文摘
传统的分子检测测试结核分枝杆菌复杂(MTBC)耐药临床样本封面上一组有限的突变。全基因组测序(WGS)通常需要文化。
在这里,我们评估了Deeplex Myc-TB针对性的深度排序分析预测/药物类13个抗结核药物的耐药性,直接应用于痰。
MTBC DNA测试,检测极限是100 - 1000基因组拷贝固定电阻突变。Deeplex Myc-TB捕获在网上97.1 - -99.3%的抗性表型正确预测的WGS 3651 MTBC基因组。429年分离,分析预测92.2%的2369一线和二线表型,敏感性为95.3%,特异性为97.4%。56 69(81.2%)残留差异与表型结果涉及吡嗪酰胺、乙胺丁醇、乙硫异烟胺、低级的利福平、异烟肼耐药突变,都出了名的容易表型检测变化。只有两个91(2.2%)抗性表型被Deeplex Myc-TB知道resistance-associated突变WGS分析外Deeplex Myc-TB目标。表型预测从Deeplex Myc-TB分析直接从吉布提调查109口水匹配MTBSeq / PhyResSE / Mykrobe,从随后的文化,再辅以WGS数据的敏感性为93.5 / 98.5 / 98.5 / 97.2 / 93.1%,特异性95.3%,分别。大多数剩余不调和涉及基因缺失/ indels和3 - 12% heteroresistant调用被WGS分析或自然吡嗪酰胺耐药性全球罕见”分枝杆菌canettii“菌株然后报道Deeplex Myc-TB。1494年艰苦的口水从刚果民主共和国的一项调查,422 902的19(76.7%)可能的敏感或抗性表型可以预测培养自由。
Deeplex Myc-TB可以使快速、定制的肺结核治疗。
文摘
小说Deeplex Myc-TB分子试验显示了广泛的预测精确度高敏感性和13个抗结核药物的耐药性,直接实现的没有文化,这可能使快速、定制的肺结核治疗https://bit.ly/3bAvcAt
介绍
诊断的重要差距仍耐药肺结核(TB)。不到三分之一的大约484 000耐多药结核病(MDR)——或rifampicin-resistant事件情况下估计2018年诊断和治疗(1]。表型药敏测试(pDST)周的文化,虽然传统分子只测试识别常见的耐药突变在几个基因目标(2]。
全基因组测序(WGS)可以有效地预测耐药或易感性结核分枝杆菌复杂(MTBC)株(3- - - - - -5]。然而,它的常规使用分枝杆菌诊断通常需要主要文化(6]。即使复杂DNA浓缩过程或thermoprotective DNA提取,直接获得的序列覆盖深度WGS标本通常仍然贫穷,即使在样品细菌高负荷(7,8]。这限制了灵敏度和/或检测电阻突变的程度的信心,特别是由少数族裔人口(定义heteroresistance)可预测治疗失败的9]。
有针对性,amplicon-based深测序代表一个有吸引力的替代(10]。相关基因的选择性扩增区域测序之前减少了所需的DNA和DNA序列无关的干扰(人类或从微生物菌丛)。序列覆盖深度和多路复用的样品测序运行可以大大增加11]。
先前描述的预定义的高信任度抗性变异在六amplicon-based试验目标结核分枝杆菌基因组区域只有[11,12]。相比之下,有针对性的深度排序分析称为Deeplex Myc-TB (GenoScreen、里尔、法国)目标完整的序列(即。编码序列和启动子的部分地区)或(大多数)有关地区18 MTBC药物resistance-associated基因,结合分枝杆菌基因组目标物种鉴定和基因分型结果MTBC应变。包括在试验中,一个完全自动化的web应用程序用于快速和用户友好的测序数据的分析和解释,从Illumina公司测序。变异检测是全面的,不仅包括突变与阻力或易感性有关,但也尚未uncharacterised突变时,可以面对药敏表型。这个试验已经用于国家和地区结核病耐药性调查,包括那些在世界卫生组织(世卫组织)的监督(13- - - - - -15之前,其广泛的评估。
第一次在这里,我们描述的细节分析和评估其性能基于数据来自4000多个隔离和1600年临床标本。
方法
检测极限
