条文本gydF4y2Ba
PDFgydF4y2Ba
文摘gydF4y2Ba
背景:gydF4y2Ba在特发性肺纤维化(IPF)是最常见的一种形式的间质性肺病,IPF的病因学是知之甚少。家族性肺纤维化病例表明某些形式的疾病的遗传基础。最近的报告在表面活性剂相关基因突变蛋白C (SFTPC)家族形式的肺纤维化,包括一个大的家庭的家庭成员通常被诊断出患有间质性肺炎(摘要),IPF的病理相关。由于家族的这一发现肺纤维化病例,我们寻找SFTPC突变群散在病例的摘要和非特异性间质性肺炎(NSIP)。gydF4y2Ba
方法:gydF4y2BaSFTPC的基因测序89例诊断为摘要,46 NSIP患者和104名正常对照。gydF4y2Ba
结果:gydF4y2Ba十单核苷酸多态性SFTPC序列在IPF患者被发现而不是控制。只有其中一个创建了一个其实改变导致氨基酸序列的变化。在这种情况下,T C替换导致氨基酸的改变73的前体蛋白异亮氨酸苏氨酸。剩余的多态性,一个是5′UTR,两人其实没有预测的氨基酸序列的变化,和六个intronic。拼接的一个intronic突变建议潜在的增强。gydF4y2Ba
结论:gydF4y2Ba很少突变SFTPC识别患者人群。这些发现表明,SFTPC突变不会导致IPF大多数散发病例的发病机制。gydF4y2Ba
- ESE,其实拼接增强剂gydF4y2Ba
- 基维辛迪,家族性肺纤维化gydF4y2Ba
- IPF,特发性肺纤维化gydF4y2Ba
- NSIP,非特异性间质性肺炎gydF4y2Ba
- SFTPC,表面活性剂蛋白质CgydF4y2Ba
- SNP(单核苷酸多态性gydF4y2Ba
- 摘要本文,通常的间质性肺炎gydF4y2Ba
- 间质性肺纤维化gydF4y2Ba
- 家族性肺纤维化gydF4y2Ba
- 遗传学gydF4y2Ba
- 表面活性剂蛋白C (SFTPC)gydF4y2Ba
来自Altmetric.com的统计gydF4y2Ba
- ESE,其实拼接增强剂gydF4y2Ba
- 基维辛迪,家族性肺纤维化gydF4y2Ba
- IPF,特发性肺纤维化gydF4y2Ba
- NSIP,非特异性间质性肺炎gydF4y2Ba
- SFTPC,表面活性剂蛋白质CgydF4y2Ba
- SNP(单核苷酸多态性gydF4y2Ba
- 摘要本文,通常的间质性肺炎gydF4y2Ba
尽管多年研究特发性肺纤维化(IPF)的原因及其病理关联通常的间质性肺炎(摘要),疾病的病因学基础大多数形式仍然是未知的。然而,集群的家庭情况表明,某些形式可能有遗传基础。IPF的发病率估计为每年每100人10.7例000男性和7.4每年每100 000例女性。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba其中,0.5 - -3.7%估计是家族。gydF4y2Ba2,gydF4y2Ba3gydF4y2Ba在这些家族形式肺纤维化似乎类似于零星的形式,但诊断往往发生在年轻的时候。gydF4y2Ba2,gydF4y2Ba3gydF4y2Ba
超过68个家族与家族性肺纤维化(基维辛迪)已报告分析表明遗传外显率的常染色体显性遗传方式减少。gydF4y2Ba2,gydF4y2Ba3gydF4y2BaIPF的零星病例中,报告表明,多态性的基因编码factor-α肿瘤坏死,gydF4y2Ba4gydF4y2Bainterleukin-1受体拮抗剂,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba和补体受体1gydF4y2Ba5gydF4y2Ba可能是重要的。另一个最近的报告表明,在转化生长因子β多态性gydF4y2Ba1gydF4y2Ba没有相关开发与进展相关的疾病,但在IPF的疾病。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba
