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．gydF4y2Ba 2020年7月,26(7):1070 - 1076。gydF4y2Ba
doi: 10.1038 / s41591 - 020 - 0944 - y。gydF4y2Ba Epub 2020年6月8日。gydF4y2Ba

重症COVID-19患者外周血免疫反应的单细胞图谱gydF4y2Ba

艾伦·J·威尔克gydF4y2Ba＃gydF4y2Ba1gydF4y2Ba2gydF4y2Ba，gydF4y2Ba Arjun RustagigydF4y2Ba＃gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 赵南希gydF4y2Ba＃gydF4y2Ba2gydF4y2Ba，gydF4y2Ba Jonasel罗克gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 乔凡尼·J Martínez-ColóngydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 茱莉亚·L·麦凯尼gydF4y2Ba2gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 杰弗里·T·艾维森gydF4y2Ba2gydF4y2Ba，gydF4y2Ba Thanmayi RanganathgydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 迷迭香范盖拉gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 泰勒霍利斯gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 劳拉·辛普森gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 菲利普•格兰特gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 一边抚摸萨勃拉曼尼亚gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 安吉拉·J·罗杰斯gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 凯瑟琳·A·布利什gydF4y2Ba5gydF4y2Ba6gydF4y2Ba7gydF4y2Ba
从属关系gydF4y2Ba
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重症COVID-19患者外周血免疫反应的单细胞图谱gydF4y2Ba

艾伦·J·威尔克gydF4y2Baet al。gydF4y2Ba Nat地中海gydF4y2Ba．gydF4y2Ba 2020年7月gydF4y2Ba．gydF4y2Ba
免费PMC文章gydF4y2Ba

摘要gydF4y2Ba

我们迫切需要更好地了解2019冠状病毒病(COVID-19)的病理生理学，这是由SARS-CoV-2引起的全球大流行，在全球范围内已经感染了300多万人gydF4y2Ba1gydF4y2Ba．约20%的COVID-19患者病情严重，5%的患者需要重症监护gydF4y2Ba2gydF4y2Ba．严重疾病与外周免疫活动的变化有关，包括促炎细胞因子水平的升高gydF4y2Ba3、4gydF4y2Ba这可能是由炎症单核细胞的一个子集产生的gydF4y2Ba5、6gydF4y2Ba,淋巴细胞减少gydF4y2Ba7、8gydF4y2Ba和T细胞衰竭gydF4y2Ba9、10gydF4y2Ba．为了阐明可能导致严重COVID-19免疫病理或保护性免疫的外周免疫细胞通路，我们应用单细胞RNA测序(scRNA-seq)来分析来自7名COVID-19住院患者(其中4名患有急性呼吸窘迫综合征)和6名健康对照的外周血单个核细胞(pmcs)。我们在COVID-19中发现了外周免疫细胞表型的重构，包括异质干扰素刺激的基因签名、HLA II类下调以及与需要机械通气的急性呼吸衰竭患者中出现的浆母细胞密切相关的发展中的中性粒细胞种群。重要的是，我们发现外周单核细胞和淋巴细胞不表达大量的促炎细胞因子。总的来说，我们提供了对严重COVID-19的外周免疫反应的细胞图谱。gydF4y2Ba

利益冲突声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者声明没有利益竞争。gydF4y2Ba

数据gydF4y2Ba

扩展数据图1 | .gydF4y2Ba
