doi: 10.1038 / ismej.2016.37。
Epub 2016年3月25日。
吸烟与口腔微生物在一个大型研究的美国成年人
从属关系
- PMID:27015003
- PMCID:PMC5030690
- DOI:10.1038 / ismej.2016.37
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吸烟与口腔微生物在一个大型研究的美国成年人
ISME J。
2016年10月。
免费的PMC的文章
文摘
口腔微生物生态失调与口腔疾病,并可能与全身性疾病;然而,这些微生物失衡的因素在很大程度上是未知的。在1204年美国成年人的研究中,我们评估了吸烟与口腔微生物的关系。16 s rRNA基因测序从口腔清洗样品,进行DNA序列被聚集到操作分类单元(辣子鸡)使用QIIME和宏基因组的内容是使用PICRUSt推断。整体口腔微生物构成不同之间的流动和非流动前,从不吸烟者(P < 0.001)。吸烟者相对丰度较低的门变形菌门(4.6%)与从不吸烟者相比(11.7%)(错误发现率q = 5.2×10(7)),没有区别前,从未吸烟者;变形菌门的损耗吸烟者也观察到类,属和OTU水平。分类单元不属于变形菌门也与吸烟有关:属Capnocytophaga、消化链球菌属和纤毛菌属是耗尽,而Atopobium和链球菌是丰富,与从不吸烟者相比,目前的。推断出基因组的功能分析显示,细菌属贫由吸烟与碳水化合物和能量代谢有关,和异型生物质新陈代谢。我们的研究结果表明,吸烟改变了口腔微生物,可能导致功能通路的变化与影响与吸烟有关的疾病。
数据
整体口腔微生物构成根据吸烟状态(现任、前任,从不)1204人。主坐标分析是基于加权UniFrac距离。使用面板百分之六十八置信椭圆被吸引。椭圆函数(晶格,R),和质心代表第一和第二轴的坐标的意思。(一个)调整数据集、年龄和性别有显著差异成分根据吸烟状态(P= 0.001)。(b)结合前,从不吸烟者的成分有显著区别当前吸烟者和非流动(P= 0.001)。内的比较(c)和(d)集团距离所有吸烟类别表示,从来没有和前吸烟者比吸烟者更相似。
口腔微生物的进化分枝图表示辣子鸡与吸烟有关的地位。红色分支表示分类单元或OTU浓缩在当前吸烟者和绿色分支表示分类单元或吸烟者OTU耗尽,DESeq2分析检测。酒吧代表log2折叠计数的变化在当前与从不吸烟者;红色条指示积极折叠改变和绿条表明消极的褶皱。共有1158个辣子鸡都包含在进化分枝图,代表辣子鸡至少有两个序列在至少30科目五大类群;只有辣子鸡问< 0.05是彩色的。进化分枝图创建使用EvolView(张et al。,2012)。
选定的类群的相对多度中值根据每天抽烟的数量和数量的年辞职。图(一个)包括当前,从不吸烟者,而情节(b包括前任和现任吸烟者。错误发现率调整问值计算基于荟萃分析P值之间的相关性相对丰富的类群和每天抽烟的数量或数量的年辞职。
细菌类群与吸烟有关状态几个相关基因功能的途径。细菌基因功能预测从16 s rRNA基于基因的微生物成分使用PICRUSt算法从KEGG注释数据库进行推断。属和KEGG通路数归一化DESeq2大小因素和调整的数据集使用的removeBatchEffect函数(limma)。斯皮尔曼相关系数的估计对于每一个成对比较属数和KEGG途径,调整年龄和性别。只有KEGG通路与碳水化合物、能源、异型生物质和多糖代谢和兴趣选择属热图中;完整的列表属和KEGG通路与吸烟有关补充表中可以找到S4, S5和S7。
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