最近的研究显示,某些情况下的基维辛迪与改变表面活性剂相关蛋白C (SFTPC)。gydF4y2Ba7,gydF4y2Ba8日,gydF4y2Ba9日,gydF4y2Ba10gydF4y2Ba2001年NogeegydF4y2Ba等gydF4y2Ba7gydF4y2Ba报道,一位母亲和婴儿SFTPC突变基因编码。母亲脱皮的间质性肺炎,而婴儿有细胞非特异性间质性肺炎(NSIP)。成熟SFTPC中没有发现支气管肺泡灌洗液或婴儿的肺部组织。另一份报告是在2001年,一位母亲和两个孩子都有间质性肺病在缺乏SFTPC支气管肺泡灌洗。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba免疫组织化学检查肺活检标本两个孩子显示明显减少pro-SFTPC, SFTPC成熟的前体蛋白,但没有在SFTPC基因突变检测。因为这些报告,NogeegydF4y2Ba等gydF4y2Ba9gydF4y2Ba报道许多童年例间质性肺疾病与SFTPC的杂合突变有关。2002年托马斯。gydF4y2Ba等gydF4y2Ba10gydF4y2Ba报道一个巨大的家族,14名成员有肺纤维化,与摘要和其他一些细胞NSIP。影响家庭成员有一个杂合的SFTPC基因的突变导致的谷氨酰胺替代亮氨酸在氨基酸位置188 pro-SFTPC的羧基末端区。这份报告是第一个将SFTPC变化与摘要相关联。gydF4y2Ba
改变这些报告的关联基维辛迪SFTPC提出问题是否在SFTPC基因突变可能负责某些情况下零星的IPF形式。考虑到这种可能性,我们评估的零星的IPF患者SFTPC基因的基因测序。gydF4y2Ba
方法gydF4y2Ba
IPF患者队列gydF4y2Ba
这个调查是范德比尔特大学批准的机构审查委员会和皇家主管布朗普顿Harefield地铁站和NHLI伦理委员会。病人的肺诊所范德比尔特和间质性肺病单位在皇家主管布朗普顿医院地铁站由研究对象;89有摘要和46 NSIP。诊断是根据at /人共识声明。gydF4y2Ba1,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba104人没有肺部疾病作为控制。控制人口是来自相同的地方病人组和所有病人和控制是白人。病人和对照组包括男性和女性,但不一定组年龄或性别匹配。人群的人口学特征如表1所示。血液收集从基因序列中的每个病人和使用评估。gydF4y2Ba
病人的人口的人口学特征gydF4y2Ba
SFTPC位点扩增和测序gydF4y2Ba
从基因组DNA测序的SFTPC轨迹进行孤立的从每个病人外周血白细胞获得。测序进行诊断与调查员蒙蔽。引物获得从MWG-Biotech(夏洛特、数控、美国)。10 ng的人类基因组DNA(美国罗氏诊断,印第安纳波利斯)结合PCR缓冲包含10 pmol每个正向和反向引物(见表S1上gydF4y2Ba胸腔gydF4y2Ba网站gydF4y2Bawww.thoraxjnl.com/supplementalgydF4y2Ba),10% 10×PCR缓冲(PE生物系统,促进城市、钙、美国),2毫米MgClgydF4y2Ba2gydF4y2Ba(体育生物系统),2%二甲基亚砜(Sigma-Aldrich,圣路易斯,密苏里州,美国),5毫米德勤(Bio-Rad实验室、大力神、钙、美国),200μM每个核苷酸(WI Promega集团,麦迪逊,美国),和0.625单位TaqGold (PE生物系统)与1%单位Pfu涡轮Hotstart(美国Stratagene拉霍亚,CA)总量的20μl /反应。反应管在循环使用以下协议:95°C 12分钟后跟35周期组成的95°C为30秒,60°C 20秒钟,72°C 1.5分钟,最终在72°C扩展了6分钟。使用ExoSAP-IT过剩引物被移除(USB集团,克利夫兰,哦,美国)后,制造商的协议。电泳扩增子的质量评估是使用2μl执行产品运行在预制Nuseive / GTG 3:1琼脂糖凝胶含有溴化乙锭(BMA集团,大我,美国)。纯粹的扩增子都提交序列分析。gydF4y2Ba
