肠道微生物组的哈德采猎者
Nat Commun。
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文摘
人类肠道微生物群直接影响健康和提供了一个额外的适应性可能不同的生活方式。探讨肠道细菌的差异,了解这些细菌可能和人类密切相关,在这里我们研究肠道微生物群的系统发育多样性和代谢物生产从人类狩猎采集者的一个社区,坦桑尼亚的哈。我们表明,哈有更高水平的比意大利城市控制微生物和生物多样性丰富。进一步比较两个农村农业非洲组织说明其他功能独特的哈,可以与觅食的生活方式。这些包括缺乏双歧杆菌和微生物组成两性之间的差异可能反映性的劳动分工。此外,浓缩在普氏菌、梅毒和非机密的拟杆菌,以及梭菌属的分类单元的特殊安排,可提高哈的消化能力,从纤维植物中提取有价值的营养食品。
数据
在深布什阵营,狩猎和采集仍占大多数(> 90%)的生存。(一个在坦桑尼亚北部哈德土地的位置;(b)的岩石山脊Sengele营地附近俯瞰郁郁葱葱的景观在两个阶段之间的雨季;(c)的土地周围湖Eyasi哈德让他们的营地,橙色边界表示土地面积在1950年代和面积用黄色显示了减少哈今天占领;(d)土地的猴面包树在哈德在早期的旱季。照片一个修改从中央情报局世界概况。照片b和d斯诺SL和Crittenden。
16 s rDNA粪便微生物群的基因调查27哈(H1-H27)和16个意大利(IT1-IT16)的成年人。相对丰富的(一个门和b报告)genus-classified粪便微生物群。直方图是基于每个主题辣子鸡的比例。颜色被分配为所有门发现,属相对丰度≥1%的至少10%的主题。(c意大利)甜甜圈图表总结属相对丰度(外甜甜圈)和哈德(内心的甜甜圈)。属过滤了那些≥总丰度的2%至少10%的主题。*表示非保密OTU报告分类水平更高。
PCoAs基于未加权和加权UniFrac距离和欧几里得Bray-Curtis距离显示模式的分离性在每个主题队列和各自的P值。意义与伪排列计算测试F比率。粉红、女性;蓝色,男性。
(一个)未加权的加权距离UniFrac PCoA粪便微生物群来自27个哈德(橙色点)和16个意大利人(蓝色圆点)。(b)层次Ward-linkage集群基于属比例的斯皮尔曼相关系数。属被过滤为主体内至少30%人口的流行。主题集中在面板和颜色一样一个。属(110)集群由垂直树的颜色编码的家庭作业。*表示非保密OTU报告分类水平更高。
(一个)基于艾森层次聚类的相关的细菌属的相似性度量公式比例和平均连锁聚类。属被过滤为主题的至少30%的样本。主题集中在顶部面板和颜色橙色(哈),布朗(BF),红(马拉维),蓝色(意大利成人控制从这项研究),绿色(美国成年人ref。9)和青色(意大利孩子ref。4)。属(107)由垂直树可视化和集群。(b)PCoA基于Bray-Curtis距离相对丰富的通用属的人口。
Wiggum情节显示模式的变化确定的六个cag在哈,马拉维,男朋友和西方的控制。cag命名最丰富的属的名称和颜色编码如下:Faecalibacterium(青色)Dialister(绿色),普氏菌(橙色)梭菌属的_unclassified(黄色),Ruminococcaceae_unclassified(粉红色)和Blautia(紫色)。每个节点代表一个细菌属和它的尺寸意味着在人口相对多度成正比。之间的连接节点代表积极和显著的肯德尔属(罗斯福< 0.05)之间的相关性。
PCoA基于欧几里得距离SCFA概要文件的相对丰度哈(橙色)和意大利(蓝色)。向量显示丙酸,丁酸盐和醋酸。
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