文摘
定量的效用卡式肺PCR在临床常规诊断肺孢子菌肺炎(PCP)的免疫功能不全的non-HIV病人是未知的。
我们分析了支气管肺泡灌洗液与实时定量p .卡式肺PCR与明确的卡式肺囊虫肺炎71例定义为积极的免疫荧光(如果)测试和171年急性肺病患者中随机选出的。在这些患者中,可能的卡式肺囊虫肺炎病例通过使用一种新型标准化卡式肺囊虫肺炎概率算法和图审查。PCR性能相比,如果测试、临床判断和卡式肺囊虫肺炎概率算法。
定量p .卡式肺PCR值>病原体·1450毫升−1阳性预测值为98.0% (95% CI 89.6 - -100.0%)诊断明确的卡式肺囊虫肺炎。PCR病原体·毫升1到1450之间的值−1殖民和感染有关;因此,两个条件之间的截止不能识别和诊断此设置依赖于如果和卡式肺囊虫肺炎的临床评估。临床卡式肺囊虫肺炎可以排除153年99.3%的患者- PCR的结果。
定量PCR是有用的诊断卡式肺囊虫肺炎和补充。PCR值>病原体·1450毫升−1允许可靠的诊断,而阴性PCR结果几乎排除卡式肺囊虫肺炎。中间值需要额外的临床评估和测试。我们的数据的基础上,对经济和物流的局限性,我们提出一个临床算法中,如果仍然是首选的第一个测试在大多数情况下,紧随其后的是PCR在这些患者如果和强劲的卡式肺囊虫肺炎的临床怀疑消极。
有机体卡式肺,以前被称为卡氏肺孢子虫的病原体肺孢子菌肺炎(PCP)。免疫功能不全的阴性患者,卡式肺囊虫肺炎是一种害怕疾病和特别具有挑战性的诊断有几个原因。首先,临床表现是不具体的,任何急性发热性呼吸道疾病与放射浸润可能是由于卡式肺囊虫肺炎(1,2]。其次,卡式肺囊虫肺炎已报道在几乎所有药物引起的免疫功能不全的条件(如。血液学的实体器官移植,风湿病和haemato-oncological疾病)[3- - - - - -7]。第三,低发病率可能导致延误诊断和死亡率上升8]。最后,阴性卡式肺囊虫肺炎患者可能在几天内迅速出现呼吸衰竭,死亡(1,9]。
卡式肺囊虫肺炎的诊断需要在呼吸道病原体识别样本。一些免疫组织化学和immunofluorescent(如果)抗体染色技术是可用的10]。直接如果抗体染色p .卡式肺单克隆抗体显示更高的敏感性和特异性与常规染色方法(1,11,12]。艾滋病毒阴性患者的低密度病原体报道减少测试灵敏度(13,14),与炎症反应p .卡式肺被提出比病原体本身发挥更重要的作用在这些病人15]。几种PCR方法放大不同p .卡式肺基因检测p .卡式肺在呼吸道样本,高达96%,敏感性和特异性> 90%11,16- - - - - -20.与金标准的染色技术相比。真正的性能,然而,从公布的数据很难推断的艾滋病毒阳性患者阴性患者,因为更低的病原体和潜在负担更高的假阴性染色在后者的人口。此外,航空公司15.5% - -58.8%的殖民(21- - - - - -24)降低特异性。在这些患者中,临床数据应该被认为是除了经典染色测试在解释PCR结果。主要关注定性PCR是它无法区分殖民化和感染,由定量PCR可能克服的缺点。这种方法的实用程序之前已经报道过在艾滋病毒阳性患者16在艾滋病毒阴性的病人中,只有建议25,26),但缺乏足够的数据来支持其在常规临床实践介绍。最近的一份报告表明,从一个小七阴性患者的样本,区分“临床高或低概率肺炎”是可行的定量PCR (27]。更大规模的研究整合临床判断因此需要评估的价值定量PCR在识别简单的殖民卡式肺囊虫肺炎的艾滋病毒阴性的病人。此外,定量PCR的效用与经典直接染色应该定义和算法集成在临床结果。