扩展数据图1 |.;所有分析捐赠者的人口学特征。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba的年龄，性别和种族gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个健康捐赠者。gydF4y2BabgydF4y2Ba，种族代表为gydF4y2BangydF4y2Ba= 7例COVID-19患者。gydF4y2Ba
扩展数据图2 | .gydF4y2Ba
扩展数据图2 |.;PBMC细胞亚群比例与症状后发病天数或发热发病天数无关。gydF4y2Ba
每个样本中每种细胞类型的比例，由来源供体着色。的gydF4y2BaxgydF4y2Ba-轴对应于gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba，症状出现后的天数(gydF4y2BangydF4y2Ba= 8个COVID-19样本)或gydF4y2BabgydF4y2Ba，即首次报告或测量发烧的天数(gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个COVID-19样本，来自发烧患者)。所示为每个散点图的皮尔逊相关系数和精确的双面p值。gydF4y2Ba
扩展数据图3 | .gydF4y2Ba
扩展数据图3 |.;COVID-19患者B细胞Ig V基因使用的异质性和HLA II类下调gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，点图描述了所有检测到的表达的平均值和百分比gydF4y2Ba搞笑gydF4y2Ba基因的gydF4y2BangydF4y2Ba= 8个COVID-19样本。单元格数:C1 A - 182, C1 B - 618, C2 - 123, C3 - 351, C4 - 1577, C5 - 196, C6 - 32, C7 - 29。gydF4y2BabgydF4y2Ba，描述数据集中每个样本中所有B细胞的HLA II类平均表达评分的箱线图，以通气/ARDS状态着色(健康对照组为蓝色，gydF4y2BangydF4y2Ba= 6;橙色是不通风的COVID-19患者，gydF4y2BangydF4y2Ba= 4;红色是通风的COVID-19患者，gydF4y2BangydF4y2Ba= 4)。通过Wilcoxon秩和检验，显示了精确的双面p值。箱线图特征对应:最小须=第25百分位- 1.5 *四分位间距(IQR)或最小值;最小框=第25百分位;中心=中位数;最大方框=第75百分位;最大须= 75百分位+ 1.5 * IQR或最大值。gydF4y2BacgydF4y2Ba，点状图显示所有检测到的表达的百分比和平均gydF4y2BaHLAgydF4y2Ba基因被B细胞取代gydF4y2BangydF4y2Ba= 8个COVID-19样本和gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个健康对照组。单元数:C1 A - 351, C1 B - 1020, C2 - 495, C3 - 883, C4 - 1835, C5 - 246, C6 - 77, C7 - 298, H1 - 190, H2 - 299, H3 - 298, H4 - 588, H5 - 511, H6 - 200。gydF4y2Ba
扩展数据图4 | .gydF4y2Ba
扩展数据图4 |.;ISG或HLA II类表达评分与总pbmc临床参数之间的趋势。gydF4y2Ba
a、bgydF4y2Ba，散点图描述了(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba) ISG表达式平均得分或(gydF4y2BabgydF4y2Ba) HLA II类平均表达评分与患者年龄、发热天数或症状出现后天数(补充表25)。只适用于所有情节gydF4y2BangydF4y2Ba= 8例COVID-19患者样本。对于描述与发烧发病天数相关性的图表，gydF4y2BangydF4y2Ba= 6，排除2例未报告发热的COVID-19患者(C6和C7)。Pearson相关系数，确切的双侧p值，以及95%置信区间显示为每个比较。gydF4y2Ba
扩展数据图5 | .gydF4y2Ba
扩展数据图5 |.;各主要细胞类型中DE基因的一致性。gydF4y2Ba
每个条形图代表基因差异表达在至少一半(4)gydF4y2BangydF4y2Ba= 8个COVID-19样本相对于所有健康对照。根据Seurat实施的Wilcoxon秩和检验，DE基因被认为具有平均|对数(折叠变化)| >±0.25和双侧p值< 0.05的基因。每个柱状图代表每个DE基因的累积对数(折叠变化)，用单个COVID-19样本的贡献着色。