跳到主页内容
访问键 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
。 2014年1月,42(数据库问题):D633-42。
doi: 10.1093 / nar / gkt1244。 Epub 2013年11月27日。

核糖体数据库项目:高吞吐量rRNA分析数据和工具

詹姆斯·R·科尔1, 琼王, 约旦一条鱼, Benli柴, 唐娜M McGarrell, 雅尼的太阳, C提图斯布朗, 安德里亚Porras-Alfaro, 谢丽尔R Kuske, 詹姆斯M Tiedje
从属关系
免费的PMC的文章

核糖体数据库项目:高吞吐量rRNA分析数据和工具

詹姆斯·R·科尔et al。 核酸Res。 2014年1月。
免费的PMC的文章

文摘

核糖体数据库项目(RDP;http://rdp.cme.msu.edu/)为研究团体提供一致和注释的核糖体rna基因序列数据,连同工具允许研究人员分析自己的核糖体rna基因序列的RDP框架。RDP利用数据和工具等众多领域的人类健康、微生物生态学、环境微生物学、核酸化学、分类和系统发生学。除了对齐和注释的细菌和古细菌小亚基核糖体rna基因,RDP现在包括真菌大亚基核糖体rna基因的集合。RDP工具,包括分类器和调整器,已更新使用这个新的真菌收集。利用高通量测序描述环境微生物种群在过去的几年里,爆炸序列技术提高了,环境数据集的大小增加。RDP与释放11日提供了一组扩展的工具来促进高通量数据的分析,包括单链和paired-end读取。此外,大多数工具现在可用的开源软件包下载和当地研究人员使用大容量需求或谁想开发自定义分析管道。

数据

图1所示。
图1所示。
报道:基因序列数量从RDP release 11.1参考序列覆盖指定的位置。(一)细菌四核糖体rna基因。位置相对于大肠杆菌加入基因库J01695.1序列。灰色酒吧区域(1)指示变量。(B)古四核糖体rna基因。位置相对于大肠杆菌加入基因库J01695.1序列。(C)真菌LSU核糖体rna基因。位置相对于酿酒酵母加入基因库NC_001144.5 LSU基因。D1和D2表明变异度高的地区最初用于之间的歧视镰刀菌素spp。(2)。D2地区是最高度可变长度和真核LSU地区结构(3)。如此高的多样性可以提高性能的RDP分类器之间差别时属密切相关。基因覆盖图网上与每个增量RDP发布和更新。
图2。
图2。
多序列比对的部分细菌16 s rRNA序列对应区域之间常见的V6变量区域扩增引物(15)。大写字母列对应于建模的立场。小写列对应地区hypervariability排除转让同源残留的规模和结构。这些列通常是“蒙面”之前,系统发育分析。(一)使用新的RDP 11对齐模型。这个匹配的一致性区域得到完整的序列。(B)使用RDP 10对齐模型。全长序列的排列是几乎相同的V6两个模型之间的地区,除了一对gu RDP 11中显示为插入RDP 10对齐。基地以绿色突出显示匹配的正则碱基对守恒的二级结构。从上到下,基因库AB006164登记入册,AB006178, AB021164, AB015577, AB003932 AB004715。
图3。
图3。
积累曲线显示(一)分类单元的大小和(B)intra-taxon距离。所有序列对齐RDP release 11.1的三个RDP集合集群所描述。对序列的分类单元之间的平均距离(B)所示。门的形状曲线,和一定程度上的类曲线,古生菌和真菌,可能会受到少数类群,在这些类群的倾斜表示序列。
图4。
图4。
每个基地比较错误率三paired-end读装配工具。错误率的计算使用组装读取过滤通过阅读问原始分数(汇编和PANDAseq;38)或δ问分数(mothur;39)。推荐阅读问27分的汇编和基地问分数(deltaq) 6 mothur标记。(一)示例M_20130714和(B)M_20130819示例。
看到这张图片在PMC和版权信息

类似的文章

看到所有类似的文章

引用的1337年文章

看到所有“引用”的文章

引用

    1. Neefs JM, Van de同行Y, de Rijk P,薛潘年代,de韦希特尔r .编译的小核糖体亚基RNA结构。核酸研究》1993;21:3025 - 3049。- - - - - -PMC- - - - - -PubMed
    1. Guadet J,朱利安J, Lafay摩根富林明,Brygoo y发展史的镰刀菌素物种,由large-subunit核糖体rna序列比较。摩尔。杂志。另一个星球。1989;6:227 - 242。- - - - - -PubMed
    1. Schnare MN, Damberger SH,灰色的瓦,Gutell RR。综合比较真核细胞质大亚基的结构特点(23个s)核糖体RNA。j·摩尔。杂志。1996;256:701 - 719。- - - - - -PubMed
    1. 刘K-L, Porras-Alfaro Kuske CR, Eichorst年代,谢g .准确、快速分类的分类真菌大亚基核糖体rna基因。达成。环绕。Microbiol。2012; 78:1523 - 1533。- - - - - -PMC- - - - - -PubMed
    1. 中村Y,科克伦G, Karsch-Mizrachi我国际核苷酸序列数据库的协作。国际合作核苷酸序列数据库。核酸研究》2013;41:D21-D24。- - - - - -PMC- - - - - -PubMed

发布类型

网格计算

物质