与一种新的冠状病毒肺炎爆发的可能的起源gydF4y2Ba

文摘gydF4y2Ba

因为严重急性呼吸系统综合症(SARS)的爆发18年前,大量困难的冠状病毒(SARSr-CoVs)被发现在他们的自然宿主主机,蝙蝠gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba2gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba。之前的研究表明,某些蝙蝠SARSr-CoVs有可能感染人类gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6克ydF4y2Ba,gydF4y2Ba7gydF4y2Ba。我们在这里报告识别和描述的一种新的冠状病毒(2019 - ncov),导致人类急性呼吸系统综合症的一种流行病在武汉,中国。流行,2019年12月12日开始,造成了2020年1月26日2794实验室确诊感染病例,包括80例死亡。完整的基因组序列从五个病人在早期获得的暴发。序列是几乎相同的,份额79.6%序列冠的身份。此外,我们表明,2019 - ncov 96%相同的蝙蝠冠状病毒全基因组水平。成对蛋白质七守恒的非结构性蛋白质域的序列分析表明,这种病毒属于SARSr-CoV的物种。此外,2019 - ncov病毒分离出支气管肺泡灌洗液的危重病人可以通过血清中和从几个病人。值得注意的是,我们确认2019 - ncov使用相同的细胞进入receptor-angiotensin转换酶2 (ACE2)——冠。gydF4y2Ba

主要gydF4y2Ba

冠状病毒造成两个大规模流行病在过去的二十年里,非典和中东呼吸系统综合症即gydF4y2Ba8gydF4y2Ba,gydF4y2Ba9gydF4y2Ba。人们普遍认为SARSr-CoV-which主要发现在bats-could导致未来的疾病暴发gydF4y2Ba10gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba。在这里,我们报告的一系列情况下造成的不明肺炎疾病暴发在武汉,湖北,中国中部。这种疾病暴发开始从当地海鲜市场已经大幅增长在中国感染2761人,与80人死亡,并导致33人的感染10个其他国家截至2020年1月26日gydF4y2Ba12gydF4y2Ba。典型的临床症状的患者发热、干咳、呼吸困难(呼吸困难),头痛和肺炎。疾病发作可能导致进行性呼吸衰竭由于肺泡损伤(如图像横向观察到胸部电脑断层摄影术),甚至死亡。疾病的决心是由于病毒诱导肺炎临床医生根据临床症状和其他标准,包括体温上升,减少淋巴细胞和白细胞的数量(尽管后者有时正常水平),新的胸片和肺浸润没有明显改进经抗生素治疗后三天。看来,最早期的病例联系历史与原来的海鲜市场;然而,这种疾病已经发展到在人与人之间传播。gydF4y2Ba

样本七重症肺炎患者(其中六是卖家或送货人海鲜市场),他们承认武汉金Yin-Tan医院的重症监护室的爆发,被送到实验室武汉病毒学研究所(WIV)致病病原体的诊断(扩展数据表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。实验室调查x和,我们第一次使用pan-CoV PCR引物来测试这些样品gydF4y2Ba13gydF4y2Ba爆发,因为发生在冬天,在一个市场环境与SARS感染。我们发现5个样品为x和pcr阳性。收集的一个示例(WIV04),支气管肺泡灌洗液(BALF),分析了通过宏基因组分析利用新一代测序识别潜在的病原学的代理。10038758年总读1582年总量的读取从人类基因组筛选后保留读取- 1378(87.1%)序列匹配的序列SARSr-CoV(无花果。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。新创组装和有针对性的PCR,我们获得一双29891 -基地- x基因共享79.6%序列身份冠BJ01(加入基因库AY278488.2数量)。重新映射获得的基因组覆盖率高总读这个基因组(扩展数据图。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。这个序列已经提交给GISAID (gydF4y2Bahttps://www.gisaid.org/gydF4y2Ba)(加入EPI_ISL_402124数量)。名字后,由世界卫生组织(世卫组织),我们暂时称之为新型冠状病毒2019 (2019 - ncov)。四个完整的基因组序列2019 - ncov (WIV02、WIV05 WIV06和WIV07) (GISAID加入数字epi_isl_402127 - 402130) 99.9%以上相同的彼此是后来获得从四个额外的病人使用下一代测序和PCR(扩展的数据表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