DE基因显示gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba， NK细胞，gydF4y2BabgydF4y2Ba, CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞,gydF4y2BacgydF4y2Ba, CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞,gydF4y2BadgydF4y2Ba, CD16gydF4y2Ba+gydF4y2Ba单核细胞,gydF4y2BaegydF4y2Ba，树突细胞，gydF4y2BafgydF4y2Ba, CD14gydF4y2Ba+gydF4y2Ba单核细胞,gydF4y2BaggydF4y2Ba， B细胞。在至少四个COVID-19 γδ T细胞样本中没有DE基因。每个供体的细胞总数:C1 A - 3,222, C1 B - 4,889, C2 - 1,695, C3 - 6,206, C4 - 3,559, C5 - 2,391, C6 - 794, C7 - 3,145;来自所有健康对照组的细胞(gydF4y2BangydF4y2Ba= 16231个细胞)用于与每个COVID-19样本进行比较。gydF4y2Ba
扩展数据图6 | .gydF4y2Ba
扩展数据图6 |.;CD8中的差异调控基因、典型通路和上游调控因子gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，每个COVID-19样本DE基因的热图，以平均对数(折叠变化)着色。通过Seurat实施的Wilcoxon秩和检验，将单个COVID-19样本的基因表达与所有健康对照的基因表达进行比较，计算DE基因。仅显示经Bonferroni校正多重比较校正后双侧p值<0.05的DE基因。这些DE基因被用来鉴定gydF4y2BabgydF4y2Ba，丰富的规范通路和gydF4y2BacgydF4y2Ba使用匠心路径分析(Ingenuity Pathway Analysis, IPA)对上游监管机构进行z评分。(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba) 50个基因，(gydF4y2BabgydF4y2Ba) 14条路径，或(gydF4y2BacgydF4y2Ba)在所有供体中，50个具有最高绝对平均对数(折叠变化)或z分数的调节器被标记。净平均对数为正(折叠变化)或z-score的基因用红色标记;具有净负平均对数(折叠变化)或z分数的基因用蓝色标记。(gydF4y2BabgydF4y2Ba)路径及(gydF4y2BacgydF4y2Ba)上游调节因子通过IPA执行Fisher精确检验在右侧p < 0.05处具有统计学显著性。单元数:C1 A - 563, C1 B - 904, C2 - 176, C3 - 1437, C4 - 432, C5 - 183, C6 - 80, C7 - 102;来自所有健康对照组的细胞(gydF4y2BangydF4y2Ba= 2885个细胞)用于与每个COVID-19样本进行比较。gydF4y2Ba
扩展数据图7 | .gydF4y2Ba
扩展数据图7 |.;CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaCOVID-19患者的T细胞并不一致地表达更高水平的衰竭标志物。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，gydF4y2BabgydF4y2Ba，描述与T细胞衰竭相关的典型基因的百分比和平均表达的点阵图(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和(gydF4y2BabgydF4y2Ba) CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞gydF4y2BangydF4y2Ba= 8个COVID-19样本和gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个健康对照组。gydF4y2Bac - dgydF4y2Ba，显示CD8模块评分的平均T细胞衰竭的箱线图(见补充表25)gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞(gydF4y2BacgydF4y2Ba)或CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞(gydF4y2BadgydF4y2Ba)，由健康捐赠者着色(gydF4y2BangydF4y2Ba= 6，蓝色)，非通风COVID-19患者(gydF4y2BangydF4y2Ba= 4，橙色)，或通气的COVID-19患者(gydF4y2BangydF4y2Ba= 4，红色)。通过Wilcoxon秩和检验，得到了精确的双面p值。箱线图特征对应:最小须=第25百分位- 1.5 *四分位间距(IQR)或最小值;最小框=第25百分位;中心=中位数;最大方框=第75百分位;最大须= 75百分位+ 1.5 * IQR或最大值。gydF4y2Ba
扩展数据图8 | .gydF4y2Ba
