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全球同步扫描内部现代禽流感病毒的基因gydF4y2Ba

自然gydF4y2Ba体积gydF4y2Ba508年gydF4y2Ba,gydF4y2Ba页面gydF4y2Ba254 - 257 (gydF4y2Ba2014年gydF4y2Ba)gydF4y2Ba引用这篇文章gydF4y2Ba

主题gydF4y2Ba

文摘gydF4y2Ba

人畜共患传染病如流感继续对人类健康构成严重威胁gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。然而,调解的因素出现的RNA病毒如流感病毒(IAV)仍不完全清楚gydF4y2Ba2gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。系统发育推断重建至关重要起源和跟踪内IAV和主机之间的流动gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba,gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,gydF4y2Ba8gydF4y2Ba。在这里,我们表明,显式地允许IAV主机血统有独立的分子进化率是必要的可靠的系统发育推断IAV的方法,不这样做,包括“放松”分子钟模型gydF4y2Ba9gydF4y2Ba,可以积极误导。phylogenomic分析使用一个特定于主机的本地时钟模型复苏极其一致的所有基因组进化的历史片段,表明马H7N7血统是妹妹进化枝从鸟类的压力以及来自人类、猪和马H3N8 lineage-sharing与他们的祖先在1800年代中期到后期。此外,西方主要和东半球禽流感血统推断每个基因合并在1800年代末。这些的发展史的基础上,这些关键节点的同步,我们推断出禽流感病毒(AIV)的内部基因进行了全球选择性扫描从1800年代末开始,这一过程持续整个二十世纪,至今。由此产生的西半球AIV血统随后贡献了大部分的1918年大流感病毒的基因片段,独立,1963年的马H3N8动物共患病血统。这种方法提供了一个清晰的分辨率IAV的进化模式和流程,包括病毒基因和基因组之间的内部和主机血统。gydF4y2Ba

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图1:不同的时钟模型模拟数据的性能。gydF4y2Ba
图2:寄主专一性的本地时钟模型结果。gydF4y2Ba
图3:gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba,gydF4y2BaNAgydF4y2Ba和内部的基因多样性。gydF4y2Ba

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序列/马/底特律/ 3/1964 (H7N7) /鸡/日本/ 1925 (H7N7)和马尼托巴/帆布/ / 1953 (H10N7)存入基因库数据库下加入数字gydF4y2BaKF435047gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaKF435062gydF4y2Ba和gydF4y2BaKF619244gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaKF619250gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

引用gydF4y2Ba

  1. 1gydF4y2Ba

    Morens, d . M。,Folkers, G. K. & Fauci, A. S. The challenge of emerging and re-emerging infectious diseases.自然gydF4y2Ba430年gydF4y2Ba242 - 249 (2004)gydF4y2Ba

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  2. 2gydF4y2Ba

    帕里什,c . r . et al .病毒跨物种传播和新出现的传染病。gydF4y2BaMicrobiol。摩尔。杂志。牧师。gydF4y2Ba72年gydF4y2Ba457 - 470 (2008)gydF4y2Ba

    PubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  3. 3gydF4y2Ba

    福尔摩斯,e . C。gydF4y2BaRNA病毒的进化和出现gydF4y2Ba(牛津大学出版社,2009年)gydF4y2Ba

    谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  4. 4gydF4y2Ba

    韦伯斯特,r G。豆,w·J。,Gorman, O. T., Chambers, T. M. & Kawaoka, Y. Evolution and ecology of influenza A viruses.Microbiol。牧师。gydF4y2Ba56gydF4y2Ba152 - 179 (1992)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  5. 5gydF4y2Ba

    惠誉,w . M。,Bush, R. M., Bender, C. A. & Cox, N. J. Long term trends in the evolution of H(3) HA1 human influenza type A.Proc。《科学。美国gydF4y2Ba94年gydF4y2Ba7712 - 7718 (1997)gydF4y2Ba

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  6. 6gydF4y2Ba

    兰姆伯特,A . et al。人类流感病毒的基因组和流行病学动态。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba453年gydF4y2Ba615 - 619 (2008)gydF4y2Ba