的检测极限Deeplex Myc-TB评估使用纯化的DNA特征明显MTBC菌株的热带病研究和培训特别项目(TDR)收藏(现在包括在比利时文化收藏的微生物(BCCM),安特卫普,比利时)(16]。连续稀释后进行DNA定量使用量子位dsDNA海关化验(美国马热费希尔,沃尔瑟姆)。一个分枝杆菌intracellulare从BCCM应变是用于评价复合菌群检测极限的非结核分枝杆菌(特种加工)识别。后Deeplex Myc-TB放大按手册说明,扩增子图书馆准备使用Nextera XT工具包和测序150 - bp paired-end读取使用MiSeq音序器(Illumina公司、圣地亚哥、钙、美国)。为后续阶段,分析自动使用集成的生物信息学管道1.3版本中实现Deeplex Myc-TB web应用程序(注意S1补充材料)。
在网上耐药性的分析预测与WGS
resistance-associated变异目录包含在Deeplex Myc-TB与阻力因素及其相关抗性表型中发现2099 MTBC基因组的训练集和验证集的检索1552年MTBC基因组发表在W“et al。(3]。
Deeplex Myc-TB表型预测与WGS和表型测试
比较Deeplex Myc-TB变异检测与表型预测与WGS和pDST执行使用一组429参考隔离,包括213年收集的比利时国家结核病参考中心(Sciensano)在2007年和2015年之间(耐多药菌株)和2013年3月和10月之间从who - tdr集合(non-MDR菌株)和216 (16]。who - tdr集合,pDST是由采用比例法(Lowenstein-Jensen或麦德布鲁克7 h11琼脂培养基对一线或二线药物,分别)临界浓度为0.2,40岁,4、2、2、6、10、10μg·毫升−1异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、氧氟沙星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺分别被描述为V激励et al。(16]。Sciensano应变集中,pDST经常使用BACTEC MGIT960系统和TB-eXiST应用程序(美国新泽西州,正欲富兰克林湖)对一线药物按照制造商的指示,和放射BACTEC 460 TB系统(Becton Dickinson)二线药物包括阿米卡星、氧氟沙星、莫西沙星、乙硫异烟胺和linezolid描述的Pfyfferet al。(17)或Cambauet al。(18)2012年隔离之前或之后,分别。Deeplex Myc-TB测试如前所述。WGS执行在GenoScreen使用Nextera XT工具包和150 - bp paired-end读取HiSeq 2500测序仪(Illumina公司)在快速运行模式。WGS分析用Bowtie2-based管道的初始阈值变量调用等位基因频率为85%,随后寻找少数变异在低频检测模式下,使用至少一个阅读在正向和反向方向,5×阅读报道,30到调用一个等位基因的最小phr得分最低频率的3%。来避免可能的错误由于将样本的标签,Deeplex Myc-TB——WGS-based系统沿袭和spoligotype识别比较的一致性,以及任何隔离有超过三个预测之间的不整合,观察表型被排除在分析,像在其他地方做的3]。
Deeplex Myc-TB临床标本
Deeplex Myc-TB测序数据从109份痰液样本和WGS数据从培养分离株中描述的吉布提调查得到Taglianiet al。(13]。从WGS表型预测数据是由MTBSeq 1.0.2版(19],PhyResSE与resistance-associated变异数据库版本1.0版本(29日20.和0.8.1 Mykrobe版本21]。
Deeplex Myc-TB测序数据1494份痰液样本的刚果民主共和国(DRC)调查获得的所述Kayomoet al。(22]。Ziehl-Neelsen染色后,涂片镜检分级标准的抗酸的细菌(AFB),痰是存储和运输在96%乙醇室温1:1的比例。DNA提取使用麦克斯韦16低洗脱体积DNA净化系统(WI Promega,麦迪逊,美国),和分析Deeplex Myc-TB工具包使用NextSeq和MiSeq平台。
结果
试验设计、检测极限和分枝杆菌物种鉴定