序列每个扩增子的反应是使用2μl执行,1.4 pmol底漆,1.5μl 5×大染料稀释缓冲,2μl BigDye终结者准备反应混合3.0版本(应用生物系统公司)每10μl反应。反应组件组装在96多平台和离心机短暂脉冲混合。自行车协议由95°C 5分钟之后35周期组成的30秒95°C, 55°C 20秒钟,4分钟和60°C。完成序列反应板脉冲在离心机和10μl 1-butanol 10%添加到每个。板块再次脉冲混合和样品转移到交联葡聚糖(西格玛化工有限公司、圣路易斯,密苏里州,美国)矩阵染料去除。样本后转移到交联葡聚糖矩阵,微安光学反应96孔板(应用生物系统公司)是由交联葡聚糖板和清洗样品收集在900年再次通过旋转两个板块gydF4y2BaggydF4y2Ba5分钟。收集到的样本在真空干燥。甲酰胺(7.5μl /样本)补充说,DNA被加热到95°C resuspended和变性5分钟,5分钟80°C, 4°C 5分钟。样本测序ABI棱镜3700 DNA分析仪(应用生物系统公司)使用染料设置“H”,以及由此产生的数据进行了分析使用PhredPhrap Polyphred /缺点套件(密码子代码公司,波士顿,MA,美国)的基本要求和叠连群对齐。gydF4y2Ba
评估可能的其实拼接增强剂(ESE)gydF4y2Ba
识别序列变异筛选新基因序列的可能性可能影响其实拼接。这是执行从网站使用ESEfinder 2.0gydF4y2Bahttp://exon.cshl.org/ESE/gydF4y2Ba。gydF4y2Ba12gydF4y2Ba拼接的蛋白质强化剂用于ESEfinder计划,SRp55蛋白是存在于成熟的上皮细胞gydF4y2Ba13gydF4y2Ba所以SRp55结果使用网站预设阈值进行了分析。gydF4y2Ba
数据分析gydF4y2Ba
单样本比例的置信区间(CI)使用威尔逊的方法计算。gydF4y2Ba14gydF4y2Ba
结果gydF4y2Ba
我们确定了10 SFTPC基因序列变化发生在肺纤维化患者而不是控制。表2总结了研究结果和相应的临床诊断。其中一个在5′UTR,三是其实,六人intronic。gydF4y2Ba
总结单核苷酸多态性(snp)发现的基因测序SFTPC基因gydF4y2Ba
三其实序列的变化,都是杂合的单核苷酸多态性和只有一个预测的变化翻译蛋白的氨基酸序列。在这个病人,T6108C过渡是预测编码一个Ile73Thr替换。考虑与杂合的相关信息从基维辛迪突变SFTPC包括最近的报道同样的突变与肺部疾病的婴儿,gydF4y2Ba15日,gydF4y2Ba16gydF4y2Ba这个序列改变可能导致这个病人的肺部疾病。intronic变异的纯合子基因内区C6699T变化4在4名患者被发现(三个摘要,一个NSIP)和杂合的基因内区G5089A变化1被发现在两个病人(一个NSIP,一个摘要)。一个摘要患者有两个杂合的intronic序列基因内区1 (G5236A和G5574A)的变化。gydF4y2Ba
每个序列改变筛查潜在ESE变化部分中描述的方法。intronic序列改变(G5574A基因内区1)的变化可能会影响对拼接增强预测可能SRp55拼接增强。gydF4y2Ba
讨论gydF4y2Ba
这些发现表明SFTPC很少发现DNA序列变化主题与零星的肺纤维化。13 135名患者(9.6% (95% CI 5.7 - 15.8)) SFTPC基因序列变异没有发现在控制,但是只有一个病人(0.7% (95% CI 0.1 - 4.1)序列变异(T6108C)预测的氨基酸序列的改变前体蛋白(Ile73Thr)。另一个病人的可能性存在改变拼接能力由于基因序列改变可以在疾病中发挥作用,尽管这还没有被调查。gydF4y2Ba
