RT-PCR和实时LightCycler检测方法的敏感性和特异性已有报道(9，11，12)．共对来自1,048名初步临床怀疑为SARS的患者的3,611份呼吸道、粪便和尿液标本和1,699份血清样本分别进行了SARS- cov RNA和抗体检测。实验室结果与这些患者的临床诊断回顾性相关。在临床上，这些患者中有590人被认为患有SARS, 79人怀疑患有SARS, 379人没有患SARS。第三组包括因发热呼吸系统疾病住院的患者，其中许多有放射学变化，在鉴别诊断中最初考虑了SARS。

总的来说，948例(91%)患者的一个或多个标本通过RT-PCR检测了SARS-CoV RNA, 454例(43%)患者的急性期和恢复期血清样本可用于血清学分析，其中恢复期血清至少在发病后21天提取。虽然在每个临床分类中，可从相似比例(89%-91%)的患者中获得用于RT-PCR的标本，但从临床分类为SARS的患者中(417例[71%]来自590例)比从非SARS分类的患者中(25例[7%]来自379例)获得配对血清的频率更高(表1)．

在临床诊断为SARS的537例患者中，322例(60%)在临床标本中发现SARS- cov RNA。相比之下，临床诊断为“非SARS”类别的341人中，有2人(0.6%)有SARS- cov感染的RT-PCR证据(表1)．为了评估SARS- cov在一般人群中的传播程度，对184份粪便标本(提交给被认为没有感染SARS的患者的腹泻疾病调查)和148份鼻咽拭子(来自因非呼吸道疾病就诊的患者)进行了病毒RNA的RT-PCR检测。148例对照组咽拭子标本和184例对照组粪便标本中均未检出SARS-CoV RNA。

在417名有配对血清可供选择的临床SARS患者中，383人(92%)有一种抗体>SARS-CoV抗体滴度上升4倍。45名对照组中没有一例血清转化为SARS-CoV。25名临床诊断为“非SARS”类血清转化患者中有2名(8%)(表2)，但该组患者的47份恢复期血清未显示更多血清阳性患者(数据未显示)。这两名患者均无与其他SARS患者接触史。然而，1例患者经高分辨率计算机断层扫描证实左侧中段实变，出院诊断为不明原因的肺炎。另一例为不明原因的轻度发热性疾病，影像学无实变证据。2003年3月在香港收集的200份献血者血清样本和2003年5月收集的2 200份献血者血清样本均无SARS抗体的证据。

对386例血清学证实的SARS-CoV感染患者的SARS-CoV RNA检测情况进行分析(数字)．在发病的头4天内，有一部分(11%-42%)患者的呼吸道中可检测到病毒RNA，但直到发病第5天和第7天，在粪便或尿液标本中均未检测到病毒RNA。呼吸道和粪便标本中病毒RNA阳性的比例逐渐增加，然后在大约患病第11天达到峰值。在发病前4天，鼻咽吸出物和咽拭子是最有效的标本，而在发病第5天后，粪便样本更有用。尽管从第16天开始，临床标本的检出率逐渐下降，但在患病30天后，仍可在一小部分患者的鼻咽、粪便和尿液样本中检测到病毒RNA (数字)．可供检测的唾液、气管内吸出物和痰标本数量较少(表3)．

由于临床最需要的是在发病的头5天内确诊SARS的实验室诊断，我们研究了在这段时间内从血清学确诊的SARS- cov感染患者的不同标本中获得的诊断率(表4)．在疾病的早期阶段，痰似乎是一个很好的临床标本，尽管检测的标本数量很少。鼻咽吸出物和咽拭子和鼻拭子似乎具有相当的敏感性(分别为30%和28%)，而粪便标本在发病前5天的作用较小(敏感性为20%)。唾液及气管内吸出物为备选样本(表3)，但由于缺乏在疾病早期收集的标本，我们无法评估它们的有效性。在第一个标本检测为阴性的患者中，有25人在发病的头5天内采集了第二次标本(任何类型)。25例中有3例呈阳性;第二个标本的额外诊断率约为12%(数据未显示)。

从RT-PCR病毒RNA阳性的临床标本中回顾性分离病毒(表5)．病毒从呼吸道比从粪便标本更容易分离。此外，病毒分离在发病的前2周是最成功的，在发病22天后通常为阴性，即使在这些标本中通过RT-PCR检测到病毒。

2003年4月，针对SARS- cov的第一代诊断检测试剂盒向护理在鉴别诊断中被认为是SARS的患者的临床医生提供。通常，新的实验室诊断检测方法在应用于常规临床实践之前要经过广泛的评估和验证。然而，在对SARS这种新疾病了解甚少的情况下，向临床医生提供第一代检测结果时，有一种理解，即检测未经过验证，必须谨慎解释结果。

RT-PCR方法的灵敏度持续改善(12)使得这些第一代诊断方法的灵敏度分析变得不那么相关。然而，这些结果提供了关于在不同疾病阶段检测病毒的最佳标本、病毒的组织嗜性和病毒排泄时间的有用信息。

用于制备病毒感染细胞涂片和病毒分离的SARS-CoV培养是在BSL3条件下进行的，但常规临床标本是在临床病毒学实验室在BSL2条件下进行的，之前进行了加强和加强的安全和良好实验室规范教育。鉴于在高峰期每天要处理多达250个标本进行RT-PCR检测和血清学检测，BSL3实验室无法应付工作量。实验室工作人员中没有人出现SARS症状，这表明用于血清学检测和RT-PCR的临床标本可以在BSL2水平的条件下安全处理。