我们旨在测试在免疫力低下的性能定量PCR阴性患者,使用如果作为金标准诊断明确的卡式肺囊虫肺炎和临床和放射诊断可能的卡式肺囊虫肺炎病人特征。此外,我们提出:1)- PCR可以排除卡式肺囊虫肺炎;2)一个截止值存在区分如果积极和负面的病人;和3)截止使歧视殖民化和感染之间如果是负面的。数据合并到一个算法与互补的角色如果测试和PCR可能适应本地资源。
材料和方法
研究人口和数据收集
伯尔尼大学医院的研究(瑞士伯尔尼)和包括住院病人在10年期间(1999 - 2009)。患者年龄> 16年回顾性确定在电子数据库传染病伯尔尼大学的研究所。以下病人组被定义:组1:明确的卡式肺囊虫肺炎诊断的积极如果测试在支气管肺泡灌洗液(BALF);组2:随机选择171艾滋病毒阴性的成年人如果负面评价急性肺疾病与BALF同期。以下数据进行回顾性分析:人口;临床症状(呼吸系统症状:咳嗽、呼吸困难和热);需要额外的氧气和/或机械通风;放射学研究;实验室值;微生物结果; medical history (including chronic lung disease and reason for and type of immunosuppressive therapy); antibiotic therapy; and discharge diagnosis. The local ethics committee approved this study (Kantonale Ethikkommission Bern, decision Nr. 28-08-09).
定义:卡式肺囊虫肺炎的诊断
明确的卡式肺囊虫肺炎诊断的一个兼容的卡式肺囊虫肺炎的临床表现和积极的如果BALF中测试。消极的,如果没有一个国际公认的定义存在卡式肺囊虫肺炎的诊断。我们建立了一个临床算法分类急性肺病的可能性根据卡式肺囊虫肺炎(PCP概率算法)。算法是基于假设卡式肺囊虫肺炎可以排除在免疫功能低下的患者急性肺病兼容卡式肺囊虫肺炎和良好的结果不是接收特定的p .卡式肺治疗。可能被诊断为卡式肺囊虫肺炎死去的病人和/或病人收到一个活跃的药物p .卡式肺> 5天,如果出现以下额外的四个元素:1)兼容性的临床症状(至少两个症状:发烧;呼吸困难;咳嗽);2)存在缺氧(动脉氧饱和度小于93%和/或需要补充氧气> 2 L·分钟−1和/或机械通风);3)兼容的放射性的发现(间隙模式和/或磨砂玻璃的透明计算机断层扫描);和4)免疫抑制状态。在所有其他病人,诊断是卡式肺囊虫肺炎排除在外。
两个医生(传染性疾病和肺癌专家),都有长期经验在免疫功能不全的主机和传染性肺病蒙蔽PCR结果,独立审查病人记录。
支气管肺泡灌洗过程中,微生物分析p .卡式肺测试
的支气管肺泡灌洗(BAL)过程进行标准化后的协议。在免疫功能低下的患者疑似感染病例,BALF总是检查如下:细菌、真菌和分枝杆菌培养;单纯疱疹病毒1/2;巨细胞病毒(文化和PCR);巴尔病毒(PCR);和HSV1,染和带状疱疹(抗原检测、文化和PCR)。为肺孢子菌诊断测试,10毫升BALF整除离心机。25μL resuspended颗粒被用于直接如果测试(Monofluop .卡式肺IFA检测组件;美国Bio-Rad,雷蒙德,佤邦),剩下的颗粒被储存在-80°C的回顾p .卡式肺实时PCR。有关详细信息,请参阅在线补充材料:球过程;如果测试,包括半定量囊肿/营养体的决心;PCR技术;和p .卡式肺量化表达病原体·毫升−1。
统计方法
