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。 2014年2月,33 (2):277 - 300。
doi: 10.3892 / ijmm.2013.1582。 Epub 2013 12月10。

比较基因表达谱及相关通路在慢性血栓栓塞肺动脉高压

古歌1, Pixiong苏1, 小君颜1, Xitao张1, 与一个1, 杰高1, 瑞鑫1, 刘燕1
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比较基因表达谱及相关通路在慢性血栓栓塞肺动脉高压

古歌et al。 Int J摩尔。 2014年2月。
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文摘

慢性血栓栓塞肺动脉高压(CTEPH)是严重的肺动脉高压的主要原因之一。然而,尽管治疗(肺部动脉内膜切除术),在大约15 - 20%的患者,肺血管阻力和肺动脉压力继续增加。到目前为止,很少有人知道在CTEPH发生在基因表达的变化。基因的鉴定与CTEPH提供洞察CTEPH的发病机制和可能帮助诊断和治疗。在这项研究中,我们分析了肺动脉内皮细胞的基因表达式的值谱5 CTEPH患者和5健康对照组使用寡核苷酸微阵列。生物信息学分析使用基因本体论(去)和KEGG数据库进行了识别与CTEPH相关基因和通路。信号转导网络建立了识别核心基因调节CTEPH的进展。大量差异表达的基因被发现在CTEPH患者的肺动脉内皮细胞。总共有412条款和113通路被发现与我们有关的基因列表。Signal-Net所有差异基因相互作用网络进行了分析。 JAK3, GNA15, MAPK13, ARRB2 and F2R were the most significantly altered. Bioinformatics analysis may help gather and analyze large amounts of data in microarrays by means of rigorous experimental planning, scientific statistical analysis and the collection of complete data. In this study, a novel differential gene expression pattern was constructed. However, further studies are required to identify novel targets for the diagnosis and treatment of CTEPH.

数据

图1
图1
非监督分类的慢性血栓栓塞肺动脉高压(CTEPH)和健康控制基于基因表达分析的样本。分类10肺动脉内皮细胞样品使用2098差异表达探针集。表达数据描绘成一个数据矩阵,每一行代表一个基因和每一列代表一个样本。表达水平进行描述根据顶部显示的颜色范围。红色和绿色表示中位数之上和之下的表达水平,分别。偏离中值的大小是由色彩饱和度。
图2
图2
显著差异表达基因地图:红圈代表类别的调节基因,淡紫色的圆圈表示的类别的表达下调的基因和黄色圆圈表示的类别与调节和表达下调的基因。
图3
图3
Path-Net网络的显著差异表达基因:红圈代表相关的通路调节基因,薰衣草圆圈表示相关的通路基因表达下调和黄色圆圈表示相关的通路均表达下调的基因。
图4
图4
信号转导网络CTEPH-related基因。圆圈代表基因,红圈代表调节基因,和蓝色的圆圈代表表达下调的基因。箭头表示(a)的激活;直线表示组合;虚线代表间接影响;一个代表激活;前,代表基因表达;b,代表绑定;c,代表化合物;印第安纳州,代表间接影响; inh, represents inhibition; u, represents ubiquination, s, represents state change; detailed annotation listed in Table VII.
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引用

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