扩展数据图8 |.;促炎细胞因子的表达不是COVID-19循环细胞毒性淋巴细胞的特征。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba， UMAP嵌入CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaT, CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT和NK细胞被典型促炎细胞因子的表达染色gydF4y2BaIfng, tnf, ccl3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba亚兰gydF4y2Ba．gydF4y2BangydF4y2Ba= 22016个单元格gydF4y2BangydF4y2Ba= 14个生物独立样本。虚线对应图3b中确定的细胞类型边界。gydF4y2BabgydF4y2Ba，点状图显示CD8对典型细胞毒性淋巴细胞促炎细胞因子的平均表达和百分比gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞gydF4y2BangydF4y2Ba= 8个COVID-19样本和gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个健康对照组。gydF4y2Ba
扩展数据图9 | .gydF4y2Ba
扩展数据图9 |.;发育中的中性粒细胞可能不代表多胞胎。gydF4y2Ba
复杂性，定义为每个细胞检测到的基因数量除以该细胞中UMIs的数量，对于数据集中按注释细胞类型分组的每个细胞。所有的复杂性gydF4y2BangydF4y2Ba= 44,721 cells fromgydF4y2BangydF4y2Ba= 8个COVID-19样本和gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个健康对照。每个小提琴图被修剪为每个单元格类型的最大值和最小值。gydF4y2Ba
扩展数据图10 | .gydF4y2Ba
扩展数据图10 |.;急性呼吸窘迫综合征患者存在浆母细胞-粒细胞表型谱，这种假定的转分化可能与典型中性粒细胞的转录动力学无关。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，被COVID-19样本刻面的浆母细胞和活化粒细胞的UMAP包埋。gydF4y2BangydF4y2Ba= 3187个单元格gydF4y2BangydF4y2Ba= 14个生物独立样本。gydF4y2BacgydF4y2Ba， UMAP嵌入的浆母细胞，活化的粒细胞，和典型的中性粒细胞与RNA速度流覆盖(gydF4y2BabgydF4y2Ba)或速度网格(gydF4y2BacgydF4y2Ba)．gydF4y2BangydF4y2Ba= 3911个单元格gydF4y2BangydF4y2Ba= 14个生物独立样本。gydF4y2Ba
图1 | .gydF4y2Ba
图1 |.;COVID-19患者外周血浆母细胞扩增和多种先天免疫细胞亚群耗竭gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba、COVID-19患者的人口统计学、样本特征和病程。gydF4y2BabgydF4y2Ba，所有分析样本的外周血单个核细胞(pmcs) UMAP降维包埋(gydF4y2BangydF4y2Ba= 44,721个细胞)根据来源供体着色。COVID-19患者身份证(gydF4y2BangydF4y2Ba= 7)以“C”开头，并以橙色(抽吸时未通气的患者)或红色(抽吸时未通气的ARDS患者)和以“H”开头的健康捐赠者(gydF4y2BangydF4y2Ba= 6)，颜色为蓝色。gydF4y2BacgydF4y2Ba，整个数据集的UMAP嵌入由手工单元类型注释标记的正交生成的集群着色。gydF4y2BadgydF4y2Ba，每个样本中每种细胞类型的比例，由来源供体着色。的gydF4y2BaxgydF4y2Ba轴对应每个患者的通气或ARDS状态。这是完全两面的gydF4y2BaPgydF4y2Ba值由Wilcoxon秩和检验。gydF4y2BangydF4y2Ba= 6,gydF4y2BangydF4y2Ba= 4和gydF4y2BangydF4y2Ba= 4个健康、NonVent和ARDS的生物独立样本。箱线图特征:最小须，第25百分位−1.5 ×四分位间距(IQR)或最小值;最小框，第25百分位;中心,中位数;最大方格，第75百分位;最大须，75百分位+ 1.5 × IQR或最大值。gydF4y2Ba
图2 | .gydF4y2Ba