图1:2019 - ncov基因组特征。gydF4y2Ba
图1gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba宏基因组分析下一代测序ICU06 BALF的耐心。gydF4y2BabgydF4y2Ba基因组组织2019 - ncov WIV04。米,膜。gydF4y2BacgydF4y2Ba,相似情节完整的基因组序列的基础上2019 - ncov WIV04。完整的基因组序列冠BJ01,蝙蝠SARSr-CoV WIV1,蝙蝠冠状病毒RaTG13和ZC45作为参考序列。gydF4y2BadgydF4y2Ba种系发生树基于核苷酸序列完整的冠状病毒的基因组。MHV鼠肝炎病毒;PEDV、猪流行性腹泻病毒;TGEV,猪传染性胃肠炎病毒。的scale bars represent 0.1 substitutions per nucleotide position. Descriptions of the settings and software that was used are included in the方法gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

病毒基因组由六个主要个开放阅读框(orf)是常见的冠状病毒和其他一些附属基因(图。gydF4y2Ba1 bgydF4y2Ba)。进一步分析表明,一些2019 - ncov基因共享不到80%核苷酸序列的身份来冠。然而,七个守恒的复制酶的氨基酸序列域在ORF1ab用于浸物种分类相同的2019 - 94.4% ncov冠,这表明两种病毒属于同一个物种,SARSr-CoV。gydF4y2Ba

然后我们发现短地区依赖RNA的RNA聚合酶(RdRp)从蝙蝠冠状病毒(BatCoV RaTG13)——以前检测到gydF4y2BaRhinolophus亲近种gydF4y2Ba从云南province-showed高序列2019 - ncov身份。我们全身的测序进行RNA样本(GISAID加入EPI_ISL_402131数量)。Simplot分析表明,2019 - ncov高度相似的整个基因组RaTG13(无花果。gydF4y2Ba1 cgydF4y2Ba),96.2%的整个基因组序列的身份。使用一致的基因组序列2019 - ncov RaTG13,冠和之前报道的蝙蝠SARSr-CoVs,没有证据表明复合事件检测基因组的2019 - ncov。系统发育分析的完整基因组的基因序列gydF4y2BaRdRpgydF4y2Ba和gydF4y2Ba斯派克gydF4y2Ba(gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba)说,尽管sequences-RaTG13 2019 - ncov的最近的亲戚,他们形成了一个独特的血统来自其他SARSr-CoVs(无花果。gydF4y2Ba1 dgydF4y2Ba和扩展数据图。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。受体结合峰值蛋白质编码的gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba基因非常不同于其他浸(扩展数据图。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba),不到75%的核苷酸序列的身份SARSr-CoVs描述所有之前,除了93.1%的核苷酸身份RaTG13(扩展数据表gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。的gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba2019 - ncov基因和RaTG13超过其他SARSr-CoVs。主要的差异序列gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba2019 - ncov三个短基因插入的n端结构域以及改变的关键残基的四,五受体结合主题与冠(扩展数据图的顺序。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。是否插入2019年S蛋白的n端结构域——ncov授予唾液酸结合活动与MERS-CoV需要进一步研究。RaTG13系统发育关系密切的提供证据表明2019 - ncov可能起源于蝙蝠。gydF4y2Ba

我们迅速开发出一种qPCR-based检测方法的基础上的受体结合域的序列gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba基因,这是最可变区域的基因组(无花果。gydF4y2Ba1 cgydF4y2Ba)。我们的数据表明,该引物可以区分2019 - ncov与所有其他人类冠状病毒包括蝙蝠SARSr-CoV WIV1,股票95%身份与冠(扩展数据图。gydF4y2Ba4 a、bgydF4y2Ba)。从七获得患者的样本,我们发现六BALF和五个口腔拭子样本阳性2019 - ncov第一次采样,作为评估qPCR和常规PCR。然而,我们再也不能检测病毒呈阳性的样本在口腔拭子身上,肛门拭子,这些病人的血液样本在第二次抽样(图。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。然而,我们建议其他qPCR目标,包括gydF4y2BaRdRpgydF4y2Ba或gydF4y2Ba信封gydF4y2Ba(gydF4y2BaEgydF4y2Ba)基因是用于2019 - ncov的常规检测。这些研究结果的基础上,我们提出这种疾病可以通过空气传播,虽然我们不能排除其他可能的传播途径,为进一步的调查,包括更多的病人,是必需的。gydF4y2Ba

