检测SARS-CoV-2在不同类型的临床标本

呼吸道疾病的流行造成的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2 (SARS-CoV-2)在中国开始,并蔓延到其他国家。¹实时反向transcriptase-polymerase连锁反应(rrt - pcr)鼻咽拭子通常被用来确认临床诊断。²然而,该病毒是否可以从其他网站采集的标本中发现,因此可能在其他方面比呼吸道飞沫传播,是未知的。

我们调查了biodistribution SARS-CoV-2在不同组织与冠状病毒疾病住院病人2019 (COVID-19)根据症状和放射学诊断和确认SARS-CoV-2检测。本研究通过参与医院的伦理委员会,放弃知情同意。

标本收集基于临床适应症的患者从3医院在湖北省和山东省,北京,中国,从1月1日到2月17日,2020年,包括。咽拭子采集从大多数病人住院后1 - 3天。血液、痰液、粪便、尿液和鼻样本收集整个疾病。支气管肺泡灌洗液和fibrobronchoscope刷活检取样患有严重疾病或接受机械通气。RNA被rrt - pcr从临床标本中提取并确定针对开放阅读框1 ab基因的SARS-CoV-2如前所述。²rrt - pcr的循环阈值被用作SARS-CoV-2 RNA的拷贝数指标较低的标本循环阈值对应更高的病毒复制数据。一个循环阈值小于40解释为SARS-CoV-2 RNA阳性。四SARS-CoV-2积极粪便标本高拷贝数是培养,然后进行电子显微镜检测活病毒。模式在患者的一组中有多个标本收集住院期间进行了探讨。

有1070个标本收集从205年COVID-19患者的平均年龄44岁(范围、5 - 67年)和68%的男性。大多数患者出现发热、干咳,和疲劳;19%的患者有严重的疾病。支气管肺泡灌洗液标本显示积极率最高(14 15;93%),其次是痰(72 104;72%),鼻拭子(5 8;13日(6 63%),fibrobronchoscope刷活检;46%)、咽拭子(126 398;32%)、粪便(44 153;29%),和血液(3 307; 1%). None of the 72 urine specimens tested positive (表)。

所有标本类型的平均周期阈值被超过30 (< 2.6×10⁴拷贝/毫升)除了鼻拭子平均周期阈值为24.3 (1.4×10⁶拷贝/毫升),表明高病毒载量(表)。

同时20患者2到6标本收集(图)。病毒RNA中检测出单个标本6例(呼吸道标本、粪便或血液),而7病人排出病毒在呼吸道标本和粪便(n = 5)或血液(n = 2)。住SARS-CoV-2粪便样本中可观察到2没有腹泻的病人。

在这项研究中,SARS-CoV-2标本中检测出205多个站点COVID-19患者下呼吸道样本最常见的病毒检测呈阳性。重要的是,活病毒在粪便中发现,暗示SARS-CoV-2可能会通过粪便的路线。一小部分的血液样本有积极的PCR测试结果,表明感染有时可能是系统性的。传播的病毒通过呼吸道和extrarespiratory路线可能有助于解释疾病的快速传播。此外,测试的标本来自多个站点可以提高灵敏度,减少假阴性检测结果。两个小研究报道中存在SARS-CoV-2肛门或口腔拭子和血液从湖北省16个病人,³和病毒载量在咽喉拭子和痰从17例确诊病例。⁴

这项研究的限制包括,一些病人没有详细的临床信息,所以数据不能与症状或疾病过程和某些类型的样品的数量是很小的。进一步调查的详细时间和症状患者数据和连续收集标本不同的网站是十分必要的。

发表:2020年3月5日。

通讯作者:蕴结,医学博士,病毒性疾病预防与控制研究所中国疾病预防控制中心,155年长白山Rd,昌平区,北京102206,中国tanwj@ivdc.chinacdc.cn)。

网上发表:2020年3月11日。doi:10.1001 / jama.2020.3786

作者的贡献:Drs小王和褐色有完全访问所有的数据研究,负责数据的完整性和数据分析的准确性。Drs王、徐同样起到了推波助澜的作用。

概念和设计:王、徐、吴,棕褐色。

数据的采集、分析或解释:徐、高、陆,汉族,谭。

起草的手稿:王、徐高,汉族,棕褐色。

关键的修订手稿的重要知识内容:Xu Lu,吴,谭。

统计分析:王。

获得资助:王,棕褐色。

行政、技术或材料支持:徐、高、陆、汉。

监督:徐、吴、棕褐色。

利益冲突的披露:没有报道。

资金/支持:这项工作是2016 yfd0500301和2020 yfc0840900赠款支持国家重点研究和发展项目的中国和2018年zx10101002国家重大项目的控制和预防传染病在中国。

资助者的角色/赞助商:赞助商没有参与这项研究的设计和实施;的收集、管理、分析和解释数据;准备、审查或批准的手稿;并决定提交出版的手稿。

额外的贡献:感谢Gary Wong博士(中科院重点实验室的分子病毒学与免疫学、上海巴斯德研究所,中国科学院上海、中国)英语版本的手稿,在医院和临床工作人员在湖北,山东和北京收集的标本。这些个人收到赔偿他们的贡献。