摘要
这项研究表明,交叉感染的风险铜绿假单胞菌在支气管扩张症是小的http://ow.ly/itUa30nrgET
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特别是院内获得的条件致病菌铜绿假单胞菌,在囊性纤维化(CF)患者中反复被记录[1]交叉感染在非CF引起的支气管扩张中也是一个值得关注的问题[2]。欧洲呼吸学会2017年成人支气管扩张症管理指南并未解决该问题[188bet官网地址3.欧洲支气管扩张网络(EMBARC)、EMBARC患者咨询小组和欧洲参考网络(ERN-Lung)支气管扩张网络发表了一份立场声明欧洲呼吸杂志2018年(4].根据现有证据,与铜绿假单胞菌被认为是小的。
立场声明明确提到最近发表的三项多中心和单中心研究,共报告了704个基因型铜绿假单胞菌从英国“非CF支气管扩张中心”的177名患者中收集的分离物[5- - - - - -7].不同于CF,利物浦的流行毒株在英国CF社区传播[8,9],对来自16个中心的毒株进行全基因组测序,并没有在英国支气管扩张症社区发现广泛传播的毒株[5].然而,两项单中心研究在86名患者中确定了一对和一对,他们共享可能通过交叉感染获得的菌株[6,7].
在过去的35年里 多年来,我们在德国汉诺威建立了全球最大的菌种库之一,超过5000株铜绿假单胞菌分离物,主要来自环境中的水生栖息地和人类感染,尤其是与通气相关的急性肺炎和慢性呼吸道感染(COPD或CF)[10].因为我们目前对呼吸道感染的流行病学知识铜绿假单胞菌在非cf型支气管扩张的研究中,基于在英国收集的数据,我们推断在另一个国家的进一步监测研究得到了跨大陆最大数据库的支持铜绿假单胞菌基因型应为阐明支气管扩张症的交叉感染问题提供附加值。
2017年11月至2018年5月,所有铜绿假单胞菌从当地“支气管扩张症门诊”患者的呼吸道分泌物中提取的分离株,按照公布的方案,使用定制的微阵列进行基因分型[11].这个低分辨率微阵列代表保守的克隆类型铜绿假单胞菌具有16个信息性单核苷酸多态性的核心基因组和具有42个可变副基因组标记基因的克隆内变异体[11].
在研究期间观察的143例支气管扩张患者中,铜绿假单胞菌从49例(34%)患者的呼吸道分泌物中培养。因此铜绿假单胞菌-我们当地诊所的阳性患者(p=0.006,Fisher精确检验)明显高于21个观察性队列研究荟萃分析得出的21.7%[12].一名患者与两种克隆类型共定植,而其他48名患者气道中仅携带一种克隆类型。铜绿假单胞菌在两次或两次以上的情况下从8名患者中收集分离株。微阵列总是产生相同的基因型,这表明在6个月的短时间内 几个月后,支气管扩张患者的克隆更新率较低。
我们比较了支气管扩张症患者和全球患者的克隆类型谱铜绿假单胞菌CF患者的环境人群、急性肺部感染和慢性呼吸道感染(图1).22%、28%和24%的本地支气管扩张症患者携带铜绿假单胞菌肺中的克隆分别属于环境中最常见的15个克隆,即急性感染和CF[10],包括世界上最流行的克隆,C和PA14[13]这些20-30%的比例与英格兰东北部成人支气管扩张症服务机构的结果相符,该机构使用相同的微阵列进行菌株基因分型[6].
在49名患者中,5名患者对和4名患者三人组彼此共享同一克隆。其中,在3名患者对和2名患者三人组中观察到核心和辅助基因组标记的相同基因型,这表明这12名患者可能获得了相同的克隆铜绿假单胞菌通过共享来源传播的菌株。为了澄清这一点,我们接下来从数据库中提取了慕尼黑CF诊所(德国)和汉诺威CF诊所收集的菌株基因型。从慕尼黑CF诊所221名CF患者中收集的313株菌株中,174株属于在两名或更多患者中检测到的克隆,77株(44%)其菌株在所有标记物中与至少一个其他菌株具有相同的基因型。类似地,从汉诺威CF诊所收集的134名CF患者的1112株菌株中,在两名或多名患者的菌株中鉴定出191株的克隆类型。117(61%)在191个菌株中,至少有一个与其他菌株在核心和辅助基因组的所有标记上具有相同的基因型铜绿假单胞菌在世界各地的生物和非生物环境中发现的克隆[10]共有99株克隆型菌株,其中29株具有相同基因型的伙伴。这个例子证明了对细菌种群结构的了解(图1)对于正确解释克隆和基因型的丰度和传播是必要的。
在汉诺威CF患者群体中,我们有可靠的流行病学数据来区分相同基因型的传播和巧合获得铜绿假单胞菌36例患者不能排除克隆、患者间传播或来自同一来源的医院获得,其中17例为CF同胞[14]。在余下的19宗医院感染个案中,有14宗发生于1980年代,当时实施病人隔离及卫生控制措施[15],在过去30年内发生了5起[16].这些数据表明,只有一小部分共享基因型可归因于医院传播。
考虑到这一背景,我们检查了来自门诊支气管扩张症诊所的病例的流行病学,这些病例具有共同的基因型,除一例外,所有病例都属于环境和疾病中丰富的克隆(图1) [10]。首先,在过去4年中,所有成对和三名患者从未在同一天预约 年。12名患者中有9名已经患有慢性结肠癌铜绿假单胞菌在他们第一次去支气管扩张诊所时。研究中的四个样本显示匹配铜绿假单胞菌在第一次就诊时收集基因型。这些来自患者记录的数据提供了强有力的证据,证明这12名患者中没有一人患有艾滋病铜绿假单胞菌来自支气管扩张诊所。最有可能的是,这些病人被铜绿假单胞菌这种解释与来自1448个独立栖息地的2921个分离物的基因分型得出的结论一致,即铜绿假单胞菌种群以少数流行克隆类型为主[10].在支气管扩张症患者的10个共有的基因型中,有9个属于20个最常见的克隆,其在人群中的绝对比例为44%[10].
总之,共享铜绿假单胞菌基因型需要在细菌种群生物学的背景下进行讨论(图1)和患者记录。本研究未发现患者间传播的证据。与立场声明一致[4,我们的数据表明,与铜绿假单胞菌支气管扩张小。
脚注
利益冲突:N.Cramer没有什么要披露的。
利益冲突:L. Sedlacek没有什么可透露的。
利益冲突:B. Tümmler报告了德国联邦部长für Bildung und Forschung在进行研究期间的拨款;以及咨询和讲座的个人费用,他曾是Vertex Pharmaceuticals的临床试验研究员,以及吉利德的讲座的个人费用,在提交的工作之外。
利益冲突:T.Welte报告了在进行研究期间德国联邦储备银行(Bundesministerium für Bildung und Forschung)提供的补助金;阿斯利康和巴西利亚(Basilea)、Infectofarm、勃林格、Berlin Chemie、Mundipharma和Insmed提供的个人费用;以及拜耳、格里弗斯、诺华和辉瑞提供的补助金和个人费用,不包括在提交的工作范围内。
支持声明:本研究得到德国联邦储备银行(Bundesministerium für Tuldung und Forschung)的支持(赠款82DZL002A1)。本文的资金信息已存放在交叉参考基金登记处.
- 收到2018年11月16日。
- 接受2018年12月19日。
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