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  7. 7gydF4y2Ba

    杜根,v . g . et al .进化遗传学和出现的禽流感病毒在野生鸟类。gydF4y2Ba公共科学图书馆Pathog。gydF4y2Ba4gydF4y2Bae1000076 (2008)gydF4y2Ba

    PubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  8. 8gydF4y2Ba

    陈,r &福尔摩斯,e·c·搭便车和禽流感病毒的基因结构。gydF4y2Baj·摩尔。另一个星球。gydF4y2Ba70年gydF4y2Ba98 - 105 (2010)gydF4y2Ba

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  9. 9gydF4y2Ba

    德拉蒙德,a·J。Ho,郑胜耀W。,Ph我ll我ps, M. J. & Rambaut, A. Relaxed phylogenetics and dating with confidence.公共科学图书馆杂志。gydF4y2Ba4gydF4y2Bae88 (2006)gydF4y2Ba

    PubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  10. 10gydF4y2Ba

    Sovinova, O。,Tumova B。,Poutska, F. & Nemec, J. Isolation of a virus causing respiratory disease in horses.《微生物学报。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba52 - 61 (1958)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  11. 11gydF4y2Ba

    Morens, d . m . &陶本伯杰,j·k·历史思想对流感病毒的生态系统,或哪一个苍白的马,死狗,失败的家禽,和生病的猪。gydF4y2Ba其他和流感。病毒gydF4y2Ba4gydF4y2Ba327 - 337 (2010)gydF4y2Ba

    PubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  12. 12gydF4y2Ba

    贾德森,a, b .历史和家畜流行病的马在1872年至73年在北美大陆。gydF4y2Ba出版。健康Pap。代表。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba88 - 109 (1873)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  13. 13gydF4y2Ba

    Morens, d . m . &陶本伯杰,j·k·1872年禽流感疫情与动物共患病马流感:早期高致病性禽流感的例子吗?gydF4y2Ba其他和流感。病毒gydF4y2Ba4gydF4y2Ba373 - 377 (2010)gydF4y2Ba

    PubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  14. 14gydF4y2Ba

    Rabadan, R。,Levine, A. J. & Robins, H. Comparison of avian and human influenza A viruses reveals a mutational bias on the viral genomes.j .性研究。gydF4y2Ba80年gydF4y2Ba11887 - 11891 (2006)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  15. 15gydF4y2Ba

    Perroncito,大肠Epizoozia tifoide nei gallinacei。gydF4y2BaAnnli Reale Accad。阿格利司。都灵gydF4y2Ba21gydF4y2Ba87 - 126 (1878)gydF4y2Ba

    谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  16. 16gydF4y2Ba

    Kaleta e . f . & Rulke c·p·agydF4y2Ba禽流感gydF4y2Ba(ed Swayne, d . e .)145 - 189(布莱克威尔,2008)gydF4y2Ba

    谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  17. 17gydF4y2Ba

    史密斯,g . j . d . et al .约会大流行性流感病毒的出现。gydF4y2BaProc。《科学。美国gydF4y2Ba106年gydF4y2Ba11709 - 11712 (2009)gydF4y2Ba

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  18. 18gydF4y2Ba

    ,生物学家史高顿·r·g . &斯蒂尔,j . h .美国家畜流行病的马流感,1963:流行病学。gydF4y2Ba公共卫生代表。gydF4y2Ba79年gydF4y2Ba393 - 398 (1964)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  19. 19gydF4y2Ba

    特雷纳说道,J·J。,年代nyder, M. H., London, W. T. & Murphy, B. R. The B allele of the NS gene of avian influenza viruses, but not the A allele, attenuates a human influenza A virus for squirrel monkeys.病毒学gydF4y2Ba171年gydF4y2Ba1 - 9 (1989)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2Ba文章gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  20. 20.gydF4y2Ba

    巴顿:h .遗传搭车。gydF4y2Ba菲尔。反式。r . Soc。Lond。BgydF4y2Ba355年gydF4y2Ba1553 - 1562 (2000)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  21. 21gydF4y2Ba

    通,s等。不同的血统来自蝙蝠的甲型流感病毒。gydF4y2BaProc。《科学。美国gydF4y2Ba109年gydF4y2Ba4269 - 4274 (2012)gydF4y2Ba