图2:分子和血清学调查的患者的样本。gydF4y2Ba
figure2gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba2019 - ncov、分子检测在7个病人。患者信息可以在扩展数据表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba2gydF4y2Ba。介绍了检测方法gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba。,肛门拭子;操作系统,口腔拭子。gydF4y2BabgydF4y2Ba2019 - ncov、动力学抗体水平在一个病人疾病显示出2019年12月23日(ICU-06)。OD比率,光密度在450 - 630海里。左边和右边gydF4y2BaygydF4y2Ba轴表示ELISA OD比率为IgM和免疫球蛋白,分别。gydF4y2BacgydF4y2Ba2019 - ncov抗体的血清学测试在5例(扩展的数据表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。星号表示从2020年1月10日病人ICU-06收集的数据。gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BacgydF4y2Ba,截止到0.2 0.3为IgM分析和免疫球蛋白的分析,根据健康对照组的水平。gydF4y2Ba

2019 - ncov血清学检测,我们使用之前开发的核衣壳蛋白(N)从蝙蝠SARSr-CoV Rp3作为抗原免疫球蛋白和IgM酶联免疫吸附试验(elisa),这种蛋白质共享92%氨基酸2019 - ncov身份到N蛋白(扩展数据图。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba对其他人类冠状病毒)和没有大SARSr-CoV除外gydF4y2Ba7gydF4y2Ba。我们只能获得5从七个病毒感染患者血清样本。我们监控病毒抗体水平在一个病人(ICU-06) 7、8、9和18天后发病疾病(扩展数据表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。一个明确的趋势是观察免疫球蛋白和IgM滴定度,随着时间的增加,除了IgM滴定度下降在最后一个示例(图。gydF4y2Ba2 bgydF4y2Ba)。作为第二分析,我们测试了样品的5 7病毒呈阳性的患者在发病后20天身上的病毒抗体(扩展数据表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。所有病人samples-but不健康的人强阳性样本病毒免疫球蛋白(无花果。gydF4y2Ba2 bgydF4y2Ba)。还有三个igm阳性样本,表明急性感染。gydF4y2Ba

我们下一个成功分离出的病毒(称为2019 - ncov BetaCoV /武汉/ WIV04/2019)维罗E6和Huh7细胞使用BALF的病人ICU-06样本。明确致细胞病变的效果观察细胞孵化后三天(扩展数据图。gydF4y2Ba6 a、bgydF4y2Ba)。应变WIV04的身份验证了州立E6细胞免疫荧光显微镜使用病毒N可交叉反应的抗体(扩展数据图。gydF4y2Ba6 c, dgydF4y2Ba)宏基因组测序,其中大部分读取映射到2019 - ncov和qPCR分析表明,病毒载量增加从第一天到第三天(扩展数据图。gydF4y2Ba6 e, fgydF4y2Ba)。被感染细胞的病毒颗粒在超薄的部分显示一个典型的冠状病毒形态、可视化的电子显微镜(扩展数据图。gydF4y2Ba6克gydF4y2Ba)。进一步确认病毒的中和活动IgG-positive样本,我们进行了血清中和化验州立E6细胞使用五IgG-positive病人血清。我们证明所有样本能够中和100 TCIDgydF4y2Ba50gydF4y2Batissue-culture-infective剂量(50%)2019 - ncov 1:40-1:80的稀释。我们还表明,这种病毒可以通过马cross-neutralized anti-SARS-CoV血清(L.-F送给她的礼物。40王)稀释;然而,潜在的大冠需要确认与人类anti-SARS-CoV血清抗体(扩展数据表gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

ACE2是冠状的细胞受体gydF4y2Ba14gydF4y2Ba。确定2019 - ncov还使用ACE2作为受体细胞条目,我们进行病毒传染性研究使用海拉细胞表达或不表达ACE2蛋白质从人类,中国马蹄蝙蝠、果子狸、猪和老鼠。我们表明,2019 - ncov能够使用所有ACE2蛋白质,除了鼠标ACE2,作为一个入口进入ACE2-expressing受体细胞,但不是细胞不表达ACE2,表明ACE2可能是细胞受体(图2019 - ncov进入细胞。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。我们还表明,2019 - ncov不使用其他冠状病毒受体,如氨基肽酶N (APN)和dipeptidyl肽酶4 (DPP4)(扩展数据图。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