相关的主要基因目标抵抗13一线和二线抗结核药物/毒品类和数据库中实现web应用程序所示图1,表1和2。提供进一步的细节分析设计中注意S2补充材料,包括额外的目标放大单24-plex PCR对分枝杆菌物种识别、spoligotyping /单核苷酸多态性(SNP)输入和内部控制,并与web应用程序的分析。
作为Deeplex Myc-TB并不依赖于一个特定的DNA提取方法,测定的检测极限估计的分数可检测序列变异四个复制分析使用连续稀释净化,pre-quantified基因组DNA从三个特征明显MTBC菌株和混合的两株5:95%比率。所有(附近)固定电阻变异检测了104和103基因组,83.3%和102基因组(完整的变体概要文件获得13个测试)(图2)。对耐药性变异频率为5%,这些分数分别为100%,81.3%(与完成小变体概要文件在四分之三的测试)和43.8%(没有一个完整的小变体)104,103和102分别的基因组。固定和少数变异没有检测到101只基因组(检测极限MTBC和特种加工标识,看到的补充图S1和S2,注意S1补充材料)。
的370株从73种不同的物种特种加工/萃取DNA复合物测试使用文化,发现292株(子)物种或品种复杂层次的参考和Deeplex Myc-TB测试。其中,274(93.5%)被正确识别(子)物种或品种复杂级别由Deeplex Myc-TB (补充图S3和补充表S2,注意S7在补充材料方法和细节)。18(6.2%)菌株,分类学的不和谐的结果即使在这两种方法之间的复杂水平主要由单一否则部分/全部整合菌株之间的不和谐的情况下一个物种(如溃疡分枝杆菌(n = 1/13)分枝杆菌kansasii(n = 1/14))或物种很少参与感染(例如peregrinum分枝杆菌(n = 2))。然而,对于一些个别孤立否则鉴别物种的正确性Deeplex Myc-TB识别实际上是经常可能或可能,冲突或模糊识别之间的rpoB和16 s rDNA参考探测器,与一个或另一个部分或完全匹配Deeplex Myc-TB结果(如。m . kansasii和gastri分枝杆菌)(补充表S2)。相同的经常被适用于16残余隔离与不符亚种内匹配的复杂(例如m . intracellulare与嵌合体分枝杆菌)。
耐药变异检测与WGS在网上
我们评估在网上的能力Deeplex Myc-TB捕获120抗结核药物resistance-determining遍及14个基因,突变及其并发的一线和二线抗表型,通过算法确定在WGS研究W“et al。(3]。这120的阻力因素,106人(88.3%)都包含在Deeplex Myc-TB目标和变异目录(补充表S3),分布在13 14个基因,例外rpsA,一个小目标与吡嗪酰胺耐药性有关。这些106个变异,644 663(97.1%)的耐药表型预测的WGS W“et al。(3训练集的2099 MTBC隔离被检索。同样,53岁的58 resistance-determining突变的训练集检索的W“et al。(3)验证组1552隔离被Deeplex Myc-TB,使预测1199年1207例(99.3%)并发耐药表型在这个数据集(补充表S4)。
表型预测隔离与WGS和表型测试
我们的能力相比Deeplex Myc-TB和Illumina-based WGS分析从429年MTBC菌株检测DNA提取中的变异。的2403个变异识别Deeplex Myc-TB目标这两种方法中,2373 (98.8%;2293个SNP和所有80 indels),其中797(99.9%)耐药性变异,既被Deeplex Myc-TB和WGS管道在低频模式(验证准确SNP调用依照最近指南(28])。剩下的30(1.2%)单核苷酸多态性与频率都是少数变异主要是∼3 - 10%只被有针对性的深度测序,其中一个突变电阻(乙胺丁醇;注意S4在补充材料和补充表S5)。
Deeplex Myc-TB药敏预测2403年基于这些变异与pDST结果。在这组,268例孤立表型对至少一种药物,其中包括156耐多药和广泛耐药隔离六个,导致664年耐药表型和1705敏感。这些2369表型,2184(92.2%)预测的Deeplex Myc-TB平均灵敏度95.3%,平均97.4%的特异性(表3和补充表S6)。剩余的185表型(7.8%)不能预测由于存在变异的突变uncharacterised数据库。当结果分层类型的表型方法作为参考,表型的基因型一致预测略高测试液体培养(补充表S7固体文化()与测试补充表S8),这两种类型的三种药物主要化验方法(利福平、异烟肼、乙胺丁醇)。