临床标本中病毒RNA的检出率(SARS患者为60%，非SARS组为0.6%，对照组为0.3%)表明SARS冠状病毒与SARS临床综合征的相关性。在诊断SARS时，第一代RT-PCR检测病毒RNA的灵敏度低于血清学检测。相应的，417名临床诊断为SARS的患者中的92%和45名不相关对照的配对血清中没有一份血清转化为SARS- cov。然而，在被指定为“非SARS”类别的25名患者中，有2名患者的配对血清也是血清转换的。配对血清只能从“非SARS”组的少数患者(379名患者中的25名)中获得。在临床一线工作人员压力巨大的时候，几乎没有动力从被认为没有感染SARS的患者那里获取恢复期血清。这25名患者可能代表非sars患者中较大群体的一个有偏见的样本。这一论点得到了另一个事实的支持，即随后从这组“非SARS”患者中获得的47份恢复期血清未能显示出任何额外的SARS抗体。即使是“非SARS”类别的患者也有发热的呼吸道疾病，通常是肺炎;“非SARS”类别的两名患者中，有血清转换证据的一名患者有未诊断的肺炎疾病，而另一名患者有未诊断的发热性疾病，但肺部没有放射实变。 Overall, a clinical diagnosis of SARS is closely correlated with detection of viral RNA by RT-PCR and seroconversion supporting the etiologic association of SARS-CoV and SARS.

在严重急性呼吸系统综合症(SARS)爆发高峰期，在香港收集的2,400份献血者血清中，没有一份发现对该病毒有抗体的证据。这一发现表明，SARS-CoV感染在一般社区的传播是最小的，大多数感染与聚集性和医院暴发有关(13)．

在383例血清转换为SARS-CoV的患者的呼吸道、粪便和尿液标本中，RT-PCR对SARS-CoV的检出率显示，从发病到发病后大约第11天，病毒脱落逐渐增加。由于第一代RT-PCR检测灵敏度相对较低，这些结果反映了疾病期间不同临床部位病毒载量的增加。尽管这些数据是横断面的，但在之前的一项研究中，对发病后第5、10和15天收集的鼻咽标本进行了纵向随访;本研究结果还表明，病毒载量在发病第10天达到峰值(4)．这种病毒载量渐进式增加的情况在呼吸道病毒感染中是不常见的。大多数其他感染(如呼吸道合胞病毒、流感)在临床疾病发病时或发病后不久，呼吸道分泌物中的病毒滴度达到峰值，此后病毒滴度和实验室诊断产量逐渐下降(14)．临床标本中SARS-CoV检出率和病毒载量的这种“渐强”模式具有多种含义。这种模式解释了第一代诊断检测在发病前5天的敏感性较差，并强调了在疾病早期进行实验室诊断的挑战。这些结果还可能表明，与流感感染相比，先天免疫反应在控制SARS-CoV感染方面的有效性存在根本性差异。先天免疫机制是控制病毒复制的最早的宿主防御机制，在许多呼吸道病毒的情况下，这种机制在发病的最初几天内起作用，甚至在特定的适应性免疫反应被激活之前。SARS患者似乎不会出现这种反应，呼吸道病毒载量(4)只有在抗体反应出现时，即在发病后约第10天(4，5)．这一发现可能表明，SARS-CoV能够逃避宿主的先天反应，需要适应性免疫反应来控制感染。最后，发病第二周的病毒载量峰值预示着病毒更有可能在病程的后期传播。这一结果与流行病学的观察结果相符(15)．关于病毒载量的观察，医院经常使用类固醇治疗(16)是一种混杂因素，可能导致疾病后期病毒载量增加。

疾病期间不同样本的相对病毒检出率表明，呼吸道样本(鼻咽吸出物、咽拭子)在疾病的头4天更有用，而粪便样本在疾病后期更好。另一方面，尿液样本在疾病的任何阶段都是没有用的。产生性咳嗽在疾病早期并不常见，但在产生痰液的患者中，这种标本提供了较高的诊断率。因此，鼻咽吸出物、咽拭子和痰，如果有的话，在发病的前5天是最好的标本。

在粪便和尿液样本中检测到病毒，除呼吸道外，说明非典型肺炎并不局限于呼吸道。在一些患者中发现与使用抗菌药物无关的腹泻，这一发现支持了该疾病并非纯粹的呼吸道疾病的证据(4)．许多动物冠状病毒(如小鼠肝炎病毒和猫冠状病毒)对多个器官有趋向性(17)．在发病后数周内，通过RT-PCR可在呼吸道、胃肠道和尿道检测到病毒脱落，反映病毒在这些部位持续复制。然而，在患病第3周后，SARS-CoV无法轻易地从任何这些位点培养出来。在患病第3周后通过RT-PCR检测到的病毒RNA不太可能代表在没有持续病毒复制的情况下病毒RNA的持久性。病毒分离与RT-PCR之间的明显分离可能反映了黏膜抗体对病毒的中和作用，降低了病毒的传染性。这一观察结果也符合在患病第2周后感染明显没有传播的情况。病毒分离是回顾性进行的，这一事实可能影响了总体分离率。然而，SARS-CoV对冷冻和解冻似乎相对稳定，在4°C或-70°C冷冻的临床标本中可以稳定数周(K.H. Chan和J.S.M. Peiris, unpub。数据)。无论如何，这种偏差在疾病的早期和晚期都是一致的。

总之，SARS与新型SARS- cov在流行病学上密切相关。病毒从呼吸道脱落的不同寻常的情况可能解释这种疾病的一些观察到的传播模式，包括感染卫生保健工作者的倾向。