可变剪接大大有助于人类基因组的复杂性,估计表明,有60%的基因替代接头形式。gydF4y2Ba12gydF4y2Ba包含在这个不断增长的领域被剪接剪接调控的概念“增强”和“消音器”,外显子和内含子内序列元素可以促进或抑制拼接在附近的接头地点。gydF4y2Ba13gydF4y2Ba因此,intronic或其实突变可以假定影响转录,因此蛋白质翻译。在这项研究SRp55在ESE检查分析,因为它是一个剪接因子存在于成熟的上皮细胞。gydF4y2Ba13gydF4y2Ba虽然不知道是否SRp55拼接网站改变导致non-neoplastic疾病,人们已经发现,SRp55比其他拼接因素改变在肿瘤出现前的上皮。gydF4y2Ba17gydF4y2BaSRp55是否有任何影响SFTPC的表达需要进一步检查才可以假定是一个贡献者IPF患者。尽管如此,它是一个重要的概念需要考虑在未来的评估。gydF4y2Ba
虽然SFTPC可能不会IPF的主要基因的兴趣,信息从家族SFTPC病例gydF4y2Ba7,gydF4y2Ba8日,gydF4y2Ba9日,gydF4y2Ba10gydF4y2Ba仍可能帮助我们理解IPF发病机制,尤其是II型肺泡上皮细胞的作用在其起始和传播。目前,尚不清楚SFTPC导致肺纤维化的变化如何影响家庭。SFTPC由p21基因8号染色体上编码转录导致197氨基酸前体蛋白。II型肺泡细胞内的后续处理结果在功能SFTPC蛋白质,35一个高度疏水性氨基酸多肽,分泌到肺泡空间。在II型肺泡细胞SFTPC路由与SFTPB多泡体加工成片状体,与正常SFTPC处理依赖于适当的SFTPB处理。gydF4y2Ba18gydF4y2Ba体外研究C终端域SFTPC揭示突变的异常处理和错误折叠蛋白质的积累总量分泌隔间。gydF4y2Ba19gydF4y2Ba以类似的方式,报告的SFTPC突变基维辛迪可能导致错误折叠的蛋白质编码的表面活性剂。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba表面活性剂异常蛋白质的积累可能导致降低II型细胞生存与随后的肺纤维化。蛋白质错误折叠时已被建议作为一种解释为纤维化的发展SFTPC突变,也有可能发生纤维化,因为缺乏或相对减少SFTPC空气中的空间。这个支持的可能性是观察小鼠缺乏SFTPC发展间质性肺炎、肺气肿,尽管应变依赖的方式。gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba
我们已经表明,基因突变在SFTPC不常见协会IPF的散在病例。尽管如此,SFTPC突变仍有影响家庭形式的间质性肺疾病,尤其是在儿童。一个明确定义的遗传协会大多数情况下肺纤维化目前仍然是难以捉摸的,但研究正在进行的中心来确定基因与这种疾病。gydF4y2Ba
引用gydF4y2Ba
补充材料gydF4y2Ba
-
表可以作为一个可下载的PDF文件)(打印机友好。gydF4y2Ba
如果你没有Adobe Reader安装在你的电脑上,gydF4y2Ba
你可以下载这个免费,请gydF4y2Ba点击这里gydF4y2Ba在这个数据补充文件:gydF4y2Ba
- 查看PDFgydF4y2Ba——在线表1:序列和引物的扩增子。gydF4y2Ba
脚注gydF4y2Ba
支持HL07123 HL68121来自美国国立卫生研究院;国家心脏,肺和血液研究所;美国肺脏协会;帕克B弗朗西斯奖学金计划;鲁迪·W雅各布森IPF范德比尔特大学,范德比尔特基金会一般临床研究中心NIH资助M01 RR00095。gydF4y2Ba