耐药的耐药表型的比例准确预测Deeplex Myc-TB > 90%阿米卡星(链霉素为90.7%至100%)对于大多数个人药物,除了吡嗪酰胺(85.7%)、卡那霉素和卷曲霉素(75.0%,但反映了四个隔离只在两种情况下)(表3)。利福平和异烟肼MDR-defining化合物,159 160(99.4%)和176年的179(98.3%)与耐抗性变异被正确分类为隔离,占98.1%,94.1%的利福平isoniazid-resistant隔离,分别。吡嗪酰胺,尽管所有42(100%)(42)包含电阻隔离这种药物被正确预测耐药变异,这些只占79.2%的隔离与表型吡嗪酰胺耐药性。值得注意的是,七个少数民族抵抗变体(频率为21.1 -77%)成功地预测抗吡嗪酰胺(n = 3),硫酸卷曲霉素、卡那霉素、氟喹诺酮类原料药、乙硫异烟胺(n = 1)。
601年的耐药表型与Deeplex Myc-TB预测(即。不是uncharacterised),只有28(4.7%)预测,由于缺乏敏感resistance-associated突变在Deeplex Myc-TB目标。在这些表型,可能出现的高信任度resistance-associated突变在扩展搜索区域(完整的编码序列和基因的启动子区域),只有(大多数)关键区域覆盖Deeplex Myc-TB,其他14个,二级resistance-associated基因目标,在Deeplex Myc-TB目标区域,如embA课程启动子区域(包括如。C-12T和C-16T突变)或扩展ethA启动子区域(包括如。T-11C突变)(补充表S9)。WGS分析发现高信任度电阻突变在这些地区只有一个表型(乙硫异烟胺耐药;L203L在fabG1(4))(补充表S9)。同样的,fabG1L203L唯一成立resistance-associated突变(isoniazid-resistant表型)检测到WGS以外的试验的目标在63年表型uncharacterised Deeplex Myc-TB。
1583敏感的表型与预测,只有41(2.6%)不和谐地预测耐药。他们都涉及乙胺丁醇和embB突变、乙硫异烟胺和ethAframeshift-causing indels(机械化将导致乙硫异烟胺电阻(30.),或者低级异烟肼(韩国仁荷S94A,ahpCG-48A)、利福平(rpoBL452P, H445N D435Y)或链霉素(gidBA138V)电阻突变,与贫穷相关的所有臭名昭著的表型(注意S4的再现性补充材料)[3,27,31日- - - - - -33]。
作为收购耐异烟肼耐药性通常是第一步(34),预计对异烟肼不配合被认为是预测对其他一线药物,基因的目标没有耐药性突变但包含uncharacterised突变,WGS-based分析如图所示(4]。当这样做Deeplex Myc-TB预测,诊断性能可以进一步提高,与uncharacterised表型的比例减少到0.5 - -2.5%利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、为代价的一个不正确的预测为每个这些药物敏感的表型(注意S5补充材料和补充表S10)。这个条件的解释是留给用户的决定并没有实现Deeplex Myc-TB分析算法。
Deeplex Myc-TB临床标本
我们比较变异检测与表型预测基于可用Deeplex Myc-TB测序获得的数据直接从109年临床标本进行的一项全国性调查吉布提与分析WGS培养后获得的数据(13]。总的来说,693年的752个总变异(92.2%)检测到两个Deeplex Myc-TB和WGS管道下使用低频检测模式。59岁(7.8%)不一致,只有一个(一个固定pncASNP没有检测到Deeplex Myc-TB,尽管得到的位置)被这WGS管道少数变量未被发现的,符合的平均深度报道3921×Deeplex目标Deeplex Myc-TB与57×WGS(注意S6补充材料和补充表S11)。