图3:2019 - ncov受体分析使用。gydF4y2Ba
图3gydF4y2Ba

测定病毒传染性海拉细胞表达或不表达ACE2 (untransfected)。ACE2的表达质粒和S标签使用鼠标anti-S标记单克隆抗体检测。人类ACE2 hACE2,;bACE2 ACE2的gydF4y2BaRhinolophus sinicusgydF4y2Ba(蝙蝠);cACE2麝ACE2;sACE2,猪ACE2(猪);ACE2 mACE2,老鼠。绿色,ACE2;红色,病毒蛋白(N);蓝色,DAPI(核)。规模的酒吧、10μm。gydF4y2Ba

这项研究提供了一个详细的报告2019 - ncov可能病原学的代理负责持续流行的急性呼吸系统综合症在中国和其他国家。特异性nucleotide-positive和病毒蛋白血清转化在所有的病人测试,并提供证据相关联的疾病和病毒的存在。然而,仍有许多紧急的问题仍有待回答。2019 - ncov和疾病之间的联系还没有被验证通过动物实验来完成科赫法则建立微生物与疾病之间的因果关系。我们还不知道这种病毒的传播程序主机。似乎越来越在人类间传播的病毒。我们应该密切关注该病毒是否继续发展变得更加致命。由于缺乏特定的治疗方法和考虑到2019年的亲缘ncov冠,一些药物和临床前疫苗冠可能用于治疗这种病毒。最后,考虑到广泛的SARSr-CoV天然水库,未来的研究应集中在积极监测这些病毒的更广泛的地理区域。从长远来看,广谱抗病毒药物和疫苗应该准备新发传染病是由这群病毒在未来。 Most importantly, strict regulations against the domestication and consumption of wildlife should be implemented.

注意添加在证明:gydF4y2Ba由于本文是接受,SARS-CoV-2 ICTV指定了病毒gydF4y2Ba15gydF4y2Ba;此外,世卫组织发布了官方的名字由病毒引起的疾病,这是COVID-19gydF4y2Ba16gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

方法gydF4y2Ba

数据报告gydF4y2Ba

没有统计方法被用来预先确定样本容量。实验并不随机,调查人员没有被分配在实验和结果评估。gydF4y2Ba

样品收集gydF4y2Ba

人的样本,包括口腔拭子、肛拭子,血液和BALF Jinyintan收集的样本医院(武汉,中国)所有病人的同意和批准的指定医院的伦理委员会新兴传染病。患者样本没有性别或年龄偏好,除非表示。棉签、1.5毫升DMEM含有2%的边后卫被添加到每个管。离心后的上层清液收集在2500 rpm,涡流的60年代和站内15 - 30分钟。上层清液拭子或BALF(没有预处理)加入裂解缓冲RNA提取或病毒传输介质隔离病毒的。病毒传输介质是由汉克的平衡盐溶液(pH值7.4)包含BSA(1%)、两性霉素(15μg毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)、青霉素G(100毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)和链霉素(μg 50毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)。血清在3000年被离心分离gydF4y2BaggydF4y2Ba15分钟的24小时内收集,紧随其后的是失活在56°C 1 h,然后被储存在4°C到使用。gydF4y2Ba

病毒分离、细胞感染,电子显微镜和中和试验gydF4y2Ba

以下细胞系被用于病毒隔离在这个研究:维罗E6和Huh7细胞在DMEM培养包含10%的边后卫。细胞系都免费测试和支原体污染,提交的物种鉴定和认证由显微镜形态学评价。所有的细胞系是常见的名单上被误认为细胞系(通过ICLAC)。gydF4y2Ba

单层培养细胞保存在各自的媒介。pcr阳性的BALF样本ICU-06病人是在8000年gydF4y2BaggydF4y2Ba15分钟,过滤和稀释1:2 DMEM补充16μg毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba胰蛋白酶之前添加到细胞中。孵化后37°C 1 h,培养液是删除了,取而代之的是新鲜培养基含有抗生素(见下文)和16μg毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba胰蛋白酶。细胞被孵化的37°C和观察每天致细胞病变的效果。存在的文化上层清液检查中存在病毒的方法在本研究中,开发和细胞被免疫荧光显微镜检查使用anti-SARSr-CoV Rp3 N抗体生成内部(1:1,000)。青霉素(100毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)和链霉素(15μg毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba)包含在所有的组织培养媒体。gydF4y2Ba

