研究的起始,没有指导麦克风测量或ecoff / ecv的决心结核分枝杆菌发表,包括EUCAST或临床和实验室标准协会(CLSI),分别。
作为一个研究小组,神秘财团认为EUCAST, CLSI和世界卫生组织(世卫组织)是关键组织提供药物测试指导,确保固体标准得到满足监管认证和病人安全。
g . Kahlmeter和j·Turnidge国家出版许多误解,我们回复如下:
1)他们意味着我们试图改变标准程序确定临床断点,ecoff和如何确定质量控制(QC)的麦克风测试。我们不同意:本文没有给出指导如何解决这些问题。我们同意指导机构显然是一个重要的标准。我们只是提供,通常的研究论文,我们使用的详细方法。
2)神秘财团的作者完全承认和尊重的标准机构内操作严格的指导方针。生成研究ECOFF / ECV统计数据从我们的数据提供了一个方便的方法在我们的研究描述麦克风。当时没有相关指导结核病(TB)肉汤microtitre稀释已经出版。在我们的研究中,14个受人尊敬的实验室(超过所需的三个或五个指导)在世界各地(有些人结核病超国家实验室)生成的数据控制与H37Rv, MYCOTBI AST板的使用要求(这是符合质量控制所需的BMD测定)。每个实验室贡献了许多超过200隔离,和一些在成千上万。
3)我们的方法的研究,这不仅是显式指定的标题,但也多次提到身体的纸,显然是在讨论的第一段。结果显然不是用于临床管理的病人——这样的指导标准机构的作用。我们等待的出版ECOFF / ecv标准机构用于治疗结核的药物。这将提供一个机会正式量化结果的任何分歧的程度我们报告一个参考标准。
我们要感谢C.U.科泽和F.P.毛雷尔感兴趣的数据收集的神秘财团项目(1]。我们注意到有几个缺点和同意的断言C.U.科泽和F.P.毛雷尔,我们的数据有一些局限性。
麦克风的选择分析和质量控制。我们同意,有明显的全球量化,需要一个高质量的BMD测定便宜的药敏测试(AST)结核分枝杆菌复杂的(MBTC)。被小心地选择一个研究导向microtitre AST板现在合并13药物和基于ce标记MYCOTBI AST板(热费希尔科学Inc .)、沃尔瑟姆,妈,美国),一个健壮的制造过程和明确的指示使用。
UKMYC BMD板是用于研究开发的神秘财团(与热费希尔合作),如上所述,用于测定超过20 000个样本(2]。超过15 000个样品进行了全基因组测序。我们希望UKMYC盘子和神秘的数据集刺激讨论社区,包括由有关国家和国际组织,设计和采用的BMD板结核病AST。
作者是正确的,最小化内部和实验室内部技术变化是关键在开发弹道导弹防御板块和精确测量也是必不可少的神秘的研究目标。中等收入国家都因此测量使用三个独立的方法:通过实验室的科学家,一些电脑软件3)和一个公民科学项目,BashTheBug [4]。的共识,神秘的能够减少人为主观性带来的技术变化的组件在测量BMD板。
定期监测使用一个或多个QC菌株也很重要。而神秘的标准操作程序,参与实验室运行质量控制检查使用指定H37Rv菌株,它不需要实验室控制麦克风上传到我们的中央数据库,因此一些似乎并没有意识到对QC实验室,如果直方图如图S2。神秘的首先是一个研究项目和参与实验室收集大大不同数量的样品在不同的利率,但随着他们的内部质量的措施。研究接受了计划将不承担外部质量保证体系(不存在)结核病BMD盘子,因此,在这方面,它不能完全符合ISO 15189作为常规是典型的公共卫生实验室测试。
板和截断分布范围的稀释。稀释的选择对于每个药物设计的研究提出了一个挑战。我们有兴趣将样本基因型与麦克风的变化,因此同样感兴趣低和中等收入国家。因此,对于神秘的用一盘设计,确保untruncated分布需要至少两个不同的板块设计13抗生素、增加成本和复杂性,从而减少数量的样本收集和统计研究的力量。我们共同决定,完美的敌人是良好的,决定,鉴于我们有限的资源和研究目的,描述更多的样品。此外,在研究过程中我们修改了板设计,进一步探讨截断分布。