Deeplex Myc-TB表型预测匹配可以同WGS WGS-based独立分析与数据分析工具PhyResSE [20.],Mykrobe [21]和MTBSeq [19]。相比PhyResSE Mykrobe, MTBSeq需要生物信息学为当地的实现和使用技能。然而,MTBSeq有一个更完整的电阻突变面板(19),因此作为主要参考比较。
与1150年预测表型Deeplex Myc-TB耐(155和995年敏感),敏感性和特异性与可用MTBSeq预测分别为93.5%和98.5%,(表4)。没有预测到108年额外的表型(8.6%),Deeplex Myc-TB由于uncharacterised突变的存在。协议对所有适用的药物抵抗的预测是100%,除了利福平(93.5%)和吡嗪酰胺(71.4%)。利福平分数导致可能的差异主要由Deeplex直接测试的样本用于WGS Myc-TB和文化分析。事实上,两个电阻预测MTBSeq(也通过PhyResSE和Mykrobe) (图3)反映了两个小resistance-associated变异的检测rpoB未被发现的Deeplex Myc-TB尽管高覆盖率的深度在这些位置,表明基因型的异质性/污染,介绍了放大后痰液处理,在后续的培养或WGS(注意S7的补充材料)。吡嗪酰胺的低灵敏度的Deeplex Myc-TB与MTBSeq主要是由于不同地区不同的解释一些序列变异或审问”m . canettii“隔离,自然对吡嗪酰胺和本地流行的和高度限制在吉布提(35]。Deeplex Myc-TB并确定7m . canettii包含样品根据系统发育SNPpncAA46A,但没有明确预测抗吡嗪酰胺(然后),相比之下MTBSeq基于panDM117T (Mykrobe,基于pncAA46A) (图3并注意S8补充材料)。
相反,从995(1.5%)敏感的表型预测MTBSeq(不含uncharacterised表型由Deeplex Myc-TB)被确定为耐Deeplex Myc-TB (表4)。其中,10(66.6%)不一致是由于少数resistance-associated变体在3.3 - -12.8%只在口水中发现Deeplex Myc-TB (图3并注意S7在补充材料)。跟重要的是,这10个少数民族的变异与一个或多个少数民族抵抗和/或系统发育个体内变异痰。这进一步支持真阳性变体电话反映真正的混合菌株和/或结合heteroresistance探测到目标深度测序,错过了WGS分析由于低覆盖深度或潜在的文化偏见。剩下的五个不和谐的阻力预测导致不同的变体解释,涉及一个ethAframeshift-causing indel(机械化将导致乙硫异烟胺阻力,见前),两个争论embB突变和gidB突变(n = 2)与低级链霉素抗性(18(注意S7补充材料),这与抗性有关的Deeplex Myc-TB PhyResSE和/或Mykrobe,但不是通过MTBSeq (图3)。
平均的敏感性和特异性表型预测Deeplex Myc-TB与可用PhyResSE / Mykrobe预测为98.5 / 93.1%和97.2 95.3%,分别为(补充表S12和向,注意S8补充材料,)。
虽然病人痰(大概)痰检阳性根据研究设计,成功的速度Deeplex Myc-TB序列分析与微观年级不是在吉布提的调查研究。因此该参数是评价一组1494个直接的痰样本一个全国性的调查在刚果民主共和国(22]。收益率从chloride-stored痰十六烷吡啶的文化很大程度上受到运输延误,而ethanol-preserved痰样本保存在室温下后续的DNA提取使用修改后的麦克斯韦16低洗脱体积DNA净化系统(22]。因此,培养自由Deeplex Myc-TB主要是作为一个独立的试验测试是用于广泛的结核病患者,pDST包含基于Ziehl-Neelsen涂片后积极和正面的结核分枝杆菌检测在结核分枝杆菌爱视宝/ RIF。