维罗E6细胞被感染的新病毒感染复数(MOI) 0.5和收集48 h后感染。细胞被固定为2.5% (w / v)戊二醛和1%的四氧化锇,通过一系列分级脱水乙醇浓度(30 - 100%)和嵌入环氧树脂。超薄部分嵌入式细胞准备(80海里),放置在Formvar-coated铜网格(200网),染色与醋酸双氧铀及柠檬酸铅,并分析了使用200 kv Tecnai G2电子显微镜。gydF4y2Ba

病毒中和试验是在一个96孔板。病人血清样本的孵化heat-inactivated 56°C 1 h之前使用。血清样本稀释1:10,1:20,40或接触,然后同等体积的病毒增加了股票和孵化37°C 60分钟5%的股份有限公司gydF4y2Ba2gydF4y2Ba孵化器。马anti-SARS-CoV血清稀释或从健康人血清样本被用作控制。孵化后,100μl混合物被接种到单层维罗E6细胞的96孔板1 h。每个血清评估一式三份。移除上层清液后,板与DMEM培养基洗两次。细胞培养与DMEM补充2%的边后卫3天。随后,这些细胞被检查致细胞病变的影响。gydF4y2Ba

RNA提取和聚合酶链反应gydF4y2Ba

每当使用商业套装,制造商的指示之后没有修改。RNA提取样本的从200年μl高纯病毒RNA工具包(罗氏)。RNA被筛选了50μl洗脱缓冲和用作rt - pcr模板。gydF4y2Ba

qPCR分析,引物的基础上gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba2019 - ncov基因设计:RBD-qF1, 5′-CAATGGTTTAACAGGCACAGG-3′;RBD-qR1 5′-CTCAAGTGTCTGTGGATCACG-3′。RNA提取如上所述用于qPCR使用HiScript II一步存在SYBR绿色装备(Vazyme生物技术)。常规pcr也使用以下引物配对:执行nd - x - 951 f, 5′-TGTKAGRTTYCCTAAYATTAC-3′;nd - x - 1805 r, 5′-ACATCYTGATANARAACAGC-3′。的20-μl qPCR反应混合包含10μl 2×SYBR绿色混合,一步一步1μl SYBR绿色混合酶,0.4μl 50×火箭参考染料1,每个引物0.4μl(10μM)和2μl RNA模板。放大进行如下:50°C 3分钟,95°C 30年代紧随其后40周期组成的95°C 10年代和60°C 30年代,和一个默认融化曲线一步ABI 7500实时PCR仪。gydF4y2Ba

血清学试验gydF4y2Ba

内部anti-SARSr-CoV IgG、IgM ELISA试剂盒开发使用SARSr-CoV Rp3 N蛋白作为抗原,共享逾90%氨基酸SARSr-CoVs身份gydF4y2Ba2gydF4y2Ba。免疫球蛋白分析,MaxiSorp Nunc-immuno 96 - ELISA板涂层(100 ng /)隔夜了重组N蛋白。人类血清的稀释1:20用于1 h在37°C。了反免疫球蛋白HRP-conjugated单克隆抗体(Kyab生物技术)在1:40,000稀释使用。OD值(450 - 630 nm)计算。为IgM分析,MaxiSorp Nunc-immuno 96 - ELISA板涂层(500 ng /)一夜之间有反IgM(μ链)。人类血清使用在1:10 0稀释了40分钟37°C,接着是孵化anti-Rp3 N HRP-conjugated抗体(Kyab生物技术)1:4,000的稀释。OD值(450 - 630 nm)计算。gydF4y2Ba

检查2019 - ncov ACE2受体的感染gydF4y2Ba

海拉细胞是暂时性ACE2表达准备使用Lipofectamine 3000(热费希尔科学)96孔板;mock-transfected细胞被用作控制。2019 - ncov维罗E6细胞生长在被用于感染的莫伊0.5。比例导引和DPP4以同样的方式进行分析。接种物被吸收后1 h和洗两次PBS和补充中。在感染后24小时,细胞被洗的PBS和固定的4%甲醛在PBS (pH值7.4)在室温下20分钟。ACE2表达检测使用鼠标anti-S标记单克隆抗体和FITC-labelled山羊anti-mouse免疫球蛋白g h和l (Abcam ab96879)。检测到病毒复制使用一只兔子抗体Rp3 N蛋白(内部生成,1:1,000)和Cy3-conjugated山羊anti-rabbit免疫球蛋白g (1∶Abcam ab6939)。核与DAPI染色(Beyotime)。染色模式使用共焦显微镜检查FV1200显微镜(奥林巴斯)。gydF4y2Ba