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  22. 22gydF4y2Ba

    通,et al。新的世界蝙蝠港口多元化的A型流感病毒。gydF4y2Ba公共科学图书馆Pathog。gydF4y2Ba9gydF4y2Bae1003657 (2013)gydF4y2Ba

    PubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  23. 23gydF4y2Ba

    德拉蒙德,a·J。,年代uchard, M. A., Xie, D. & Rambaut, A. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7.摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba29日gydF4y2Ba1969 - 1973 (2012)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  24. 24gydF4y2Ba

    长谷川,M。,Kishino, H. & Yano, T. Estimation of branching dates among primates by molecular clocks of nuclear DNA which slowed down in Hominoidea.j .的嗡嗡声。另一个星球。gydF4y2Ba18gydF4y2Ba461 - 476 (1989)gydF4y2Ba

    谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  25. 25gydF4y2Ba

    兰姆伯特,a & Bromham l .估计差异可以追溯到分子序列。gydF4y2Ba摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba15gydF4y2Ba442 - 448 (1998)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  26. 26gydF4y2Ba

    约公元&杨z,估计灵长类物种形成日期使用本地分子时钟。gydF4y2Ba摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba1081 - 1090 (2000)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  27. 27gydF4y2Ba

    兰姆伯特,a &草:c . Seq-Gen:应用蒙特卡罗模拟DNA序列的进化系统发育树。gydF4y2Ba第一版。达成。Biosci。gydF4y2Ba13 lgydF4y2Ba235 - 238 (1997)gydF4y2Ba

    谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  28. 28gydF4y2Ba

    Tavare,美国一些概率和统计问题分析的DNA序列。gydF4y2Ba收。数学科学的生活。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba57 - 86 (1986)gydF4y2Ba

    MathSciNetgydF4y2Ba数学gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  29. 29日gydF4y2Ba

    杨,z最大似然估计的发展史从DNA序列替换率在不同的网站。gydF4y2Ba摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba1396 - 1401 (1993)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  30. 30.gydF4y2Ba

    Minin v . N。,Bloomquist, E. W. & Suchard, M. A. Smooth skyride through a rough skyline: Bayesian coalescent-based inference of population dynamics.摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba25gydF4y2Ba1459 - 1471 (2008)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  31. 31日gydF4y2Ba

    包,y . et al。流感病毒资源在国家生物技术信息中心。gydF4y2Baj .性研究。gydF4y2Ba82年gydF4y2Ba596 - 601 (2008)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  32. 32gydF4y2Ba

    Keawcharoen, j . et al .禽流感H5N1在老虎和豹子。gydF4y2Ba紧急情况。感染。说。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba2189 - 2191 (2004)gydF4y2Ba

    PubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  33. 33gydF4y2Ba

    埃德加,r . c .肌肉:多重序列比对和高准确性和高吞吐量。gydF4y2Ba核酸Res。gydF4y2Ba32gydF4y2Ba1792 - 1797 (2004)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  34. 34gydF4y2Ba

    (k . et al . MEGA5:分子进化遗传学分析使用最大似然,进化距离,和最大的吝啬的方法。gydF4y2Ba摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba28gydF4y2Ba2731 - 2739 (2011)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  35. 35gydF4y2Ba

    汉族,g . z & Worobey, m .同源重组在消极意义上RNA病毒。gydF4y2Ba病毒gydF4y2Ba3gydF4y2Ba1358 - 1373 (2011)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  36. 36gydF4y2Ba

    马丁,d . p . et al . RDP3:一个灵活和快速的计算机程序分析重组。gydF4y2Ba生物信息学gydF4y2Ba26gydF4y2Ba2462 - 2463 (2010)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  37. 37gydF4y2Ba

    史密斯,g . j . d . et al .起源和进化基因组学的2009 swine-origin甲型H1N1流感疫情。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba459年gydF4y2Ba1122 - 1126 (2009)gydF4y2Ba

    广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  38. 38gydF4y2Ba

    克劳福德,p . c . et al。狗马流感病毒的传播。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba310年gydF4y2Ba482 - 485 (2005)gydF4y2Ba

