对于具有广泛患者覆盖度定量循环肿瘤DNA超灵敏方法

自然医学体积20.，页面548-554（2014）引用这篇文章

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循环肿瘤DNA（小牛胸腺DNA）是用于癌症负担无创性评估一个有前途的生物标志物，但现有的叶绿体DNA的检测方法具有灵敏度不足，或患者覆盖度为广泛的临床适用性。在这里，我们介绍癌症个性化的深度测序（CAPP-SEQ）分析，量化叶绿体DNA的经济和超灵敏方法。我们实施CAPP-SEQ对于非小细胞肺癌（NSCLC）与设计覆盖该鉴定的突变在多个类的体细胞改变的>肿瘤的95％。我们检测叶绿体DNA在100％的患者具有II-IV期非小细胞肺癌和在患有I期的50％，用96％的特异性的突变等位基因的级分下降到*0.02%。ctDNA水平与肿瘤体积高度相关，并区分了残留疾病和治疗相关的影像学改变，测量ctDNA水平可以比放射学方法更早地评估反应。最后，我们评估了CAPP-Seq的无组织肿瘤筛选和基因分型。我们设想CAPP-Seq可以常规应用于临床，检测和监测多种恶性肿瘤，从而促进个性化的癌症治疗。

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图1：CAPP-Seq的发展。
图2：分析的性能。
图3：敏感性和特异性分析。
图4：无创检测和监测的叶绿体DNA。

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下载参考

致谢

我们感谢S.地震和他的实验室的建议和N.纳夫技术援助的成员。This work was supported by the US Department of Defense (M.D., A.A.A., A.M.N.), the US National Institutes of Health Director's New Innovator Award Program (M.D.; 1-DP2-CA186569), the Ludwig Institute for Cancer Research (M.D., A.A.A.), the Radiological Society of North America (S.V.B.; #RR1221), an Association of American Cancer Institutes Translational Cancer Research Fellowship (S.V.B.) and a grant from both the Siebel Stem Cell Institute and the Thomas and Stacey Siebel Foundation (A.M.N.). A.A.A. and M.D. are supported by Doris Duke Clinical Scientist Development Awards.

作者信息

笔者注意到

  1. 亚伦中号纽曼和Scott诉布拉特曼：这些作者同等贡献这项工作。

从属关系

  1. 干细胞生物学和再生医学研究所，斯坦福大学，斯坦福，加利福尼亚，美国
    • 艾伦中号纽曼
    • ，Scott诉布拉特曼
    • ，致刘龙
    • ，阿什阿利扎德
    • ＆马克西米利Diehn
  2. 肿瘤学，医学系，斯坦福大学癌症研究所，斯坦福大学，斯坦福大学，美国加利福尼亚州的科
    • 艾伦中号纽曼
    • ，致刘龙
    • ——乔尔·W·尼尔
    • ， Heather A Wakelee
    • 和阿什阿利扎德
  3. 美国加州斯坦福大学放射肿瘤科
    • Scott诉布拉特曼
    • 杰奎琳要
    • 雅各˚F怀恩
    • 内维尔和艾克洛夫
    • 莱斯利一个莫德林
    • ，沙比利W卢JR
    • ＆马克西米利Diehn
  4. 胸外科事业部，胸心外科，医学，斯坦福大学，斯坦福大学，美国加利福尼亚州斯坦福学院
    • 罗伯特E梅里特
    • 约瑟夫·B·施雷格
  5. 血液科，医学系，斯坦福大学癌症研究所，斯坦福大学，斯坦福大学，美国加利福尼亚州的科
    • 灰分阿里扎德
  6. 斯坦福大学癌症研究所，斯坦福大学，斯坦福大学，美国加利福尼亚州
    • 马克西米利安Diehn
作者
  1. 艾伦中号纽曼
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  2. Scott诉布拉特曼
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  3. 杰奎琳,
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  4. 雅各布˚F怀恩
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  5. 内维尔和艾克洛夫
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  6. 莱斯利一个Modlin
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  7. 芷刘龙
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  8. 乔尔·W ^尼尔
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  9. 希瑟一个Wakelee
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  10. 罗伯特E梅里特
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  11. 约瑟夫·B Shrager
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  12. 小比利·W·卢
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  13. 灰分阿里扎德
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  14. 马克西米利安Diehn
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捐款

A.M.N.，S.V.B.，A.A.A.和医学博士开发的概念，设计了实验，分析数据和撰写文章。S.V.B.进行分子生物学实验，和A.M.N.进行生物信息学分析。C.L.L.帮助开发分析管道软件。S.V.B.，J.T.，J.F.W.，N.C.W.E.，L.A.M.，J.W.N.，H.A.W.，R.E.M.，J.B.S.，B.W.L.Jr.和医学博士提供的患者标本。A.A.A. and M.D. contributed equally as senior authors. All authors commented on the manuscript at all stages.

通讯作者

通讯作者灰分阿里扎德或马克西米利安Diehn。

道德声明

利益争夺

作者声明没有相互竞争的经济利益。

补充信息

补充文字及图表

补充图1-8及补充方法(PDF 2806kb)

补充表1

NSCLC选择器设计与坐标(xlsx115kb)

补充表2

NGS文库的质量控制指标（XLSX 69 KB）

补充表3

患者在这项研究中和体细胞变体临床病史发现了CAPP-SEQ（XLSX 31 KB）

补充表4

从患者的血浆DNA体细胞变体的检测与NSCLC（XLSX 78 KB）

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关于这篇文章

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纽曼，A.，布拉特曼，S.，要，J.等。一种高灵敏度定量循环肿瘤DNA的方法。纳特医学20.548 - 554 (2014)。https://doi.org/10.1038/nm.3519

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