基因的定义与野生型表型定义。而g . Kahlmeter和j . Turnidge反驳的观点定义基因野生型是有用的,越来越多的显式依赖识别机制抵抗结核病的野生型和non-wildtype状态分类而不是依靠推理从表型麦克风分布。利用基因组数据自信地确认一个野生型人口获得信誉5,6]。使用野生型表型定义(佩恩表的编制者)依赖于隐含的假设,即表型non-wildtype (pNWT)麦克风分布(s)野生型样品足够明显的表型。这并不总是持有,即使对于药物接受符合上述假设:小的引入增加异烟肼麦克风fabG1启动子突变(图6)不能分辨,除非有遗传信息。其他药物,如乙胺丁醇,测量麦克风分布的卷积几个潜在的小麦克风分布,pNWT混淆。同时对其他药物,有许多突变peri-ECOFF / ECV(“争议突变”),每个明显提升点估计麦克风,只识别使用遗传学[7]。让事情更加复杂的是,我们已经确定了一个强大的家族影响麦克风的一些药物。这些影响只是明显当一个遗传信息的样本。
我们选举分析基因组的变化来确定麦克风分层的数据分布为每个不同的变体和探索存在的主要基因相互作用的可能性。此外,由于C.U.科泽和F.P.毛雷尔认为,使用基因野生型定义的风险最小化的情况下高估了ECOFF基因决定阻力和麦克风分布被截断。可用的数据也可以轻松地重新分析发现,每当一个新resistance-determining基因。
显然,这个领域正朝着genomics-based预测公开抵抗结核病是更快,更便宜,更精确的和更少的变量比表现型。
(区间回归统计方法与ECOFFinder)。的结论C.U.科泽和F.P.毛雷尔似乎休息,至少在部分,使用ECOFFinder [8估计ECOFF。ECOFFinder,只有EUCAST建议的统计方法和推荐的几种方法之一CLSI [6),依赖于启发式假定麦克风分布是离散的,它不是,包括了整个低范围的观察到中等收入国家避免截断。ECOFFinder还假定佩恩表的编制者和pNWT足够明显的分离,他们确定后者的存在符合对数正态分布的前者,使数值检测。正如上面排练的,有许多例子在神秘的数据集,这些假设都不是真的。ECOFF / ECV只是EUCAST和其他定义为麦克风下面的陈述百分位(通常是99%)的表型野生型样品,因此如果说谎,最多几百个样本是典型的拟合对数正态分布分布是一个权宜之计,但不是必需的一步。
相反,正确的统计方法拟合麦克风数据区间回归(9,10正确),因为这代表每个麦克风具有较低的上限,而不是一个离散的数据点,和不依赖于所有化验有相同的边界,从而使结果收集合并使用不同的板设计。区间回归处理数据截断(下界未知)通过返回与更广泛的置信区间估计。与极端的截断,模式不明显时,估计会变得不可靠。在我们的数据这是见过三13抗生素(阿米卡星、利福,delamanid) UKMYC6 BMD板(图2)。
这两种方法的结果进行了比较。偶然地,最近CLSI[指定的6),这种方法符合他们的声明:“发起人应该解释和证明所使用的方法”。
我们很高兴作者相信神秘的数据应该包括在国际麦克风分布数据库与其他麦克风一起分析数据。所有的数据都是免费(11),我们的研究结果也可再生的(在web浏览器)12]。我们欢迎人员详细分析的数据和潜在提供替代的解释可以相比,我们发布的方法。退一步,我们希望神秘,和其他类似的项目,是临床微生物学的开始加入其他科学在大数据领域;然而,这将需要改变我们如何分析,存储和方法数据无疑将促进进一步必要的讨论和辩论。
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脚注
利益冲突:对利益冲突声明神秘财团的成员,请参见原稿。
- 收到了2023年3月10日。
- 接受2023年3月15日。
- 版权©2023年作者。
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