    广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  39. 39gydF4y2Ba

    Palese称,P。,N一个k一个j我ma, K. & Desselberger, U. Recent human influenza A (H1N1) viruses are closely related genetically to strains isolated in 1950.自然gydF4y2Ba274年gydF4y2Ba334 - 339 (1978)gydF4y2Ba

    广告gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  40. 40gydF4y2Ba

    夏皮罗,B。,Rambaut, A. & Drummond, A. J. Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences.摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba23gydF4y2Ba7号到9号(2006)gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  41. 41gydF4y2Ba

    沃福德,d . L。gydF4y2BaPAUP *。系统发育分析使用吝啬(*和其他方法)。版本4gydF4y2Ba(2003年Sinauer Associates)gydF4y2Ba

    谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  42. 42gydF4y2Ba

    池塘,s . l . k . et al .分支点随机效应模型检测情景多样化选择。gydF4y2Ba摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba28gydF4y2Ba3033 - 3043 (2011)gydF4y2Ba

    谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  43. 43gydF4y2Ba

    薯条,A . c . et al .证据的循环和脑半球运动H14亚型流感病毒。gydF4y2Ba《公共科学图书馆•综合》gydF4y2Ba8gydF4y2Bae59216 (2013)gydF4y2Ba

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  44. 44gydF4y2Ba

    周,b . et al。Single-reaction基因组扩增加速测序和疫苗生产古典和猪起源人类a型流感病毒。gydF4y2Baj .性研究。gydF4y2Ba83年gydF4y2Ba10309 - 10313 (2009)gydF4y2Ba

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下载参考gydF4y2Ba

确认gydF4y2Ba

我们感谢j·巴恩斯较少,m . Shaw r·多尼克劳斯,k . Friedman, r·韦伯斯特y村和y Kawaoka协助定位和测序/马/底特律/ 3/1964 (H7N7) /鸡/日本/ 1925 (H7N7)和马尼托巴/帆布/ / 1953 (H10N7);m·桑德森评论HSLC的模型;美国Zohari的讨论gydF4y2BaNS1/2gydF4y2BaA和B血统;和m . Nachman y Kawaoka, t·瓦,j·考克斯和d·吉尔评论。这项工作是由戴维和露西尔帕卡德基金会支持的分子量和威康信托(批准号092807)境研究导致这些结果已收到资金从欧盟第七框架计划(fp7/2007 - 2013)根据授权协议。278433 - predemics和欧洲研究理事会资助协议。260864年。部分中开发的方法论的方法支持从美国国立卫生研究院的资助/国家过敏症和传染病研究所。(R01AI084691)。gydF4y2Ba

作者信息gydF4y2Ba

从属关系gydF4y2Ba

  1. 亚利桑那大学生态学和进化生物学学系,85721年,美国亚利桑那州图森市gydF4y2Ba

    Michael Worobey &官铸汉族gydF4y2Ba

  2. 进化生物学研究所、爱丁堡大学、爱丁堡EH9 3 jt,英国gydF4y2Ba

    安德鲁·兰姆伯特gydF4y2Ba

  3. Fogarty国际中心,国家卫生研究院,20892年,美国马里兰州贝塞斯达gydF4y2Ba

    安德鲁·兰姆伯特gydF4y2Ba

作者gydF4y2Ba
  1. Michael WorobeygydF4y2Ba
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  2. 官铸汉gydF4y2Ba
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  3. 安德鲁·兰姆伯特gydF4y2Ba
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贡献gydF4y2Ba

分子量,G.-Z.H。和A.R. designed the study. M.W. and A.R. conceived the analytical approach, and A.R. developed the software. G.-Z.H., M.W. and A.R. prepared the data sets. M.W., G.-Z.H. and A.R. performed the phylogenetic analyses. M.W. conducted the U content analyses. M.W. and A.R. wrote the paper. All authors discussed all the results and commented on the manuscript.