数据分析与占据软件版本10.1(美国StataCorp LP,大学城,TX)。定量PCR值(日志10转换)而非参数Mann-Whitney紫外线测试因为数据不是正态分布。分类变量与费舍尔准确测试。统计学意义被定义为一个假定值< 0.05(双尾)。5.02图形生成与GraphPad棱镜(圣地亚哥GraphPad软件有限公司,美国)。
结果
定性的实时的效用p .卡式肺PCR诊断明确的卡式肺囊虫肺炎
在研究期间,81例的卡式肺囊虫肺炎在1158年艾滋病毒阴性BALFs执行免疫功能不全的患者诊断的积极如果测试,目前考虑诊断金标准(10]。BALF材料从71年的81年可供回顾PCR检测。患者临床特点总结表1(组1)。临床和放射学数据的回顾性研究由两个独立的医师,蒙蔽p .卡式肺PCR结果,在所有的病人卡式肺囊虫肺炎的诊断确诊。PCR检测BALF中p .卡式肺在所有71名患者,导致诊断明确的卡式肺囊虫肺炎的敏感性为100.0%。
实用的定量实时p .卡式肺PCR诊断明确的卡式肺囊虫肺炎
我们使用了一个三步的方法来确定的截止值确定的卡式肺囊虫肺炎的诊断应用定量实时聚合酶链反应时测试。首先,我们确认半定量测定之间的正相关关系(+ + + +)囊肿/营养体如果染色和定量PCR值表示为病原体·毫升−1(图1一个)。其次,我们执行连续稀释强烈积极的卡式肺囊虫肺炎的情况下,产生积极的如果在1522病原体的检测极限·毫升−1(没有显示)。第三,我们随机选择171如果负面BALF艾滋病毒阴性的病人样本评估急性肺疾病(组2)。在这个组,PCR是积极BALF中18例(10.5%)。两组患者都合并以确定截止p .卡式肺积极如果PCR值(明确的卡式肺囊虫肺炎)242年BALF样本。性能标准推荐的诊断方法使用如果作为第一个测试总结表2。PCR值确定的与nondefinitive卡式肺囊虫肺炎中描述图1 c。定量PCR的灵敏度为100% (95% CI 94.9 - -100%),特异性为89.5% (95% CI 83.9 - -93.9%)和阴性预测值为100% (95% CI 97.6 -100%)相比,积极如果测试。接受者操作特征(ROC)曲线积极PCR值显示面积0.992 (95% CI 0.983 - -1.000;图1 b),这表明定量p .卡式肺PCR诊断明确的卡式肺囊虫肺炎是一种可靠的方法。通过这种方法,可以定义两个临床有用的截止值(图1 c),表现总结表3和集成在一个算法(参见“PCR第一”,图2)。在< 85病原体·毫升−1,没有明确的卡式肺囊虫肺炎病例被诊断。因此,PCR低于这个阈值的阴性预测值为100%(95%可信区间97.7% - -100%)。在一个值> 1450病原体·毫升−1所有的病人,但一个被诊断为明确的卡式肺囊虫肺炎。因此,价值高于这个截止的阳性预测值98.0% (95% CI 89.6 - -100%)。在85 - 1450年病原体·毫升−1一系列不确定性存在;定量PCR无法预测如果没有有用的结果,因此在诊断明确的卡式肺囊虫肺炎。
实用的定量实时p .卡式肺PCR在区分殖民可能感染
没有标准定义和卡式肺囊虫肺炎的诊断测试病原体识别目前存在的缺失。虽然一般诊断是根据临床怀疑,艾滋病毒阴性的病人的临床表现是高度特异性的。因此,我们回顾了所有情况下使用两种不同的方法:一个标准化的“卡式肺囊虫肺炎概率算法”和回顾性审查由两个独立的医生。卡式肺囊虫肺炎概率算法分类集“可能的卡式肺囊虫肺炎”或“卡式肺囊虫肺炎排除在外”(见方法部分)。通过分析171年急性呼吸道疾病患者如果负面这种算法,我们确定了可能的卡式肺囊虫肺炎和157的卡式肺囊虫肺炎14例排除在外。实时PCR进行BALF中积极18(10.5%)的这些171集。