可用显微镜检查的1143份痰液样本数据,意味着pan-target阅读深度超过1000×分级样品1 +,2 + 3 +,尽管,正如所料,色散对降低值与微观评分呈负相关(图4一和b,补充表S14系列)。类似的阅读的深度也观察到样品被分级为负(n = 16只,按标准的调查设计通常只招收痰检阳性结核病患者)或不报告评分(n = 351)。尽管不确定细菌负荷在三分之一的1494个样本,MTBC被确定在1258年(84.2%)。19 422年预期表型的1494个样本,73.5%(277)14日自动预测四个一线药物(80.7 -82.4%),基于检测电阻突变或缺失的阻力和uncharacterised突变以最小的5×读深度≥95%的参考目标。Uncharacterised突变被发现一个额外的5.9% (n = 1137)和625年额外敏感的表型(3.2%)可以预测后验证有效的最小覆盖的阻力位置对应的目标。杰出的微观级时,预测的比例表型在样本没有显微镜的结果(81.1%)是高于样本评分0(67.8%),1 +(69.4%),2 +(69.5%)和3 + (76.3%)。
氨基糖甙类的表型,在一个较低的程度上linezolid,预测相对较少,相对较低的平均阅读深度的反映rrs和rrlrDNA目标(补充表S14系列),后面由于竞争共生体rDNA读取。然而,这样的竞争并不明显影响调用特定的变异与得到目标样本,从高度的和谐与变异检测到WGS分析文化在吉布提的数据集(除了少数变异只检测到深度测序可能真的在大多数情况下;注意S6在补充材料)和预测之间的完整协议易感表型对氨基糖甙类和linezolid与WGS分析在相同的数据集(表4)。
讨论
基于一个大的数据集,我们的结果显示一个高精确度的Deeplex Myc-TB广泛预测分析的敏感性和抗结核药物的耐药性效率接近WGS,直接实现至少从空军基地痰检阳性的临床标本。相比之下,尤其是敏感性不能可靠地推断出从一个消极的结果与传统分子测试,因为有限的resistance-conferring突变的14]。
重要的是,大部分剩余的预测Deeplex Myc-TB不整合与敏感或耐药表型测试组429 MTBC隔离包括吡嗪酰胺、乙胺丁醇、乙硫异烟胺的pDST是一个不完美的标准(3,31日]。同样,对异烟肼和利福平,唯一有差异的预测的抗性Deeplex Myc-TB所有涉及低级耐药性变异,经常错过了液体pDST,尽管它们捕获的关键,避免不利的治疗结果或复发3,32,33]。由于这些原因,相关基因的测序现在建议作为参考,至少对利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇和乙硫异烟胺(31日]。Deeplex Myc-TB可以被认为是优于pDST标准对这些药物。
至关重要的是在这方面,该协议与WGS分析几乎是完整的在网上和实验数据集。所有heteroresistant调用两种方法探测到429年设置MTBC菌株与抗性表型整合。唯一heteroresistant变体专门检测(4.9%)、ethambutol-susceptible表型,通过深入测序Deeplex Myc-TB e黑带大师M306V变体。变体在这embB306密码子(以及密码子354年、406年和497年)被认为是电阻突变,不管pDST结果(36]。同样地,大部分的阻力预测只有直接Deeplex Myc-TB口水从吉布提调查分析是由于电阻少数变异,被MTBSeq / PhyResSE Mykrobe WGS数据可能由于阅读的深度不足和/或文化偏见消除潜在不符合(耐)亚种群37征服WGS之前。
最佳的阅读与深度有关的极限检测少数族裔人口的3%这个Deeplex Myc-TB版本定义安全真正的变体,经过系统分析的序列噪音水平在目标位置。这个限制是大大优于传统分子测试(38),虽然不那么敏感的0.1 - -1%限制声称TGen深度排序分析(10,39]。我们最近开发了一个增强检测模式能够可靠地检测少数变异降至1%,这只能达到hypercovered目标部分。低于这个阈值在一个高得让人无法接受的假阳性结果基本电话,影响整体的特异性分析(数据没有显示)。基因截止在这个价值似乎是合理的,因为旧的研究使用表型比例方法表明,治疗成功不太可能增长的耐药细菌的1%以上(40]。然而,表型和基因之间的对应估计可能影响表型比例的不确定性给分枝杆菌的凝结特性和/或健身的代表名额不足的一些阻力突变产生的成本培养耐药分组人口(37]。需要更多的研究来解决这个重要的问题。