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2BaMichael WorobeygydF4y2Ba或gydF4y2Ba安德鲁·兰姆伯特gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

道德声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者声明没有竞争的经济利益。gydF4y2Ba

扩展数据数据和表gydF4y2Ba

扩展数据图1不同的时钟模型模拟数据的性能。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba总结100年复制对应gydF4y2Ba图1gydF4y2Ba(IAV-like替换模型)。箱形图表示中位数、四分位数1,四分位数3,最小和最大的100 TMRCA中值估计。HSLC模型恢复‘正确的’(模型)树拓扑在100%的模拟;其它模型在0%。放松的时钟的95%可信区间TMRCA从不包括真正的根节点日期,而HSLC模型在模拟的91%。gydF4y2BabgydF4y2Ba复制,否则总结十相似,但是JC69替换下模拟模型。gydF4y2BacgydF4y2Ba与不平等的抽样、模拟演化支,快速的进化枝(禽流感)序列占绝对优势。(模型树是相同的gydF4y2Ba图1一个gydF4y2Ba除了不平等的许多不同序列的演化支如图所示)。gydF4y2BadgydF4y2Ba、模拟与缓慢的进化枝(马)序列占绝对优势。与HSLC模型不同,根日期估计都偏向下严格的和放松的时钟模型和深受“fast-clade”和“slow-clade”的平衡采样序列。gydF4y2Ba

扩展数据图2轻松分子钟的结果。gydF4y2Ba

MCC树(中间节点高度)下推断分子钟模型UCLD放松gydF4y2BaPB2gydF4y2Ba(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba),gydF4y2BaPB1gydF4y2Ba(gydF4y2BabgydF4y2Ba),gydF4y2Ba巴勒斯坦权力机构gydF4y2Ba(gydF4y2BacgydF4y2Ba),gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba(gydF4y2BadgydF4y2Ba),gydF4y2BaNPgydF4y2Ba(gydF4y2BaegydF4y2Ba),gydF4y2BaNAgydF4y2Ba(gydF4y2BafgydF4y2Ba),gydF4y2BaM1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BaggydF4y2Ba),gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BahgydF4y2Ba)。寄主专一性的速率分布在替换每个网站每年insets在左上角所示。树是在同一时间尺度,分支长度。东部(“e”)和西部(w)半球AIV血统与黑色和灰色突出显示垂直条,分别。着色的树枝和演化支遵循的模式gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba。节点1和节点2的平均日期从HSLC分析中描述gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba在这里显示的比较。与合成数据集(gydF4y2Ba图1gydF4y2Ba和gydF4y2Ba扩展数据图1gydF4y2Ba)、拓扑结构和时间估计在一个放松的时钟模型似乎被未能占寄主专一性的利率。从这些树并不是显而易见,例如,马H7N7血统基底AIV多样性或1918年大流感病毒是嵌套在西半球AIV血统。每棵树的根节点也严重偏向最近的日期,类似于结果与模拟序列。数据输入和完整的MCC树文件可从gydF4y2Bahttp://dx.doi.org/10.5061/dryad.m04j9gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

扩展数据图3分支点REL情景多元化选择的分析测试。gydF4y2Ba

树枝是彩色描述替换的比例在每个分支正在净化选择(dgydF4y2BaNgydF4y2Ba/ dgydF4y2Ba年代gydF4y2Ba< 1:蓝色),比例发展中立(dgydF4y2BaNgydF4y2Ba/ dgydF4y2Ba年代gydF4y2Ba= 1:灰色(d)或在多元化选择gydF4y2BaNgydF4y2Ba/ dgydF4y2Ba年代gydF4y2Ba> 1:红色)。在每一个基因,几乎每个网站在每个分支显然提纯选择下进化。在一些分支,一小部分网站表明积极的选择(例如,树枝AIV和马H7N7之间gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba)。然而,比例很小,似乎没有想象情景的方式多元化选择的主机跳可以驱动整个约会估计。即使对于gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba和gydF4y2BaNAgydF4y2Ba净化选择主导着压倒性的。gydF4y2Ba