从这些患者临床特点在网上supplemenatary总结表1。值得注意的是,可能卡式肺囊虫肺炎诊断算法的只有三个(16.7%)患者的18积极PCR -但如果测试。剩下的15例(83.3%)患者分为卡式肺囊虫肺炎排除和殖民。对病人数据,两个独立的医生同意卡式肺囊虫肺炎概率算法在所有情况下。没有指出PCR值的统计差异之间的卡式肺囊虫肺炎排除(殖民)和可能的卡式肺囊虫肺炎(图3)。尽管小数量的情况下,这些结果表明,区分卡式肺囊虫肺炎排除(殖民)和可能的卡式肺囊虫肺炎感染在消极的情况下,如果单从PCR值是不可能的。
使用定量实时p .卡式肺PCR排除卡式肺囊虫肺炎
PCR检测为高度敏感p .卡式肺检测。我们测试的能力- PCR结果排除卡式肺囊虫肺炎,最近报道(28]。首先,所有患者153 - PCR结果-如果测试,排除的卡式肺囊虫肺炎的定义。其次,卡式肺囊虫肺炎的临床诊断(临床兼容,但如果负)排除采用卡式肺囊虫肺炎概率算法结合一个独立的审查由两个医生在152年(99.3%)的153个患者负的p .卡式肺PCR。153年PCR-negative患者急性肺病,卡式肺囊虫肺炎概率算法检测到可能的卡式肺囊虫肺炎11例。最小化了卡式肺囊虫肺炎诊断,我们设计了算法最大化敏感性低的特异性。额外的这11个病人由两个医生分析显示另一种诊断10:急性恶化的间质性肺病(ILD;n = 1);肺泡蛋白质沉积症(n = 1);脓毒性休克,急性呼吸窘迫综合征(n = 3);细菌/真菌肺炎发育不全(n = 2);明确的侵袭性肺曲霉病(n = 2);和院内细菌性肺炎(n = 1)。 Retrospectively, PCP could not be excluded with certainty in only one patient, who had seronegative polyarthritis-associated ILD and had received 3 weeks of therapeutic trimethoprim-sulfamethoxazol with adjunctive corticosteroids. The clinical manifestation was compatible with PCP, but the treating physician and two reviewers judged acute ILD exacerbation to be more likely. In summary, our data strongly suggest that a negative PCR safely rules out PCP.
讨论
卡式肺囊虫肺炎诊断的金标准是微观可视化p .卡式肺(1,2]。一些PCR技术放大不同p .卡式肺基因组区域已被描述,但到目前为止,没有一个被引入临床实践。最初的报道使用定性PCR确定大量无症状p .卡式肺航空公司(29日]。殖民和感染之间的歧视是中央在定义PCR检测的作用。定量PCR是一个有吸引力的方法,首先提出了Larsenet al。(30.]。从艾滋病毒阳性患者BALF卡式肺囊虫肺炎病原体密度有显著高于BALF从殖民患者(16]。但是,这个结果不能被自动推断阴性患者,较低可能导致卡式肺囊虫肺炎病原体负担(14]。
在我们的研究中,定量PCR方法显示良好的相关性与病原体密度估计如果染色。截止1450年>病原体·毫升−1预测在98%的情况下积极如果测试中,提供一个明确的卡式肺囊虫肺炎的诊断。这一发现是按照最近的一份报告在混合病毒呈阳性或阴性的患者人群,提出的略高截止(1900·毫升病原体−1)使用不同基因的定量PCR(线粒体大亚基核糖体RNA) [27]。因此,定量PCR > 1450 - 1900病原体·毫升−1如果在诊断明确的卡式肺囊虫肺炎可能取代。
