doi: 10.1093 /生物信息学/ btu153。
Epub 2014 3月18日。
Prokka:快速原核基因组注释
从属关系
- PMID:24642063
- DOI:10.1093 /生物信息学/ btu153
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Prokka:快速原核基因组注释
生物信息学.
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摘要
目前dna测序仪器的多重性和高产量使细菌全基因组测序成为一项常规工作。后续将read从头组装到contigs的问题已经得到了很好的解决。在这些contigs上标注所有相关基因组特征的最后一步可以使用现有的基于web和电子邮件的系统缓慢实现,但这些系统不适用于敏感数据或集成到计算管道中。这里我们介绍Prokka,这是一个命令行软件工具,可以在典型的台式计算机上在大约10分钟内完全注释细菌基因组草案。它生成符合标准的输出文件,供进一步分析或在基因组浏览器中查看。
可用性和实现:Prokka是用Perl实现的,并且可以在http://vicbioinformatics.com/的开源GPLv2许可下免费获得。
©作者2014。牛津大学出版社出版。版权所有。有关权限,请发送电子邮件:journals.permissions@oup.com。
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