扩展数据图4尿嘧啶内容模式。gydF4y2Ba

你的内容模式gydF4y2BaPB2gydF4y2Ba(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba),gydF4y2BaPB1gydF4y2Ba(gydF4y2BabgydF4y2Ba),gydF4y2Ba巴勒斯坦权力机构gydF4y2Ba(gydF4y2BacgydF4y2Ba),gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba(gydF4y2BadgydF4y2Ba),gydF4y2BaNPgydF4y2Ba(gydF4y2BaegydF4y2Ba),gydF4y2BaNAgydF4y2Ba(gydF4y2BafgydF4y2Ba),gydF4y2BaM1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BaggydF4y2Ba),gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BahgydF4y2Ba)。鸟类的95%置信区间U内容显示为每个段灰色矩形。U抽样显示的内容与年黑钻石象征人类H1N1和蝙蝠H17N10马H7N7红色钻石,坚实的马H3N8绿色圆圈。H3N8数据的曲线拟合。1872 - 73年的马动物共患病是描述垂直红线。左边虚线对应节点1gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba;正确的虚线,节点2。gydF4y2BaPgydF4y2Ba值在红线反映测试是否马H7N7年龄估计早1872(见方法);为gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba,gydF4y2BaNAgydF4y2Ba和gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba灰色矩形描绘了95%置信区间的小集团禽流感数据(H7, N7和gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba分别为一个血统)。禽流感H3, N8和gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba血统B U含量分布与单独的箭头线表示。估计日期的马H7N7基因起源基于U含量值是:gydF4y2BaPB2gydF4y2Ba1548 (1533 - 1574);gydF4y2BaPB1gydF4y2Ba1842 (1816 - 1877);gydF4y2Ba巴勒斯坦权力机构gydF4y2Ba1819 (1795 - 1842);gydF4y2BaH7gydF4y2Ba1880 (1878 - 1884);gydF4y2BaNPgydF4y2Ba1785 (1747 - 1823);gydF4y2BaN7gydF4y2Ba1387 (1373 - 1413);gydF4y2BaM1/2gydF4y2Ba1801 (1724 - 1879);gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba1835 (1810 - 1861)。gydF4y2Ba

扩展数据图5尿嘧啶内容模式对人类和猪IAV内部基因。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BafgydF4y2Ba,人类gydF4y2BaPB2gydF4y2Ba(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba),gydF4y2BaPB1gydF4y2Ba(gydF4y2BabgydF4y2Ba),gydF4y2Ba巴勒斯坦权力机构gydF4y2Ba(gydF4y2BacgydF4y2Ba),gydF4y2BaNPgydF4y2Ba(gydF4y2BadgydF4y2Ba),gydF4y2BaM1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BaegydF4y2Ba),gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BafgydF4y2Ba)。gydF4y2BaggydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BalgydF4y2Ba,猪gydF4y2BaPB2gydF4y2Ba(gydF4y2BaggydF4y2Ba),gydF4y2BaPB1gydF4y2Ba(gydF4y2BahgydF4y2Ba),gydF4y2Ba巴勒斯坦权力机构gydF4y2Ba(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba),gydF4y2BaNPgydF4y2Ba(gydF4y2BajgydF4y2Ba),gydF4y2BaM1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BakgydF4y2Ba),gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BalgydF4y2Ba)。经过近一个世纪的稳步增加U含量这些哺乳动物宿主,这些基因仍显示U含量显著低于相应的马H7N7基因。gydF4y2Ba