免疫功能不全的阴性患者可能迅速进步的卡式肺囊虫肺炎病原体的存在低密度(13,14),而仅仅是临床治疗的决定,染色过程,包括测试,排除卡式肺囊虫肺炎不够敏感。PCR检测灵敏度更高,但它的使用是有限的p .卡式肺殖民造成特异性较低。殖民之间的区别和感染相关免疫功能不全的阴性患者,作为殖民与免疫抑制率增加;报告率高达58% (21- - - - - -24]。从我们的数据,我们得出这样的结论:积极PCR值<病原体·1450毫升−1殖民和可能发生感染和PCR不是有助于区分这两个临床条件下,作为一个歧视截止无法定义。85 - 1450的范围内病原体·毫升−1,PCR不能预测结果,如果测试,和额外的染色为宜。卡式肺囊虫肺炎诊断然后从一个积极的结果,而一个-如果测试不能排除卡式肺囊虫肺炎,患者应根据临床怀疑。重要的是,作为病原体密度低的患者1 - 85病原体·毫升−1可能还有卡式肺囊虫肺炎和其他如果测试没有有用的(负面预测值100%),治疗的决定应该是纯粹基于临床依据。
一个lanioet al。(27)认为,较低的截止值存在诊断殖民排除感染病原体(< 120毫升−1)。然而,我们相信,研究的结果和我们不支持的存在较低的截止值可靠地排除卡式肺囊虫肺炎。首先,我们确定一个病人(侯;在线补充表1)24病原体·毫升−1和卡式肺囊虫肺炎的临床情况。其次,一个lanio等。(27)描述了一个集体只有7个艾滋病毒阴性的卡式肺囊虫肺炎患者,并报告任何情况下艾滋病毒阴性的患者临床卡式肺囊虫肺炎和消极如果测试。卡式肺囊虫肺炎在艾滋病毒阴性患者-如果是罕见的,但构成诊断挑战[8,13,14]。分析171份BALF随机样本,我们发现三个可能的卡式肺囊虫肺炎患者和消极如果测试(P2、P3和侯;在线补充表1用PCR值)的164年、474年和24病原体·毫升−1。考虑到低的病人数量在这两个报告,不能得出明确的结论没有更大的研究。临床医生应该意识到非常低的卡式肺囊虫肺炎病原体密度是罕见的但可能,并且积极的PCR结果不允许先天的卡式肺囊虫肺炎的排斥。我们的数据表明,未来试图定义一个截止值区分殖民化和可能的感染可能会失败。这与以前的结果在艾滋病毒阳性患者,存在这样一个截止(16]。
进一步突出我们的研究发现的效用- PCR阴性患者BALF中不包括卡式肺囊虫肺炎。结果验证这个最近出版的概念在一个大的人口242艾滋病毒阴性患者(28]。我们发现只有一个病人负的p .卡式肺PCR的卡式肺囊虫肺炎不能正式排除。因此,消极的PCR BALF允许可靠排除卡式肺囊虫肺炎和安全停止治疗。
我们的结果被用来建立一个算法(算法1)集成在当前常规PCR诊断方法基于如果测试。算法1提出维护如果作为第一诊断程序(“如果第一”),允许快速和经济的卡式肺囊虫肺炎的诊断。-如果结果和高临床怀疑,然而,PCR为扣除卡式肺囊虫肺炎是强制性的。我们的数据表明,定量PCR理论上可以替代如果作为第一测试,不考虑经济和物流问题。算法2总结了这些研究结果,提出了一个可能的替代策略(“PCR第一”)。定量PCR作为第一步允许诊断明确的卡式肺囊虫肺炎病原体(> 1450毫升−1停药(负)和卡式肺囊虫肺炎排斥治疗p .卡式肺PCR)在一个单一的调查。1 - 1450病原体·曼梯·里的值−1,临床医生应该知道的主要测试的局限性,记住,卡式肺囊虫肺炎不能,不幸的是,被排除,决定主要是临床。