高通量测序,病原体基因组筛选和组装gydF4y2Ba

样品从患者BALF或病毒文化的上层清液用于RNA提取和下一代测序(上天)使用BGI MGISEQ2000和Illumina公司MiSeq 3000测序仪。宏基因组分析主要是基于生物信息学平台MGmapper (PE_2.24和SE_2.24)。原始挥动读取第一次处理Cutadapt (v.1.18)读的最短长度为30个碱基对。BWA (v.0.7.12-r1039)被用来使读取到一个本地数据库与一个过滤器撞击参数0.8 FMM((匹配+不匹配)/读取长度≥分数)值和最小对齐30分。后处理分配读取的参数设置为最小大小归一化大量的0.01,最低阅读数到20,否则将默认参数。本地核酸数据库对人类和哺乳动物被用来过滤读取主机映射读取前病毒基因组数据库。宏基因组分析的结果都显示为饼图使用微软Office 2010。总会在读取使用Geneious组装到基因组(v.11.0.3)和热卖(v.1.2.9)。PCR和桑格基因组测序进行填补。5′迅速放大的cDNA结束(种族)进行确定基因的5′端使用智能竞赛5′和3′工具包(豆类)。 Genomes were annotated using the Clone Manager Professional Suite 8 (Sci-Ed Software).

系统发育分析gydF4y2Ba

常规使用DNAStar序列进行管理和分析。完整基因组序列的序列比对是使用MAFFT执行(v.7.307)默认参数。完整的年代和RdRp基因的密码子比对序列被PAL2NAL转换从相应的蛋白质比对(v.14);蛋白质比对是由Clustalω(v.1.2.4)使用默认参数。最大似然使用RAxML生成系统发育树(v.0.9.0)关于GTR + G替代模型和1000引导程序复制。gydF4y2Ba

报告总结gydF4y2Ba

进一步研究信息设计是可用的gydF4y2Ba自然研究报告摘要gydF4y2Ba与本文有关。gydF4y2Ba

数据可用性gydF4y2Ba

序列数据支持这项研究的结果已经存入GISAID (gydF4y2Bahttps://www.gisaid.org/gydF4y2Ba),加入数字EPI_ISL_402124 EPI_ISL_402127-EPI_ISL_402130 EPI_ISL_402131;用加入数字基因库gydF4y2BaMN996527gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaMN996532gydF4y2Ba;国家基因组数据中心,中国科学院北京基因组研究所(gydF4y2Bahttps://bigd.big.ac.cn/databases?lang=engydF4y2Ba),加入数字SAMC133236-SAMC133240和SAMC133252。gydF4y2Ba

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    广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

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下载参考gydF4y2Ba

确认gydF4y2Ba

我们感谢张平和a . Du WIV核心设施中心帮助产生透射电子显微镜显微图;H.-Z。刘和p . Yu WIV进行生物信息学分析。这项工作是共同支持的战略重点研究项目的中国科学院(CAS) (XDB29010101 Z.-L.S. XDB29010104 P.Z.),中国自然科学基金优秀的学者(81822028 P.Z.,31770175 to Z.-L.S. and 31800142 to B.H.), Mega-Project for Infectious Disease from Minister of Science and Technology of the People’s Republic of China (2018ZX10305409-004-001 to P.Z.), Youth innovation promotion association of CAS (2019328 to X.-L.Y.).

作者信息gydF4y2Ba

从属关系gydF4y2Ba

作者gydF4y2Ba

贡献gydF4y2Ba

Z.-L.S。,P.Z.,Y.-Y.W. and G.-F.X. conceived the study. X.-G.W., C.-L.H., H.-D.C., F.D., Q.-J.C., F.-X.Z. and L.-L.L. collected patient samples. X.-L.Y., B.Y., W.Z., B.L., J.C., X.-S.Z., Y.L., H.G., R.-D.J., M.-Q.L., Y.C., X.W., X.-R.S. and K.Z. performed qPCR, serology and virus culturing experiments. L.Z., Y.Z., H.-R.S. and B.H. performed genome sequencing and annotations.

