LD得分回归混杂有别于polygenicity全基因组关联研究
合作者,从属关系
- PMID:25642630
- PMCID:PMC4495769
- DOI:10.1038 / ng.3211
项剪贴板
LD得分回归混杂有别于polygenicity全基因组关联研究
Nat麝猫。
2015年3月。
免费的PMC的文章
文摘
polygenicity(许多小遗传效应)和混杂的偏见,如神秘的亲缘和人口分层,可以产生一个充气的测试统计分布在全基因组关联研究(GWAS)。然而,当前的方法不能区分通货膨胀从一个真正的多基因信号和偏见。LD得分回归,我们已经开发出一种方法,量化的贡献之间的关系通过检查测试数据和连锁不平衡(LD)。LD得分回归拦截可以用来估计一个更强大的和准确的校正因子基因控制。我们发现强有力的证据表明polygenicity占大多数的通货膨胀在测试许多GWAS的统计大样本大小。
数据
从选定的模拟结果。(一)QQ情节与人口分层(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.30)。(b)QQ情节与多基因遗传结构与0.1%的snp因果(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.006)(c)LD得分与人口分层。每个点代表一个LD得分分位数,x坐标点的意思是LD得分分位数和变异y协调是指χ2分位数的变体。颜色对应回归权重,用红色表示很大的重量。黑线是LD分数回归线。(d)在面板c但LD情节与多基因遗传体系结构。
从选定的模拟结果。(一)QQ情节与人口分层(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.30)。(b)QQ情节与多基因遗传结构与0.1%的snp因果(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.006)(c)LD得分与人口分层。每个点代表一个LD得分分位数,x坐标点的意思是LD得分分位数和变异y协调是指χ2分位数的变体。颜色对应回归权重,用红色表示很大的重量。黑线是LD分数回归线。(d)在面板c但LD情节与多基因遗传体系结构。
从选定的模拟结果。(一)QQ情节与人口分层(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.30)。(b)QQ情节与多基因遗传结构与0.1%的snp因果(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.006)(c)LD得分与人口分层。每个点代表一个LD得分分位数,x坐标点的意思是LD得分分位数和变异y协调是指χ2分位数的变体。颜色对应回归权重,用红色表示很大的重量。黑线是LD分数回归线。(d)在面板c但LD情节与多基因遗传体系结构。
从选定的模拟结果。(一)QQ情节与人口分层(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.30)。(b)QQ情节与多基因遗传结构与0.1%的snp因果(λGC= 1.32,LD得分回归拦截= 1.006)(c)LD得分与人口分层。每个点代表一个LD得分分位数,x坐标点的意思是LD得分分位数和变异y协调是指χ2分位数的变体。颜色对应回归权重,用红色表示很大的重量。黑线是LD分数回归线。(d)在面板c但LD情节与多基因遗传体系结构。
D得分回归情节为当前精神分裂症荟萃分析。每个点代表一个LD得分分位数,x坐标点的意思是LD得分分位数和变异y协调是指χ2分位数的变体。颜色对应回归权重,用红色表示很大的重量。黑线是LD分数回归线。线似乎低于右边的点,因为这是一个加权回归点左边的接收最大重量(在线方法)。
类似的文章
-
利用LD特征值回归改善评估SNP遗传和混杂的通货膨胀。J哼麝猫。2022年5月5日,109 (5):802 - 811。doi: 10.1016 / j.ajhg.2022.03.013。Epub 2022年4月13日。 2022年J哼麝猫。。 PMID:35421325 免费的PMC的文章。
-
控制人口分层遗传关联研究基于GWAS汇总统计。麝猫论文。2022年12月,46 (8):604 - 614。doi: 10.1002 / gepi.22493。Epub 2022年6月29日。 麝猫论文。2022。 PMID:35766057
-
LD分数与等位基因频率差异数量但是LD得分回归仍然可以区分从polygenicity混淆。安哼麝猫。2020年9月,84 (5):412 - 416。doi: 10.1111 / ahg.12370。Epub 2020年1月11日。 2020年安哼麝猫。。 PMID:31925776
-
增加精神全基因组关联研究的分辨率和精度,使用大型re-imputing汇总统计,不同参考面板。地中海是J麝猫B Neuropsychiatr麝猫。2021年1月,186 (1):16-27。doi: 10.1002 / ajmg.b.32834。Epub 2021年2月11日。 地中海是J麝猫B Neuropsychiatr麝猫》2021。 PMID:33576176 免费的PMC的文章。 审查。
-
分子遗传学研究复杂的表型。Transl研究》2012年2月,159 (2):64 - 79。doi: 10.1016 / j.trsl.2011.08.001。Epub 2011年8月31日。 Transl研究》2012。 PMID:22243791 免费的PMC的文章。 审查。
引用的
-
识别位点参与儿童视力和联想认知技能和受教育程度。NPJ Sci学习。2023年7月25日,8 (1):25。doi: 10.1038 / s41539 - 023 - 00175 - w。 NPJ Sci学习。2023年。 PMID:37491545 免费的PMC的文章。
-
优先级与脑部疾病相关的基因利用enhancer-promoter交互在不同神经细胞和组织。基因组医学。2023年7月24日,15 (1):56。doi: 10.1186 / s13073 - 023 - 01210 - 6。 基因组医学》2023。 PMID:37488639 免费的PMC的文章。
-
调查基因分层子组,以更好地了解酒精滥用的病因。摩尔精神病学。2023年7月25日。doi: 10.1038 / s41380 - 023 - 02174 - 0。在线打印。 摩尔精神病学》2023。 PMID:37488169
-
因果关联的大脑结构与骨矿物质密度:大规模基因相关研究。骨研究》2023年7月20日,11 (1):37。doi: 10.1038 / s41413 - 023 - 00270 - z。 骨研究》2023。 PMID:37474577 免费的PMC的文章。
-
人类肠道组织单细胞决议。大自然。2023年7月,619 (7970):572 - 584。doi: 10.1038 / s41586 - 023 - 05915 - x。Epub 2023年7月19日。 自然》2023。 PMID:37468586 免费的PMC的文章。