图2 |.;HLA II类下调和I型干扰素驱动的单核细胞炎症特征是SARS-CoV-2感染的特征。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，所有单核细胞UMAP包埋，按样品来源着色。gydF4y2BangydF4y2Ba= 10,339个单元格gydF4y2BangydF4y2Ba= 14个生物独立样本。gydF4y2BabgydF4y2Ba， UMAP包埋单核细胞染色gydF4y2BaCD14gydF4y2Ba而且gydF4y2BaFCGR3AgydF4y2Ba(编码CD16a，以区分CD14gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和CD16gydF4y2Ba+gydF4y2Ba单核细胞),gydF4y2BaHLA-DPB1gydF4y2Ba而且gydF4y2BaHLA-DMAgydF4y2Ba(说明COVID-19患者HLA II类下调)和gydF4y2BaS100A9gydF4y2Ba而且gydF4y2BaIFI27gydF4y2Ba(在COVID-19患者中显示典型炎症特征)。gydF4y2BacgydF4y2BaUMAP包埋单核细胞，由编码促炎细胞因子的基因着色，先前报道由严重COVID-19循环单核细胞产生，即gydF4y2Ba肿瘤坏死因子gydF4y2Ba，gydF4y2Ba白细胞介素6gydF4y2Ba，gydF4y2BaIL1BgydF4y2Ba，gydF4y2BaCCL3gydF4y2Ba，gydF4y2Ba亚兰gydF4y2Ba而且gydF4y2BaCXCL2gydF4y2Ba．gydF4y2BadgydF4y2Ba，gydF4y2BaggydF4y2Ba，gydF4y2BahgydF4y2Ba， DE基因热图(gydF4y2BadgydF4y2Ba)，差异调控的规范通路(gydF4y2BaggydF4y2Ba)和差异调控预测上游调控因子(gydF4y2BahgydF4y2Ba)介乎CD14gydF4y2Ba+gydF4y2Ba每个COVID-19样本的单核细胞与CD14相比gydF4y2Ba+gydF4y2Ba所有健康对照的单核细胞。的热图gydF4y2BadgydF4y2Ba是由平均对数(折叠变化)着色，而热图在gydF4y2BaggydF4y2Ba而且gydF4y2BahgydF4y2Ba是由gydF4y2BazgydF4y2Ba分数。所有显示的基因、通路和调控因子均有统计学意义gydF4y2BaPgydF4y2Ba通过Seurat实施的Wilcoxon秩和检验(双面，使用Bonferroni校正对多重比较进行调整，在gydF4y2BadgydF4y2Ba)或匠心路径分析(IPA)费舍尔精确测试的实现(右尾，在gydF4y2BaggydF4y2Ba而且gydF4y2BahgydF4y2Ba)．50个基因(gydF4y2BadgydF4y2Ba)、25条路径(gydF4y2BaggydF4y2Ba)或50个规管机构(gydF4y2BahgydF4y2Ba)具有最高的绝对平均对数(折叠变化)或gydF4y2BazgydF4y2Ba-所有捐赠者的得分被标记。基因具有净正的平均对数(折叠变化)或gydF4y2BazgydF4y2Ba-分数用红色标注;基因与净负平均对数(折叠变化)或gydF4y2BazgydF4y2Ba-分数用蓝色标注。DPS，症状出现后几天;DTF，首次报告或测量发烧的天数。gydF4y2BaegydF4y2Ba，表示CD14 HLA II类模块平均分值的箱线图gydF4y2Ba+gydF4y2Ba每个样本中的单核细胞，分别以健康供体(蓝色)、未通气的COVID-19患者(橙色)或通气的COVID-19患者(红色)着色。都是精确的gydF4y2BaPgydF4y2Ba值采用双侧Wilcoxon秩和检验。gydF4y2BangydF4y2Ba= 6,gydF4y2BangydF4y2Ba= 4和gydF4y2BangydF4y2Ba= 4个健康、NonVent和ARDS的生物独立样本。gydF4y2BafgydF4y2Ba，表示所有检测到的表达量百分比和平均表达量的点图gydF4y2BaHLAgydF4y2BaCD14基因gydF4y2Ba+gydF4y2Ba供体单核细胞。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba， Boxplot显示gydF4y2BaIFNAgydF4y2Ba每个细胞的模块评分，以健康供体(蓝色)、未通气的COVID-19患者(橙色)或通气的COVID-19患者(红色)着色。gydF4y2BajgydF4y2Ba，描述CD14平均ISG模块评分之间相关性的散点图gydF4y2Ba+gydF4y2Ba每个样本中的单核细胞和患者年龄(上)以及距离第一次测量或报告发烧的时间距离(下)。显示的是皮尔逊的gydF4y2BargydF4y2Ba，完全双面gydF4y2BaPgydF4y2Ba值和95%置信区间。gydF4y2BangydF4y2Ba= 8(上)和gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个(下)独立的生物样本。