Cytoscape:软件环境生物分子相互作用网络的集成模型
文摘
Cytoscape是一个开源软件项目集成与高通量生物分子相互作用网络表达数据和其他分子状态到一个统一的概念框架。虽然适用于任何系统的分子组件和交互,Cytoscape是最强大的蛋白质与大型数据库一起使用时,protein-DNA,和遗传交互越来越多地用于人类和生物模型。Cytoscape的软件核心提供基本的功能布局和查询网络;视觉整合网络与表达谱,表型,和其他分子状态;和网络链接到数据库的功能注释。通过一个简单的插件体系结构的核心是可扩展的,允许额外的计算分析和特性的快速发展。几个案例研究调查的Cytoscape插件,包括搜索交互途径相关基因表达的变化,研究蛋白质复合物参与复苏细胞DNA损伤,推理相结合的物理/功能交互网络Halobacterium和一个接口详细的随机/动力基因调控模型。
脚注
文章和发表在http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.1239303。
(Cytoscape v1.1所有主流操作系统上运行,核心是自由可从http://www.cytoscape.org/下载一个开源的Java应用程序。)
↵6生物在生物群落以及语义差别很大fromproject项目。如果生物语义Cytoscape核心,我们将面临一个困难的问题;我们应该使用哪些语义呢?Cytoscape避免了这个问题通过离开插件作者采用语义足以手头的问题。当然,通常是大量的生物学意义与核心数据。例如,核心可能代表一个节点(一个抽象的概念免费生物语义)的标签GCN4(一个文本字符串意义酵母生物学家作为一种重要的转录因子)或我们可能使用的核心定义节点属性名为“表达比率”或“细胞室。“通过这种方式,伟大的自由和要害因素能力适应新的生物问题是获得不上特定的生物实体的概念直接进入Cytoscape的语义的核心。
↵7虽然属性布局最初是作为一个插件,实现其普遍适用性和紧密集成与几个Cytoscape的核心功能(图布局和节点属性映射)最终将其融入到Cytoscape核心平台。因此,插件还提供了一个通用的方法介绍和测试新特性。
↵5相应的作者。电子邮件特雷在}{bioeng.ucsd.edu;传真:(858)534 - 5722。电子邮件校长在}{systemsbiology.org;传真:(206)732 - 1299
↵4现在地址:加州大学圣地亚哥分校生物工程学系拉霍亚加州92093,美国。
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- 接受了2003年8月22日。
- 收到2003年2月1日。
- 冷泉港实验室出版社