扩展数据图6 HSLC结果H1 N1, H3, N8。gydF4y2Ba

MCC树(中间节点高度)下推断HSLC模型和寄主专一性的速度分布(替换/网站/年,每棵树的右边)为H1 (gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)、N1 (gydF4y2BabgydF4y2Ba),H3 (gydF4y2BacgydF4y2Ba)和N8 (gydF4y2BadgydF4y2Ba)。树木被吸引到相同的规模,分支长度。东、西半球AIV血统与黑色和灰色突出显示垂直条,分别。完全解决树包括为每个节点后验概率和95%可信区间节点日期中描述gydF4y2Ba补充图1我gydF4y2Ba。这些结果表明禽类H1的起源gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba和N1gydF4y2BaNAgydF4y2Ba1918年的人类大流行性病毒,一段时间后,人类/禽流感MRCA大约在1893年gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba和人类/禽流感MRCA大约在1914年gydF4y2BaNAgydF4y2Ba。H1,可用AIV序列样本聚集大约在1952年。因此,H1西部和东部建立了半球血统最近与内部基因(gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba)。这意味着当前采样可以提供任何有关的地理起源的信息gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba1918年病毒的基因。同样,N1,深与东半球西半球血统有着MRCA血统大约在1919年(与后续的东西分散在1960年代初,由一个垂直的箭头表示)。再一次,这些数据没有提供任何见解的地理起源1918年大流感病毒gydF4y2BaNAgydF4y2Ba基因,因为1918年的序列不是嵌套在西方或者东半球AIV进化枝与内部的基因。如果档案AIV序列从接近1918可以恢复,他们可能解决这些地理问题。H3和N8,独特的马血统是显而易见的;然而,何时何地他们越过从AIV水库尚不清楚gydF4y2Ba补充信息gydF4y2Ba额外的讨论)。gydF4y2Ba

扩展数据图7gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba和gydF4y2BaNAgydF4y2Ba利率和日期(从遗传多样性分析gydF4y2Ba图3gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,后验密度的替代率gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba和gydF4y2BaNAgydF4y2Ba。gydF4y2BabgydF4y2Ba,后TMRCA密度gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba遗传多样性和所有gydF4y2BaNAgydF4y2Ba遗传多样性。gydF4y2BacgydF4y2Ba,Within-subtype TMRCAsgydF4y2Ba哈gydF4y2Ba和gydF4y2BaNAgydF4y2Ba亚型。gydF4y2Ba

扩展数据图8系统的证据AIV基因流从国内到野生鸟类。gydF4y2Ba

这些结果子树gydF4y2BaPB2gydF4y2Ba(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba),gydF4y2BaPB1gydF4y2Ba(gydF4y2BabgydF4y2Ba),gydF4y2Ba巴勒斯坦权力机构gydF4y2Ba(gydF4y2BacgydF4y2Ba),gydF4y2Ba哈gydF4y2Ba(gydF4y2BadgydF4y2Ba),gydF4y2BaNPgydF4y2Ba(gydF4y2BaegydF4y2Ba),gydF4y2BaNAgydF4y2Ba(gydF4y2BafgydF4y2Ba),gydF4y2BaM1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BaggydF4y2Ba),gydF4y2BaNS1/2gydF4y2Ba(gydF4y2BahgydF4y2Ba)从一个数据集的分析gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba,但添加三个新基因组测序完成(1925 /鸡/日本/,/帆布/马尼托巴/ 1953 /马/底特律/ 3/1964),以及一些额外的南美gydF4y2BaPB1gydF4y2Ba序列,使用一个SRD06替换模型(可从满树gydF4y2Bahttp://dx.doi.org/10.5061/dryad.m04j9gydF4y2Ba)。主要的东半球鸟类演化支是清晰和描绘成紫色的三角形倒塌。每个褐色圆描绘了1920年代MRCA从家禽/ 1930年代序列。每一个蓝色的圆圈代表MRCA主要的东半球AIV进化枝和最近的1920年代和1930年代对每个基因的病毒。1925 /鸡/日本/高致病性禽流感毒株是用红色突出显示。在每种情况下很明显,大部分1940后的遗传多样性在东半球AIV(以及各种West-2和西为西半球血统出现最近从东半球)下降从1920年代和1930年代的进化枝家禽瘟疫(高致病性禽流感)和1940年代低致病性禽流感(LPAI)欧亚家禽禽流感病毒。gydF4y2Ba

扩展数据表1约会估计关键节点gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba不同的替代模型,次级样本序列和数据分区gydF4y2Ba
全尺寸表gydF4y2Ba
扩展数据表2完全或部分清洁工东部hemisphere-origin AIV内部基因在西半球AIV最近几十年gydF4y2Ba
全尺寸表gydF4y2Ba

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Worobey, M。,汉族,广州。&兰姆伯特A全球同步扫描内部现代禽流感病毒的基因。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba508年,gydF4y2Ba254 - 257 (2014)。https://doi.org/10.1038/nature13016gydF4y2Ba

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