摘要
背景结节病是一种来源不明的多系统肉芽肿性疾病,其累及器官的过程和模式多变且往往不可预测。在这项研究中,我们试图确定特定的支气管肺泡灌洗(BAL)细胞基因表达模式指示不同的疾病表型特征。
方法采用Ion Torrent质子对215例肺结节病患者的BAL细胞进行RNA测序,这些患者参与了α -1抗胰蛋白酶缺乏和结节病(梯度)多中心基因组研究。采用加权基因共表达网络分析和非参数统计分析全基因组BAL转录组。使用一个独立的结节病队列(Freiburg, Germany;n = 50)。
结果我们的监督分析发现了不同的转录程序和结节病的主要肺表型表现之间的关联,包括t辅助器1型(Th1)和Th17通路与肺门淋巴结病相关,转化生长因子-β1 (TGFB1)和雷帕霉素(MTOR)信号通路的机制靶点与实质受累,白细胞介素(IL)-7和IL-2与气道受累。我们的无监督分析揭示了基因模块,发现了四种潜在的结节病内型,包括急性t细胞免疫反应增强的肺门淋巴结病;眼外器官参与PI3K激活通路;免疫反应途径增多的慢性和多器官疾病;多器官受累,IL-1和IL-18免疫和炎症反应增加。我们通过基因表达、肺功能测试和Freiburg细胞差异来验证这些内型的发生。
结论综上所述,我们的结果确定了主要肺结节病表型的BAL基因表达程序,并提示存在不同的疾病分子内型。
摘要
全基因组BAL转录组学发现了与结节病不同表型性状相关的新基因表达谱,提示存在新的分子和临床结节病内型https://bit.ly/3vf7VfT
脚注
本文的补充资料可从www.qdcxjkg.com
作者贡献:N. Kaminski, L.L. Koth, D.R. Moller, K.F. Gibson和W.P. Drake构思和设计实验;K.F. Gibson、M. Gulati、M.J. Becich、H. Hochheiser、E.L Herzog、E.S. Chen、A. Morris、J.K. Leader、J.G.N. Garcia、S.R. Wisniewski、L.A. Maier、D.R. Moller、R.G. Collman和W.P. Drake进行患者表型分型、分类、监督样本和数据收集;M. Vukmirovic、T.S. Adams、T.N. Woolard和G. Deluliis进行了RNA测序实验;J.C. Schupp和A. Prasse收集并生成Freiburg队列的微阵列数据进行验证;Yan x, M. Vukmirovic, N. Kaminski, B. Hu, A. Mihaljinec, Y. Zhang, N. Emeagwali, P.V. Benos, J.C. Schupp和A. Prasse分析了数据;N. Kaminski, X. Yan, M. Vukmirovic和L.L. Koth监督分析方案;M. Vukmirovic, X. Yan和N. Kaminski在所有其他作者的输入下完成了手稿。所有作者均已阅读并认可该手稿。
利益冲突:乌克米洛维奇没有什么可透露的。
利益冲突:X.阎没有什么可透露的。
利益冲突:K.F.吉布森没有什么可透露的。
利益冲突:M. Gulati在研究期间报告了NIH的拨款;来自勃林格殷格翰的顾问委员会工作和其他(PI/出版委员会)的个人费用,来自法国基金会的其他(讲座),来自肺纤维化基金会的其他(PI/中心主任),来自NIH和结节病研究基金会的拨款,在提交的工作之外。
利益冲突,j。c。舒普没有什么要透露的。
利益冲突:G.德尤利斯没有什么可透露的。
利益冲突,t。s。亚当斯没什么可透露的。
利益冲突:B.胡无事可透露。
利益冲突:A. Mihaljinec没有什么可透露的。
利益冲突:T.N.伍拉德没有什么可透露的。
利益冲突:h·林恩没什么可透露的。
利益冲突:N. Emeagwali没有什么可透露的。
利益冲突:E.L Herzog报告了NIH、赛诺菲、Bristol Myers和Promedior的拨款,以及勃林格殷格翰和辉瑞提交的工作之外的个人咨询费用。
利益冲突:E.S.陈没什么可透露的。
利益冲突:A. Morris在研究期间报告了NIH的拨款。
利益冲突:J.K. Leader没有什么要透露的。
利益冲突:张颖没有什么可透露的。
利益冲突,j。g。n。加西亚没什么可透露的。
利益冲突:在研究期间,NIH (1U01 HL112695-01, U01 HL112707-03)和NIH/NCRR (UL1TRR002535)的L.A. Maier拨款;来自美国国立卫生研究院(1R01 HL127461-01A1, R01HL136681-01A1, 1R01 HL140357-01A1, R01HL136681-01A1), FSR, cincinati大学Mallinckrodt基金会,MNK14344100, ATYR1923-C-002,提交的工作以外;他是FSR科学顾问委员会的成员,因此没有获得任何报酬。
利益冲突:R.G.科尔曼在研究期间报告了国家卫生研究院的拨款。
利益冲突,w·p·德雷克公司没什么可透露的。
利益冲突:M.J. Becich在研究期间报告了来自NCATS, NCI, PCORI, NHLBI和CDC NIOSH的资助,其他(启动)来自SpIntellx;其他(启动)从SpIntellx,提交的工作之外;SpIntellx(多个)专利正在申请中。
利益冲突:H. Hochheiser没有什么可透露的。
利益冲突:S.R. Wisniewski没有什么要透露的。
利益冲突,p·v·贝诺斯没什么可透露的。
利益冲突:dr . r . Moller报告了研究期间NHLBI (1U01HL112708)的资助;Merck, aTYR和Roivant的顾问个人费用,SarcoMed顾问委员会工作的个人费用,Legal Expert顾问/证人的个人费用,霍德教育和Taylor & Francis集团提交的工作以外的其他(版税);已发布专利号9,683,999 B2,已发布专利号9,977,029 B2;是结节病诊断测试有限责任公司(该公司的目标是开发结节病的诊断血液测试)的董事长兼首席技术官,并在3年前获得了包括过去在NHLBI STTR计划下的工资支持,拨款R41 HL129728;他还是结节病研究基金会科学顾问委员会的前成员。
利益冲突:A. Prasse报告了勃林格殷格翰和罗氏出席会议的个人讲座和咨询费用以及非财务支持费用,诺华和阿斯利康的个人讲座费用,安进、普朗特和日东电通的个人咨询费,这些费用都在提交的工作之外。
利益冲突:L.L. Koth没有什么要透露的。
利益冲突:N. Kaminski报告了来自Biogen Idec、Boehringer Ingelheim、Third Rock、Samumed、NuMedii、Indaloo、Theravance、LifeMax、Three Lake Partners、RohBar和Pliant的顾问和/或顾问委员会工作的个人费用,Miragen的非财务支持,Pliant的股权,Veracyte的拨款;提交作品以外的一切;并拥有一项肺纤维化和外周血基因表达新疗法专利,已被授权给生物技术公司。
支持声明:这项工作由NIH资助:U01 HL112707, U01 HL112694, U01 HL112695, U01 HL112696, U01 HL112702, U01 HL112708, U01 HL112711, U01 HL112712, UL1 RR029882, UL1 RR025780, R01 HL110883, R01 HL114587, R01 HL127349, U01 HL137159, CTSI U54资助9 UL1 TR000005, CDC NMVB 5U24 OH009077, CTSA UL1 TR002535, R21 LM012884,德国肺研究网络(DZL/ BREATH)和Fraunhofer CIMD Forschungscluster。本文的资助信息已存入Crossref基金管理人登记处.
- 收到了2020年7月28日。
- 接受2021年4月20日。
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