单元格数gydF4y2BadgydF4y2Ba，gydF4y2BafgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba我gydF4y2Ba: c1 a, 1561;C1 b, 1858;C2, 217;C3, 1102;C4, 713;C5, 462;C6, 277;C7, 2095;H1, 680;H2, 325; H3, 215; H4, 166; H5, 444; H6, 224. FordgydF4y2Ba，gydF4y2BaggydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BahgydF4y2Ba，来自所有健康对照组的细胞(gydF4y2BangydF4y2Ba= 2054个细胞)用于与每个COVID-19样本进行比较。为gydF4y2BaegydF4y2Ba，gydF4y2Ba我gydF4y2Ba，箱线图特征:最小须，第25百分位−1.5 × IQR或范围内的最低值;最小框，第25百分位;中心,中位数;最大方格，第75百分位;最大须，75百分位+ 1.5 × IQR或最大值。gydF4y2Ba
图3 | .gydF4y2Ba
图3 |.;COVID-19中NK细胞衰竭和IFN反应的异质性模式gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba， UMAP嵌入CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞，CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞和NK细胞按样品来源着色。gydF4y2BabgydF4y2Ba， UMAP嵌入以谱系基因着色(gydF4y2BaCD3DgydF4y2Ba，gydF4y2BaCD3GgydF4y2Ba，gydF4y2BaCD4gydF4y2Ba，gydF4y2BaCD8AgydF4y2Ba，gydF4y2BaFCGR3AgydF4y2Ba而且gydF4y2BaNCAM1gydF4y2Ba)和选定的功能/表型标记(gydF4y2BaGZMBgydF4y2Ba而且gydF4y2BaMKI67gydF4y2Ba)．为gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba，gydF4y2BabgydF4y2Ba，gydF4y2BangydF4y2Ba= 22016个单元格gydF4y2BangydF4y2Ba= 14个生物独立样本。gydF4y2BacgydF4y2Ba，描述CD56比例的箱线图gydF4y2Ba昏暗的gydF4y2BaNK细胞，CD56gydF4y2Ba明亮的gydF4y2BaNK细胞和增殖淋巴细胞在总T和NK细胞中的来源样本。用于计算每个比例的细胞在相邻的UMAP嵌入图中以黑体突出显示，并通过手动标记由CD4聚类生成的聚类来识别gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞，CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞和NK细胞。这是完全两面的gydF4y2BaPgydF4y2Ba来自Wilcoxon秩和检验的值。gydF4y2BangydF4y2Ba= 386(上)，gydF4y2BangydF4y2Ba= 4,899(中)，gydF4y2BangydF4y2Ba= 781(下)gydF4y2BangydF4y2Ba= 6,gydF4y2BangydF4y2Ba= 4和gydF4y2BangydF4y2Ba= 4个健康、NonVent和ARDS的生物独立样本。gydF4y2BadgydF4y2Ba，箱线图显示仅NK细胞对NK细胞衰竭的三种典型标志物的平均表达评分:gydF4y2BaLAG3gydF4y2Ba，gydF4y2BaPDCD1gydF4y2Ba(编码PD-1)和gydF4y2BaHAVCR2gydF4y2Ba(编码TIM-3)。这是完全两面的gydF4y2BaPgydF4y2Ba值采用Wilcoxon秩和检验。gydF4y2BaegydF4y2Ba，表示四种典型NK细胞因子基因仅在NK细胞下的平均表达评分箱线图(gydF4y2BaCCL3gydF4y2Ba，gydF4y2Ba亚兰gydF4y2Ba，gydF4y2BaIFNGgydF4y2Ba而且gydF4y2Ba肿瘤坏死因子gydF4y2Ba)．都是精确的gydF4y2BaPgydF4y2Ba值采用Wilcoxon秩和检验。为gydF4y2BadgydF4y2Ba，gydF4y2BaegydF4y2Ba，gydF4y2BangydF4y2Ba= 6,gydF4y2BangydF4y2Ba= 4和gydF4y2BangydF4y2Ba= 4个健康、NonVent和ARDS的生物独立样本。