尽管其庞大的数据集,本研究有一定的局限性。参考的429株集合包括二线药物的耐药表型研究相对较少(没有bedaquiline和linezolid)。然而,随着也从我们的部分建议在网上和变异分析,Deeplex Myc-TB目标目录包含的主要甚至专门建立基因组目标和最决定因素的抵抗这些药物在临床分离株(例如gyrA和gyrB喹诺酮resistance-determining地区氟喹诺酮类原料药)。pDST数据不能用于临床标本吉布提和刚果民主共和国,pDST不是经常上执行所有新诊断结核病患者在这种资源有限的国家,甚至因为困难re-culture样本添加了防腐剂在存储和运输。然而,我们的研究结果显示密切匹配之间的表型预测Deeplex Myc-TB和最终的基因型的参考,即。在吉布提WGS分析,数据集。最后,涂阴测试样品的数量很清楚鉴别在刚果民主共和国的数据集是有限的。然而,100 - 1000的检测极限建立提取基因组拷贝表明测试可以应用于所有痰检阳性样品和至少部分涂阴样本与任何合理高效的DNA提取方法。一致,类似的意思读深处获得标本评分1 +,2 + 3 +从刚果民主共和国调查也表明检测极限≤1 +(对应5000 - 000基因组·毫升−1样品)的DNA提取条件,会计也相当于十分之一的可用的1 - 5毫升的刚果民主共和国是通常用于DNA提取和测试样品。进一步符合这样的分析灵敏度,在最近的一项研究中使用迷你包QIAamp DNA DNA提取,完成Deeplex Myc-TB表型预测可以从所有37痰检阳性(包括五个吝啬的)和两个涂阴样本,在一系列试验的临床标本(5041]。
总之,广泛的评价结果展示的潜力Deeplex Myc-TB试验可靠地指导个性化结核病治疗,从文化或直接从临床标本根据细菌负荷。作为测试也可以用于Illumina公司iSeq100 MiniSeq,除了MiSeq和NextSeq平台使用,吞吐量的可伸缩性,与最优16批次(iSeq100)每运行384测试(NextSeq)(包括三个控制每运行),可以涵盖许多临床实验室的需要在当地/区域或全国集中的水平。其使用可能特别划算在积极MTBC检测(有或没有耐利福平),更敏感结核分枝杆菌快速诊断测试,如爱视宝/ RIF。特别是当用于痰,这种分析将显著降低总周转产生扩展DST的报告。培养可能被限制在样品没有确凿Deeplex Myc-TB结果和pDST可能局限于药物的uncharacterised突变(而不是阻力,良性或没有突变)检测相关基因,为WGS-based表型预测提出了从文化3),或为新/再生药物bedaquiline、氯法齐明和delamanid / pretomanid,糟糕的电阻突变特征(Rv0678bedaquiline /氯法齐明)(还)覆盖的试验(atpE和pepQbedaquiline和所有(候选人)基因delamanid和pretomanid)。改进计划包括增加这些额外的目标。
补充材料
补充材料
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补充图S1erj - 02338 - 2020. - figure_1
补充图S2erj - 02338 - 2020. - figure_2
补充图S3erj - 02338 - 2020. - figure_3
补充图S4erj - 02338 - 2020. - figure_4
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确认
我们感谢马蒂尔德Mairey (GenoScreen、里尔、法国)有价值的技术帮助。
脚注
可以从本文的补充材料www.qdcxjkg.com
支持声明:这项工作的部分已经被欧盟PathoNGen-Trace支持项目(fp7 - 278864)之下,由世界卫生组织(结核病耐药性调查在刚果民主共和国)。公元前德容和l . Rigouts开始由欧洲研究委员会授予“INTERRUPTB”(311725年授予协议)。资金信息,本文已沉积的Crossref资助者注册表。
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利益冲突:p供应报告个人费用从GenoScreen咨询公司,从欧盟赠款PathoNGen-Trace项目(fp7 - 278864)之下,在进行这项研究的。
- 收到了2020年6月15日。
- 接受2020年9月3日。
- 版权©2021人队
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