评估肺部细菌种群通过复制分析样品的上、下呼吸道
从属关系
- PMID:22970118
- PMCID:PMC3435383
- DOI:10.1371 / journal.pone.0042786
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评估肺部细菌种群通过复制分析样品的上、下呼吸道
《公共科学图书馆•综合》。
2012年。
免费的PMC的文章
文摘
人类呼吸道的细菌在健康和疾病是重要的,但准确的抽样的肺提出的挑战。通过支气管镜检查肺部微生物通常采样,但获得样本支气管镜必须通过上呼吸道,富含微生物。我们提出的方法来识别真实的肺部微生物群在支气管肺泡灌洗(BAL)流体包含大量的口咽的外加剂。我们研究临床BAL六个样本选择科目与潜在重型肺殖民。单个BAL流体样本来自每个主题与同时代的口腔清洗(噢)取样口咽,然后从三个不同的DNA提取整除。细菌16 s rDNA序列被454焦磷酸测序放大和产品分析。通过比较复制,我们能够指定的深度测序需要达到95%的机会识别细菌给定比例的血统——例如,深度5000标签,辣子鸡的0.3%或更大的比例就是95%的信心。我们下构建一个单面离群值测试,允许lung-enriched生物量化口咽外加剂的背景下,使用复制序列分析和评估改进。这使得血统纯度鉴定一些落下帷幕的肺标本。最后,使用健康志愿者收集样本在上呼吸道的多个站点,我们表明,提供一个合理但不完美替代细菌带入肺支气管镜。 These methods allow identification of microbes that can replicate in the lung despite the background due to oropharyngeal microbes derived from aspiration and bronchoscopic carry-over.
利益冲突声明
数据
气道的)图网站在这项研究中采样。B)轴表示样本研究,y轴的日志16 s rDNA基因副本的数量估计定量PCR。分析了每个样本一式三份。注意,这个比较假定平均每个基因组的16 s rDNA基因数量不完全不同物种在每个类别的集合体。
x轴显示了这个示例研究,y轴的比例每个血统报道相比RDP数据库。分类群在属级表示。
二元土地比较OTU丰富从复制序列分析显示相同的整除BAL或样品噢。样品是表示在每个轴的类型,来源在每个盒子的主题。在对数尺度比例显示。对复制用于显示被选为每个样本随机从三个。
顶部的主题是表示在每一个盒子,复制而沿着每个轴表示。
(一)观察概率OTU重复测序后16 s rDNA在给定OTU比例和测序深度,由beta-binomial分布建模。over-dispersion用于情节,θ= 0.003,中位数估计从所有复制样品比较。(B)的16 s rDNA OTU检测的关键比例为95%的信心。(C) 16 s rDNA拷贝/毫升每个样本(轴)与over-dispersion参数θ(轴),这表明更大程度的over-dispersion与少开始拷贝。
一个示例(轴)和一个BAL样本(轴)是用于比较每个主题的三个样本(每个每个主题)。颜色代码指示意义的结果测试对beta-binomial分布OTU离群值。“罗斯福”表示错误发现率。
三个噢样本显示在x轴,轴球样品。颜色代码表示的意义再次显示底部的数字。
一个示例(轴)和球1圣返回示例(轴)被用于为每个主题比较。颜色代码指示意义的结果测试对beta-binomial分布异常值。的数据。
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