在gydF4y2BacgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaegydF4y2Ba，箱线图特征:最小须，第25百分位−1.5 × IQR或范围内的最低值;最小框，第25百分位;中心,中位数;最大方格，第75百分位;最大须，75百分位+ 1.5 × IQR或最大值。gydF4y2BafgydF4y2Ba，gydF4y2BaggydF4y2Ba， DE基因热图(gydF4y2BafgydF4y2Ba)和差异调控预测上游调控因子(gydF4y2BaggydF4y2Ba)与所有健康对照的NK细胞相比，每个COVID-19样本的NK细胞之间存在差异。如图2所示，gydF4y2BafgydF4y2Ba用平均对数(折叠变化)着色，而gydF4y2BaggydF4y2Ba是由gydF4y2BazgydF4y2Ba分数。所有显示的基因和调控因子均有统计学意义gydF4y2BaPgydF4y2BaSeurat实施Wilcoxon秩和检验的置信水平< 0.05(双面，使用Bonferroni校正对多重比较进行调整，gydF4y2BafgydF4y2Ba)或IPA执行的Fisher精确检验(右尾，gydF4y2BaggydF4y2Ba)．50个基因或调节因子具有最高的绝对平均对数(折叠变化)或gydF4y2BazgydF4y2Ba-所有捐赠者的得分被标记。基因具有净正的平均对数(折叠变化)或gydF4y2BazgydF4y2Ba-分数用红色标注;基因与净负平均对数(折叠变化)或gydF4y2BazgydF4y2Ba-分数用蓝色标注。DPS，症状出现后几天;DTF，首次报告或测量发烧的天数。单元格数gydF4y2BafgydF4y2Ba，gydF4y2BaggydF4y2Ba: c1 a, 354;C1 b, 387;C2, 271;C3, 328;C4, 104;C5, 518;C6, 58;C7, 130;来自所有健康对照组的细胞(gydF4y2BangydF4y2Ba= 4707个细胞)用于与每个COVID-19样本进行比较。gydF4y2BahgydF4y2Ba，gydF4y2Ba我gydF4y2Ba、差异上调isg的热图(gydF4y2BahgydF4y2Ba；补充表25)和细胞因子(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba；补充表25)，以相对于所有健康对照的基因表达差异的COVID-19样本数量着色。用于构建这些热图的DE基因在补充表4-10中提供。如果ISG或细胞因子的平均对数(折叠变化)为> 0.25和调整后的双面，则视为差异表达gydF4y2BaPgydF4y2Ba值< 0.05,Seurat实施Wilcoxon秩和检验。gydF4y2BangydF4y2Ba= 8个生物独立的COVID-19样本gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个生物学独立的健康对照。gydF4y2Ba
图4 | .gydF4y2Ba
图4 |.;发展中的中性粒细胞是重症COVID-19患者的特征，可能与浆母细胞有所区别。gydF4y2Ba
一个gydF4y2BaUMAP包埋的浆母细胞和发育中的中性粒细胞，通过注释的细胞类型着色，并覆盖RNA速度流。gydF4y2BabgydF4y2Ba， UMAP包埋由典型浆母细胞标记基因着色(gydF4y2BaCD27gydF4y2Ba，gydF4y2BaCD38gydF4y2Ba而且gydF4y2BaTNFRSF17gydF4y2Ba)和编码初级(gydF4y2BaDEF3AgydF4y2Ba，gydF4y2BaELANEgydF4y2Ba而且gydF4y2BaMPOgydF4y2Ba)、二级(gydF4y2BaCHI3DL1gydF4y2Ba，gydF4y2BaLCN2gydF4y2Ba而且gydF4y2BaLTFgydF4y2Ba)和三级(gydF4y2BaMMP8gydF4y2Ba，gydF4y2BaMMP9gydF4y2Ba而且gydF4y2Ba营gydF4y2Ba)中性粒细胞颗粒蛋白gydF4y2Ba，，gydF4y2Ba．gydF4y2BacgydF4y2Ba， UMAP嵌入按推断的潜伏时间着色。gydF4y2BadgydF4y2Ba，散点图显示在推测的潜在时间内选择的聚类定义基因的表达。gydF4y2BaegydF4y2Ba， UMAP嵌入由正交生成的簇着色。gydF4y2BafgydF4y2Ba，点图描绘的表达gydF4y2BaCEBPgydF4y2Ba每个确定的聚类中的家庭成员。对于所有的面板，gydF4y2BangydF4y2Ba= 3,187 cells fromgydF4y2BangydF4y2Ba= 8个生物独立的COVID-19样本和gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个生物学独立的健康对照。gydF4y2Ba
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