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。 2014年11月12日,12:87。
doi: 10.1186 / s12915 - 014 - 0087 - z。

试剂和实验室污染会严重影响基于微生物分析

苏珊娜J索尔特1, 迈克尔·J考克斯, 埃琳娜·图雷克米, Szymon T Calus, William O Cookson, 米利暗F Moffatt, 保罗特纳, 朱利安Parkhill, Nicholas J鲁曼, 艾伦·W·沃克
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试剂和实验室污染会严重影响基于微生物分析

苏珊娜J索尔特et al。 BMC医学杂志。 。
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文摘

背景:微生物群落的研究近年来已经彻底改变了文化的广泛采用独立的分析技术,如16 s rRNA基因测序和宏基因组。一个潜在的“基于DNA提取方法的存在污染的工具和其他实验室试剂。

结果:在这项研究中我们证明污染无处不在在常用的DNA提取的DNA试剂盒和其他实验室试剂、成分不同包之间的波动很大,批次,而这污染严重影响结果的样本含有较低的微生物生物量。污染影响pcr 16 s rRNA调查和猎枪宏基因组的基因。我们提供一个广泛的潜在污染属列表,并指导如何减轻污染的影响。

结论:这些结果表明,谨慎应该建议当应用序列技术微生物群出现在低生物量的研究环境。并发负控制样本的测序是强烈建议。

数据

图1
图1
总结16 s rRNA基因测序分类任务从10倍稀释纯文化和控制。未稀释的提取DNA包含大约108细胞,控制(图中注释“反对”)摘要报道了在pcr。DNA提取ICL,乌兰巴托和WTSI实验室和放大40 PCR循环。每一列代表一个样本;部分(一)和(b)描述同一样品在不同分类水平。一)的比例美国bongori顺序读取黑色。非的丰度成比例沙门氏菌读取在类级别是用其他颜色表示。越来越稀,样品的测序的细菌比例扩增子的培养微生物减少和污染物越来越占主导地位。b)丰富的属占> 0.5%的至少一个实验室的结果,排除美国bongori。非的概要文件沙门氏菌读取每个实验室/ kit批但不同网站之间是一致的。
图2
图2
总16 s rRNA基因的拷贝数出现在一系列稀释 美国bongori 文化。总细菌的DNA中存在连续10倍稀释的纯美国bongori文化是使用qPCR量化。虽然最初拷贝数减少和增加稀释,停滞不前的四稀释后显示一致的背景的DNA污染水平。误差线表示标准偏差一式三份的反应。检出限的红色折线表示45份16 s rRNA基因。无模板内部控制qPCR反应(蓝色所示)低于周期阈值选择解释荧光值(即小于0),表明污染并非来自qPCR试剂本身。
图3
图3
宏基因组数据的总结 美国bongori 十倍稀释系列(初始未稀释的样本含有大约10 8 细胞),提取与四个不同的包。每一列代表一个样本。超纯水的样本,没有DNA提取,也是测序(贴上“水”)。一)为起始原料越来越稀释,测序读映射到的比例美国bongori所有工具和参考基因组减少污染变得越来越突出。b)非的概要文件沙门氏菌读取(分组由家庭,只有那些由> 1%的读取来自至少一个工具包所示)是不同的的四个包。
图4
图4
总结鼻咽样本污染物含量的泰国。一)PCoA情节似乎显示与年龄相关的聚类;然而,b)提取工具很多解释模式更好。c)当彩色的年龄,情节展示了初始聚类模式的损失排除污染物从任命辣子鸡。d)读取归因于污染物辣子鸡的比例为每一个样本,证明前两个包是最严重污染。e)为每个设备使用Genus-level污染物的辣子鸡。
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