我们的结果不支持常规更换如果PCR测试的初始测试用例的卡式肺囊虫肺炎猜疑。如果第一种方法仍然是可取的几个原因:PCR测试更费时(技术员和样品处理时间为4.5 h与2 h),在逻辑上更要求和产生更高的成本比如果没有提供主要的优势。重要的是,PCR测试不允许殖民和感染之间的歧视,临床医生的主要问题。不过,PCR的选项可以被认为是在中心的高容量分析PCR可能在经济上有利,尽可能多的分析是并行执行的。
我们的研究也有一些局限性。首先,病例回顾性分析。减少偏见和客观地审查案件,我们定义了严格的卡式肺囊虫肺炎概率算法。此外,两位专家独立审查患者失明PCR结果文档。其次,形式上,“可能的卡式肺囊虫肺炎患者有一个消极的“黄金标准”测试卡式肺囊虫肺炎,即。直接的病原体可视化。然而,正如前面所讨论的,通常报道(8,13,14与病原体],卡式肺囊虫肺炎可能发生密度低于微观可视化方法的检出限。缺乏一个更好的黄金标准测试中,我们提出了一个“可能的卡式肺囊虫肺炎病例定义”要求临床标准通常由临床医生应用“诊断和治疗PCP”甚至在负面的情况下测试的高临床怀疑。第三,如果负面的数量和pcr阳性患者可能的卡式肺囊虫肺炎是小的。然而,考虑到罕见的疾病,需要更大的研究,不太可能被执行。
总之,虽然PCR测试是能够预测如果积极性的阳性预测值为98%,其主要优势在于其能够正式排除卡式肺囊虫肺炎时如果是负和卡式肺囊虫肺炎是临床强烈怀疑。作为一个积极的PCR结果如果负面BALF可能与殖民和感染有关,必须执行一个定量PCR只有在高指数的临床怀疑卡式肺囊虫肺炎患者。因此,常规BALF和PCR测试应该强烈劝阻在缺乏PCP-compatible临床表现。这个建议的主要原因是,医生可能会将殖民(未受non-PCP)患者不必要的暴露于潜在的有毒反p .卡式肺治疗方法。尽管相关的免疫功能低下的患者比例p .卡式肺殖民的临床后果p .卡式肺检测无症状的免疫功能不全的患者目前还不清楚,如。殖民能否进步卡式肺囊虫肺炎(29日,31日]。治疗还是不治疗殖民化,如果是的,如何,仍然是一个相关的困境,应该在纵向前瞻性分析研究,考虑到潜在优势的定量PCR检测。
我们得出一个最优resource-sparing卡式肺囊虫肺炎诊断方法在最初的如果测试阴性的免疫力低下,辅以PCR当如果是负的,尽管临床疑似卡式肺囊虫肺炎。尽管“PCR优先”的方法理论上可以应用,我们建议临床医生应继续执行,如果作为初始测试经济和后勤方面的原因。PCR检测的主要限制p .卡式肺生物学是非常低的p .卡式肺密度可能与卡式肺囊虫肺炎有关。负p .卡式肺PCR检测排除了卡式肺囊虫肺炎,但生物限制排除了定义一个特定的截止值可以利用排除卡式肺囊虫肺炎,强调全面的临床判断的重要性。
确认
作者感谢j科瓦奇(危重病医学部门,国立卫生研究院(NIH)临床中心,国家过敏症和传染病研究所的贝塞斯达,医学博士,美国),请提供包含一个质粒p .卡式肺主要表面糖蛋白基因插入。此外,我们感谢肯尼迪。杜福尔(肝脏病学),m . Fey (Haemato-Oncology), f•弗雷(肾脏学),t·盖斯(肺学),p . Mohacsi(心脏病)和p·威利格(风湿病学),所有伯尔尼大学医院,伯尔尼,瑞士的支持在研究过程中,有趣的讨论和他们的帮助提供临床资料。我们感谢b .每(ELS),生物医学编辑,圣艾伯特,AB,加拿大)编辑援助。
脚注
可以从本文的补充材料www.www.qdcxjkg.com
感兴趣的语句
没有宣布。
- 收到了2011年6月6日。
- 接受2011年8月29日。
- ©2012人队