见解的RNA-sequencing支气管肺泡灌洗细胞大结节病组
MilicaVukmirovic,——xit严,凯文·F。吉布森,MriduGulati,朱塞佩DeIuliis,托尼伍拉德,泰勒亚当斯,Buqu胡,温岚藏,AntunMihaljinec,胡伯图斯D。Luijk,NachelleAurelien,斯科特·M。奥尼尔,迈克尔·J。Becich,哈利·豪切斯那里借得创意,艾丽卡L。赫尔佐格,罗伯特。M。高级,爱德华。陈,艾莉森·M。莫里斯,约瑟夫·K。领袖,迎泽张,乔·g . N。“跳过”加西亚,史蒂芬·R。Wisniewski,Panagiotis V。朔,丽莎。麦尔,大卫·R。莫勒,想知道P。德雷克,劳拉·L。Koth,Naftali来说卡明斯基
欧洲呼吸杂志
2017年
50:
OA2907;
DOI:10.1183/1393003. - 2017. oa2907国会
文摘
作品简介:细胞的转录组分析支气管肺泡灌洗(BAL)群体的特征由RNA-sequencing结节病学科更好地理解疾病进展和严重程度,并有可能发现新的分子表型。
方法:落下帷幕的受试者中进行基因组研究alpha - 1抗胰蛋白酶缺乏症”和结节病研究(毕业生)作为描述(穆勒et al .,安Thorac Soc, 2015 PMID: 26193069)。互补脱氧核糖核酸数据库准备从1 ug RNA和测序的离子激流质子音序器。袖扣计算每千碱基外显子片段每百万(FPKM)值。非参数相关方法和Metacore识别重要的基因和通路。加权基因co-expression网络分析(WGCNA)透露相关网络之间的基因表达与临床特征。在罗斯福< 0.05多重假设检验控制。
结果:我199样本24阶段,33阶段ii iii治疗,40阶段ii iii治疗,17四期治疗,和12四期未经治疗的受试者(53.2%的女性,23.1%的黑人)。相关分析显示65个基因增加先进的竹荚鱼阶段和24人减少(罗斯福< 0.05)。50个基因与正常击球差异化的主题从那些减少。189个基因差异表达的黑与白。WGCNA显示不同的基因模块与击球和CT特征。
结论:RNA-sequencing落下帷幕的结节病病人发现小说与特征相关的基因疾病。初步分析表明分子疾病endotypes的存在。
- 版权©2017年作者
见解的RNA-sequencing支气管肺泡灌洗细胞大结节病组
MilicaVukmirovic,——xit严,凯文·F。吉布森,MriduGulati,朱塞佩DeIuliis,托尼伍拉德,泰勒亚当斯,Buqu胡,温岚藏,AntunMihaljinec,胡伯图斯D。Luijk,NachelleAurelien,斯科特·M。奥尼尔,迈克尔·J。Becich,哈利·豪切斯那里借得创意,艾丽卡L。赫尔佐格,罗伯特。M。高级,爱德华。陈,艾莉森·M。莫里斯,约瑟夫·K。领袖,迎泽张,乔·g . N。“跳过”加西亚,史蒂芬·R。Wisniewski,Panagiotis V。朔,丽莎。麦尔,大卫·R。莫勒,想知道P。德雷克,劳拉·L。Koth,Naftali来说卡明斯基
欧洲呼吸杂志
2017年9月,
50
61(增刊)
OA2907;
DOI:10.1183/1393003. - 2017. oa2907国会
见解的RNA-sequencing支气管肺泡灌洗细胞大结节病组
MilicaVukmirovic,——xit严,凯文·F。吉布森,MriduGulati,朱塞佩DeIuliis,托尼伍拉德,泰勒亚当斯,Buqu胡,温岚藏,AntunMihaljinec,胡伯图斯D。Luijk,NachelleAurelien,斯科特·M。奥尼尔,迈克尔·J。Becich,哈利·豪切斯那里借得创意,艾丽卡L。赫尔佐格,罗伯特。M。高级,爱德华。陈,艾莉森·M。莫里斯,约瑟夫·K。领袖,迎泽张,乔·g . N。“跳过”加西亚,史蒂芬·R。Wisniewski,Panagiotis V。朔,丽莎。麦尔,大卫·R。莫勒,想知道P。德雷克,劳拉·L。Koth,Naftali来说卡明斯基
欧洲呼吸杂志
2017年9月,
50
61(增刊)
OA2907;
DOI:10.1183/1393003. - 2017. oa2907国会