当追溯源数据在回答一个读者的要求的细节研究,上述论文的作者发现的问题可以参考表型数据的比较Deeplex Myc-TB结果表3中给出。这主要涉及(预期)敏感的表型,几乎没有任何的不和谐的突变被Deeplex测试,发现问题去注意在原始报告。
校正后,特异性和敏感性只是稍微改变了大多数药物相比之前的值。总体敏感性和特异性剔除uncharacterised突变是95.2%和95.0%,分别为(与之前的95.3%和97.4%)。轻微下降,总体特异性低主要是由于乙硫异烟胺特异性(68%)。重要的是,在所有不和谐的情况下与阻力预测Deeplex Myc-TB与这种药物的敏感的表型,知名乙硫异烟胺抗突变(ethAindels和共同fabG1 /韩国仁荷突变,如C-15T,见表S6)被检测到,显然支持缺陷参考表型结果,已知频繁尤其是对这种药物。扣除乙硫异烟胺时,总体敏感性和特异性不包括uncharacterised突变是95.4%和97.1%。
表3的手稿现在已经纠正了为了解决这个问题,就像S6-S10补充表。
作为额外的反映这些修正案,相关文摘现在读句子:
429年分离,分析预测92.2%的2369一线和二线表型,敏感性为95.2%,特异性为95.0%(分别为95.4%和97.1%,当乙硫异烟胺除外)。83 102(81.4%)残留差异与表型结果涉及吡嗪酰胺、乙胺丁醇、乙硫异烟胺、低级的利福平、异烟肼耐药突变,都出了名的容易表型检测变化。只有两个96(2.1%)抗性表型被Deeplex Myc-TB知道resistance-associated突变WGS分析外Deeplex Myc-TB目标。
此外,一些数据在结果部分题为“表型预测隔离与WGS和表型测试”已经更新;现在相应的句子读:
Deeplex Myc-TB药敏预测2403年基于这些变异与pDST结果。在这组,268例孤立表型对至少一种药物,其中包括156耐多药和广泛耐药隔离六个,导致696年耐药表型和1558敏感。这些2254表型,2080(92.3%)预测的Deeplex Myc-TB平均的敏感性95.2%,平均特异性95.0%(表3和补充表S6)。剩余的174表型(7.7%)不能预测由于存在变异的突变uncharacterised数据库。(…)的耐药表型比例准确预测耐药的Deeplex Myc-TB > 90%阿米卡星(链霉素为90.7%至100%)对于大多数个人药物,除了吡嗪酰胺(85.7%)和卡那霉素(仅88.9%,但反映出九个隔离)(表3)。(…)630年的耐药表型与Deeplex Myc-TB预测(即。不是uncharacterised),只有30(4.8%)预测,由于缺乏敏感resistance-associated突变在Deeplex Myc-TB目标。(…)同样的,fabG1L203L唯一成立resistance-associated突变(isoniazid-resistant表型)检测到WGS以外的试验的目标在66年表型uncharacterised Deeplex Myc-TB。1450敏感的表型与预测,只有72人(5.0%)不和谐地预测耐药。他们都涉及乙胺丁醇和embB突变、乙硫异烟胺和ethAframeshift-causing indels(机械化将导致乙硫异烟胺阻力[30]),或已知的低级异烟肼/乙硫异烟胺(韩国仁荷S94A,ahpCG-48A,fabG1C-15T)、利福平(rpoBL452P, H445N D435Y)或链霉素(gidBA138V)电阻突变,所有与可怜的表型相关臭名昭著的再现性(注意S4补充材料)(3,27岁,33节)。扣除乙硫异烟胺时,尤其容易这种表型测试错误,总体敏感性Deeplex Myc-TB表型预测是95.4%,特异性为97.1%,当uncharacterised突变并不认为(表3)。(…)。当这样做Deeplex Myc-TB预测,诊断性能可以进一步提高,与uncharacterised表型的比例减少到0.5 - -2.6%利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、为代价的一个不正确的预测为每个这些药物敏感的表型(注意S5的补充材料和补充表S10)。
- 版权©2022人队。生殖权利和权限接触权限在}{ersnet.org