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2BaZheng-Li史gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

道德声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者宣称没有利益冲突。gydF4y2Ba

额外的信息gydF4y2Ba

出版商的注意gydF4y2Ba施普林格自然保持中立在发表关于司法主权地图和所属机构。gydF4y2Ba

扩展数据数据和表gydF4y2Ba

扩展数据图1挥动原始读取样品WIV04映射到2019 - ncov序列。gydF4y2Ba

的gydF4y2BaxgydF4y2Ba轴表示基因组核苷酸位置和gydF4y2BaygydF4y2Ba轴代表的阅读深度映射。gydF4y2Ba

扩展数据图2基于完整的系统发育树和RdRp冠状病毒的基因序列。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,gydF4y2BabgydF4y2Ba系统发育树的基础上的基因序列gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba),gydF4y2BaRdRpgydF4y2Ba(gydF4y2BabgydF4y2Ba)所示。2019 - ncov和蝙蝠浸RaTG13大胆和红色所示。使用最大似然树构造方法使用GTR + G替换模型引导值由1000复制。接连的值超过50%。gydF4y2Ba

扩展数据图3 S1蛋白的氨基酸序列比对2019 - ncov冠和选定的蝙蝠SARSr-CoVs。gydF4y2Ba

冠的受体结合主题和其他冠状病毒的同源区域用红色框表示。关键氨基酸残基参与的互动与人类ACE2的顶部对齐序列编号。短的n端结构域插入2019 - ncov蓝色框所示。蝙蝠浸RaTG13获得gydF4y2Bar .亲近种gydF4y2Ba发现,云南。蝙蝠浸ZC45获得gydF4y2Bar . sinicusgydF4y2Ba发现,浙江省。gydF4y2Ba

扩展数据图4 2019 - ncov分子检测方法用于检测。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,标准曲线qPCR引物。PCR的产物gydF4y2Ba年代gydF4y2Ba基因序列稀释在10的范围gydF4y2Ba8gydF4y2Ba到10gydF4y2Ba1gydF4y2Ba(从左到右行)被用作模板。引物序列和实验条件中描述gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba。gydF4y2BabgydF4y2Ba,qPCR引物的特异性。核苷酸样本表明病原体。gydF4y2Ba

扩展数据图5核衣壳蛋白的氨基酸序列比对2019 - ncov蝙蝠SARSr-CoV Rp3和冠BJ01。gydF4y2Ba

蝙蝠SARSr-CoV Rp3获得gydF4y2Bar . sinicusgydF4y2Ba,这是在广西省。gydF4y2Ba

扩展数据图6 2019 - ncov隔离和抗原特性。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,gydF4y2BabgydF4y2Ba,维罗E6细胞在感染后24 h模拟病毒(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)或2019 - ncov (gydF4y2BabgydF4y2Ba)。gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BadgydF4y2BaMock-virus-infected (gydF4y2BacgydF4y2Ba)或2019 - ncov感染(gydF4y2BadgydF4y2Ba)与兔血清样本染色提出反对重组SARSr-CoV Rp3 N蛋白(红色)和DAPI(蓝色)。实验进行了两次独立得到了类似的结果。gydF4y2BaegydF4y2Ba,读取的数量的比例与2019 - ncov病毒相关的总数中读入宏基因组分析上层清液从州立E6细胞培养。gydF4y2BafgydF4y2Ba维罗E6细胞、病毒的增长。gydF4y2BaggydF4y2Ba病毒颗粒在超薄部分使用电子显微镜成像在200千伏。维罗E6的样本病毒感染细胞。插图显示了病毒颗粒intra-cytosolic液泡。gydF4y2Ba

扩展数据图7 2019 - ncov受体分析使用。gydF4y2Ba

确定病毒传染性海拉细胞有或没有人类的比例导引和DPP4的表达。ACE2的表达、比例导引和DPP4质粒和S标签使用鼠标anti-S标记单克隆抗体检测。ACE2,比例导引和DPP4蛋白质(绿色),病毒蛋白(红色)和原子核(蓝色)。规模的酒吧、10μm。gydF4y2Ba

扩展数据表1患者信息和诊断的历史gydF4y2Ba
扩展数据表2实验室结果gydF4y2Ba
扩展数据表3基因组的比较2019 - ncov WIV04冠和蝙蝠SARSr-CoVsgydF4y2Ba
扩展数据表4病毒中和试验血清样本gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

权利和权限gydF4y2Ba

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周,P。,Yang, X., Wang, X.et al。gydF4y2Ba与一种新的冠状病毒肺炎爆发的可能的起源。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba579年,gydF4y2Ba270 - 273 (2020)。https://doi.org/10.1038/s41586 - 020 - 2012 - 7gydF4y2Ba

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